Проект Magnus Ducatus Lituaniae

[Шад]

Данные по племяннику

10.38%  Scandinavian       
  5.14%  Volga_Region       
  5.15%  Altaic             
 16.61%  Celto_Germanic     
 26.81%  Caucassian_Anatolian
 28.83%  Balto_Slavic       
  7.08%  North_Atlantic

Для сравнения результат от Диенека.

P.S. А что-то вроде Oracle для интерпретации результатов планируется?

[I2a1a]

Пока нет, но я подумаю над этим.

[Шад]

Пока нет, но я подумаю над этим.

А по племяннику что скажете?

[I2a1a]

Пока нет, но я подумаю над этим.

А по племяннику что скажете?

В смысле?

[Шад]

А по племяннику что скажете?

В смысле?

Как можно интерпретировать полученные данные анализа по нему?

[I2a1a]

Типично русский, с немного повышенным скандинавским компонентом и частично пониженным балто-славянским. Скандинавский компонент достигает максимума у финнов. Возможно, у племянника есть финнские корни?

[Шад]

Типично русский, с немного повышенным скандинавским компонентом и частично пониженным балто-славянским. Скандинавский компонент достигает максимума у финнов. Возможно, у племянника есть финнские корни?

Большое спасибо. Документированных финских корней нет, но sanych_85 предполагает, что у меня сложный микс.
Аббат считает, что дело в финно-угорском компоненте по материнской линии. А у племянника ситуация, как я понимаю, только усугубилась:)
А вопрос задавал потому, что по племяннику совершеннейшую чушь выдал сначала PF FTDNA (адыго-орк), а потом Оракл Диенека (венгро-иранец или киприото-финн).

[I2a1a]

Еще, кроме повышенного финно-скандинавского компонента, от типично русского отличает повышенный % Caucasian-Anatolian, который однако ниже аналогичного % у истинных кавказо-анатолийцев. Думаю, что в данном случае это прокси средиземноморских популяций, главным образом ашкеназов.

[Valikhan]

Update
1. Тогда запустите R, вылезут два окошка, маленькое в большом.
2. Нажмите слева вверху File, кликните Change dir.

 и выберите папку куда вы распаковали файлы Диенекеса (не забудьте закинуть в эту же папку ваш распакованный геном).

3. В маленьком окошке вбейте эту команду source('standardize.r'). Это запустит программу, никаких окошек или буковок на этом этапе не вылезет.

4. а) Вбейте эту команду если геном от 23andme standardize('ВАШ ГЕНОМ.txt', company='23andMe'). Вместо "ВАШ ГЕНОМ" настоящее название файла.

Примечание: У меня работает только с оригинальным названием файла.
   б) Вбейте эту команду, если ваш геном от ФТДНА standardize('ВАШ ГЕНОМ.csv', company='ftdna'). Вместо "ВАШ ГЕНОМ" настоящее название файла.
5. На этом этапе программа начнёт обрабатывать файл вашего генома под свои требования. Будет слышен звук работающего жёсткого диска, а когда наведёте курсор на маленькое окошко, то увидите значок ожидания ( в 7-й винде вращающийся круг).
 Через некоторое время в зависимости от мощности процесса, звук работающего жёсткого диска прекратится, значок ожидания исчезнет, а в папке с данными от Диенекеса появится файл под названием genotype, размером примерно с файл вашего генома.

6. В этом же маленьком окошке вбейте команду system('DIYDodecadWin dv3.par').

 Это запустит собственно калькулятор. Будут такие же звуки и знаки как и в пункте 5. Затем в окошке вылезут разные надписи и через некоторое время появятся проценты и названия компонентов.

Одновременно в папке возникнет текстовый файл genomewide, где будут эти же проценты и названия. Это будет результат по всему геному.

7. Откройте Notepadом файл dv3.par.

Замените genomewide на bychr, сохраните файл.

 Вбейте эту команду system('DIYDodecadWin dv3.par'), будет то же самое что в пункте 6, только дольше по времени.

 Через какое-то время появятся результаты по каждой хромосоме и создастся тесктовый файл bychr, где будут результаты по каждой хромосоме.

8. Откройте Notepadом файл dv3.par. Замените bychr на byseg 500 50, сохраните файл.

 Вбейте команду system('DIYDodecadWin dv3.par'), будет то же самое что в пункте 6 и 7, только ещё дольше по времени.

 В конце выйдут результаты по сегментам хромосом  и создастся тесктовый файл byseg. Значения 500 и 50 можете менять по вашему усмотрению.


На этом всё. В папке с исходниками - DIYDodecad2.0, ищете файлы под названиями genomewide, bychr, byseg, где сохранены результаты работы калькулятора.

[Valikhan]

Визуализация компонентов.

1. В маленьком окошке забейте команду source('paint_byseg.r')


2. Вбейте эту команду paint_byseg(chr=1, calc='dv3', tofile=T)


 где chr=1 это номер хромосомы, calc='dv3' - файл с исходными данными, tofile=T - команда на вывод результата в графическом файле png по всей хромосоме.


Меняя значения в chr= с 1 до 22, вы получите изображения всех 22 хромосом.

3. Если вас заинтересовал какой-то определённый участок или компонент, можно использовать следующие команды: paint_byseg(chr=1, region=c(100,170), calc='dv3', tofile=T)

со следующим результатом


 или paint_byseg(chr=1, calc='dv3', choice=c("West_Asian", "East_European", tofile=T)) со следующим результатом


Если вы освоили команды калькулятора, то изменения параметров команд не представит труда.
Читайте также руководство по использованию Readme.txt.

[I2a1a]

У меня есть пару практических примеров, как использовать оценку  частот аллелей в моем проекте для анализа происхождения общих УПСов.

Предположим, к примеру, что у литовца / беларуса и норвежца был обнаружен общий УПС. С точки зрения генеалогии, возможны следущие варианты:

Сценарий 1)  наличие балто-славянских предков у норвежца
Сценарий 2)  наличие скандинавских предков у литовца/беларуса
Сценарий 3)  наличие у норвежца и литовца/беларуса общих предков из другого региона (например, южной Европы)

Благодаря использованию режима byseg 500 50  в DIYDodecad, файла AncestryFinder (23andme - далее файл АФ) и статистике частот аллелей в моем проекте MDLP, я был в состоянии предсказать наиболее  вероятное происхождение УПСов, выбирая один из трех сценариев:

1) если в сравниваемом сегменте литовец/беларус видит избыток скандинавского компонента, то он должен выбрать второй сценарий
2) если он не видит ничего примечательного, то наиболее вероятен первый вариант
3) если очевиден перевес какого-нибудь "постороннего" компонента (например, кавказско-анатолийского) , при сравнительно низком %  балто-славянского или скандинавского компонениа, то следует признать наиболее вероятным третий сценарий.


Проанализировав свои "скандинавские совпадения" " из файла АФ, я могу заключить, что анализ DIYDodecad  (в режиме byseg) показывает наличие всех трех возможных сценариев:

Сценарий № 2 (наличие скандинавских предков у литовца/беларуса )
X Швеция Швеция США США 1 160 156,4 3,6 5,6
60%-Сценарий № 1 (наличие балто-славянских предков у скандинава)
X Дания Дания Дания Дания 1 87,9 94,3 6,4 6,3
Сценарий № 1 (наличие балто-славянских предков у скандинава)
X Норвегия Норвегия Норвегия Норвегия 1 62,1 65,4 3,3 5
Сценарий № 1 (наличие балто-славянских предков у скандинава)
Anonymous0454 Финляндия Финляндия Финляндия Финляндия 1 104,8 110,3 5,5 6,4
Сценарий № 2 (наличие скандинавских предков у литовца/беларуса )
X Швеции Не указано Не указано Не указано 2 82,2 88,1 5,9 5
60%-Сценарий № 2 (наличие скандинавских предков у литовца/беларуса )
X Швеция Швеция США США 3 174,9 178,1 3,2 5
80%-Сценарий № 2 (наличие скандинавских предков у литовца/беларуса )
Anonymous0353 Дания Дания Дания Дания 3 68,4 73,3 4,9 8,1
50%-Сценарий № 2 (наличие скандинавских предков у литовца/беларуса )
Anonymous0245 Дания Дания Дания Дания 4 70,5 77,3 6,8 5,3


HLA-MHC-группы Сценарий III - третья сторона (кельто-германского) происхождения у обоих сравниваемых лиц
X Швеция Швеция США США 6 25,8 34,2 8,4 5,4
X Швеция Дания США США 6 27,6 34,5 6,9 5,1
Anonymous0207 Швеция Швеция Не указано Не указано 6 25,6 34,1 8,5 5,3
X Норвегия Не указано Не указано Бельгии 6 29,7 36,1 6,4 5,3
Anonymous0370 Швеция Швеция Не указано Швеции 6 30,7 36,6 5,9 5,4
X Дания Дания Дания Дания 6 25,6 35,5 9,9 5,9
Anonymous0439 Дании Не указано США Венгрии 6 26,3 36 9,7 6
X Дания Дания Дания Дания 6 26 34 8 5,1
X Норвегия Норвегия Норвегия Норвегия 6 25,6 34,2 8,6 5,6

Chr14. группа - 70%-Сценарий № 2 (балто-славянские предки  у скандинавов)
Anonymous0001 Норвегия Норвегия Норвегия Норвегия 14 38 48,8 10,8 6,5
Anonymous0037 Швеция Норвегия США США 14 39,2 48 8,8 5,1

Сценарий № 1 (предки скандинавского происхождения у литовца/беларуса)
Anonymous0002 Дания Дания США США 15 43,9 51,3 7,4 6

Вот еще один практический пример использования режима byseg в моей модификации MDLP  к калькулятору DIYDodecad.

По данным AF, у меня есть "генетический кузен" с греческой (материнская линия) и турецкой (отцовская линия) родословной (Греция Греция Турция Турция). Наш общий УПС (генетическое расстояние 6,7 centimorgans, старт: 208Mb, конец: 216Mb, длина в Мб: 7,4) на второй хромосоме.

После визуализации пропорций различных компонентов на своей хромосоме 2, я наблюдаю существенное повышение процента кавказско-анатолийского компонента в геномном регионе между 205Mb и 215Mb.
Вывод: у нас с греко-турком может быть общий предок из кавказско-анатолийского региона.

[I2a1a]

Продолжение

[I2a1a]

Сделал новый MDS плот с добавлением данных популяций.
 В принципе, все легли туда, куда и ожидалось. За исключением мокши, которая оказалась гораздо ближе к северным русским, чем к чувашам.
 Кстати, передайте Хуснутдиновой, что при прогоне генотипов в Plink выяснилось, что  Mordvin1 и Mordvin2 -это близкие родственники. Не знаю, что они заявили/ при заборе биологического материала, но Plink показывает у них довольно высокое значение PIHAT (0.08), что характерно для троюродного родства.
 
 Такие дела.

[Аббат Бузони]

Значит я могу скинуть данные Сергачева для анализа?

[Аббат Бузони]

К почему мокша должна была лечь ближе к чувашам?