Не вполне понял про ответвления.
Про ветки на дереве я имел в виду следующее.
Если посмотреть на дерево (на Вашей картинке в Мега), то, по-видимому, общий предок - это modal. От него идет ствол дерева. Оно разветвляется на 2 большие ветви (4 и 3 гаплотипа). В четвёрке первая (нижняя) ветка - SG6312, затем ветка SF8545, и последняя верхушка - пара веточек SX8127 и SF5955. Эту парочку в лаборатории считают родственниками - они в 2-х шагах др.от др. и закрашены зелёным фоном. Это понятно.
Но кто к этой паре ближе? По картинке - ближайшая к ним ветка SF1845. А SG6312 - более дальний родственник. На деле же по расчёту - всё наоборот. Ближайший к парочке родственник SG6312. Он ближе и по "разностям" - в 3-х шагах от парочки, и даже тоже закрашен зелёным цветом.
Это напрягает. Зачем рисовать дерево, если оно не даёт наглядности? Если бы поменять местами ветки SF1845 и SG6312 - то всё стало бы на свои места.
То же самое про ветвь из 3-х гаплотипов. В ней "ближайшие родственники" SJ0667 - SZ4764, а SH5315 - подальше. Но по картинке этого не скажешь. Там скобочкой объединены якобы "ближайшие" - SZ4764 И SH5315.
Тут же ещё вопрос по делу. Похоже, что расстояние от модального до самого дальнего (SH5315?) Вы измеряете от точки первого ветвления (это крайняя левая вертикальная линия). А не от слова modal? А вот в Phylip даются расстояния между каждыми точками, в том числе есть расстояние от слова modal до точки первого ветвления. Это может "накинуть" ещё 500 лет. И как раз дотянем до 4200 лет, как в расчёте TMRCA?
Александр.
Самое главное: топология - отдельно, времена - отдельно.
По поводу модального гаплотипа Вам уже сказал Вадим. По сути, млдальный гаплотип характеризует выборку. Нет абсолютно никакой гарантии того, что он является предковым.
Допустим мы рассматриваем только один маркер. Имеем выборку 1 2 2 3 4 5 6 7. Модальное, т.е. наиболее часто встречающаеся, значение - 2. А теперь представьте, что мы добавили пару гаплотипов со значением маркера 7. Т. е., новая выборка 1 2 2 3 4 5 6 7 7 7. Теперь модальное значение 7.
То есть опять возвращаемся к пережёвыванию мочала о правильном концепте составления выборки.
Теперь наш вариант: работаем по тем данным, что имеем. И оцениваем одновременно весь пул.
Топология позволяет показать родственные ветви. Если Вы покликаете на укоренения в Меге, то получите почти те же самые группы ветвей. Ветвь означает группу более близких родственников. Чем она дальше от левой линии, тем (условно!!!) ближе к нашим дням её предок-прародитель.
Времена же мы считаем по отдельной методе. Пример с линеечкой я привел в качестве курьёза. Для меня абсолютно безразлично, получен ли результат с помощью многостраничных размышлений. Или же можно довольствоваться близким по значению эрзацем. Порядок цифр мне примерно ясен. Также и ясно то, что подтвердить. или опровергнуть достоверность полученных выкладок пока нельзя.
Да и вообще в словосочетании ДНК-генеалогия для меня важнее генеалогия, чем ДНК. Именно генеалогия, а не история, выходящая даже за рамки Истории Древнего мира.
В моём рисунке я вижу три ветви:
1) Отдельно стоящий 6312. Он ближе всех стоит к модальному гаплотипу, который мы с огромными натяжками (особо учитывая мизерность выборки и большие генетические дистанции) считаем предковым.
2) 1845, 8127, 5955. Самая молодая ветвь.
3) 0667, 5315, 4764. Ветвь почти такая же по возрасту, как и 1). И старше чем 2).
Поиграйте с укоренениями в Меге. Характер ветвей может измениться.
Когда сэмплов много, количество рассматриваемыйх маркеров велико, а генетические дистанции незначительны, картина получается очень определенной. Как мы не изменяем укоренения, группы гаплотипов от этого не меняются.
Взяв отдельно такую группу, можно сделать уточняющее построение и (отдельно!) просчет времен.
Тема: Построение дендограмм (графиков, схем, деревьев) гаплогруппы (Прочитано 54510 раз)