АвторТема: Dodecad Ancestry Project  (Прочитано 123230 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #675 : 24 Март 2014, 16:35:09 »
скачать Оракул можно по ссылке в первом сообщении этой темы
нужного оракула в этой теме нет, был бы не спрашивала бы. Может ссылку прямо на него дадите?
если нет то помучаюсь, сделаю как вы описали

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #676 : 24 Март 2014, 16:45:33 »
скачать Оракул можно по ссылке в первом сообщении этой темы
нужного оракула в этой теме нет, был бы не спрашивала бы. Может ссылку прямо на него дадите?
если нет то помучаюсь, сделаю как вы описали
сама програма "оракула четырех предков" там есть (в том числе, вместе с расчетом по двум популяциям), вот прямая ссылка на скачивание.
там "работы" буквально минуты на 3 =) или просто скопируйте в блокнот то, что запостил я, сохраните, запустите Admix4_097, он Вам предложит открыть исходный .txt (в нашем случае для k27), который Вы будете использовать, потом задайте значения по компонентам, нажмите "Go!" и в файле Output будут Ваши результаты.
ЗЫ я не знаю, работали ли Вы раньше с Оракулом "вручную", поэтому описал  все шаги)

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #677 : 24 Март 2014, 16:51:34 »
сама програма "оракула четырех предков" там есть (в том числе, вместе с расчетом по двум популяциям), вот прямая ссылка на скачивание.
там "работы" буквально минуты на 3 =) или просто скопируйте в блокнот то, что запостил я, сохраните, запустите Admix4_097, он Вам предложит открыть исходный .txt (в нашем случае для k27), который Вы будете использовать, потом задайте значения по компонентам, нажмите "Go!" и в файле Output будут Ваши результаты.
ЗЫ я не знаю, работали ли Вы раньше с Оракулом "вручную", поэтому описал  все шаги)
та программа что вы дали у меня не открывается(( winzip не имеется, может она у вас есть в WinRAR? 
Я работаю в R, текстовый файл уже сделала, как его теперь занести в R?
кстати у вашего оракула всего 27 популяций а то что я ищу содержит 250))
теперь понятно почему последний настолко маленькие дистанции имеет
« Последнее редактирование: 24 Март 2014, 16:58:18 от ladybel »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #678 : 24 Март 2014, 17:00:21 »
та программа что вы дали у меня не открывается(( это какое расширение?
Я работаю в R, текстовый файл уже сделала, как его теперь занести в R?
Файл самой программы, что в архиве, Admix4_097.ехе.
Поработать с оракулом через R я не пробывал)) там, по идее, нужно самому код написать, хотя, не уверен)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #679 : 24 Март 2014, 17:04:19 »
кстати у вашего оракула всего 27 популяций а то что я ищу содержит 250))
теперь понятно почему последний настолко маленькие дистанции имеет
кликните в excel снизу на "Verenich", там за 400 популяций будет=)
27 - это количество предковых компонентов

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #680 : 24 Март 2014, 17:33:26 »
потом задайте значения по компонентам, нажмите "Go!" и в файле Output будут Ваши результаты.


не работает хотя я все ввела
а как мне без R получить мои значения по компонентам в К27? На ссылке в самой первой теме, где калькулятор Вадима Веренича Бета К27, нет расширения .par
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
« Последнее редактирование: 24 Март 2014, 17:42:13 от ladybel »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #681 : 24 Март 2014, 17:51:28 »
не работает хотя я все ввела
а как мне без R получить мои значения по компонентам в К27? На ссылке в самой первой теме, где калькулятор Вадима Веренича Бета К27, нет расширения .par
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
не работает, а что пишет? я проверил то, что запостил выше для k27, все считает.
по компонентам, в отсутствии gedmatch, только через R, но я говорил о программе "Оракул", да и той теме не только об R - разбирается и собственно Оракул четырех предков, коим я и пользовался:
Цитировать
Кстати, долгожданный графический интерфейс готов. Сделал его отдельной программой. При запуске нужно выбрать используемый калькулятор (путем указания файла с данными популяций) и потом ввести значения для конкретного человека.
После нажатия на кнопку "Go!" будет сгенерирован input.txt и запустится внешняя программа расчетов.
Можно одновременно запускать несколько для разных данных одного калькулятора (так как input.txt читается только в момент начала расчетов). Естественно, выходные файлы указывать разными. Смотреть их все так же -блокнотом.

ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #682 : 24 Март 2014, 17:55:47 »


ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)
а где я возму эти значения?? Мне бы их сначала посчитать, но я умею только через R

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #683 : 24 Март 2014, 18:01:26 »


ЗЫ чтобы не мучиться с Оракулом через R, можете скинуть мне Ваши значения по компонентам для k27, я попробую прогнать их у себя)
а где я возму эти значения?? Мне бы их сначала посчитать, но я умею только через R
Я так понял, что значения для предковых компонентов Вы уже посчитали в R)
не работает хотя я все ввела
вот то, что вводили (для Nilotic-Omotic, Ancestral-South-Indian, North-European-Baltic, Uralic, Australo-Melanesian,East-Siberean etc.) мне и скиньте=)

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #684 : 24 Март 2014, 18:12:53 »



Я так понял, что значения для предковых компонентов Вы уже посчитали в R)
вот то, что вводили (для Nilotic-Omotic, Ancestral-South-Indian, North-European-Baltic, Uralic, Australo-Melanesian,East-Siberean etc.) мне и скиньте=)
То что я посчитала в R были результаты Dodecad World9, а для него нет оракула, а только текст файл что я составила по вашему методу, но программа не работает, она просто останавливается;
потом, я решила проверить по МЛДП К27, но тут у меня самого калькулятора нет. Потому и спрашиваю, где взять файл .par для R

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6759
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3525/-2
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #685 : 24 Март 2014, 18:16:33 »
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
Файл test.par должен быть в архиве по ссылке, я проверил. Исходный оракул действительно не добавлял, так как он будет выдавать заведомо неверный результат.

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #686 : 24 Март 2014, 18:26:31 »
цитирую "Для других калькуляторов название командного файла .par будет, соответственно, другим"
и вообще, первая тема была почти полностью разобрана для случая с R, так почему же я не могу найти ни файлы .par ни оракулы с расширением .Rdata?
Файл test.par должен быть в архиве по ссылке, я проверил. Исходный оракул действительно не добавлял, так как он будет выдавать заведомо неверный результат.
я нашла этот файл, не знала что он относится к К27, но все, равно -
system('DIYDodecadWin test.par') выдает
At line 113 of file DIYDodecad.f90 file: "test.txt"
Traceback: not available, compile with -ftrace=frame or -ftrace=full
Fortran runtime error: The system cannot find the file specified.


Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #687 : 24 Март 2014, 23:01:18 »
я нашла этот файл, не знала что он относится к К27, но все, равно -
system('DIYDodecadWin test.par') выдает
At line 113 of file DIYDodecad.f90 file: "test.txt"
Traceback: not available, compile with -ftrace=frame or -ftrace=full
Fortran runtime error: The system cannot find the file specified.
когда запускал на Висте, у меня с этим кальком была та же ошибка, что и у Вас, сейчас попробывал на Windows 7, все работает - попробуйте запустить на другой системе (проблема может быть не только в самой ОС).

Оффлайн ladybel

  • Сообщений: 201
  • Страна: be
  • Рейтинг +7/-0
  • мтДНК: Т2
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #688 : 26 Март 2014, 01:54:31 »
когда запускал на Висте, у меня с этим кальком была та же ошибка, что и у Вас, сейчас попробывал на Windows 7, все работает - попробуйте запустить на другой системе (проблема может быть не только в самой ОС).
если смогу сделать в другой операционной системе, я вышлю вам данные по К27, хотя там было так мало наций, думала что если 27 компонент то и наций должно быть больше, а то стоило город городить ))
может есть вариант где все возможные нации собраны? Простите, но в вашем варианте даже грузин нет, не говоря уже о более экзотических нациях. А вот МакДональд мне их выдает, и не только их.
И что же с оракулом для Додекада? Так и не нашла ничего. Мне этот тест понравился больше всего..Когда я, пользуясь сделанной мной таблицей пытаюсь ввести данные в программу, то она просто зависает ((

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 997
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #689 : 20 Март 2017, 15:48:59 »
А на питоне есть что-то подобное?
Хочу на хостинг прикрутить.... ;D ;D ;D ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.