Маркеры, наиболее часто характеризующие субклады

[wertner]

Свел вместе данные по всем гаплогруппам: какие маркеры лучше характеризуют старшие субклады гаплогрупп.
Странно, всегда думал, что это должны быть маркеры со средней или медленной скоростью. Оказалось, что лучше всего разделяют субклады частомутирующие маркеры.

Я бы предостерег перед очевидной идеей использовать эти цифры как веса при построении дерева. Это приведет всего лишь к хорошему разделению ветвей в основании дерева, но к ошибочной филогении на более мелких ветвях.

	Маркер	Среднее	A	B	C	E	F	G	I1	I2	J1	J2	L	N	O	Q	R1a	R1b	T
1	DYS 393	36	34	72	60	18	77	57	6	59	24	4	52	65	55	3	2	20	4
2	DYS 390	53	90	80	69	81	2	76	43	33	46	68	65	46	48	91	9	16	31
3	DYS 19/394	40	73	81	40	83	12	27	2	28	26	38	44	34	24	11	29	44	76
4	DYS 391	29	85	82	46	32	6	12	0	30	30	17	4	53	15	5	39	17	23
5	DYS 385a	50	98	80	48	44	20	47	34	64	60	19	78	39	44	23	31	60	65
6	DYS 385b	39	99	55	53	31	18	52	12	40	22	36	42	50	61	35	24	14	23
7	DYS 426	5	4	50	0	1	0	0	0	1	25	1	0	0	0	1	3	6	0
8	DYS 388	31	97	68	54	7	68	42	4	14	73	27	0	6	20	3	31	10	4
9	DYS 439	36	37	95	70	26	61	21	16	26	19	22	48	36	41	30	24	8	37
10	DYS 389-1	40	14	85	19	48	23	57	4	47	25	65	62	37	46	31	24	48	38
11	DYS 392	34	47	50	56	22	22	35	1	74	3	4	49	29	53	88	21	10	6
12	DYS 389-2	39	80	82	66	41	16	56	5	28	38	17	13	50	29	68	19	29	34
13	DYS 458	44	38	61	49	29	36	45	5	51	43	48	65	51	39	61	45	31	59
14	DYS 459a	27	77	50	7	42	18	59	3	11	5	48	1	57	64	5	9	5	2
15	DYS 459b	22	3	80	41	49	15	3	1	19	10	5	7	57	30	9	13	24	5
16	DYS 455	17	97	59	4	3	31	4	2	37	7	3	9	7	5	1	20	3	2
17	DYS 454	27	75	68	81	24	0	5	0	35	2	4	10	16	4	23	2	28	85
18	DYS 447	52	37	80	73	43	23	70	13	20	55	58	57	58	62	60	63	67	37
19	DYS 437	31	90	57	2	39	13	6	3	38	0	66	61	1	41	16	3	23	62
20	DYS 448	47	91	76	50	61	74	19	2	30	34	72	10	63	75	32	37	31	42
21	DYS 449	47	37	74	56	29	45	50	17	46	73	34	65	39	64	50	23	44	45
22	DYS 464a	51	85	88	85	48	18	63	8	48	80	50	58	43	30	35	8	83	38
23	DYS 464b	50	94	72	78	27	15	57	7	34	83	58	70	27	35	54	39	46	54
24	DYS 464c	45	73	82	81	20	32	67	11	40	30	12	55	47	46	34	29	50	55
25	DYS 464d	47	47	91	52	37	22	63	16	26	48	55	60	53	65	53	33	53	19
26	DYS 460	34	70	73	12	36	23	30	7	52	29	43	53	16	55	15	29	3	29
27	GATA H4	37	44	91	68	27	9	33	6	27	35	30	49	6	20	95	29	26	35
28	YCA IIa	32	89	50	70	38	7	18	2	36	80	12	37	6	13	5	3	44	37
29	YCA IIb	45	88	55	78	52	9	10	3	36	7	68	61	79	36	90	39	34	23
30	DYS 456	40	73	68	41	23	0	56	12	25	46	66	40	63	35	43	33	25	38
31	DYS 607	46	42	84	50	48	20	66	5	50	60	17	16	80	60	54	13	43	69
32	DYS 576	42	38	72	72	45	66	30	23	22	40	16	50	31	38	63	32	30	54
33	DYS 570	43	36	80	38	29	45	61	21	27	55	24	55	50	17	79	33	29	55
34	CDY a	47	94	85	64	56	49	47	12	24	46	23	57	18	42	39	35	51	49
35	CDY b	45	89	71	75	19	51	61	8	38	39	25	51	47	33	45	18	57	38
36	DYS 442	37	34	68	48	28	61	53	4	12	33	43	11	45	12	39	39	30	63
37	DYS 438	26	73	50	56	70	0	4	2	4	3	18	35	4	41	16	2	68	1
38	DYS 531	20	35	85	2	6	8	12	2	12	43	20	3	5	42	2	26	40	1
39	DYS 578	30	91	80	72	9	28	5	0	1	4	73	3	0	54	0	1	93	4
40	DYS 395S1a	32	91	68	0	44	6	59	1	41	3	42	65	1	39	28	3	44	8
41	DYS 395S1b	34	91	68	5	48	0	3	0	16	2	82	83	70	27	70	1	5	5
42	DYS 590	18	98	80	21	25	3	1	0	30	0	3	0	8	0	1	1	4	35
43	DYS 537	31	83	55	50	54	11	12	3	5	31	37	13	98	14	14	23	19	7
44	DYS 641	20	36	80	65	6	2	1	3	10	23	5	59	8	0	2	2	14	25
45	DYS 472	7	74	50	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0
46	DYS 406S1	43	97	78	28	50	16	50	2	58	27	41	60	59	64	20	35	19	29
47	DYS 511	36	36	69	58	10	2	58	47	24	22	24	19	27	42	72	7	29	62
48	DYS 425	27	100	50	58	29	0	90	0	1	4	7	14	0	48	50	1	0	1
49	DYS 413a	44	91	50	83	66	0	62	26	27	18	91	17	71	50	34	19	45	3
50	DYS 413b	45	80	66	84	56	8	30	25	28	3	92	8	74	83	72	8	35	11
51	DYS 557	42	82	56	73	30	45	25	15	26	53	46	41	78	25	58	11	22	23
52	DYS 594	26	36	68	75	28	0	9	1	43	2	52	6	34	23	3	39	28	3
53	DYS 436	15	36	50	18	4	11	66	0	1	44	1	0	0	1	18	0	0	0
54	DYS 490	20	36	66	69	45	3	2	3	30	44	9	0	14	9	1	1	1	3
55	DYS 534	38	33	61	50	36	25	36	17	22	54	50	40	28	41	54	19	31	46
56	DYS 450	25	91	50	57	31	0	62	0	74	2	35	3	0	0	2	1	11	3
57	DYS 444	39	87	55	84	14	55	34	8	45	16	17	48	29	44	21	30	22	48
58	DYS 481	53	90	44	38	58	41	81	8	43	65	43	52	92	53	44	36	28	79
59	DYS 520	51	43	70	31	83	73	57	3	30	55	63	61	25	48	99	53	14	64
60	DYS 446	50	88	61	75	61	20	51	8	40	63	49	53	90	28	56	19	22	62
61	DYS 617	38	99	80	64	80	31	44	11	28	3	24	64	14	52	35	8	12	2
62	DYS 568	26	98	50	70	41	0	11	0	47	26	12	0	9	35	11	1	3	29
63	DYS 487	34	54	65	42	59	13	25	5	50	32	42	7	35	33	16	6	20	70
64	DYS 572	41	91	50	59	86	9	19	4	27	68	52	39	21	32	56	27	14	43
65	DYS 640	26	0	50	14	34	5	1	1	47	4	39	46	34	41	98	2	25	2
66	DYS 492	29	91	80	80	41	11	2	0	8	1	1	24	1	9	98	12	31	10
67	DYS 565	29	0	90	45	60	22	35	1	11	2	37	38	0	9	82	41	23	2

[VVR]

Свел вместе данные по всем гаплогруппам: какие маркеры лучше характеризуют старшие субклады гаплогрупп.
Странно, всегда думал, что это должны быть маркеры со средней или медленной скоростью. Оказалось, что лучше всего разделяют субклады частомутирующие маркеры.

Не согласен я с Вашими выводами.
Если уж говорить именно лучше всего разделяют, то лучше - мутации на очень медленных маркерах и желательно 2-х или 3-х шаговые. Но такое удовольствие очень редко бывает.
А если чаще всего, то это среднебыстрые и средние по скорости маркеры. Самые быстрые маркеры не годятся. И такие маркеры, как CDYa,b, DYS576, DYS570, и может быть DYS449 я бы даже в слабые признаки субкладов не включал. Даже в относительно молодых субкладах большой разброс значений.
Может я не прав, но когда определяю к какой ветви R1a1 относится гаплотип, я на эти маркеры вообще не обращаю внимания.   

[wertner]

Но ведь DYS 385a и DYS 464 Вы пользуетесь для определения ветвей R1a1a1?

[VVR]

Но ведь DYS 385a и DYS 464 Вы пользуетесь для определения ветвей R1a1a1?

Конечно, но я их не отношу к самым быстрым.