Harappa Ancestry Project

[Шад]

Он не всех берет. Я когда-то писала, просила включить рез-ты мужа (у него F-мито), получила ответ:

I am not sure how useful my project results would be for him. I am focused on South Asia and don't even break down European ancestry into East/West or North/South.
Zack Ajmal

Возможно приоритеты поменялись. Вышеприведенная ссылка из его блога появилась несколько дней назад. А мито и игрек для него действительно не аргумент - его интересуют аутосомы.

[Людмила]

Просто, если мито F, можно было предполагать когда-то Ю-В Азию. Но на самом деле по аутосомам все красно - европеец. Азия вымылась. Вы пишете -жаль, наших мало в участниках. Нас не берут в этот проект.

[vnik]

В Gedmatch теперь тоже можно воспользоваться данным калькулятором. Вот мои результаты в HarappaWorld Admixture Proportions: Baloch 8.70%, Caucasian 10.15%, NE-Euro 52.32%, Siberian 8.24%, Mediterranean 15.98%. Подскажите, а кто такие Baloch?

[Asmat headhunter]

Подскажите, а кто такие Baloch?

Белуджи.

[Jonik]

Есть ещё более интересная новость - Зак сделал свой калькулятор. Некоторые уже воспользовались.

Population   
S-Indian   -   
Baloch   7.40%
Caucasian   6.75%
NE-Euro   63.16%
SE-Asian   -   
Siberian   1.07%
NE-Asian   -   
Papuan   0.31%
American   0.33%
Beringian   0.68%
Mediterranean   20.30%
SW-Asian   -   
San   -   
E-African   -   
Pygmy   -   
W-African   -   

[Eugene]

Вот мой Harappa


#   Population   Percent
1   NE-Euro   60.51
2   Mediterranean   14.68
3   Caucasian   8.68
4   Baloch   6.36
5   Siberian   3.57
6   SW-Asian   2.9
7   S-Indian   1.36
8   American   1.2
9   Beringian   0.59
10   Papuan   0.14


#   Population (source)   Distance
1   mordovian (yunusbayev)   4.46
2   ukranian (yunusbayev)   5.35
3   belorussian (behar)   5.36
4   russian (hgdp)   5.96
5   russian (behar)   5.98
6   lithuanian (behar)   11.62
7   slovenian (xing)   13.3
8   hungarian (behar)   15.17
9   n-european (xing)   16.81
10   utahn-white (hapmap)   18.02

Он посчитал, что я мордвин 

[Аббат Бузони]

Натуральный мордвин, во всей стране такой один.

[Eugene]

Натуральный мордвин, во всей стране такой один.

А у Вас кто по Оракулу, как у Эрзя?

[Аббат Бузони]

Я полукровка, до эрзя нос не дорос. Свои данные я не смотрел, интернетом нынче обделен. 

[Jonik]

Вот мой Harappa


******
Он посчитал, что я мордвин 

Moi Harappa:
Admix Results (sorted):

# Population Percent
1 NE-Euro 63.16
2 Mediterranean 20.3
3 Baloch 7.4
4 Caucasian 6.75
5 Siberian 1.07
6 Beringian 0.68
7 American 0.33
8 Papuan 0.31

Single Population Sharing:

# Population (source) Distance
1 belorussian (behar) 5.54
2 ukranian (yunusbayev) 7.43
3 lithuanian (behar) 9.32
4 mordovian (yunusbayev) 9.67
5 russian (hgdp) 10.05
6 n-european (xing) 13.42
7 slovenian (xing) 13.77
8 utahn-white (hapmap) 14.2
9 hungarian (behar) 15.36
10 orcadian (hgdp) 16.2
11 utahn-white (1000genomes) 16.43
12 british (1000genomes) 17.24
13 finnish (1000genomes) 23.32
14 chuvash (behar) 23.82
15 french (hgdp) 24.49
16 romanian (behar) 31.02
17 bulgarian (yunusbayev) 32.04
18 spaniard (behar) 36.59
19 spaniard (1000genomes) 37.55
20 italian (hgdp) 37.73

Mixed Mode Population Sharing:

#   Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1   72.7% lithuanian (behar) +  27.3% french (hgdp) @  1.64
2   80% lithuanian (behar) +  20% spaniard (behar) @  1.96
3   59.3% lithuanian (behar) +  40.7% n-european (xing) @  2.06
4   80.5% lithuanian (behar) +  19.5% spaniard (1000genomes) @  2.15
5   75.9% belorussian (behar) +  24.1% orcadian (hgdp) @  2.16
6   80.6% lithuanian (behar) +  19.4% italian (hgdp) @  2.21
7   87.2% lithuanian (behar) +  12.8% sardinian (hgdp) @  2.22
8   64.4% lithuanian (behar) +  35.6% utahn-white (1000genomes) @  2.51
9   62.8% lithuanian (behar) +  37.2% hungarian (behar) @  2.52
10   77.9% belorussian (behar) +  22.1% british (1000genomes) @  2.69
11   60.4% lithuanian (behar) +  39.6% slovenian (xing) @  2.98
12   77.7% belorussian (behar) +  22.3% utahn-white (1000genomes) @  3.03
13   82.8% lithuanian (behar) +  17.2% tuscan (hapmap) @  3.09
14   65.9% lithuanian (behar) +  34.1% british (1000genomes) @  3.14
15   74.2% belorussian (behar) +  25.8% n-european (xing) @  3.2
16   83.1% lithuanian (behar) +  16.9% tuscan (1000genomes) @  3.32
17   91.1% belorussian (behar) +  8.9% basque (hgdp) @  3.36
18   90.9% belorussian (behar) +  9.1% spain-basc (henn2012) @  3.39
19   64.1% n-european (xing) +  35.9% finnish (1000genomes) @  3.7
20   83.6% lithuanian (behar) +  16.4% spain-basc (henn2012) @  3.7

[Eugene]

# Population (source) Distance
1 belorussian (behar) 5.54
2 ukranian (yunusbayev) 7.43
3 lithuanian (behar) 9.32
4 mordovian (yunusbayev) 9.67
5 russian (hgdp) 10.05

Получается, что у Вас первый "belorussian (behar) 5.54 " по генетической дистанции стоит дальше чем мой второй " ukranian (yunusbayev)   5.35" и третий "belorussian (behar)   5.36"
Мордвин на Вас не хватило 

[sanych_85]

У меня вот, что получилось:

Я
Population (source)   Distance
mordovian (yunusbayev)   5.4
belorussian (behar)   5.46
ukranian (yunusbayev)   6.36
russian (hgdp)   6.49
russian (behar)   7.66
lithuanian (behar)   10.23
slovenian (xing)   13.84
n-european (xing)   15.31
hungarian (behar)   15.5
utahn-white (hapmap)   16.23
utahn-white (1000genomes)   18.33
orcadian (hgdp)   18.36
british (1000genomes)   19.29
chuvash (behar)   19.68
finnish (1000genomes)   22.25
romany (harappa)   22.5
french (hgdp)   25.84
romanian (behar)   30.13
bulgarian (yunusbayev)   31.28
spaniard (behar)   37.78


Мама

Population (source)   Distance
belorussian (behar)   4.99
mordovian (yunusbayev)   5.17
russian (hgdp)   6.21
ukranian (yunusbayev)   6.39
russian (behar)   6.87
lithuanian (behar)   9.75
slovenian (xing)   14.21
hungarian (behar)   15.95
n-european (xing)   16.03
utahn-white (hapmap)   16.98
utahn-white (1000genomes)   19.08
orcadian (hgdp)   19.16
chuvash (behar)   19.92
british (1000genomes)   20.06
finnish (1000genomes)   21.77
romany (harappa)   23.18
french (hgdp)   26.54

Отец

#   Population (source)   Distance
1    ukranian (yunusbayev)    3.17
2    belorussian (behar)    7.4
3    mordovian (yunusbayev)    7.64
4    russian (behar)    8.5
5    slovenian (xing)    8.95
6    russian (hgdp)    10.53
7    hungarian (behar)    10.61
8    n-european (xing)    12.96
9    utahn-white (hapmap)    14.24
10    lithuanian (behar)    14.65
11    utahn-white (1000genomes)    16.03
12    orcadian (hgdp)    17.32
13    british (1000genomes)    17.42
14    romany (harappa)    18.77
15    chuvash (behar)    19.8
16    french (hgdp)    22.19
17    romanian (behar)    25.07
18    bulgarian (yunusbayev)    26.1
19    finnish (1000genomes)    26.66
20    italian (hgdp)

[Alex AXe]

Вот мои результаты:

1   NE-Euro   44.66
2   Caucasian   18.54
3   Mediterranean   16.59
4   Baloch   11.58
5   Siberian   5.21
6   NE-Asian   1.8
7   Beringian   0.93
8   Papuan   0.3
9   American   0.21
10   SW-Asian   0.12
11   San   0.07


Тут неоригинально. Венгр, как всегда. 

Single Population Sharing:
1   hungarian (behar)   11.04
2   slovenian (xing)   11.46
3   romanian (behar)   14.7
4   romany (harappa)   14.81
5   ukranian (yunusbayev)   15.15
6   bulgarian (yunusbayev)   15.99
7   mordovian (yunusbayev)   17.73
8   n-european (xing)   18.98
9   chuvash (behar)   19.23
10   russian (behar)   20.04
11   utahn-white (hapmap)   20.19
12   utahn-white (1000genomes)   20.51
13   belorussian (behar)   20.86
14   french (hgdp)   21.27
15   russian (hgdp)   21.73
16   british (1000genomes)   22.24
17   orcadian (hgdp)   23.52
18   italian (hgdp)   25.89
19   tuscan (hgdp)   27.46
20   tuscan (hapmap)   27.55


Тут, в принципе, нормально. В смысле, не очень фантастично:

Mixed Mode Population Sharing:
1       68.9%    ukranian (yunusbayev)    +    31.1%    nogai (yunusbayev)    @    4.88
2       75.5%    slovenian (xing)    +    24.5%    nogai (yunusbayev)    @    5.01
3       72.9%    ukranian (yunusbayev)    +    27.1%    turkmen (yunusbayev)    @    5.11
4       66.3%    mordovian (yunusbayev)    +    33.7%    turk-aydin (hodoglugil)    @    5.42
5       76.7%    hungarian (behar)    +    23.3%    nogai (yunusbayev)    @    5.46
6       54.5%    lithuanian (behar)    +    45.5%    turk-aydin (hodoglugil)    @    5.5
7       75.5%    ukranian (yunusbayev)    +    24.5%    turkish (harappa)    @    5.6
8       77.6%    slovenian (xing)    +    22.4%    tajik (yunusbayev)    @    5.66
9       72%    mordovian (yunusbayev)    +    28%    turkish (harappa)    @    5.67
10       70.3%    ukranian (yunusbayev)    +    29.7%    turk-aydin (hodoglugil)    @    5.68
11       77.1%    slovenian (xing)    +    22.9%    stalskoe (xing)    @    5.8
12       78.3%    slovenian (xing)    +    21.7%    urkarah (xing)    @    5.83
13       70.4%    mordovian (yunusbayev)    +    29.6%    turk-istanbul (hodoglugil)    @    5.87
14       70.5%    ukranian (yunusbayev)    +    29.5%    stalskoe (xing)    @    5.92
15       79.6%    slovenian (xing)    +    20.4%    turkmen (yunusbayev)    @    5.92
16       79.3%    hungarian (behar)    +    20.7%    urkarah (xing)    @    5.93
17       71.5%    mordovian (yunusbayev)    +    28.5%    turk-kayseri (hodoglugil)    @    5.94
18       75.8%    ukranian (yunusbayev)    +    24.2%    azeri (harappa)    @    5.98
19       55.4%    romanian (behar)    +    44.6%    mordovian (yunusbayev)    @    6.02
20       76.7%    ukranian (yunusbayev)    +    23.3%    iranian (harappa)    @    6.03

[grimsvotn]

Мои:

#   Population   Percent
1    NE-Euro    59.36
2    Mediterranean    17.7
3    Caucasian    10.13
4    Baloch    8.87
5    Siberian    1.98
6    Papuan    1.18
7    American    0.39
8    SW-Asian    0.38

Single Population Sharing:

#   Population (source)   Distance
1    belorussian (behar)    3.45
2    ukranian (yunusbayev)    3.45
3    lithuanian (behar)    4.69
4    russian (hgdp)    10.74
5    mordovian (yunusbayev)    10.74
6    slovenian (xing)    12.67
7    hungarian (behar)    12.67
8    n-european (xing)    14.56
9    utahn-white (1000genomes)    14.56
10    utahn-white (hapmap)    14.56
11    russian (behar)    17.31
12    british (1000genomes)    17.83
13    orcadian (hgdp)    17.83
14    chuvash (behar)    20.71
15    finnish (1000genomes)    21.73
16    bulgarian (yunusbayev)    27.17
17    romanian-a (behar)    27.17
18    french (hgdp)    27.42
19    romany (harappa)    28.31
20    spaniard (behar)    35.09

Mixed Mode Population Sharing:

#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        78.6%   ukranian (yunusbayev)    +    21.4%   mordovian (yunusbayev)    @    1.91
2        78.6%   ukranian (yunusbayev)    +    21.4%   russian (hgdp)    @    1.91
3        78.6%   belorussian (behar)    +    21.4%   mordovian (yunusbayev)    @    1.91
4        78.6%   belorussian (behar)    +    21.4%   russian (hgdp)    @    1.91
5        88.5%   ukranian (yunusbayev)    +    11.5%   chuvash (behar)    @    2.18
6        88.5%   belorussian (behar)    +    11.5%   chuvash (behar)    @    2.18
7        93.2%   lithuanian (behar)    +    6.8%   turk-aydin (hodoglugil)    @    2.36
8        95.9%   ukranian (yunusbayev)    +    4.1%   selkup (rasmussen)    @    2.43
9        95.9%   belorussian (behar)    +    4.1%   selkup (rasmussen)    @    2.43
10        97.3%   ukranian (yunusbayev)    +    2.7%   dolgan (rasmussen)    @    2.48
11        97.3%   belorussian (behar)    +    2.7%   dolgan (rasmussen)    @    2.48
12        93.4%   lithuanian (behar)    +    6.6%   uzbek (behar)    @    2.49
13        96.7%   ukranian (yunusbayev)    +    3.3%   ket (rasmussen)    @    2.51
14        96.7%   belorussian (behar)    +    3.3%   ket (rasmussen)    @    2.51
15        97.9%   belorussian (behar)    +    2.1%   nganassan (rasmussen)    @    2.54
16        97.9%   ukranian (yunusbayev)    +    2.1%   nganassan (rasmussen)    @    2.54
17        97.8%   ukranian (yunusbayev)    +    2.2%   evenki (rasmussen)    @    2.54
18        97.8%   belorussian (behar)    +    2.2%   evenki (rasmussen)    @    2.54
19        97.7%   belorussian (behar)    +    2.3%   yakut (hgdp)    @    2.58
20        97.7%   ukranian (yunusbayev)    +    2.3%   yakut (hgdp)    @    2.58

[Srkz]

Zack Ajmal выложил в своем блоге обновление Оракула для Harappa World (команда HarappaOracle). Более подробно о запуске программ для R в теме "Полезные ссылки".
Лично для меня точность явно выросла (с "заметно хуже среднего" на "обычный средний уровень"  ).
Исходные данные:
1    NE-Euro    58.75
2    Mediterranean    17.51
3    Baloch    7.68
4    Siberian    5.7
5    Caucasian    4.31
6    S-Indian    1.7
7    SW-Asian    1.51
8    Beringian    1.19
9    American    1.15
10    NE-Asian    0.28
11    E-African    0.21

Было (вариант, который сейчас на Gedmatch):

#   Population (source)   Distance
1    belorussian (behar)    8.63
2    ukranian (yunusbayev)    8.63
3    lithuanian (behar)    8.8
4    russian (hgdp)    10.27
5    mordovian (yunusbayev)    10.27
6    n-european (xing)    16.36
7    utahn-white (1000genomes)    16.36
8    utahn-white (hapmap)    16.36
9    british (1000genomes)    17.04
10    orcadian (hgdp)    17.04

#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        88.2%   lithuanian (behar)    +    11.8%   yukaghir (rasmussen)    @    4.21
2        63.8%   mordovian (yunusbayev)    +    36.2%   orcadian (hgdp)    @    4.27
3        63.8%   mordovian (yunusbayev)    +    36.2%   british (1000genomes)    @    4.27
4        63.8%   russian (hgdp)    +    36.2%   british (1000genomes)    @    4.27
5        63.8%   russian (hgdp)    +    36.2%   orcadian (hgdp)    @    4.27
6        89.8%   lithuanian (behar)    +    10.2%   ket (rasmussen)    @    4.6
7        87.7%   lithuanian (behar)    +    12.3%   selkup (rasmussen)    @    4.61
8        91.9%   lithuanian (behar)    +    8.1%   dolgan (rasmussen)    @    4.72
9        93%   lithuanian (behar)    +    7%   evenki (rasmussen)    @    4.73
10        93.6%   lithuanian (behar)    +    6.4%   nganassan (rasmussen)    @    4.81

Стало:

 [1,] "mordovian_yunusbayev_15"     "7.0662"
 [2,] "russian_hgdp_25"             "7.6918"
 [3,] "ukranian_yunusbayev_20"      "8.6338"
 [4,] "belorussian_behar_9"         "9.1909"
 [5,] "russian_behar_2"             "10.7446"
 [6,] "lithuanian_behar_10"         "13.2315"
 [7,] "slovenian_xing_25"           "13.9541"
 [8,] "n-european_xing_25"          "14.2379"
 [9,] "utahn-white_hapmap_18"       "15.1342"
[10,] "hungarian_behar_19"          "15.2513"

 [1,] "85.4% russian_hgdp_25 + 14.6% spain-basc_henn2012_20"             
 [2,] "14.1% basque_hgdp_24 + 85.9% russian_hgdp_25"                     
 [3,] "29.1% british_1000genomes_99 + 70.9% russian_hgdp_25"             
 [4,] "69.9% russian_hgdp_25 + 30.1% utahn-white_1000genomes_100"       
 [5,] "30.1% orcadian_hgdp_15 + 69.9% russian_hgdp_25"                   
 [6,] "67.3% russian_hgdp_25 + 32.7% utahn-white_hapmap_18"             
 [7,] "34% n-european_xing_25 + 66% russian_hgdp_25"                     
 [8,] "83.7% russian_hgdp_25 + 16.3% spaniard_1000genomes_98"           
 [9,] "22.8% french_hgdp_28 + 77.2% russian_hgdp_25"                     
[10,] "83.4% russian_hgdp_25 + 16.6% spaniard_behar_12"