A map of human genome variation: секвенированные фрагменты Y

[Valery]

http://dienekes.blogspot.com/2010/10/1000-genomes-project-has-arrived.html

Кто-нибудь читал полностью - когда будут вылиты У-хромосомые данные? Это же настоящий клад для тех кто работает с возрастами!

[Valery]

The Y chromosome was sequenced at an average depth of 1.8? in the 77 males in the low-coverage project, and 15.2? depth in the two trio fathers. Using customized analysis methods (Supplementary Information), we identified 2,870 variable sites, 74% novel, with 55 out of 56 passing independent validation. The Y chromosome phylogeny derived from the new variants identified novel, well supported clades within some of the 12 major haplogroups represented among the samples (for example, O2b in China and Japan; Supplementary Fig. 7). A striking pattern indicative of a recent rapid expansion specific to haplogroup R1b was observed, consistent with the postulated Neolithic origin of this haplogroup in Europe20.

[Овод]

Валерий, а что подразумевается под термином "глубина секвенсирования" (1.8 и 15) У-хромосомы ?
 
Также непонятно, как получены данные по возрастам? То, что экспансия R1b в Европе произошла лишь в неолите - это разве открытие? Вроде бы более ранних  в Европе никогда и не обнаруживали (не считая АК).

[I2a1a]

Поскольку приведены идентифицирующие номера образцов и названия панелей HapMap, то эти сиквенсы Y должны быть уже в bulk download в проекте HapMap (и, наверняка, в GenBank).


А деревцо-то у них на низком уровне ветвения гаплогрупп  кривое, судя по количественному выражению величины Bremer support (на ребрах ветвей).

[I2a1a]

http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7319/extref/nature09534-s1.pdf

Надежная филогения воспроизведена только для корневых узлов всех имеющихся в проекте гаплогрупп, гаплогрупп C, D, I, N и O. А вот структура ветвления R1b1b2 (Bremer support 20-4) и  E1b (от 9 до 26) оставляет желать лучшего.

[Valery]

Валерий, а что подразумевается под термином "глубина секвенсирования" (1.8 и 15) У-хромосомы ?
 

http://en.wikipedia.org/wiki/Shotgun_sequencing#Coverage

[Valery]

Поскольку приведены идентифицирующие номера образцов и названия панелей HapMap, то эти сиквенсы Y должны быть уже в bulk download в проекте HapMap (и, наверняка, в GenBank).

уже в балке? проверим

[I2a1a]

Валерий, а что подразумевается под термином "глубина секвенсирования" (1.8 и 15) У-хромосомы ?
 

http://en.wikipedia.org/wiki/Shotgun_sequencing#Coverage

Метод дробовика.

[Valery]

http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7319/extref/nature09534-s1.pdf

Надежная филогения воспроизведена только для корневых узлов всех имеющихся в проекте гаплогрупп, гаплогрупп C, D, I, N и O. А вот структура ветвления R1b1b2 (Bremer support 20-4) и  E1b (от 9 до 26) оставляет желать лучшего.

похоже им попалась масса быстрых снипов - как раз то что надо для генеалогии

[I2a1a]

Можно здесь посмотреть

http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-perl/gbrowse/hapmap28_B36/#search

Вводим в поле Landmark or Region: ChrY и скачиваем генотипы из любого проекта CEU.

[I2a1a]

http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7319/extref/nature09534-s1.pdf

Надежная филогения воспроизведена только для корневых узлов всех имеющихся в проекте гаплогрупп, гаплогрупп C, D, I, N и O. А вот структура ветвления R1b1b2 (Bremer support 20-4) и  E1b (от 9 до 26) оставляет желать лучшего.

похоже им попалась масса быстрых снипов - как раз то что надо для генеалогии

Да, но дерево то кривое, не говоря уже о несимметричности выборки (в пользу E1b и R1b).

[Valery]

В Генбанковском ХапМапе вроде пока тихо.

[Valery]

Ну вот Вадим, Вы так обругали проект - почитает это АКадемик и скажет: ничего лучше 6 маркеров под луной нет! Все от лукавого 

[I2a1a]

В Генбанковском ХапМапе вроде пока тихо.

Не понял, я лично вижу генотипы Y хромосомы. 
Или это только из псевдоаутосомного региона, который не NRY?

[I2a1a]

Приложил генотипы из проекта HapMap CEU