База полных сиквенсов (мито)

[I2a1a]

переписанный с плюсов на sql

Отличный пример портинга.

[JaG]

А господа van Oven и Logan упустили единственный сиквенс H5'36 (GQ983078), у которого нет 16304С, и поместили, вслед за авторами Santoro 2010, в Н5.

[Valery]

А господа van Oven и Logan упустили единственный сиквенс H5'36 (GQ983078), у которого нет 16304С, и поместили, вслед за авторами Santoro 2010, в Н5.

я совершенно не исключаю, что он и есть H5, просто потерял 16304. Это мы узнаем только когда найдутся близкородственные типы с такими же приватными мутациями, и наличие/отсутствие у них 16304 может склонить чашу весов туда или сюда.

[JaG]

А насколько правомерно тогда объединять Н5 и Н36 в одну парагруппу, если единственный возможный кандидат H5'36, таковым не признается? Т.е. Н36 может оказаться подгруппой Н5, или вообще отдельной, а H5'36 - фикцией?  Кроме общей мутации, каковы критерии для их объединения в H5'36?

[Аббат Бузони]

Валер, дама с мито H23 удивлена, что сие означает?

H21    H    1    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000
H23    H    6    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

[Valery]

А насколько правомерно тогда объединять Н5 и Н36 в одну парагруппу, если единственный возможный кандидат H5'36, таковым не признается? Т.е. Н36 может оказаться подгруппой Н5, или вообще отдельной, а H5'36 - фикцией?  Кроме общей мутации, каковы критерии для их объединения в H5'36?

Критерий - общая мутация на 456, которая в принципе могла вскочить и независимо у двух известных ветвей. Но тупые принципы парсимонии требуют навести порядок, вот и выделяют.

[Valery]

Валер, дама с мито H23 удивлена, что сие означает?

H21    H    1    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000
H23    H    6    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

Значит все полные сиквенсы H21 (как и H23) идентичны или различаются только мутациями которые я игнорирую при подсчете возраста. Конечно он не 0 но исходя из имеющихся данных его подсчитать нельзя.

[VVR]

А можно подробней о разных вариантах Age.

[Valery]

Full - по всем субституциям (то есть транзициям и трансверсиям но не инсерциям и не делециям)

Coding - по мутациям в генах

Synonymous - по синонимическим мутациям в белковых генах, то есть таким, которые не меняют аминокислоту. Считается лучшим средством, хотя нередко дает менее правдоподобные результаты чем Full.

[Аббат Бузони]

Валер, а можно узнать географию по этим сиквенсам:

H16    H    17    1.8824 +/- 0.5128    6292.8632 +/- 1714.2904    1.4118 +/- 0.4779    7294.7706 +/- 2469.3093    1.0588 +/- 0.4556    8459.8120 +/- 3640.2440
H16a    H16    5    0.6000 +/- 0.4472    2005.8000 +/- 1494.9896    0.6000 +/- 0.4472    3100.2000 +/- 2310.6824    0.4000 +/- 0.4000    3196.0000 +/- 3196.0000
H16b    H16    5    0.8000 +/- 0.4000    2674.4000 +/- 1337.2000    0.2000 +/- 0.2000    1033.4000 +/- 1033.4000    0.0000 +/- 0.0000    0.0000 +/- 0.0000

[Valery]

А самому посмотреть что написано на страничках? По полным больше чем в этой базе у меня нет ничего. По частичным - такие гаплогруппы не выделить. Саш, это предназначено в первую очередь для тех кто имеет FGS и хочет увидеть кто к нему ближе.

[Аббат Бузони]

А самому посмотреть что написано на страничках? По полным больше чем в этой базе у меня нет ничего. По частичным - такие гаплогруппы не выделить. Саш, это предназначено в первую очередь для тех кто имеет FGS и хочет увидеть кто к нему ближе.

На каких страничках?

[Valery]

На страничках таксонов. См Indices и ниже

[Mich Glitch]

Прекрасная база!

[Аббат Бузони]

Валер, эти работы у тебя есть?

1) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14760490
2) Pope 2011    A. M. Pope, S. M. Carr, K. N. Smith, and H. D. Marshall    Mitogenomic and microsatellite variation in descendants of the founder population of Newfoundland: high genetic diversity in an historically isolated population    Genome 54(2): 110–119, 2011.