База полных сиквенсов (мито)

Valery · 07 августа 2011, 14:22:20

Кто-то нам вредит. Удалили линк на нашу базу который я поместил здесь:

http://en.wikipedia.org/wiki/Human_mitochondrial_DNA_haplogroup

Страница правок для 87.30.240.41

Цитировать14:53, 24 July 2011 (diff | hist) Human mitochondrial DNA haplogroup ‎ (→External links: remove company link)
18:16, 17 November 2010 (diff | hist) Tural Jalilov ‎
17:37, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Team statistics)
17:26, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Team statistics)
17:21, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Head coaches)
17:17, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Recent results)
17:00, 17 November 2010 (diff | hist) Azerbaijan national football team ‎ (→Forthcoming fixtures)
16:18, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Protestant Churches in the Netherlands)
16:15, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Islam)
16:13, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Protestant Churches in the Netherlands)
16:12, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎ (→Roman Catholicism)
15:56, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands ‎
15:51, 2 February 2007 (diff | hist) Roman Catholicism in the Netherlands ‎
15:48, 2 February 2007 (diff | hist) Protestant Church in the Netherlands ‎ (membrshipdata used source : Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid)
15:44, 2 February 2007 (diff | hist) Religion in the Netherlands

У меня даже есть смутные подозрения кто это мог быть ) Хотя мы и достигли соглашения о разделе влияния

Вопрос участникам осведомленным о правилах Вики: в каких случаях company link считается рекламным (и подлежит удалению) а в каких - нет?

Sergey Lutak · 08 августа 2011, 17:49:12

Валерий, а в отношение H1b какой возраст более реальный:

Age Full (Years) = 10619.0395 +/- 3394.8165
Age Coding (Years) = 11245.9755 +/- 4372.8321
Age Synonymous (Years) = 3290.2820 +/- 1243.2440
?

А то разница между мин и макс - больше чем в 3 раза.

Mich Glitch · 08 августа 2011, 17:52:51

Цитата: Valery от 07 августа 2011, 14:22:20
Кто-то нам вредит. Удалили линк на нашу базу который я поместил здесь:

Блин, ну что за люди! $:-\$

ankr21 · 31 января 2016, 17:57:42

Вопрос криминальный. Почему в митопроектах скрывают CODING REGION DIFFERENCES? Я переписываюсь с кузенами по мито. Многие шлют свои FASTAфайлы. Могу я на форуме обнародовать дерево, построенное на основе этих файлов? Чем это может грозить? Имею ввиду тех кого нет в Генбанке.

ankr21 · 14 июня 2016, 11:53:48

Освежу тему. И еще раз спрошу: есть ли у Yfull или ещё у кого интерес построить дерево по mitoDNA типа YTree? Все существующие деревья не обновляются очень давно.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
http://mtdna.gentis.ru/

Может имеет смысл начать коллекционировать и интерпретировать FASTA файлы с составлением дерева за символическую плату скажем в 3-5$. Обработка их не очень сложная. С возрастом там проблема. Но можно и без цыфер. Тупо кто к кому ближе по мутациям.

Шад · 14 июня 2016, 12:51:39

Цитата: ankr21 от 14 июня 2016, 11:53:48
Освежу тему. И еще раз спрошу: есть ли у Yfull или ещё у кого интерес построить дерево по mitoDNA типа YTree? Все существующие деревья не обновляются очень давно.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
http://mtdna.gentis.ru/

Может имеет смысл начать коллекционировать и интерпретировать FASTA файлы с составлением дерева за символическую плату скажем в 3-5$. Обработка их не очень сложная. С возрастом там проблема. Но можно и без цыфер. Тупо кто к кому ближе по мутациям.

Уже вроде бы отвечали - что мито не входит в их приоритеты, так как нельзя объять необъятное.
Базы вроде бы обновляются. Сейчас поищу пример на форуме, из того, что я публиковал.

Шад · 14 июня 2016, 12:56:13

Вот например база от Ian Logan - основанная на данных Genbank
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/j1c_genbank_sequences.htm
Последнее обновлением - 2016 год

ankr21 · 14 июня 2016, 13:55:51

Цитата: Шад от 14 июня 2016, 12:56:13
Вот например база от Ian Logan - основанная на данных Genbank
http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/j1c_genbank_sequences.htm
Последнее обновлением - 2016 год

Да, знаю эту базу. На материалах ГенБанка и открытых ресурсов OpenSNP. Но это не дерево.
В YFull заявлено на страничке: MtDNA (rCRS and RSRS) optionaly. То есть теоретически с мито они работают.
Я пытался по своей митогруппе U3b что-то состряпать. Можно найти в соответствующей ветке форума. Но не все хотят делится не пойми с кем своими FASTA файлами. В другие группы не углублялся.

пенелопа · 14 июня 2016, 14:28:46

Цитата: ankr21 от 14 июня 2016, 13:55:51
В YFull заявлено на страничке: MtDNA (rCRS and RSRS) optionaly. То есть теоретически с мито они работают.

Работали, когда мито в Биг игрек входило.

ЦитироватьУже вроде бы отвечали - что мито не входит в их приоритеты, так как нельзя объять необъятное.

Да, тоже помню

AlexanderK · 06 июля 2016, 19:39:41

У меня у отца Mt H79 - а в этой базе её вообще нет

ankr21 · 02 мая 2018, 07:31:43

Дерево митоДНК подсыхает.

Нет обновления аж с февраля 2016.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm
Я все не мониторю, но вижу новые веточки и по гаплогруппе U3b и по H.
По H очень интересная веточка вырисовывается с локализацией во Владимирской области.

Valery · 18 мая 2018, 18:03:05

Цитата: ankr21 от 02 мая 2018, 07:31:43
Дерево митоДНК подсыхает.
Нет обновления аж с февраля 2016.
http://www.phylotree.org/tree/index.htm

Для Манниса проект Файлотри - не первой важности
В феврале прошлого года, когда мы виделись в Йене, он говорил что намерен продолжать, но ит депендз, ессно

Я забросил свой еще раньше, и пока не будет финансирования, не намерен продолжать. Есть более срочные дела, по кооторым надо успевать и отчитываться.

Реально хорошо живет и остается на плаву только проект EMPOP, тк его поддерживает европейская ассоциация судебного генотипирования. Практически все в теме мтднк сейчас крутится вокруг него. Но это и раньше было очевидно, впрочем.

Francois · 18 мая 2018, 21:16:14

Цитата: Valery от 18 мая 2018, 18:03:05
Реально хорошо живет и остается на плаву только проект EMPOP

Разве лучше чем Genbank ? У Genbank база данных больше.

Valery · 18 мая 2018, 22:53:50

Цитата: Francois от 18 мая 2018, 21:16:14
Разве лучше чем Genbank ? У Genbank база данных больше.

ну это сущности еще более разного порядка, чем вилка и ложка )) да, как Газпром vs ИП )))

Генбанк - существующая с 80х база, финансируемая, как часть ncbi, правительством США, и предназначенная для хранения и систематизации данных сиквенсов и белков, встроенных программных средств итп. От любых видов животных и растений.

EMPOP - небольшой судебный проект по созданию референсных данных человеческой мтднк высокого качества. Задает в настоящее время стандарты типирования и поиска ошибок. EMPOP занимается ТОЛЬКО людьми. Как и Генбанк, принимает сабмишны от исследователей. Проект не государственный.

Генбанк занимается огромным количеством вещей и никакие частные стандарты типирования мт его вообще не интересуют. А EMPOP аккурат специализируется на рутинных и нерутинных ошибках в вопросах мт.

Valery · 18 мая 2018, 22:59:53

а что касается размера базы, то здесь сравнение малоперспективно, тк Генбанк это фактически помойка любых данных, кто-то там насеквенировал невесть чего и вывалил. Все проекты, интересующиеся какими-то частными вопросами по той или иной хромосоме или группе генов, имеют свои базы, которые с точки зрения их узкого интереса значительно превосходят Генбанк. Скажем, до 2013, пока я собирал базу мт, то регулярно высасывал все новинки из Генбанка и - еще больше - из статей, данные которых авторы не сабмиттили в генбанк. Если по полным сиквенсам мт Генбанк более-менее представителен, о по частичным - нет, ни разу. И программные его возможности - откровенно неудобны.