GEDmatch.Com - инструмент для генеалогических поисков

[I2a1a]

Что касается вопроса

Позволит ли фазирование отсечь времена неолита и прочие варианты из серии "ваши предки, наши предки на одной сидели ветке"?

то ответ на этот вопрос будет звучать как и да, и нет.

"Да, позволит" - в том смысле, что благодаря фазированию отсеются многие из составных сегментов (сompound IBD/HIR, составной УПС), многие из которые состоят из совокупности смежных древних гаплоблоков унаследованных от отца и матери.
"Нет, не позволит" - в том смысле, что фазирование не предполагает оценки возраста общего предка гаплоблока. Для этого разработаны иные методы (о которых я когда нибудь напишу).

[татиа]

I2a1a, Вадим, спасибо за повтор постов - я какое-то время назад тщетно искала эти Ваши разъяснения.

У меня вот какая просьба - не уверена, что справлюсь с фазированием сырых дат своих родственников. Точнее, уверена, что не справлюсь. Не могли бы Вы в свободное время проделать это для меня?

[I2a1a]

I2a1a, Вадим, спасибо за повтор постов - я какое-то время назад тщетно искала эти Ваши разъяснения.

У меня вот какая просьба - не уверена, что справлюсь с фазированием сырых дат своих родственников. Точнее, уверена, что не справлюсь. Не могли бы Вы в свободное время проделать это для меня?

Вы же знаете, ув. татия, что я дамский угодник )
Желание женщины - для меня закон ))

[татиа]

Право же я не знала этого! Но с этого момента буду беззастенчиво этим пользоваться. 

Мои действия?
Что именно, кроме ро-дат Вам прислать?

[I2a1a]

Точнее, уверена, что не справлюсь. Не могли бы Вы в свободное время проделать это для меня?

"Я и с Ленкой посижу, и за тестом погляжу. Отправляйтесь на дежу" (c)

Нужно ли будет загружать фазированные генотипы в GedMatch?

[I2a1a]

Мои действия?
Что именно, кроме ро-дат Вам прислать?

Приложите схему, кто кому как приходится ).
Это существнного облегчит процедуру фазирования.

И еще - очень дальных родственников лучше не присылать

[татиа]

Уважаемый, Вадим, конечно нужно.
Я очень не уверена в себе 

Чьи именно ро-даты Вам прислать?

Есть: я
с материнской стороны: мама, ее племянник, ее двоюродный племянник
с отцовской стороны: дядя, три его (и моего отца) троюродные сестры и один четвероюродный брат

[I2a1a]

Есть: я
с материнской стороны: мама, ее племянник
с отцовской стороны: дядя,

Присылайте этих.
С остальными ничего не получится )

[татиа]

Ее племянник - по сестре. Его отец ашкеназ. Не запутает ли это картину?

Не могли бы Вы мне бросить свой адрес в личные?

[I2a1a]

Ее племянник - по сестре. Его отец ашкеназ. Не запутает ли это картину?

Нет

[Esher]

Если у Вас есть на руках данные так называемых трио (данные генотипов отца, матери и их общего ребенка), то лучше фазировку производить в программе Пайка

http://www.math.mun.ca/~dapike/FF23utils/trio-phase.php

Не очень понятно как с этими данными дальше работать. Данные выдаются не в виде отдельного raw-файла или текста для raw на экране, а вот в таком виде:

Chr  RSid             Position     Mother  Father  Child         Child Phased                   Uninherited
 1   rs4477212           72017       AA      AA      AA             A   A                          A   A
 1   rs3094315          742429       GG      AA      GG             ?   ?          discordant      ?   ?
 1   rs3131972          742584       AA      GG      AA             ?   ?          discordant      ?   ?
 1   rs12124819         766409       AA      AG      AA             A   A                          A   G
 1   rs11240777         788822       AA      GG      AA             ?   ?          discordant      ?   ?
 1   rs7537756          844113       AG      AA      AG             G   A                          A   A
 1   rs2710888          949705       CT      CT      CT             ?   ?       indeterminate      ?   ?

[I2a1a]

Этот файл легко трансформировать в raw data  с помощью нехитрых Unix-команд.
Но по результатам видно, что у Вас очень много дискордантных снипов.

Странно.

[I2a1a]

 Татия,

Я произвел фазирование Вашего семейства.

В качестве пробного выстрела залил одну из двух фаз генотипов E.E. на Gedmatch.

Через некоторое время (сутки) проверьте базу данных этого сайта (используйте номер P134).

Число "кузенов" должно уменьшится  до разумных размеров.

Например, по фазе, которая мне досталась от  отца - у меня всего лишь 3 матча, 2 из которых наиболее убедительны в плане генеалогии.

[татиа]

Вадим, огромное-преогромное Вам спасибо!

Это значит, что фазированная Е.Е. будет под этим номером, а нефазированная под старым? Или новый файл заменил старый?

В качестве пробного выстрела залил одну из двух фаз генотипов E.E. на Gedmatch.

А в дальнейшем обе фазы будут под одним номером или с ними следует работать врозь?

Еще раз спасибо) жаль, что нужно ждать сутки.

[I2a1a]

Нет - это новый номер половины генотипов ЕЕ.
Эта половина так и останется отдельной.