YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Древ]

Вот это явно больше не работает, выше в топике несколько примеров есть - и отмечены как аДНК и возраст есть, а все равно рисует результаты будто для современных

Надеюсь, Семаргл прояснит вопрос. Просто, если это не более чем недосмотр, пусть обозначит коридор, как где и в какой форме про такие ситуации писать. Мы же поможем!

[Tora_sama]

Татьяне писал уже, но обратной связи не было, на всякий случай продублирую ещё и здесь.
1)Просьба добавить данные мито образцы дДНК из статьи "Early medieval genetic data from Ural region evaluated in the light of archaeological evidence of ancient Hungarians" на древо.
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB39054
2)И ещё дДНК мито из статьи The arrival of Siberian ancestry connecting the Eastern Baltic to Uralic speakers further east
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB31893
Интересует только мито, судя по файлам его без проблем можно будет добавить на мито древо)

[Semargl]

Татьяне писал уже, но обратной связи не было, на всякий случай продублирую ещё и здесь.
1)Просьба добавить данные мито образцы дДНК из статьи "Early medieval genetic data from Ural region evaluated in the light of archaeological evidence of ancient Hungarians" на древо.
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB39054
2)И ещё дДНК мито из статьи The arrival of Siberian ancestry connecting the Eastern Baltic to Uralic speakers further east
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB31893
Интересует только мито, судя по файлам его без проблем можно будет добавить на мито древо)

В последнее время вы часто обращались в службу поддержки с запросами по древней ДНК. Мы не можем быстро всё обработать, особенно когда нужно проверять исходные данные и искать информацию по образцам в статьях.

В последнем запросе вы попросили добавить сразу 101 древний образец. Это потому, что среди них есть несколько интересных для вас.

Мы решаем вопросы по очереди и с учётом приоритетов. Древняя мтДНК не в приоритете. Так что подождите ответа.

Мы могли бы быстрее всё сделать, если бы вы выбрали несколько интересных образцов и прислали ссылки на них в табличном формате. И всю информацию из статьи: датировку, культуру, географию и всё такое. И чтобы ссылки были именно на статью, а не на что-то из интернета.

[Tora_sama]

Спасибо за ответ, вот то, что там не одна страница с образцами я и не заметил....Я то думал и там и там 10 образцов всего...
Интересуют следующие образцы:
Образцы из статьи Early medieval genetic data from Ural region evaluated in the light of archaeological evidence of ancient Hungarians, Россия Удмуртия, 6-8 века нашей эры.
Sukhoy1   Szuhoj Log86   1987/86   Late Nevolino Culture   Sukhoy Log   Cis-Ural, Russia   57.1319   51.52164   7-8th   652-765 cal AD, 1326±23, DeA16587   female                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
Sukhoy5   Szuhoj Log111   111   Late Nevolino Culture   Sukhoy Log   Cis-Ural, Russia   57.1319   51.52164   7-8th   668-770calAD, 1286±24, DeA16586   female               
1) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA7016582  Sukhoy1
2) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA7016586  Sukhoy5
Обрезцы из статьи The arrival of Siberian ancestry connecting the Eastern Baltic to Uralic speakers further east,  Россия Ленинградская область, 1-3 века,
3) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA5538281 VII16
4) https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA5538252 V16 (нужный образец называется V16, но в базе их 2 штуки, скорее всего именно этот с H1b2)
Выделил нужные образцы.

[Vicand]

Будет ли синхронизация с новым FTDNA mtTree ?
Например у меня сначала они перевели в H1h1d, потом удалили эту ветвь и создали новую H1tx1.
H1tx1  G7013A
H1tx1  G11914A!
H1tx    G15737A

Filtered Variants
The following variants were not considered for phylogenetic reconstruction and are therefore excluded from the tree:
SNP positions: 309, 310, 523, 524, 573, 574, 576, 3107, 16093, 16182, 16183

[Semargl]

Будет ли синхронизация с новым FTDNA mtTree ?

Каким образом? Не видно возможных вариантов для синхронизации. Тем более имена берутся порядковые по мере нахождения ветвей, не по имени снипа.

Например у меня сначала они перевели в H1h1d, потом удалили эту ветвь и создали новую H1tx1.
H1tx1  G7013A
H1tx1  G11914A!
H1tx    G15737A

Этот вопрос вероятно стоит задать в FTDNA? Понятия не имею что там у них с субкладами. Вижу только что многие ветви "гуляют" и некоторые ошибки. Что касается вопросов непосредственно дерева YFull, то пишите в саппорт, наши специалисты ответят на вопросы.

[nilogov]

Будет ли синхронизация с новым FTDNA mtTree ?

Каким образом? Не видно возможных вариантов для синхронизации. Тем более имена берутся порядковые по мере нахождения ветвей, не по имени снипа.

Например у меня сначала они перевели в H1h1d, потом удалили эту ветвь и создали новую H1tx1.
H1tx1  G7013A
H1tx1  G11914A!
H1tx    G15737A

Этот вопрос вероятно стоит задать в FTDNA? Понятия не имею что там у них с субкладами. Вижу только что многие ветви "гуляют" и некоторые ошибки. Что касается вопросов непосредственно дерева YFull, то пишите в саппорт, наши специалисты ответят на вопросы.

А где можно почитать, как вообще происходит номинация по мито? С игреком все прозрачно, а тут - темный лес.

[Semargl]

А где можно почитать, как вообще происходит номинация по мито? С игреком все прозрачно, а тут - темный лес.

Есть H1h1. Нашли в ней первый субклад, назвали по порядку H1h1a. Нашли второй назвали H1h1b и т.д.
В H1h1b нашли первый субклад, назвали H1h1b1. Нашли второй назвали H1h1b2. И тд.

Отсюда проблема. Если два независимых исследователя находят новый субклад, то название может весьма сильно отличаться в зависимости от того в каком порядке и когда эти исследователи нашли субклад.
YFull максимально сохраняет нумерацию phylotree. Как основу.

[nilogov]

А где можно почитать, как вообще происходит номинация по мито? С игреком все прозрачно, а тут - темный лес.

Есть H1h1. Нашли в ней первый субклад, назвали по порядку H1h1a. Нашли второй назвали H1h1b и т.д.
В H1h1b нашли первый субклад, назвали H1h1b1. Нашли второй назвали H1h1b2. И тд.

Отсюда проблема. Если два независимых исследователя находят новый субклад, то название может весьма сильно отличаться в зависимости от того в каком порядке и когда эти исследователи нашли субклад.
YFull максимально сохраняет нумерацию phylotree. Как основу.

Я имел в виду не саму нумерацию - а логику выбора мутаций при такой нумерации.

[Vicand]

А где можно почитать, как вообще происходит номинация по мито? С игреком все прозрачно, а тут - темный лес.

Есть H1h1. Нашли в ней первый субклад, назвали по порядку H1h1a. Нашли второй назвали H1h1b и т.д.
В H1h1b нашли первый субклад, назвали H1h1b1. Нашли второй назвали H1h1b2. И тд.

Отсюда проблема. Если два независимых исследователя находят новый субклад, то название может весьма сильно отличаться в зависимости от того в каком порядке и когда эти исследователи нашли субклад.
YFull максимально сохраняет нумерацию phylotree. Как основу.

Проблема в том, что у меня сначала наши H1h1.  На Yfull расширили до H1h1d.
Но сейчас FTDNA делает новое дерево и они решили, что я не H1h1, а H1tx.  Но сначала дали H1h1d, потом удалили эту ветвь.
Ветвь H1tx    теперь  формирует SNP G15737A, который на Yfull обозначен, как приватный в ветви H1h1d.
Ветвь H1tx  это не продолжение H1h1. 
Как на это смотрит Yfull?

[Semargl]

Есть H1h1. Нашли в ней первый субклад, назвали по порядку H1h1a. Нашли второй назвали H1h1b и т.д.
В H1h1b нашли первый субклад, назвали H1h1b1. Нашли второй назвали H1h1b2. И тд.

Отсюда проблема. Если два независимых исследователя находят новый субклад, то название может весьма сильно отличаться в зависимости от того в каком порядке и когда эти исследователи нашли субклад.
YFull максимально сохраняет нумерацию phylotree. Как основу.

Проблема в том, что у меня сначала наши H1h1.  На Yfull расширили до H1h1d.
Но сейчас FTDNA делает новое дерево и они решили, что я не H1h1, а H1tx.  Но сначала дали H1h1d, потом удалили эту ветвь.
Ветвь H1tx    теперь  формирует SNP G15737A, который на Yfull обозначен, как приватный в ветви H1h1d.
Ветвь H1tx  это не продолжение H1h1. 
Как на это смотрит Yfull?

Весьма интересно, если вы не ошибаетесь. Смотрим филотрее https://www.phylotree.org/tree/R0.htm
Видим что изначально было всего два субклада H1h1 и H1h2.
H1h1d - это название субклада данное YFull много лет назад. В FTDNA по идее не могли вас поместить в субклад названный YFull, слишком странное совпадение, только если в FTDNA взяли за основу мито дерево YFull и далее переименовали названия субкладов.

[Vicand]

Есть H1h1. Нашли в ней первый субклад, назвали по порядку H1h1a. Нашли второй назвали H1h1b и т.д.
В H1h1b нашли первый субклад, назвали H1h1b1. Нашли второй назвали H1h1b2. И тд.

Отсюда проблема. Если два независимых исследователя находят новый субклад, то название может весьма сильно отличаться в зависимости от того в каком порядке и когда эти исследователи нашли субклад.
YFull максимально сохраняет нумерацию phylotree. Как основу.

Проблема в том, что у меня сначала наши H1h1.  На Yfull расширили до H1h1d.
Но сейчас FTDNA делает новое дерево и они решили, что я не H1h1, а H1tx.  Но сначала дали H1h1d, потом удалили эту ветвь.
Ветвь H1tx    теперь  формирует SNP G15737A, который на Yfull обозначен, как приватный в ветви H1h1d.
Ветвь H1tx  это не продолжение H1h1. 
Как на это смотрит Yfull?

Весьма интересно, если вы не ошибаетесь. Смотрим филотрее https://www.phylotree.org/tree/R0.htm
Видим что изначально было всего два субклада H1h1 и H1h2.
H1h1d - это название субклада данное YFull много лет назад. В FTDNA по идее не могли вас поместить в субклад названный YFull, слишком странное совпадение, только если в FTDNA взяли за основу мито дерево YFull и далее переименовали названия субкладов.

Мне это показалось странным. Пока это в статусе БЕТА.  Может еще поменяют.