АвторТема: Аутосомные гаплотипы  (Прочитано 8718 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Аутосомные гаплотипы
« : 28 Октябрь 2010, 21:12:03 »
Мы возвращаемся к старой дискуссии, в основе которой лежит очевидная банальность: много маркеров - хорошо; мало маркеров - плохо.

Речь тогда шла, правда, об игрек-СТРах. Громили АК, за то, что по 6 маркерам работает. (Как и все прочие в течении десятилетия до него.)
Говорили о неком минимальном пороге количества рассматриваемых маркеров.

Доводы о вероятностной достоверности оценки тогда не нашли понимания. Думаю, с учётом усложнения конкретной аппликации, нет смысла тратить времени на них и сейчас.
Опять, не абстрагируясь, потонем в детализации и конкретных мелочах.

Прошлый раз, кажется, на возражение о том, что уже и по одному цвету кожи можно делать какие-то прикидки (на сколько достоверные - вопрос второй), последовали долгие рассуждения о гомозиготности.

Как мне представляется развитие темы:

1. Кто-то занимается (мог бы заняться) альтернативными способами, без оглядки на то, насколько реально их практическое применение в обозримом будущем.

2. Кто-то производит (мог бы произвести) вероятностную оценку достоверности существующего метода.

Короче говоря, пусть каждый делает то, что ему больше нравится. Желательно без легкомысленных оценок того, что понимает слабо. (Тупо, там и в подобном ключе.)

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #1 : 28 Октябрь 2010, 21:19:05 »
В целом я не считаю что продукты выпустили на рынок рано - ибо раз есть спрос, так и нужно было. Но сравнивать все это с наукой очень преждевременно. Я никогда не поверю в 5-юродное родство у среднестатистического сельского восточноевропейца с западной европой.
Валерий, напомню 5th Cousin - это шестиюродный брат. По предиктору. Т.е., наиболее вероятный. По вилке имеем (пример!) от четвероюродного до одиннадцатиюродного родства.
Если рассматривать восточноевропейца и западноевропейца, то есть два разнесённых географических пула, то именно дальние границы вилки и надо брать. При совпадающем географическом факторе (скажем два немца), работаем по предиктору.
Всё просто.
Да и потом, имея округлённых 30 лет на поколение и усреднённый год рождения 1970, шесть поколений до предка - это 1790 г.р. Из 26 = 64 предков у каждого, кто-то общий и мог себе проскочить.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #2 : 28 Октябрь 2010, 21:23:17 »
Да и потом, имея округлённых 30 лет на поколение и усреднённый год рождения 1970, шесть поколений до предка - это 1790 г.р. Из 26 = 64 предков у каждого, кто-то общий и мог себе проскочить.

У потомков дворовых, если их предки служили у немцев, притом у немцев с притоком свежей крови с запада, а не носителей немецких фамилий с немцами-предками времен Е2. У потомков шляхты, особенно баловавшейся лютеранством. Но в обоих случаях мне кажется что в среднем это будет куда дальше 6 колена.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #3 : 28 Октябрь 2010, 22:17:55 »
Вот пример в тему.
Имею восьмиюродного брата, позиционирующего себя, как 100% шведа. Путём тупого разделения на мальчиков и девочек, выяснил, что брат этот по отцовской стороне (Украина).



Имеем средний год рождения (1961 + 1974) / 2 = 1968.
Год рождения предка в районе 1968 - 32.5 (поколенный интервал от Соренсона - самый надёжный на сегодня) * 8 = 1708.
Неплохо стыкуется с экспедицией Карла XII. Полтавская битва, там, и всё прочее. Если из сотен имеющихся на сегодня незаконнорожденных (из около 18000 человек сводной генеалогической базы), какая-нибудь крестьянская мадам подойдёт на роль согрешившей с каким-нибудь фуражиром (даты, места), то можно будет условно и считать это точкой пересечения. Особенн, если швед выявит, что был у него всего один предок, пыливший по дорогам Украины.

То есть, без всяких заморочек берём непосредственно данные предиктора.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #4 : 28 Октябрь 2010, 22:32:48 »
А теперь пример немного сложнее.
Мой троюродный брат (территория нынешних Рязанской и Московских областей) имеет шестиюродного брата - 100% норвежца:



У которого к тому же и тётя обозначена на том же самом поколенном этаже:



Возьмём на сей раз интервал по женщинам в 28 лет.

Имеем средний год рождения: (1949 + 1965) / 2 = 1957.

И год рождения общего предка: 1957 - 6 * 28 = 1789.

Больно близко получается.

Но!

Имея дальнюю дистанции вилки, равную одиннадцатиюродному родству, и принимая в расчёт, что у указанного норвежца полно сородичей среди бывших россиян, вполне можем допустить, что пересечение действительно было. Через какого-нибудь постганзейского немца.

Увы, случай менее определённый. Но всё остаётся в пределах статистической погрешности.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #5 : 29 Октябрь 2010, 01:43:18 »
принимая в расчёт, что у указанного норвежца полно сородичей среди бывших россиян

Вот это и подозрительно! Тестировалось русского народу с гулькин .. - и у многих западный фифс казн!

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #6 : 29 Октябрь 2010, 02:19:44 »
Биологи нашли 95 процентов всех генетических отличий людей



Ученые представили результаты проекта "1000 геномов человека" по изучению генетических вариаций людей. На данном этапе исследователи, по их словам, определили 95 процентов всех однонуклеотидных полиморфизмов (single nucleotide polymorphism - SNP), встречающихся в геномах людей. Эти мутации, в частности, важны для диагностики различных заболеваний. Работа ученых опубликована в журнале Nature. Коротко о ней пишет портал Science News.
В ходе проекта "1000 геномов человека" ученые намерены определить последовательность ДНК 2,5 тысяч человек (изначально планировалось обработать ДНК только тысячи человек, что отражено в названии) и сравнить их между собой. Полученная информация поможет исследователям в изучении генетических заболеваний, а кроме того, с ее помощью специалисты смогут уточнить свои представления о том, что происходило с человеческой популяцией на различных этапах ее эволюции.

SNP (по-русски их иногда называют снипы) - это мутации, затрагивающие только один нуклеотид - элементарный "кирпичик", из которых составлена последовательность ДНК. Снипы очень часто бывают связаны с теми или иными характерными признаками (то есть один вариант ассоциирован с одним типом проявления признака, а другой - с другим), поэтому их удобно использовать для диагностики и сравнения последовательностей между собой. Подробнее о снипах и том, как ученые их используют, можно прочитать тут.

В ходе своей работы ученые обнаружили восемь миллионов ранее неизвестных снипов, а также идентифицировали SNP, встречающиеся менее чем у пяти процентов людей. В среднем, в геноме каждого человека содержится около трех миллионов снипов.

Помимо изучения SNP исследователи рассматривали и разнообразие в распределении генов. Оказалось, что около тысячи генов у большинства людей присутствуют не в одной, а в двух и даже более копиях, причем для 44 семейств генов такая "множественность" раньше была неизвестна.

На данный момент участники проекта расшифровали полногеномную последовательность ДНК 179 человек, а также изучили последовательности, кодирующие 906 генов еще у 697 людей. Кроме того, исследователи детально проанализировали ДНК шести людей из двух семей - африканской и европейской, проживающей в данной момент в США.

Проект "1000 геномов человека" был начат в 2008 году и должен продлиться три года. Его стоимость составит около 30-50 миллионов долларов. Для сравнения, на реализацию проекта "Геном человека" по получению первой полногеномной последовательности было потрачено не менее трех миллиардов долларов.

Lenta.ru ©

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #7 : 01 Ноябрь 2010, 19:22:30 »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #8 : 01 Ноябрь 2010, 21:25:08 »
Ну вот и Энн Тернер туда же:

http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2010-11/1288621822
Если не противопоставлять два метода, то вкратце предложение Энн очень просто:
Цитировать
If we want to be confident about the provenance of a segment, we need to set higher thresholds for number of SNPs and cM.

На деле это не единственное решение. Проблема отпадает сама собой по мере увеличения размерности чипа и плотности рассматриваемых снипов.

Прервусь на десяток минут (занят немножко) и подробно объяснюсь.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Основная задача генетической генеалогии
« Ответ #9 : 01 Ноябрь 2010, 21:50:36 »
Дабы быть уверенным, что говорим мы об одном и том же, и друг друга при этом понимаем, буду строго придерживаться сл. методы: одна идея - одно сообщение.

Начну с простого - с постулатов.

Основную задачу генетической генеалогии можно сформулировать сл. образом: путём ДНК-тестирования выявить степень родства для двух и более персон.

Идёт ли речь о какой-то исторической общности, рассуждаем ли мы о каком-то географическом ареале,  разбираются ли вопросы этногенеза некого этноса, рассматриваются ли лингвистические эволюции и интерференции и т.д., всё, вплоть до разработки  отдельных фамильных линий, упирается в выявление родства ближнего, или же отдалённого.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Филогения VS мультиснип анализа
« Ответ #10 : 01 Ноябрь 2010, 22:43:26 »
Имеем две разных методы.
Условно назовём их филогения и мультиснип анализ.
Каждый из этих методов имеет свой набор непреодолимых внутренних ограничений. Суть в том, что лимиты эти для каждого из этих методов свои.
Кроме того, каждому методу присущи свои достоинства.
Например, степень родства на малых глубинах (на генеалогическом интервале) лучше определять мультиснип тестированием.
67 совпадений из 67 маркеров Вам не скажут с кем мы имеем дело - родными братьями, отцом-сыном, двоюродными братьями, дядя-племянник, внук-дед,... десятиюродные братья.
Между тем, уже существующая коммерческая размерность чипов (у той же 23эндМи) не спутает братьев с парой отец-сын.

Сопоставление результатов, полученных двумя различными методами, - хорошо.
 :)
Гибридный метод, объединяющий две разных парадигмы, вместо ожидаемого суммарного улучшения результатов зачастую приводит только к удвоению погрешности.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Мультиснип тестирование "по простому"
« Ответ #11 : 01 Ноябрь 2010, 23:24:10 »
Прошлый раз, когда я заменил нуклеотиды совсем уж абстрактными нулями и единичками, произошло некое впадание в ступор.

Предадим примеру некоторый налёт конкретики.
Итак.
Допустим на какой-то из аутосомных хромосом имеем два близлежащих снипа. (Какая хромосома и насколько близко - сейчас не суть важно.)
Допустим, что каждый из этих снипов может быть либо А, либо Т.
Также предполагаем, что инструментальная ошибка равна 0.
Значения снипов имеют строго алеатуарный и равновероятностный характер. Как выпадение орла и решки.

Вопрос: какова вероятность того, что у каждого из двух тестируемых человек будет хотя бы по одной цепочке А-А?

Если со счётом на пальцах не ошибся, то вроде бы (7/16)2, или около 19.14%.

Теперь предположим, что рассматриваем цепочку из трёх таких же бинарных, алеатуарных, равновероятностных снипов.

Вероятность того, что у обоих из двух тестируемых человек выпадет хотя бы по одной цепочки А-А-А составляет (11/64)2 или около 0.027%.

Представим далее, что имеем цепочку в 400 бинарных снипов. Вероятность того, что у обеих персон выпадет хотя бы по одной цепочке А-А-А...-А-А-А (всего по 400 раз подряд) - наимизернейшая.
Ну, и ведь нуклеотидов у нас 4. Что ещё уменьшает шансы.

Увы, столь простую примитивную схему использовать нельзя. Нужно принимать в расчёт много конкретных вещей:
- принципы рекомбинантности;
- реальную частоту значений по каждому из снипов;
- плотность рассматриваемых снипов;
и т.д., и т.п.

Я безуспешно и со слоновьей грацией подбиваю С.Каржавина и Д.Адамова произвести вероятностные обсчёты. Т.е. создать сначала модель. Затем, полагая в начале всё гомогенным и симметричным, постепенно вносить реальные данные и получать реальные вероятностные  данные по различным размерам и позициям УПСов.

Всё это без малейшего использования методов филогении.

Метод мультиснип тестирования не плох. Более того, это основной трэд сегодняшних коммерческих исследований. Поэтому нуждается он не в оторжении, или же революционной правке, а в простых уточнениях.
« Последнее редактирование: 02 Ноябрь 2010, 19:14:26 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомные гаплотипы
« Ответ #12 : 02 Ноябрь 2010, 19:21:45 »
Имеем как бы три задачи.
Первая достаточно проработана и, в силу понятных причин, продолжает прорабатываться. Сформулировать её можно сл. образом: какая степень родства соответствует УПСу заданного размера (в снипах, или сМ)?
Вторая задачи - инверсированная первая: каковы размеры УПСа, соответствующие заданной степени родства?
Есть ещё и третья задача, о которой в большинстве работ либо не поминается, либо говорится вскользь: какова вероятность того, что для заданной степени родства будем иметь УПС заданного (т.е. определяемого рассуждениями пунктов 1 и 2) размера?

Вот тут вот, по третьему пункту, - поле непаханное.
Можно его формировать всяко. Например, какой процент предков, не находит своего отражения в УПСах? Или, какова вероятность ложных (составных УПСов)? И т. д.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 7641
  • Страна: 00
  • Рейтинг +937/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мультиснип тестирование "по простому"
« Ответ #13 : 08 Ноябрь 2010, 13:46:22 »
Предадим примеру некоторый налёт конкретики.
Итак.
Допустим на какой-то из аутосомных хромосом имеем два близлежащих снипа. (Какая хромосома и насколько близко - сейчас не суть важно.)
Допустим, что каждый из этих снипов может быть либо А, либо Т.
Также предполагаем, что инструментальная ошибка равна 0.
Значения снипов имеют строго алеатуарный и равновероятностный характер. Как выпадение орла и решки.

Вопрос: какова вероятность того, что у каждого из двух тестируемых человек будет хотя бы по одной цепочке А-А?

Михаил, никто не спорит что вероятность общего случайного полусовпадения убывает с ростом числа точек в геометрической прогрессии (если не быстрее). Но позвольте заметить, что вероятность общего случайно совпадающего аллеля на одной хромосоме убывает по аналогичному закону. Но вот по качеству разрешения оба способа различаются. Во втором случае можно ожидать более надежного результата - согласитесь, когда совпадение выявлено не по произвольной последовательности а по конкретному описанному в литературе аллелю (длиной в много снипов) - это выглядит заманчивее.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Мультиснип тестирование "по простому"
« Ответ #14 : 08 Ноябрь 2010, 16:59:34 »
Михаил, никто не спорит что вероятность общего случайного полусовпадения убывает с ростом числа точек в геометрической прогрессии (если не быстрее). Но позвольте заметить, что вероятность общего случайно совпадающего аллеля на одной хромосоме убывает по аналогичному закону. Но вот по качеству разрешения оба способа различаются. Во втором случае можно ожидать более надежного результата - согласитесь, когда совпадение выявлено не по произвольной последовательности а по конкретному описанному в литературе аллелю (длиной в много снипов) - это выглядит заманчивее.
Так это ведь здорово, что вероятность убывает! Иными словами, уменьшается возможность случайного совпадения.
На деле, увы, она зачастую возрастает. Т.е. часто имеем какую-нибудь цепочку А-А-С-Т-...-Т-Т, присущую всем (почти всем) представителям какого-нибудь региона, или этноса. Говорю о т.н. спорных участках хромосом.

Повторюсь, комбинирование двух методов зачастую приводит к суммированию (увеличению) ошибки. Иногда более результативными представляется сравнение выводов, полученных каждым из способов независимо.
« Последнее редактирование: 08 Ноябрь 2010, 17:11:12 от Mich Glitch »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.