Получил группу N1

[Farroukh]

Глубже чем N-Z1928 сказать не берусь.

[Юрий Караваев]

Приветствую и прошу рекомендаций по следующим шагам. Получил полногеномный тест от "Атласа". Результат по Y: N1a1a1a1a2...
Скачал файл 8,5 Гб в формате VCF с расчетом. Владею документами родословной своей мужской линии до 1600 г. Вятка

[NathanS]

Приветствую и прошу рекомендаций по следующим шагам. Получил полногеномный тест от "Атласа". Результат по Y: N1a1a1a1a2...
Скачал файл 8,5 Гб в формате VCF с расчетом. Владею документами родословной своей мужской линии до 1600 г. Вятка

BAM-файл они выдают? Можете проанализировать в Yfull https://yfull.com/. Тогда поточнее определится ваш субклад.

[Юрий Караваев]

Еще предлагают "сырой" файл с результатами секвенирования, необработанный. Он весит до 90 Гб. Разрешение FASTQ.

[NathanS]

Еще предлагают "сырой" файл с результатами секвенирования, необработанный. Он весит до 90 Гб. Разрешение FASTQ.

FASTQ-файлы полезно иметь так как референсный геном иногда меняется и можно сырые данные обработать по последний эталон. Если сами не умеете выравнивать, то можно за 25$ заказать в YSEQ: https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=29_32&products_id=107732&osCsid=a45f340fee5d866f5043ab6389a167ce Они выровняют по последний геном и выдадут файлы для загрузки на YFull - Y-хромосому и FASTA для мито-ДНК (тоже можно залить в YFull, входит в комплект анализа Y-хромосомы). Также выдают файл с аутосомами по формату 23andme и можно залить на MyHeritage и FamilyTreeDNA для поиска совпаденцев. FamilyTreeDNA: https://www.familytreedna.com/autosomal-transfer

UPD: N1a1a1a1a2 - это N-Z1936, 4100-4600 лет назад. Дерево на Yfull: https://www.yfull.com/tree/N-Z1936/

Финно-Пермская группа https://www.nature.com/articles/s41598-019-53105-5

Three Conqueror samples belonged to Hg N1a1a1a1a2-Z1936, the Finno-Permic N1a branch, being most frequent among northeastern European Saami, Finns, Karelians, as well as Komis, Volga Tatars and Bashkirs of the Volga-Ural region. Nevertheless this Hg is also present with lower frequency among Karanogays, Siberian Nenets, Khantys, Mansis, Dolgans, Nganasans, and Siberian Tatars22.

У кого еще распространена https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_N-M231:

N1a1a1a1a2-Z1936,CTS10082　Found with high frequency among Finns, Vepsa, Karelians, Swedish Saami, northwestern Russians, Bashkirs, and Volga Tatars, moderate frequency among other Russians, Komis, Nenetses, Ob-Ugrians, Dolgans, and Siberian Tatars, and low frequency among Mordva, Nganasans, Chuvashes, Estonians, Latvians, Ukrainians, and Karanogays[3]

Вполне укладывается в вашу генеалогию. На дереве Yfull есть несколько результатов с Кировской области.
Полные геномы дороговаты для большинства. Если хотите поискать совпаденцев, то рекомендую приглядется к тестам Y-DNA37 или Y-DNA111 в FamilyTreeDNA: https://www.familytreedna.com/products/y-dna Эти тесты подешевле и их чаще делают. Можете потом промотивировать совпаденцев апгрейдится до полного генома или до BigY-700 (если, конечно, совпаденцы будут).

[PL]

Здравствуйте, уважаемые форумчане.
Помогите определить гаплогруппу.
FamilyTree Y-DNA 67 показал также, как и 37 маркерный тест только рутовую группу N-M231, но предположил, что N1c1 (N1a1 по-новому)





При этом сторонний предиктор выдал вот такой результат:





Совпал по 12 маркерам с Корибут - Воронецким




Совпал с северными балтами.




FamiliTree показал в матчах также одного Рюриковича, у которого, почему-то, тоже N-M231 после 67 маркеров.


Я понимаю, что имею гаплотип Рюриковичей, мне хотелось бы понять какая гаплогруппа -  N-Y5003 или N-18421? И можно ли вообще доверять результатам предиктора.
И какие шаги можно предпринять дальше.  Есть ли смысл делать YDNA111, а потом BigY? Или лучше сделать снипы? Если снипы то сколько и какие?

[DELTA]

По гаплотипу на 68% прогнозируется N-Y5003, а Рюриковичи на параллельной ветке от N-VL29 http://www.kolumbus.fi/geodun/YDNA/SNP-N-TREE-FIN.jpg
В итоге делать надо Big-Y, так как дальше N-Y5003 по маркерам вряд ли продвинетесь, а снипы отдельно заказывать нет смысла, так как за положительным снипом у Вас будет желание узнать следующую ветвь и последующую ветвь, так что надо сразу брать Big-Y.

[Val_Metov]

Номер кита какой? И в каком проекте он есть?

[PL]

По гаплотипу на 68% прогнозируется N-Y5003, а Рюриковичи на параллельной ветке от N-VL29 http://www.kolumbus.fi/geodun/YDNA/SNP-N-TREE-FIN.jpg
В итоге делать надо Big-Y, так как дальше N-Y5003 по маркерам вряд ли продвинетесь, а снипы отдельно заказывать нет смысла, так как за положительным снипом у Вас будет желание узнать следующую ветвь и последующую ветвь, так что надо сразу брать Big-Y.

Ох, какое классное и подробное деревце!
Спасибо! Я пока склоняюсь к Y-DNA 111 и в перспективе к Big-Y. Очень надеюсь, что 111 маркеров позволят уточнить гаплогруппу хотя бы на пару веток вперед. А там наверняка новые вопросы вылезут.

Что касается Рюриковичей, я брал материал вот из этой статьи: http://haplogroup.narod.ru/rurik.html

" Отличительной особенностью «скандинавской» ветви среди других  N1c1 является значение маркеров DYS390=23 (совпадает), DYS19=14(совпадает), DYS459a,b= 9 9 (у меня 10-10), DYS464a,b,c,d = 14 14 15 15 (у меня 14-15-15-15, в примечании указано, что значение = 14,3 нормализован до 15, дважды, т.е. видимо речь может идти про 14 - 14,3 -14,3 -15, как-то так возможно), DYS442=14, редко  13 (совпадает) или 15, DYS537 = 8 (совпадает). Практически все гаплотипы с этими значениями маркёров (за редким исключением) принадлежат к субкладу N1c1d1 (N-L550)."






Оттуда же:

"200703 Korybut Woroniecki
14-23-14-11-11-13-11-12-10-13-14-29-18-9-9-11-12-25-14-19-28-14-14-15-15-11-11-18-20-14-15-20-19-34-34-15-10-11-8-15-18-8-8-10-8-11-10-12-20-22-14-10-12-12-17-7-13-21-21-15-12-12-10-11-11-12-11

Несмотря на то, что большинство исследователей считали и считают Корибут-Воронецких потомками Гедимина, гаплотип представителя этого рода недвусмысленно указывает на общее происхождение с Рюриковичами N1c1, и на особую близость к линии Пузыны".

С ним совпал на 12 первых маркеров, на картинке в первом посте. Корибут-Воренецкий с Пузыной указаны в проекте Рюриковичей на FamilyTree.

[PL]

Номер кита какой? И в каком проекте он есть?

Есть в проектах RurikidDynasty, Lituania Propria, N North Eurasia, Russian Nobility и Polish.

[Val_Metov]

http://prntscr.com/112c8du
https://www.yfull.com/tree/N-Y13850/
Вы его наверное и так видели. Там не 100% конечно. Соседние результаты в других ветках.

Снип тесты себе делать особого смысла не вижу. Лучше накопить и полный геном или BigY. Если других тестировать другое дело, тогда смысл может быть.


С Трепаковым почти все медленные маркеры совпадают, как и все самые медленные. Вероятность того что Y13138+ очень высока.
А вот ниже сложнее
http://prntscr.com/112ch2o


Если сравнить только с теми у кого Y13138+ (+Yseq результаты)
Y12
http://prntscr.com/112cqkr
Y37
http://prntscr.com/112cruq
На y37 сложно определиться N-L1034 или N-L1032

Y67 Трепакова
http://prntscr.com/112cue3
N-L1034+ скорее всего.

У вас с Трепаковым в любом случае будет отдельная ветка. У обоих мало совпадений близких.

[DELTA]

Ох, какое классное и подробное деревце!
Спасибо! Я пока склоняюсь к Y-DNA 111 и в перспективе к Big-Y. Очень надеюсь, что 111 маркеров позволят уточнить гаплогруппу хотя бы на пару веток вперед. А там наверняка новые вопросы вылезут....

Увеличение маркеров на текущем прогнозном уровне N-Y5003 https://www.yfull.com/tree/N-Y5003/ вряд ли помогут продвинуться дальше по ветвям, дальше лишь Big-Y покажет крайнюю известную ветвь.
Вариант с Рюриковичами и даже (N-L550) не прогнозируется предиктором.
Прогноз это некая вероятность, окончательный результат будет после Big-Y.


Модераторам, перенесите дискуссию в профильную тему.

[PL]

Ох, какое классное и подробное деревце!
Спасибо! Я пока склоняюсь к Y-DNA 111 и в перспективе к Big-Y. Очень надеюсь, что 111 маркеров позволят уточнить гаплогруппу хотя бы на пару веток вперед. А там наверняка новые вопросы вылезут....

Увеличение маркеров на текущем прогнозном уровне N-Y5003 https://www.yfull.com/tree/N-Y5003/ вряд ли помогут продвинуться дальше по ветвям, дальше лишь Big-Y покажет крайнюю известную ветвь.
Вариант с Рюриковичами и даже (N-L550) не прогнозируется предиктором.
Прогноз это некая вероятность, окончательный результат будет после Big-Y.


Модераторам, перенесите дискуссию в профильную тему.

Т.е. вы полагаете предиктору nevgen вполне можно доверять?

п.с. Да, перенесите, пожалуйста, куда надо эту тему, я новичок, не очень ориентируюсь на форуме.

[DELTA]

Т.е. вы полагаете предиктору nevgen вполне можно доверять?

Предиктор дает вероятность на основании своей базы гаплотипов, обычно уровень в 70% можно считать доверительным.

[PL]

http://prntscr.com/112c8du
https://www.yfull.com/tree/N-Y13850/
Вы его наверное и так видели. Там не 100% конечно. Соседние результаты в других ветках.

Снип тесты себе делать особого смысла не вижу. Лучше накопить и полный геном или BigY. Если других тестировать другое дело, тогда смысл может быть.


С Трепаковым почти все медленные маркеры совпадают, как и все самые медленные. Вероятность того что Y13138+ очень высока.
А вот ниже сложнее
http://prntscr.com/112ch2o


Если сравнить только с теми у кого Y13138+ (+Yseq результаты)
Y12
http://prntscr.com/112cqkr
Y37
http://prntscr.com/112cruq
На y37 сложно определиться N-L1034 или N-L1032

Y67 Трепакова
http://prntscr.com/112cue3
N-L1034+ скорее всего.


У вас с Трепаковым в любом случае будет отдельная ветка. У обоих мало совпадений близких.

Да, Трепаков есть в совпаденцах. Он появился после 37 маркеров, после 67 генетическая дистанция увеличилась с 3 до 4.

https://ibb.co/HTKK2VT

Вы не могли бы в 2х словах подсказать, что можно и где почитать про быстрые и медленные маркеры для общего развития?