АвторТема: Robustness of Ancestral Sequence Reconstruction to Phylogenetic Uncertainty  (Прочитано 1406 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Abstract

Ancestral sequence reconstruction (ASR) is widely used to formulate and test hypotheses about the sequences, functions, and structures of ancient genes. Ancestral sequences are usually inferred from an alignment of extant sequences using a maximum likelihood (ML) phylogenetic algorithm, which calculates the most likely ancestral sequence assuming a probabilistic model of sequence evolution and a specific phylogeny—typically the tree with the ML. The true phylogeny is seldom known with certainty, however. ML methods ignore this uncertainty, whereas Bayesian methods incorporate it by integrating the likelihood of each ancestral state over a distribution of possible trees. It is not known whether Bayesian approaches to phylogenetic uncertainty improve the accuracy of inferred ancestral sequences. Here, we use simulation-based experiments under both simplified and empirically derived conditions to compare the accuracy of ASR carried out using ML and Bayesian approaches. We show that incorporating phylogenetic uncertainty by integrating over topologies very rarely changes the inferred ancestral state and does not improve the accuracy of the reconstructed ancestral sequence. Ancestral state reconstructions are robust to uncertainty about the underlying tree because the conditions that produce phylogenetic uncertainty also make the ancestral state identical across plausible trees; conversely, the conditions under which different phylogenies yield different inferred ancestral states produce little or no ambiguity about the true phylogeny. Our results suggest that ML can produce accurate ASRs, even in the face of phylogenetic uncertainty. Using Bayesian integration to incorporate this uncertainty is neither necessary nor beneficial.

http://mbe.oxfordjournals.org/content/27/9/1988.full

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Robustness of Ancestral Sequence Reconstruction to Phylogenetic Uncertainty
« Ответ #1 : 21 Октябрь 2010, 23:06:37 »
Статья имеет самое прямое отношение к нашим попыткам воостановить исходные гаплотипы предков как гаплогрупп, так и отдельнх ветвей. Очень рекомендую.
 
Обязательно изучу на досуге. Спасибо, Вадим.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Robustness of Ancestral Sequence Reconstruction to Phylogenetic Uncertainty
« Ответ #2 : 21 Октябрь 2010, 23:21:46 »
Статья имеет самое прямое отношение к нашим попыткам воостановить исходные гаплотипы предков как гаплогрупп, так и отдельнх ветвей. Очень рекомендую.
 
Обязательно изучу на досуге. Спасибо, Вадим.

Это так, только вот микросателлитам там уделено относительно мало внимания. Под "предковыми состояниями" в статье подразуемевается предковое значение SNP-аллеля.

Впрочем, выводы применимы и к микросателлитным филогениям.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100