АвторТема: Построение дендограмм (графиков, схем, деревьев) гаплогруппы  (Прочитано 55740 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19884
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1821/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Хорошее познается в сравнении. А то что Мурка фёстлайн это факт.))

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Хорошее познается в сравнении. А то что Мурка фёстлайн это факт.))
Сложна в пилотирование.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7097
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Первую неделю - да.
На следующую от сочинения Ych по 250 67-маркерным гаплотипам до получения готового (раскрашенного по территориям, и с выявленными и обозначенными предками ветвей) рисунка уходит с полчаса.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2885/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Судя по отзывам наверное хороша, но Центурион прав. Сколько людей ей умеют пользоваться? На просторах российской генеалогии человек 50 наберется? Я понимаю, что программа писалась для других более широких задач,но ...
Меня хватило на несколько вечеров на программках попроще, чтобы плюнуть на это дело и в ближайшее время не возвращаться. Смысл что-то считать, если разница в возрасте 2 раза на разных скоростях мутаций и нельзя однозначно сказать, что такой-то вариант подсчета однозначно неверен?
Простите за наивные высказывания дилетанта, но таких как я "имя им легион", а тех кто может на лету понять и освоить специализированные программки - единицы.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7097
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А вот тут - дело субъективное - верю-неверю скорости.
Можно коэффиициенты популяционные 0.00069, можно средненькие 0.002, можно от FTDNA 0.0024.
Пока коэффициенты АК с возвратными мутациями по времени проходят и с временем заселения территорий и с археологией, я и не дёргаюсь.
Кто-нибудь продумает лучший вариант - не вопрос - перейду на него.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2885/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
А почему "от FTDNA 0.0024" ? Там ведь стоит 0,004..0,0075. А вы конкретно какую скорость считаете наиболее подходящей?

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 1756
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
ФТДНА использует использует РАЗНЫЕ скорости для каждого маркера. Затем они усредняются по конкретному набору маркеров. Сие не всегда есть хорошо, так как обычно нестандартные наборы маркеров надо ещё и калибровать по какой-либо известной генеалогии (поскольку в парах отец-сын они определяются с большой погрешностью).

Поэтому у Вас скорости ФТДНА и 0.002 (откалиброванная по стандартным панелям) будут заведомо различаться, если набор маркеров нестандартен.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 11307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2885/-49
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a= I2a1b1a2a1a1( I-FT413656)
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a

А вообще как просьба от чайников к модераторам. Тема начиналась подробными пошаговыми инструкциями Михаила и Centurion, дальше пошла безусловно очень интересная, но уже профессиональная дискуссия. Нельзя ли выделить эти посты-инструкции в отдельную закрытую для общения тему, к примеру "Подробные инструкции для новичков", а там уже подразделы типа инструкции от Centurion, ...., " как работать с тем-то" и т.д.?
Я понимаю, что всем здесь катастрофически не хватает времени, но если кто-то еще сможет набросать что-то похожее на посты Михаила и Centurion, "чайники" будут вам безмерно благодарны.
« Последнее редактирование: 30 Май 2009, 02:27:22 от zastrug »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7097
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А почему "от FTDNA 0.0024" ? Там ведь стоит 0,004..0,0075. А вы конкретно какую скорость считаете наиболее подходящей?
Смотрел по скрипту Yutility.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3098
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Цитировать
А вообще как просьба от чайников к модераторам. Тема начиналась подробными пошаговыми инструкциями Михаила и Centurion, дальше пошла безусловно очень интересная, но уже профессиональная дискуссия. Нельзя ли выделить эти посты-инструкции в отдельную закрытую для общения тему
В принципе можно. Более того, оформим их в будущем именно в виде инструкций-статей...

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Один из алгоритмов построения филогенетического древа выглядит следующим образом...
Переношу сюда вопрос из "однофамильцев", туда, похоже, уже мало кто заходит...
Подскажите, пожалуйста.
Пытаюсь построить дендрограмму для своей семёрки R1a по методу Центуриона (http://forum.molgen.org/index.php/topic,19.0.html) но дохожу только до этапа "скопируйте в блокнот" и "Paste haplotype rows":
SX8127 13 24 16 11 11 14 10 13 11 30 15 14 20 12 16 11 23
SF5955 13 25 16 11 11 13 10 13 11 30 15 14 20 12 16 11 13
SG6312 13 25 16 10 11 14 10 13 11 30 15 14 20 13 16 11 23
SZ4764 13 25 15 10 11 14 9 13 11 29 16 14 20 13 16 11 23
SF1845 13 24 17 10 10 14 11 13 11 30 16 14 20 12 16 11 23
SH5315 13 25 15 11 11 15 11 13 11 30 13 14 20 13 15 11 24
SJ0667 13 23 16 10 11 12 11 13 11 29 15 14 20 13 17 11 23
Делаю рекомендованные установки и нажимаю "Execute". Но в "обработанных данных" получаю 1 значение - modal 0. Убираю галочки в неиспользуемых маркерах DYS, но результат - тот же.
Что-то делаю не то. Приведённый Центурионом пример прошёл без проблем, дерево нарисовалось, а свой не получается. А хотелось подтвердить ветку с "родственниками" (у нас в этой группе - три зелёных цвета).
« Последнее редактирование: 30 Август 2009, 20:57:32 от Alexander »

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Alexander

попробуйте расставить локусы в том же порядке что и в утилите, а на ненужных уберите галочку.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Alexander
попробуйте расставить локусы в том же порядке что и в утилите, а на ненужных уберите галочку.
Локусы у меня уже стоят в порядке:
393   390   19   391   385a   385b   439   389i   392   389ii   458   437   448   H4   456   438   635
Галочки убирал по-всякому: а) только в ряду Exists - вплоть до 635 (29 галочек), потом до конца ряда (все лишние);
                                          б) в обоих рядах (Exists-Enable) тем же макаром. Результат - один: modal 0...
Ребята, подскажите, всё же, как добиться от (Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility, Ysearch Mode) результата при 17-маркерных гаплотипах. Как ни расставляю галочки - никакой реакции.
« Последнее редактирование: 30 Август 2009, 20:58:49 от Alexander »

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9543
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Ребята, подскажите, всё же, как добиться от (Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility, Ysearch Mode) результата при 17-маркерных гаплотипах. Как ни расставляю галочки - никакой реакции.
Для какой задачи вам? Для Network, или для Phyl?

Alexander, см приложенный файл html
« Последнее редактирование: 27 Август 2009, 23:03:28 от Centurion »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Alexander, см приложенный файл html
Спасибо, уважаемый Центурион. результат, вроде, есть. Но ещё немного вопросов. Я получил дерево (?) R1a1 однофамильцев:


      +---------------------------------------    SJ0667 Игарка
  +---2
  !   ! +------------------------------    SZ4764 Воронеж.обл
  !   +-1
  !     +----------------------------------------------------    SH5315 Оренб.обл
  !
  !                     +---------------    SX8127 Самара
  !         +-----------6
  !   +-----5           +----------------    SF5955 Желдор
  !   !     !
  3---4     +----------------------------------------    SF1845 Москва
  !   !
  !   +----------    SG6312 Казахстан
  !
  +----------     modal


remember: this is an unrooted tree!

Sum of squares =     0.45156

Average percent standard deviation =     9.14447

Between        And            Length
-------        ---            ------
   3             2            165.82655
   2              SJ0667     1543.21597
   2             1             91.78179
   1              SZ4764     1192.20357
   1              SH5315     2047.79643
   3             4            150.58106
   4             5            221.59190
   5             6            460.90940
   6              SX8127      601.51432
   6              SF5955      658.48568
   5              SF1845     1590.93691
   4              SG6312      404.14919
   3               modal      417.50218
В таблице статуса образцов у нас помечены зеленым цветом SX8127,SF5955,SG6312.
Но "по дереву" родственников остаётся уже, как бы двое: SX8127 (Самара), SF5955 (Желдор)?
Полагаю, т.6 - это предок для Казахст и Желдор, но в нижней таблице у обоих расстояния до т.6 разные. Подскажите, как трактовать это дерево? В чём тут суть?
И ещё - откройте секрет, как всё-таки совладать с (Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility, Ysearch Mode) при 17-маркерных гаплотипах? Я ведь просто воспользовался готовым Вашим результатом...





« Последнее редактирование: 29 Август 2009, 01:07:22 от Alexander »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.