Polako/Davidski Eurogenes plots

[I2a1a]

Автор этого блога -Jean Manco - не является профессиональным генетиком. И ее теория генетического происхождения основана только на распределении Y-гаплогрупп и митогрупп у басков.

С этим согласен. Но подобного мнения придерживаются и некоторые генетики работающие не только с Y и mtdna:

A genome-wide survey does not show the genetic distinctiveness of Basques
Hafid Laayouni, Francesc Calafell and Jaume Bertranpetit
Human Genetics, 127 (2010)
http://www.springerlink.com/content/k24743n504551128/

Вопрос о том, являются ли баски генетическими изолятами и  наличие у басков приличного палеолитического компонениа - это несколько разные проблемы, Вы не находите?

[I2a1a]

Спасибо за статью, обязательно ознакомлюсь с ней, когда сяду за машину с доступом к Springer.
В качестве предварительного замечания скажу, что genome-wide survey на самом деле  не столь однозначен, поскольку разные исследователи рассматривают разные массивы SNP полиморфизмов. Об этом мимоходом упоминается и в работе, на которую Вы дали ссылку. Например в статье Li et al.2009, где использовался массив из 650 000 снипов, было показано, что французские баски выделяются от других европейских популяций. В то же время в работе Garagnani et al.2009 где использовался массив из 149 снипов, такой дифференциации обнаружено не было.

Как видите, результаты GWAS-исследований зачастую зависят от количества и качества исследуемых снипов. По одним снипам баски -типичные европейцы, по другим -значительно отличаются от них. Это означает, что баски -народ смешенного происхождения.

[Y-chrome]

Вопрос о том, являются ли баски генетическими изолятами и  наличие у басков приличного палеолитического компонениа - это несколько разные проблемы, Вы не находите?

Да, скорее это два разных вопроса. Хотя какая-то зависимость наверно есть. Если испанские и французские баски генетически мало отличаются соответственно от испанцев и южных французов (если верить результатам этой статьи) - то трудно делать заключения кто более палеолитичен или неолитичен. Может все иберийцы в отличие от континентальных западных европейцев имеют значительный палео компонент, а может и наоборот. Будем надеяться с новыми аутосомными данными получим ответы на эти вопросы.

Кстати, если не ошибаюсь, Dienekes и Polako используют данные только по французским баскам. Интересно, сохранится ли баскский кластер если включить испанских басков, каталонцев, и провансальцев?

[Anode]

А мне по баскам МакДональд как отрезал: "exactly zero in Basque (ditto)".

(Кстати, кроме Денэкеса и Поляко - есть ведь ещё и проф. МакДональд)

Забыл упомянуть, что я от него первого - услышал про связь финнов (по крайней мере на его плотах) с нативными американцами:
"northern people, who are always near zero on Mideast, and positive American. However, unless with an eastern real input they are not that high on E. Asian (i.e. Finns are high on American but not E. Asian.) And of course the N Y-chromosome haplogroup also means far north but NOT American all male line."


Мой тогдашний пост здесь.

[I2a1a]

А мне по баскам МакДональд как отрезал: "exactly zero in Basque (ditto)".

Любопытно, но у Поляко другая картина.
Интересно, почему?

[Anode]

А мне по баскам МакДональд как отрезал: "exactly zero in Basque (ditto)".

Любопытно, но у Поляко другая картина.
Интересно, почему?

Вообще-то лучше его самого спросить или устроить очную ставку с Поляко.

Я думаю, потому что я практически на границе русских (со стороны Кавказа), что видно на диаграмме здесь , баски же оранжевые, с другой стороны совсем, и от них мой крестик отделяют и англичане и французы, по крайней мере в МакДональдовской метрике/координатах.

[Anode]

А вообще я согласен с warwick'ом, что надо больше сибиряков МакДональду подкинуть (может тогда что-то и прояснится, и новые dimentions найдутся)

One cannot be more quantitative unless I get test results from a selection
of several Khants, Komi, various Nentsi, and other Siberians.

Finally, the quantitative test gives me the approximate fraction from
each comparison group, and you are very very high Russian with France next (common in Russians) and low in Adygei (typical of Northern Russians) and exactly zero in Basque (ditto).

Has anyone considered a Russian project to get more participants for Dr. McDonald.
How about a collaboration with him?

Sincerely

[I2a1a]

Советую обратить особое внимание на последние файлы, которые Дэвид Веселовски разослал участникам проекта. По сути, Дэвид приступил к той фазе анализа, о необходимости которой я неоднократно говорил на этом форуме -а именно к фазированию диплоидных данных в гаплоблоки и дальнейшее выявление общих по происхождению гаплоблоков. По словам Дэвида, будет произведено фазирование и выявление общих генеалогических гаплоблоков по всем хромосомам.

Результаты крайне любопытные.

[I2a1a]

С помощью экселовского макроса Ларри Смайзера можно произвести картографирование совпадающих аутосомных гаплотипов.
Вот, к примеру, мои данные по первым 161 гаплотипам на хромосоме 1.

[I2a1a]

Список идентичных по происхождению гаплотипов хромосомы 1, совпадающих с моими гаплотипами.


BY2BY2   US141US141   88   225
BY2BY2   UK17UK17   416   511
BY2BY2   US157US157   492   684
BY2BY2   RU10RU10   872   1000
BY2BY2   IE8IE8   1436   1578
BY2BY2   US141US141   1443   1587
BY2BY2   US154US154   1445   1580
BY2BY2   US163US163   2641   2712
BY2BY2   IT19IT19   2868   3009
BY2BY2   NAEU1NAEU1   2996   3104
BY2BY2   IT16IT16   3382   3523
BY2BY2   US130US130   3382   3579
BY2BY2   SE7SE7   3541   3626
BY2BY2   AU3AU3   3788   3979
BY2BY2   EESE1EESE1   3843   3943
BY2BY2   AU4AU4   4582   4651
BY2BY2   GR3GR3   4688   4794
BY2BY2   AU4AU4   4804   4957
BY2BY2   PL6PL6   4899   5071
BY2BY2   GR4GR4   5085   5249
BY2BY2   IT19IT19   5963   6153
BY2BY2   TR6TR6   6204   6376
BY2BY2   US164US164   6259   6365
BY2BY2   SE8SE8   7211   7330
BY2BY2   CA12CA12   7396   7615
BY2BY2   US141US141   7447   7816
BY2BY2   SE8SE8   9450   9538
BY2BY2   AU4AU4   9826   10086
BY2BY2   US157US157   10116   10525
BY2BY2   US164US164   10217   10450
BY2BY2   CA12CA12   10386   10601
BY2BY2   US153US153   10589   10762
BY2BY2   AJ7AJ7   10781   10873
BY2BY2   US130US130   11208   11413
BY2BY2   SE7SE7   11252   11551
BY2BY2   BE2BE2   11779   11911
BY2BY2   EUASAF1EUASAF1   12503   12740
BY2BY2   TR7TR7   13886   14175
BY2BY2   US152US152   14463   14616
BY2BY2   US132US132   14485   14636
BY2BY2   US152US152   15165   15491
BY2BY2   GR4GR4   15590   15942
BY2BY2   US132US132   15926   15988
BY2BY2   IT16IT16   17293   17663
BY2BY2   PL7PL7   17896   18255
BY2BY2   US134US134   17912   18220
BY2BY2   NAEU2NAEU2   18006   18220
BY2BY2   US159US159   18747   18990
BY2BY2   US134US134   19901   20034
BY2BY2   US163US163   20141   20378
BY2BY2   US141US141   23014   23146
BY2BY2   RU10RU10   24652   25103
BY2BY2   EUASAF1EUASAF1   24658   24916
BY2BY2   US154US154   24846   25066
BY2BY2   US150US150   25743   25914
BY2BY2   US157US157   25920   26073
BY2BY2   US152US152   26412   26535
BY2BY2   US154US154   26624   26783
BY2BY2   PL7PL7   27290   27463
BY2BY2   IT21IT21   27856   28094
BY2BY2   FRBE1FRBE1   28550   28767
BY2BY2   US153US153   28677   28858
BY2BY2   PL7PL7   29134   29364
BY2BY2   US132US132   29200   29347
BY2BY2   UK17UK17   29345   29552
BY2BY2   AU3AU3   30034   30343
BY2BY2   EESE1EESE1   30442   30902
BY2BY2   US141US141   30678   30893
BY2BY2   US157US157   31200   31496
BY2BY2   IT19IT19   31323   31494
BY2BY2   UK17UK17   31573   31763
BY2BY2   PL6PL6   31608   31758
BY2BY2   US152US152   31899   32007
BY2BY2   PL7PL7   32356   32495
BY2BY2   US152US152   32946   33173
BY2BY2   IE8IE8   33017   33116
BY2BY2   AU4AU4   33894   33984
BY2BY2   US154US154   34847   35016
BY2BY2   PL6PL6   36323   36482
BY2BY2   SE8SE8   36485   36759
BY2BY2   US131US131   36730   36779
BY2BY2   GR3GR3   37424   37725
BY2BY2   EESE1EESE1   37678   37866
BY2BY2   PL6PL6   39433   39533
BY2BY2   PL6PL6   39742   39825
BY2BY2   AFBR2AFBR2   40911   41032
BY2BY2   US134US134   40955   41150

[I2a1a]

То же самое по хромосоме 3, показаны самые большие совпадающие гаплоблоки.
Удивляет большое количество гаплоблокных матчей с чувашами,венграми.

[I2a1a]

Гаплоблоки максимального размера на 1 хромосоме

[I2a1a]

Топ-100 наиболее ближайшие ко мне участники проекта Еврогены.
Наиболее близки ко мне референсные генотипы белоруссов, литовцев и поляков (по данным 23ия).

IDs   BY2   Personal Info
BY2   0.0000   Vadim Verenich
BY   0.2373   Reference Population
LT   0.2381   Reference Population
PL3   0.2381   Not identified
PL4   0.2390   Wojewoda
LT   0.2394   Reference Population
North_Russian   0.2394   Reference Population
LT   0.2395   Reference Population
North_Russian   0.2397   Reference Population
IE6   0.2397   Michael Conroy - 100% Irish, from Ireland, possibly some Scottish and/or Viking ancestry
US58   0.2397   Little bit's husband (Polish, Irish, German)
EESE1   0.2397   Not identified
Caroline_Wright   0.2398   Reference Population
LT   0.2398   Reference Population
US56   0.2398   Not identified
BY   0.2398   Reference Population
BY   0.2399   Reference Population
US157   0.2399   Not identified
US86   0.2400   Mark Davis (50% mostly English (paternal), 25% Italian, 25% Polish)
UK8   0.2401   LKPRSB_Dad (100% UK born in Yorkshire one Grandfather was part Irish)
US173   0.2401   Not identified
North_Russian   0.2401   Reference Population
DE6   0.2402   LKPRSB_Husband (Mostly German/Prussian)
US152   0.2402   Not identified
ES2   0.2402   Isidro (Aragon, Spain)
LT   0.2402   Reference Population
FR   0.2403   Reference Population
BY   0.2403   Reference Population
EE1   0.2403   Not identified
UK3   0.2404   FluffyDad  English/Welsh and distant German/Italian
PL5   0.2404   Not identified
North_Russian   0.2404   Reference Population
US48   0.2404   Nekocat
US76   0.2404   Not identified
US111   0.2404   Not identified
RU6   0.2405   Not identified
North_Russian   0.2405   Reference Population
BY   0.2405   Reference Population
DE1   0.2405   Eastern German
Chuvash   0.2405   Reference Population
US174   0.2406   Not identified
BY   0.2406   Reference Population
FI3   0.2406   Not identified
FR   0.2407   Reference Population
FR   0.2407   Reference Population
CA4   0.2407   David Faux. Colonial American / Canadian (1/16 German, 1/16 English, < 1% Six Nations Lower Mohawk, < 1% African), rest British (1/16 Scottish, 1/16 Irish, rest almost entirely east coastal English).
LT   0.2407   Reference Population
French_Basque   0.2407   Reference Population
US134   0.2407   Not identified
US146   0.2408   Not identified
French_Basque   0.2408   Reference Population
HU   0.2408   Reference Population
AU2   0.2408   Not identified
IE3   0.2409   Maureen Higgins Markov (Irish)
Sardinian   0.2409   Reference Population
DESK1   0.2409   (50% German, 50% Slovakian)
HU   0.2409   Reference Population
HU   0.2409   Reference Population
EE2   0.2409   Not identified
Jeff_Barrett   0.2409   Reference Population
US145   0.2409   Not identified
North_Russian   0.2410   Reference Population
RO2   0.2410   Not identified
North_Russian   0.2411   Reference Population
Orcadian   0.2411   Reference Population
FCA1   0.2411   Not identified
RU4   0.2411   Not identified
North_Russian   0.2411   Reference Population
US164   0.2411   Not identified
PL6   0.2411   Not identified
CA3   0.2411   zurgleblatz [Vince Tilroe] Pat-100% Neth; Mat-50% German-Serb, 25% Polish, 25% Ger-Pol
RU   0.2411   Reference Population
North_Russian   0.2411   Reference Population
US71   0.2411   Mirage Bob Peel Denmark 3/8, Wales 1/4, Norway, 1/8, Sweden 1/8, US Colonial/Canada 1/8
US166   0.2411   Not identified
US15   0.2412   Fauxmama -- (maternal - German, Dutch, British) (paternal - German, Jewish, Russian)
Don_Conrad   0.2412   Reference Population
LT   0.2412   Reference Population
North_Russian   0.2412   Reference Population
SV1   0.2412   Not identified
US27   0.2412   Ashultz 17/32 German and 10/32 Irish the rest is English, Welsh, and Scottish
US125   0.2412   (Colonial USA-England, Ireland, Scotland, France, Germany, Switzerland)
RU11   0.2412   Altai Volk, Vladimir Markov Siberia Russia
HU   0.2412   Reference Population
RU   0.2412   Reference Population
FR1   0.2412   Heraus (Gascony)
UK17   0.2412   Not identified
BY   0.2413   Reference Population
North_Russian   0.2413   Reference Population
UK6   0.2413   LKPRSB_Mom (100% UK born in Swansea, South Wales - mostly English with a little Welsh & Scottish)
NO5   0.2413   Not identified
EUAS1   0.2413   Not identified
French_Basque   0.2413   Reference Population
HU   0.2413   Reference Population
RU7   0.2414   Not identified
US85   0.2414   Ron Kruger (maternal Swedish; paternal Polish, German, French, Basque)
US169   0.2414   Not identified
French_Basque   0.2414   Reference Population
BE2   0.2414   Not identified

[I2a1a]

Среднеарифметическая дистанция совокупности моих аллельных генотипов от референсных научных популяций.

Population   Ave. Distance from Populations
BY   0.24034
LT   0.24053
North_Russian   0.24179
HU   0.24202
FR   0.24262
Orcadian   0.24270
French_Basque   0.24332
RO   0.24348
ES   0.24367
Tuscan   0.24407
North_Italian   0.24431
Sardinian   0.24513
Chuvash   0.24517
AJ   0.24564
Adygei   0.24611
Aleut   0.24616
AM   0.24618
Lezgin   0.24634
GE   0.24671
CY   0.24725
TR   0.24741
SJ   0.24749
MAJ   0.24853
UZJ   0.24915
Druze   0.24965
IR   0.25031
Pathan   0.25140
Palestinian   0.25147
SY   0.25149
UZ   0.25167
LB   0.25182
Burusho   0.25195
JO   0.25268
Brahui   0.25294
Uygur   0.25312
KSA   0.25346
Hazara   0.25401
Sindhi   0.25419
Balochi   0.25424
Makrani   0.25531
EG   0.25547
West_Greenland   0.25563
Selkup   0.25653
Ket   0.25705
Sakilli   0.25740
Altai   0.25777
Dolgan   0.25787
Mongol   0.25880
YE   0.25888
North_Kannadi   0.25894
Yukagir   0.25902
Tuva   0.25993
Mozabite   0.26037
East_Greenland   0.26130
MA   0.26195
Buryat   0.26212
Yakut   0.26217
Athabask   0.26234
Evenk   0.26254
Chukchi   0.26317
Nganassan   0.26322
Xibo   0.26375
Maya   0.26387
Mongola   0.26395
Gujarati   0.26455
Tu   0.26458
Daur   0.26491
Koryak   0.26494
Hezhen   0.26553
KH   0.26582
Oroqen   0.26592
Yizu   0.26695
Han   0.26696
Naxi   0.26710
JP   0.26713
Miaozu   0.26768
She   0.26790
Lahu   0.26811
Dai   0.26816
Tujia   0.26818
CO   0.26926
Pima   0.26948
ET   0.27201
Karitiana   0.27342
NAN_Melanesian   0.27466
Surui   0.27523
Papuan   0.27922
Maasai   0.29329
Bantu_N.E.   0.30083
Mandenka   0.30364
Yoruba   0.30548
Bantu_S.E.   0.30561
Bantu_S.W.   0.30582

[I2a1a]

График популяционных дистанций, за исходную точку 0 принят мой генотип.