GEDmatch.Com - инструмент для генеалогических поисков

[Anode]

Посмотрел на своих кузенов в Gedmatch. Что-то там не так.
Откуда столько намного более близких (десятки!) совпаденцев? Которые ближе чем наиближайшие в ФФ и РФ? Мы не знаем про какие-то тайные лаборатории (которые потом тайно принимаются Gedmatch'ем)?
Кстати, результаты HIR Search (порядок, ген.дистанция) тоже соответствуют результатам ФФ и РФ, а Gedmatch отличается от всех.
Из чего я делаю вывод, что либо там баг в алгоритме (слишком много false-positives), либо алгоритм другой и неправильный (альтернатива - алгоритм правильный, а ФФ, РФ, HIR Search - все ошибаются, что маловероятно).
Или я не разобрался с интерфейсом?

[Clavis]

Может, причина в том, что когда сравниваются файлы разного происхождения (один от РФ, другой от ФФ), выше вероятность ошибки и "слипания" соседних УПСов, чем когда сравнение идет между файлами одного происхождения?

[Anode]

Нет, HIR-search тоже поддерживает Cross company и там я вижу тех же своих кузенов.
А в GedMatch перед самым близким кузеном - у меня ещё пара десятков незнакомцев.
Даже писать им не буду, так как похоже на глюк.

[vnik]

Кто подскажет, на что больше уделять внимание: Total cM или Largest cM? Насколько я понял, что по Total cM заслуживает внимания совпадения больше 30, а если при этом Largest cM менее 10, тогда как?

[Mich Glitch]

Кто подскажет, на что больше уделять внимание: Total cM или Largest cM? Насколько я понял, что по Total cM заслуживает внимания совпадения больше 30, а если при этом Largest cM менее 10, тогда как?

Largest cM

[mvp.msk]

Сразу прошу прощения, я - чайник. Постаралась прочитать все темы, в которых смогла разобрать хотя бы половину слов. Но для меня нынешняя ситуация, как с автомобилем - проще посадить и показать, какие педали нажимать, чем объяснить, почему машина едет...

Меня очень нервирует GEDmatch, в котором под перекрестное родство с моей мамой и бабушкой по отцу  попадает каждый второй. Правда, чаще всего на маленьких значениях.
Ну вот, например, по моей маме:
Comparing Kit M123133 (Anna Rumiantceva) and M205905 (Oleg Evdokimov)
21   27,995,284      33,388,132            6.9   1,030
И по мне
Comparing Kit M023349 (Maryana Panyarskaya) and M205905 (Oleg Evdokimov)
5   11,427,223    15,929,687    5.9    744

Comparing Kit M122458 (Neonila Rudenko) and M205905 (Oleg Evdokimov)
16   52,510,447   56,518,000    8.7    1,132
Largest segment = 8.7 cM
Total of segments > 5 cM = 8.7 cM
Estimated number of generations to MRCA = 6.7

После прочтения текущего топика прониклась к следующим словам

Да нет, все информативно.
Просто надо к полученной информации относиться вдумчиво  и критично.
А не как к врачебному вердикту.

У меня вопрос, какие критерии "критичности" мне установить при сравнении китов, что бы все-таки с водой не выплеснуть ребенка, но и не тешить себя иллюзиями обозримого родства?
Очень интересует SNP count minimum threshold to be considered a matching segment

[Mich Glitch]

mvp.msk,

Вы тестировались у 23эндМи, или ФэмилиФайндер?

Олег Евдокимов - это мой двоюродный брат.
Имеем три разных УПСа, т.е. на трёх разных хромосомах 21, 5, 16.
Наиболее простое предположение, что Олег связан с Вашей мамой одним общим предком (УПС на хромосоме 21). Этот УПС у Вас не обозначился, либо не прошёл порогового значения. (Хорошо бы, если Вы заслали геномы на УПСомер для проверки).

Вы имеете с Олегом УПС на 5 хромосоме либо по линии отца, либо составной по линии обоих родителей. (Вот тут пишу про составные УПСы).

Наиболее интересен УПС с Н.Руденко. Потому как самый крупный. То есть, указующий на наиболее близкое родство.

[mvp.msk]

mvp.msk,

Вы тестировались у 23эндМи, или ФэмилиФайндер?
<...>
(Хорошо бы, если Вы заслали геномы на УПСомер для проверки).
<...>
Наиболее интересен УПС с Н.Руденко. Потому как самый крупный. То есть, указующий на наиболее близкое родство.

Mich Glitch, спасибо!

Пока все данные из 23andMe.

На http://hirs.snpology.com уже заслала на прошлой неделе, смиренно жду результата.

Да, я увидела, что у бабушки показали даже некоторое родство. Жаль, что я пока даже предположить не могу "в каких краях".

[napobo3]

...На http://hirs.snpology.com уже заслала на прошлой неделе, смиренно жду результата...

Готово.

[mvp.msk]

Готово.

Спасибо! Интересно будет сравнить с гедматч. А главное, проверить, что с совпадениями.

[vnik]

У меня в Gedmatch есть одна проблема для понимания. В Family Finder FTDNA у меня есть один совпаденец. Так вот в Gedmatch в Triangulate on match results он есть, а в Compare your FTDNA or 23andMe results with all raw DNA results in our public database его нет. Может я что-то не так закачал в Gedmatch? Да, еще такой момент: в Triangulate on match results у меня кит без префикса F, а в Compare your FTDNA or 23andMe results with all raw DNA results in our public database он уже с префиксом F.   

[vnik]

Кто подскажет, как распутать ДНК-родство в Triangulate on match results для ввода Kit Number 199352 с William H. Press. Очень много совпаденцев, с кем у него имеется родство, если смотреть по таблице. Кто такой William H. Press, можете ознакомиться здесь http://en.wikipedia.org/wiki/William_H._Press . Кроме меня (Vasiliy Nikulin), имеются еще три знакомых мне совпаденца (Dale Dubin, Franklin D. Honorof и Lawrence Horowitz). То есть при таком обилии родственников могут встретиться перекрестные родственные связи. Вопрос, где и через кого их искать?

[germanas]

Помогите, пожалуйства, разобраться:
сравнивая два Х ДНК (GEDmatch X-DNA Comparison), выявилось 8 общих сегментов, наибольшие из которых - 5,2 и 6,1 сМ.
Сравнивая Autosomal наибольший общий сегмент был всего 3,7сМ. 
Что можно сказать о таком родстве? Идет ли оно только по материнским линиям?

спасибо!

[nmash]

Решила проверить фичу GEDmatch.Com Relationship Calculator

Ввела свой кит (на V3 уже платформе -M141417 )  и двоюродной сестры по маме (аналогично - M101309).

И вот, что выдалось:

Т.е. дали 2 варианта - оба не те...

Маринка-то дочь маминой сестры...

Причем и при сравнении моего старого кита M092800 (на V2) с Маринкой - результат абсолютно тот же....

И что означает в некоторых квадратиках:
I=4, J=6
MRCA
Group 1
A=1575.78 cM
X=98 cM ??

[vnik]

Посмотрел на своих кузенов в Gedmatch. Что-то там не так.

У меня есть такой забавный случай. Имеется совпаденец по Gedmatch, которому отправил мейл. Ответила мама совпаденца, которая ведет его кит. Так вот, выяснилось, что совпадение по Gedmatch у меня имеется только с ребенком, а с его родителями никакого совпадения нет. Очень не точный инструмент - этот Gedmatch.