Новое средство для визуализации ДНК-генеалогических связей по данным 23andme

[Mich Glitch]

Ответ содержится в названии топика - средство для визуализации, которое делаю сугубо с целью визуализации группировок найденных "кузеном" по общим найденным УПС. Это и есть

Понятно, цели сугубо декоративные. Просто упорядоченное по не имеющим особого смысла критериям красивое графическое представление.

Я на 100% уверен, что по данным, которые мы получаем из RF вообще невозможно вычислить степень родства

На 100% это хорошо. То есть у Вас в других методах где-то есть 100%? А о доверительном вероятностном интервале Вы просто напрочь забыли? 

а тем более графически отобразить степень родства с лицами, с которыми у тестируемого нет пересений, но есть пересечения с теми лицами, которые - в свою очередь, имеют пересечения с тестируемым по другим хромосомам. Поэтому-то и не разделяю Вашего оптимизма.

Ха!
Если у Вас есть матрица степеней родства, то в пределе Вы сможете выстроить однозначную генеалогию. Не буду ещё раз давать ссылку на ветку по генеалогическим построениям, дабы не создалось впечатление. что я какую-то идейку проталкиваю.
Дайте мне исчерпывающие данные по двоюродным и троюродным братьям и я Вам вручную построю единственное генеалогическое дерево на уровне двоюродного родства. То есть, всё работает по принципу финансовой пирамиды, за счёт привлечения всё новых и новых данных. В практическом плане сие значит, что имея достаточно большой релфайнднровский лист на уровне двеннадцатиюродного родства, можно будет без экивоков получить родсословие на глубине 5-6 поколений. Даже с учётом вилок (иными словами отсутствием, как Вы посетовали, 100% ясности ). Мысль эта витает в воздухе. Реализация относительно несложная. По мере накопления данных, либо 23эндМи, либо ФТДНА, либо кто третий, что-нибудь подобное обязательно сделают.

Где гарантия, что родство проходить именно по общей линии, а не по прочим сочтенным линиям?

Тоже весёлая шутка.
Возьмите, например, данные по двоюродному и троюродному брату. Сопоставьте лиц из релфайндера, пол, субклады и степень родства. И без особого труда Вы получите данные о том, с какого боку тот или иной родич.
Естественно, без 100% гарантии. Но ведь на 50%, 75%, 95% в филогении закладываемся и ничего - рисуем себе, выводы делаем. 

[I2a1a]

Я понимаю, о чем Вы говорите. Мы фактически возвращаемся к январской дискуссии (жалко только, что никто, кроме нас и Анода, так и не проявил практического интереса... это так, к слову, о практической пользе наших диспутов).

Я по-прежнему убежден, что предложенная Вами матрица родства не даст нам точного генеалогического решения, если будут отсуствовать точные сведения о родстве между лицами, не имеющими детектируемые УПС в Relative Finder. Все что можно выжать из подобной матрицы, это только разбиение "кузенов" на группы, по степени близости-удаленности групп. Это называется кластеризация по признаком, но нельзя назвать подобную схему генеалогической.

И даже учет субкладовой принадлежности не всего поможет. Например, если Вы в матрицу заложите данные о своих польских "кузенах", которые,например,будут все R1a1-U2

[Mich Glitch]

Вадим, и опять всё то же смещение исходных данных и предполагаемых результатов.

Вопрос первый. Получение достоверных степеней родства. То есть, то, что я именую УПСологией. Это одна, независимая, проблема.

Вопрос второй. Выстроение генеалогии на основании уже имеющихся степеней родства. Это совсем другая, полностью независимая от первой, проблема. Можно рассуждать о том, какие данные необходимы. И добавлять эти данные. Пока список переменных выглядит примерно так:
степень родства;
фамилия при рождении;
пол;
данные по игрек хромосоме (тут в результате недавней с Вами дискуссии выяснили очень неприятную вещь о том, что для существующей размерности матрицы без теста по СТРам во многих случаях не обойтись);
данные по мито (а вот тут результаты от 23эндМи самодостаточны).

Понятно, что недостаточность данных ведет к лакунам и множественности результатов.
Также понятно и то, что в пределе получаем единственность решения.

[Mich Glitch]

По поводу практицизма.
Мой практицизм заключается в том, что я не трачу свои ограниченнные ресурсы на то, что по моему глубокому убеждению, достаточно скоро сделает кто-то другой. Причём не на любительском, а на коммерческом уровне.

Я занимаюсь только тем, что никто до меня не делал и не сделает. Даже, если очень бы захотел.
Это мне и придаёт чувство творческого удовлетворения и очень нескромные ощущения собственной значимости и интеллектуального превосходства. 

[I2a1a]

Да, кстати забыл повысить Вашу самоценку (в хорошем смысле этого слова). +1

Очень хорошо. Уважаю творческие натуры.

[I2a1a]

Онлайн образец

http://lepo.it.da.ut.ee/~vadim78/Flexgen.html

[Аббат Бузони]

А когда можно будет испытать на своих данных?

[Centurion]

Онлайн образец

http://lepo.it.da.ut.ee/~vadim78/Flexgen.html

Визуальная реализация на 5+!