YFULL.com - Интерпретация вашего полного сиквенса mtDNA

[Mikl1984]

Насколько достоверно предсказание H1c, сделанное Genotek на основе чипа 23andMe? Есть ли смысл заказывать mtFull Sequence в FTDNA (апгрейд) для окончательного сравнения, или предсказанный H1c можно принимать за истину?

Всегда имеет смысл проверить на нескольких ресурсах
Загрузитесь на https://www.theytree.com/  https://dna.jameslick.com/mthap/mthap.cgi  https://mtcladefinder.yseq.net/

[nickname]

https://www.yfull.com/mtree/H/
у кого-нибудь открывается?

другие ветки, включая вложенные в H, медленно но открываются нормально https://www.yfull.com/mtree/H1c/

[Mikl1984]

www.yfull.com/mtree/H/
у кого-нибудь открывается?

другие ветки, включая вложенные в H, медленно но открываются

У меня это с конца декабря, как мне дали терминалку
Слишком много образцов пытаются загрузить

[B827656]

https://www.yfull.com/mtree/H/
у кого-нибудь открывается?

другие ветки, включая вложенные в H, медленно но открываются нормально https://www.yfull.com/mtree/H1c/

Проверил, все так и есть. Н не открывается, а Н1с работает

[gecube_ru]

Я знаю как это поправить надо
Но сомневаюсь, что авторы сайта открыты к тех доработкам и рекомендациям третьих лиц

По сути то - все содержимое Yfull - это статика, которая обновляется раз в месяц
А ощущение, что там все страницы генерируются динамически из содержимого бд.
Вот тебе и нагрузка.
Я бы сделал как - генерировал статические страницы с контентом, где это возможно (может кроме live дерева и там, где это реально надо) - остальное тащил из базы. Глядишь, и нагрузка на сервера подупала и окупаемость проекта выросла.

Кстати, я для себя вообще открыл, что некоторые коллеги из Венгрии застряли в 90х - даже не знают, что есть бесплатные сертификаты let’s encrypt, и все еще хостятся на шареных веб хостингах. Ну, так им понятнее, и удобнее. Не осуждаю. Но сложно согласиться, что в 2026 это все еще правильно.

[Mikl1984]

У обновлений мито дерева совершенно другой принцип, по сравнению с Y
Оно обновляется после загрузки даже одного образца
Версия дерева меняется несколько раз в неделю

Но это не отменяет предложенные пути для ускорения загрузки
Похоже сайтом никто не занимался последние 5 лет

[gecube_ru]

Оно обновляется после загрузки даже одного образца

Да ващпе пофиг.
Лично для себя надо ответить на вопрос
- есть ли ценность в обновлении после каждого нового образца?
- Как часто это происходит (ну, явно не каждые пять минут)?
- приемлемо ли, если генерация обновлений будет происходить по пакетной задаче, например, раз в сутки ?
- какова оценка вычислительной сложности предгенерации страниц ?

[Mikl1984]

В моей группе https://www.yfull.com/mtree/H2a1f4/ сделали заготовку под нижестоящий уклад H2a1f4a G35A, но не переместили туда 2 образца, которые уже находятся там в ftdna
1.02.23887 (09 Март 2026)
История тут https://forum.molgen.org/index.php/topic,3839.msg629028.html#msg629028
О пользе достучаться до одноукладника
Он вспомнил, что не загрузил еще одно мито

[Mikl1984]

Сегодня переместили соседей в свой уклад
1.02.23889 (11 Март 2026)

Также жену и тещу https://www.yfull.com/mtree/D5a3a1a/ в D5a3a1a1
Только снип совсем другой под этим субкладом у ftdna  https://discover.familytreedna.com/mtdna/D5a3a1a1/scientific?section=variants , но похоже всем пофиг

[Mikl1984]

Речь идет об образце с мито H2a1f4*? Позиция 9101? Там же все просто, никакой ошибки нет. И как я понимаю, вам это объяснили. Зачем тогда вводите людей в заблуждение?

А что не в теме?
https://forum.molgen.org/index.php/topic,11729.msg627593.html#msg627593

По 9101 все прояснили уже
WGSE и mitoverse против вас
А вот про мусор на выходе только в вашем pipeline напишу как-нибудь подробнее, может при следующих своих загрузках
В планах обсудить это в FB при запуске нового релиза WGSE сначала
Юля от него отмахнулась

Что касается позиций 309–315, это контрольный регион мтДНК.
В этом участке:присутствуют повторы и инделы,
разные пайплайны могут по-разному выполнять выравнивание и запись мутаций,
из-за чего возможны различия в FASTA.
При этом важно, что варианты в позициях 309–315 согласно Phylotree не
используются при построении филогенетического дерева, поэтому различия в
их записи не влияют на гаплогруппную классификацию и не имеют
принципиального значения для интерпретации результата.

[Semargl]

По 9101 все прояснили уже
WGSE и mitoverse против вас

Вы любите считать всякую статистику и тд. Возьмите свой BAM/CRAM и откройте его в IGV или samtools. Посчитайте количество аллелей в позиции 9101. Сделайте СВОЙ вывод, а не с чьих-то слов.