АвторТема: Способы учёта дупликаций и делиций палиндромных участков в филогении и в расчётах  (Прочитано 10000 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
А у меня 464 15-15-15-15. То есть одна копия?

Вероятнее всего из 14-15 получилось 15-15. А ситуацию 15-15 в FTDNA детектируют как 15-15-15-15.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Надо бы подумать как закодировать состояния признака для филогении.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8444
  • Страна: ar
  • Рейтинг +957/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
А у меня 464 15-15-15-15. То есть одна копия?

Вероятнее всего из 14-15 получилось 15-15. А ситуацию 15-15 в FTDNA детектируют как 15-15-15-15.
Да мы давно так и считаем 14 14 15 15 -> 15 15 15 15 - одна мутация.
А вот есть такие 14 14 15 15 -> 14 15 15 15 - тоже одна мутация.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
У 119958 и 133144 нашли делицию P1/P2 в DYS464X

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Ежели у N1c1 обнаружена такая делиция, то будем поглядеть:
Всего 742 гаплотипа N1c1 с 67-ю маркерами.
В DYS464 Из них
5:
12/12/14//14 - 4 человек
12/13/14/14 - 1 человек
378:
13/13/13/13 - 6 человек
13/13/14/14 - 304 человек
13/13/14/15 - 1 человек
13/13/15/15 - 65 человек
13/14/15/15 - 1 человек
13/14/14/16 - 1 человек
304:
14/14/14/14 - 21 человек
14/14/15/15 - 267 человек
14/14/15/16 - 1 человек
14/14/16/16 - 6 человек
14/15/15/15 - 8 человек
14/15/16/16 - 1 человек
53:
15/15/15/15 - 51 человек
15/15/15/16 - 1 человек
15/15/16/16 - 1 человек
2:
16/16/16/16 - 1 человек
16/16/17/17 - 1 человек

Итого :
С DYS464a=b и c=d (12/12/14//14, 13/13/13/13, 13/13/14/14, 13/13/15/15, 14/14/14/14, 14/14/15/15, 14/14/16/16, 15/15/15/15, 15/15/16/16, 16/16/16/16, 16/16/17/17) 727 гаплотипов (98%):

Но что означают остальные DYS464 в 15 гаплотипах:
12/13/14/14 - 1 человек
13/13/14/15 - 1 человек
13/14/15/15 - 1 человек
13/14/14/16 - 1 человек
14/14/15/16 - 1 человек
14/15/15/15 - 8 человек
14/15/16/16 - 1 человек
15/15/15/16 - 1 человек

Есть ли на самом деле у них делиция?

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Или у части из этих 15-ти произошла в последствии дупликация?

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Как известно, у значительной части N1c1* наблюдаются делиции в маркерах DYS459a/b, DYS464a/b/c/d и CDYa/b.
Но есть гаплотипы, у которых эти делиции либо отсутствуют, либо у них произошла дупликация.
Но уж очень часто эти дупликации тогда наблюдаются.

В прилагаемой таблице приведена выборка из 760-ти 67-ми маркерных гаплотипов.
Различные цвета гаплотипов означают отнесение к различным кластерам N1c1*.

Что бы это значило?

Оффлайн ferrum lupus

  • Сообщений: 170
  • Рейтинг +15/-0
Как известно, у значительной части N1c1* наблюдаются делиции в маркерах DYS459a/b, DYS464a/b/c/d и CDYa/b.
Но есть гаплотипы, у которых эти делиции либо отсутствуют, либо у них произошла дупликация.
Но уж очень часто эти дупликации тогда наблюдаются.

В прилагаемой таблице приведена выборка из 760-ти 67-ми маркерных гаплотипов.
Различные цвета гаплотипов означают отнесение к различным кластерам N1c1*.

Что бы это значило?

Iest' ie??io odin litovskij Ht s DYS464abcd = 14-15-15-15. Eto #N74880

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3

Оффлайн ferrum lupus

  • Сообщений: 170
  • Рейтинг +15/-0
А он на картинке есть :P
Izviniajus' :(
No ja prosmotriel tol'ko svoich - zielionych. Po?emu on popal k drugim? Kto oni takije?

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А он с Малой балтийской ветви.
Она выявлена и существует года 3 как.

Ничем по распространению от Большой не отличается, кроме наличия англичан. Да и размер поменьше.
Да Вы и сами на дереве можете увидеть.
Кстати, в течении трёх-четырёх дней обновлю дерево.

Оффлайн mouglley

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Nimissin, нашли ли вы какой-нибудь способ учета делиций и дупликаций в расчётах гаплогрупп N1c1 (они у нас есть) и N1b (они у них случаются)?

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2403
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Уважаемый Nimissin, нашли ли вы какой-нибудь способ учета делиций и дупликаций в расчётах гаплогрупп N1c1 (они у нас есть) и N1b (они у них случаются)?
Уважаемый mouglley, конечно нашел. Все просто. Надо учитывать только независимые локусы. Для N1c1 из 67 маркеров возраст надо считать по 63-м независимым. Я еще советую выбрасывать из расчета CDYa,b. Остается 62 независимых маркера. Еще раз уточню - это только применительно к гаплотипам N1c1.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Можно огласить весь список этих маркеров?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Он есть в таблице Нордтведта

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.