АвторТема: Способы учёта дупликаций и делиций палиндромных участков в филогении и в расчётах  (Прочитано 10002 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Nimissin, нашли ли вы какой-нибудь способ учета делиций и дупликаций в расчётах гаплогрупп N1c1 (они у нас есть) и N1b (они у них случаются)?
Уважаемый mouglley, конечно нашел. Все просто. Надо учитывать только независимые локусы. Для N1c1 из 67 маркеров возраст надо считать по 63-м независимым. Я еще советую выбрасывать из расчета CDYa,b. Остается 62 независимых маркера. Еще раз уточню - это только применительно к гаплотипам N1c1.

Если было всё так просто!

Если Вы посмотрите цветную табличку наверху, то увидите, что времы от времени у кого-то из N1c1 внезапно появляется вторая часть палиндрома.

А очень цветная она из-за того, что появляются эти дупликации в абсолютно разных кластерах.

То есть, где-то в N1c произошла мутация 13/19=>13/0.
А потом, и неоднократно, выскакивают то 13/0=>13/14, то 13/0=>13/12, а то и, вообще, 13/0=>13/13, которую без специального теста не отличишь от 13/13.

Далее, в DYS464 кроме стандартных значений, типа 13/13/14/14, которые на самом деле означают 13/14, можно видеть значения, типа 13/14/14/14 или 13/14/14/16.
Что могут значить они? Двойные дупликации? А вероятность таковых какова?

Далее, как Вам известно, в гаплогруппе N1b встречаются делиции, как, к примеру, у уважаемого Дара Исиды.
У него в табличке FTDNA указано 13/14/16, что на самом деле оэначает 13/14/16 (если я не ошибаюсь в порядке).

У других же N1b встречаются значения, типа 13/13/14/14.
Что это означает, делицию, аналогичную N1c1 или на самом деле здесь 4 участка.

Как все эти нюансы можно учесть в расчётах.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Если было всё так просто!

Если Вы посмотрите цветную табличку наверху, то увидите, что времы от времени у кого-то из N1c1 внезапно появляется вторая часть палиндрома.

А очень цветная она из-за того, что появляются эти дупликации в абсолютно разных кластерах.

То есть, где-то в N1c произошла мутация 13/19=>13/0.
А потом, и неоднократно, выскакивают то 13/0=>13/14, то 13/0=>13/12, а то и, вообще, 13/0=>13/13, которую без специального теста не отличишь от 13/13.

Далее, в DYS464 кроме стандартных значений, типа 13/13/14/14, которые на самом деле означают 13/14, можно видеть значения, типа 13/14/14/14 или 13/14/14/16.
Что могут значить они? Двойные дупликации? А вероятность таковых какова?

Далее, как Вам известно, в гаплогруппе N1b встречаются делиции, как, к примеру, у уважаемого Дара Исиды.
У него в табличке FTDNA указано 13/14/16, что на самом деле оэначает 13/14/16 (если я не ошибаюсь в порядке).

У других же N1b встречаются значения, типа 13/13/14/14.
Что это означает, делицию, аналогичную N1c1 или на самом деле здесь 4 участка.

Как все эти нюансы можно учесть в расчётах.
Согласен, уважаемый mouglley, не все так просто. К каждой генеалогии надо подходить индивидуально. Внутри отдельной генеалогии эффекты, о которых Вы говорите, как правило, одни и те же. На то она и генеалогия, объединяющая родственников. Основной принцип - учитывать независимые локусы, исключать повторные записи. Если же говорить о созданном Вами гигантском дереве всей гаплогруппы N1, то, боюсь, я не смогу ничего посоветовать. Тут уж Вам все карты в руки.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Можно огласить весь список этих маркеров?
Уважаемый Аббат Бузони, можно только в среднем. В некоторых гаплотипах N1c1 есть разные особенности, о которых говорит уважаемый mouglley. Но это отклонения от общего правила для N1c1. Как правило, повторные записи, - это 459b, 464b, 464d, CDYb.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.