АвторТема: Polako/Davidski Eurogenes plots  (Прочитано 166731 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1230 : 13 Октябрь 2015, 18:20:28 »
Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1231 : 13 Октябрь 2015, 18:25:13 »
Сравните с моим графиком

https://plot.ly/324/~vadimverenich/

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1232 : 13 Октябрь 2015, 18:29:02 »
Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.
он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1233 : 13 Октябрь 2015, 18:30:09 »
Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.
он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

Да понятно что это была цитата

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1234 : 13 Октябрь 2015, 18:37:04 »
Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.
он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

Да понятно что это была цитата
я думаю, что у него там скорее "эмпирические" доказательства:
La-Brana1 стал вне границ изменчивости современных групп - значит метод более корректный
то же самое и относительно "эффекта калькулятора": люди, не включенные в расчет при работе над самим калькулятором, перестали заметно отличаться от "эталонных" представителей своих популяций - метод работает лучше.


Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1235 : 13 Октябрь 2015, 22:29:22 »
На MDS это нахождение вне границ изменчивости и так заметно

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1236 : 13 Октябрь 2015, 23:08:21 »
Кстати, в MDS cдвиг не столько из-за того что палеогеномы вне границ современной изменчивости, а из-за гомозиготности (вернее в данном случае - гаплоидности). В MDS это лечится фильтрацией выборки по --hwe (она удаляет варианты нарушающие закон Харди-Вайнберга, а гаплоидные варианты его нарушают).


https://www.biostars.org/p/96673/

Оффлайн Mukovnikov

  • Сообщений: 1461
  • Страна: ru
  • Рейтинг +221/-6
  • Y-ДНК: N-Y4339>Y5611>F1983>S10880; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1237 : 01 Декабрь 2015, 19:01:11 »
Мой Eurogenes K13:


Eurogenes K13 Oracle results:

Оффлайн Rompecabeza

  • Сообщений: 172
  • Страна: ru
  • Рейтинг +14/-0
  • Y-ДНК: NA
  • мтДНК: U5a1b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1238 : 26 Апрель 2016, 00:05:57 »
Вот что выложил пользователь в группе на Фейсбуке, проживающий в Глазго или родом оттуда. Лично я делаю вывод о том, что калькулятор прекрасно работает с западными европейцами. EU V2K 15


Оффлайн andronn

  • MyHeritage:Прибалт 42,1%, Восточноевропеец 36.7%,Балканец 20,3%, Финн 0,9%. Family Finder: East Slavic 45% West Slavic 28% Baltic 24% Greece & Balkan 2% Central Europe<2%
  • Сообщений: 465
  • Страна: ua
  • Рейтинг +116/-0
  • Y-ДНК: R-Z283
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1239 : 26 Апрель 2016, 17:31:14 »
Вот что выложил пользователь в группе на Фейсбуке, проживающий в Глазго или родом оттуда. Лично я делаю вывод о том, что калькулятор прекрасно работает с западными европейцами. EU V2K 15

У меня этот калькулятор выдает конкретно именно мою украинскую половину:
#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        75%   Ukrainian    +    25%   Erzya    @    3.04
2        76.5%   Ukrainian    +    23.5%   Kargopol_Russian    @    3.64
3        66.9%   Ukrainian_Lviv    +    33.1%   Erzya    @    3.73
4        78.9%   Ukrainian    +    21.1%   Lithuanian    @    3.82
5        68.5%   Ukrainian    +    31.5%   Southwest_Russian    @    3.86
6        76.2%   Ukrainian    +    23.8%   Estonian_Polish    @    3.99
7        74.2%   Ukrainian    +    25.8%   Ukrainian_Belgorod    @    4.02
8        94.2%   Ukrainian    +    5.8%   Chuvash    @    4.03
9        95.4%   Ukrainian    +    4.6%   Mari    @    4.06
10        79.4%   Ukrainian    +    20.6%   Belorussian    @    4.11
11        84.4%   Ukrainian    +    15.6%   Estonian    @    4.19
12        65.3%   Ukrainian_Lviv    +    34.7%   Kargopol_Russian    @    4.27
13        98.1%   Ukrainian    +    1.9%   MA-1    @    4.28
14        92.5%   Ukrainian    +    7.5%   East_Finnish    @    4.3
15        91.1%   Ukrainian    +    8.9%   Russian_Smolensk    @    4.35
16        99.3%   Ukrainian    +    0.7%   Selkup    @    4.36
17        99.6%   Ukrainian    +    0.4%   Ket    @    4.37
18        99.9%   Ukrainian    +    0.1%   Papuan    @    4.38
19        99.8%   Ukrainian    +    0.2%   Shors    @    4.38
20        99.7%   Ukrainian    +    0.3%   Tatar    @    4.38
а вот MDLP k13, показывает, русский тверь, что тоже правда, только по другой линии.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1240 : 27 Апрель 2016, 15:40:31 »
да, согласен.
у меня показывает мою, можно сказать - преобладающую, белорусскую сторону=)
# Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1 71.7% Belorussian + 28.3% Kargopol_Russian @ 2.46
2 81.5% Estonian_Polish + 18.5% East_Finnish @ 2.47
3 79.4% Belorussian + 20.6% East_Finnish @ 2.52
4 83.8% Estonian_Polish + 16.2% Finnish @ 2.56
5 91.3% Belorussian + 8.7% Chuvash @ 2.6
6 89.2% Belorussian + 10.8% Tatar @ 2.76
7 93.4% Belorussian + 6.6% Mari @ 2.77
8 78% Estonian_Polish + 22% Kargopol_Russian @ 2.83
9 91.4% Estonian_Polish + 8.6% Tatar @ 2.84
10 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Xibo @ 2.84
11 87% Estonian_Polish + 13% Southwest_Finnish @ 2.84
12 95.8% Belorussian + 4.2% Shors @ 2.85
13 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Hezhen @ 2.85
14 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Tu @ 2.86
15 96.1% Estonian_Polish + 3.9% Uygur @ 2.86
16 97.8% Estonian_Polish + 2.2% Japanese @ 2.86
17 91.4% Estonian_Polish + 8.6% North_Swedish @ 2.86
18 97.9% Estonian_Polish + 2.1% Naxi @ 2.87
19 88.4% Estonian_Polish + 11.6% La_Brana-1 @ 2.88
20 97.9% Estonian_Polish + 2.1% Yizu @ 2.88

Оффлайн Ravnur

  • Сообщений: 551
  • Страна: by
  • Рейтинг +320/-6
  • Y-ДНК: I-Y64438
  • мтДНК: U5b1e1d
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1241 : 27 Апрель 2016, 16:12:28 »
У меня близко, но не совсем!

# Population Percent
1 Baltic 33.24
2 North_Sea 21.75
3 Eastern_Euro 21.71
4 Atlantic 13.41
5 West_Med 3.6
6 West_Asian 3.31
7 East_Med 1.56
8 Siberian 0.81
9 Sub-Saharan 0.39
10 Red_Sea 0.22

Single Population Sharing:

# Population (source) Distance
1 Lithuanian 4.29
2 Belorussian 4.52
3 Southwest_Russian 4.94
4 Estonian_Polish 5.41
5 Ukrainian_Belgorod 5.63
6 Russian_Smolensk 6.28
7 Estonian 6.59
8 Polish 6.88
9 Ukrainian 7.21
10 South_Polish 7.82
11 Ukrainian_Lviv 8.05
12 Kargopol_Russian 9.87
13 Erzya 10.67
14 East_Finnish 13.05
15 Finnish 13.78
16 Croatian 14.07
17 Southwest_Finnish 15.54
18 Moldavian 15.58
19 Hungarian 16.25
20 La_Brana-1 17.19

Mixed Mode Population Sharing:

# Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1   66.2% Lithuanian + 33.8% Ukrainian @ 2.57
2   69.8% Lithuanian + 30.2% Ukrainian_Lviv @ 2.78
3   83.2% Lithuanian + 16.8% Moldavian @ 2.98
4   56.2% Lithuanian + 43.8% Southwest_Russian @ 2.98
5   61.1% Lithuanian + 38.9% Ukrainian_Belgorod @ 3.05
6   70.8% Lithuanian + 29.2% South_Polish @ 3.09
7   93.9% Lithuanian + 6.1% Tabassaran @ 3.13
8   81.4% Lithuanian + 18.6% East_Finnish @ 3.16
9   84.9% Lithuanian + 15.1% Hungarian @ 3.21
10   94.3% Lithuanian + 5.7% Lezgin @ 3.26
11   89.1% Lithuanian + 10.9% Tatar @ 3.27
12   77.1% Lithuanian + 22.9% Kargopol_Russian @ 3.28
13   88.7% Lithuanian + 11.3% Serbian @ 3.28
14   78.7% Lithuanian + 21.3% Erzya @ 3.29
15   83% Lithuanian + 17% Finnish @ 3.3
16   94.5% Lithuanian + 5.5% Kumyk @ 3.34
17   94% Lithuanian + 6%     Nogay @ 3.37
18   95.3% Lithuanian + 4.7% Ossetian @ 3.4
19   95.5% Lithuanian + 4.5% Armenian @ 3.4
20   91.3% Lithuanian + 8.7% West_German @ 3.4

Оффлайн valera27

  • Сообщений: 685
  • Страна: ru
  • Рейтинг +139/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1242 : 27 Апрель 2016, 16:35:07 »
А у меня не так чтоб уж и близко :))

Eurogenes EUtest V2 K15 Oracle results:

#       Primary Population (source)   Secondary Population (source)   Distance
1       50.2%   Ukrainian_Belgorod   +   49.8%   Estonian   @   3.71
2       52.8%   Ukrainian_Lviv   +   47.2%   Lithuanian   @   3.84
3       55.7%   Ukrainian   +   44.3%   Lithuanian   @   3.91
4       55.2%   Southwest_Russian   +   44.8%   Estonian   @   3.96
5       52.2%   Estonian   +   47.8%   Ukrainian_Lviv   @   4.15
6       93.1%   Estonian   +   6.9%   Abhkasian   @   4.27
7       92.8%   Estonian   +   7.2%   Georgian   @   4.29
8       92.6%   Estonian   +   7.4%   Armenian   @   4.3
9       92.2%   Estonian   +   7.8%   Kurdish   @   4.3
10       92.1%   Estonian   +   7.9%   Iranian   @   4.3
11       92.6%   Estonian   +   7.4%   Georgian_Jewish   @   4.33
12       51%   Ukrainian   +   49%   Estonian   @   4.33
13       91.2%   Estonian   +   8.8%   Kumyk   @   4.33
14       91.9%   Estonian   +   8.1%   Adygei   @   4.33
15       92.7%   Estonian   +   7.3%   Assyrian   @   4.39
16       91.8%   Estonian   +   8.2%   Balkar   @   4.39
17       91.6%   Estonian   +   8.4%   Kabardin   @   4.39
18       92.2%   Estonian   +   7.8%   North_Ossetian   @   4.39
19       71.4%   Lithuanian   +   28.6%   Moldavian   @   4.45
20       93%   Estonian   +   7%   Iranian_Jewish   @   4.46

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1243 : 27 Апрель 2016, 18:20:18 »
В основном: то ли украинец, то ли белорус, или : русский, литовец, поляк.
И в малом возможно: румын, грек, армянин, турок, кумык, адыг, болгарин, итальянец, курд и многия многия.

1   71.8% Ukrainian_Belgorod + 28.2% Romanian 3.4
2   81% Ukrainian_Belgorod + 19% Greek_Thessaly 3.42
3   83.3% Belorussian + 16.7% Armenian 3.47
4   87.4% Southwest_Russian + 12.6% Armenian 3.53
5   54% Ukrainian_Belgorod + 46% Moldavian 3.55
6   80.2% Belorussian + 19.8% Kumyk 3.57
7   86.9% Russian_Smolensk + 13.1% Armenian 3.59
8   74.7% Ukrainian_Belgorod + 25.3% Bulgarian 3.6
9   87.6% Ukrainian + 12.4% Adygei 3.6
10  69.3% Southwest_Russian + 30.7% Romanian 3.62
11  88% Ukrainian + 12% North_Ossetian 3.62
12  84.4% Ukrainian_Belgorod + 15.6% Central_Greek 3.63
13  76% Lithuanian + 24% Turkish 3.64
14  85.9% Ukrainian_Belgorod + 14.1% South_Italian 3.66
15  89% South_Polish + 11% Kurdish 3.67
16  87.4% South_Polish + 12.6% Kumyk 3.67
17 86.4% Ukrainian + 13.6% Kumyk 3.68
18  87% Ukrainian + 13% Kabardin 3.68
19  89.9% Ukrainian + 10.1% Abhkasian 3.71
20  79.2% Southwest_Russian + 20.8% Greek_Thessaly 3.71

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1244 : 27 Апрель 2016, 18:41:58 »
Don,
да как-то больше на Центральную Украину похоже, может быть, с некоторым трендом на восток)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100