Построение дендограмм (графиков, схем, деревьев) гаплогруппы

[Valery]

Интуитивно это можно понять очень легко. Берем любое дерево и какие-нибудь два гаплотипа в нем. Чем дальше эти гаплотипа друг от друга на дереве тем более вероятность что расстояние между ними в шагах БОЛЬШЕ реального Хэммингова расстояния между ними. Потому что при построении дерева на вид пути между этими двуми гаплотипами влияли другие включенные в выборку гаплотипы, и чем дальше они друг от друга тем больше было такого влияния. В дереве будут параллельные мутации которые, если ограничиться только одним путем о котором речь, станут в нем "возвратными". Иными словами, получаем две метрики: одну "естественную", определяемую простым подсчетом замен, и вторую - новую, древовидную, индуцированную графом. Любой граф со взвешенными ребрами можно превратить в полный метрический граф (то есть будет верным неравенство треугольника даже если оно не было верным в исходном графе) полагая расстояние между вершинами равным длине кратчайшего пути между ними в исходном графе. Если исходный граф - дерево, то еще проще, там между двумя вершинами всегда единственный путь (и тем самым любое взвешенное дерево - метрический граф). Вот этот новый метрический граф и задает метрику по которой будут считать возраст. И данная метрика требует ОСОБОЙ поправки на возвратные мутации.

А если исходное дерево состояло всего из двух гаплотипов, это самый тривиальный вид деревьев, то новый метрический граф будет таким же. И здесь нужна ПОЛНАЯ поправка на возвратные мутации: мы видим двух дальних родственников и прикидываем сколько на пути между ними могло быть движений туда-сюда. Но как только добавим еще гаплотипов, будет нужна уже меньшая поправка, новые гаплотипы сделают свое дело.

[Centurion]

Какие по максимуму могут быть раличия в локусах между мной и четвероюродным дядей, у которого предки переселились из Центрально-Черноземного района на дальний север?

Дядей по прямой мужской линии я так полагаю? Может не быть никаких различий, а может быть и 2 и 3. чтобы разобраться у кого сколько мутаций, и каков был гаплотип общего предка для вас и вашего пятиюродного дяди нужно протестировать еще парочку ваших родственников, по типу двоюродного и троюродного дядей.

[shekhol]

спасибо всем за ответы, но вопросов у меня еще много будет.
Перехожу в соответствующую ветку  Определение времени до общего Предка (TMRCA)

[Grigoriev]

Замечательные мануалы предложены в самом начале ветки! Я думаю, что подобные руководства можно сверстать в виде иллюстрированных статей и... даже поместить их в один из номеров Журнала... Пусть страна осваивает методы днк-генеалогических построений! Что скажете?

[I2a1a]

Я тоже так думаю. Но если они рассчитаны на широкую аудиторию, то их надо переписать на более доступном языке.

[zastrug]

Да, Михаил все просто разжевал, даже у меня кой-чего получается . Но вопрос, в программе Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility, Ysearch Mode, Центурион советовал проставить : "в поле Mutation Rate выбираем FTDNA", Михаил в инструкции выставил constant =0,002.
Естественно ворасты выходят совершенно разные.
Так что все-таки выставлять?

[Centurion]

Да, Михаил все просто разжевал, даже у меня кой-чего получается . Но вопрос, в программе Y-Utility: Y-DNA Comparison Utility, Ysearch Mode, Центурион советовал проставить : "в поле Mutation Rate выбираем FTDNA", Михаил в инструкции выставил constant =0,002.
Естественно ворасты выходят совершенно разные.
Так что все-таки выставлять?

0.002 или FTDNA

попробуйте оба блюда

[zastrug]

Так разница в таблицах большая уж очень

[Centurion]

Так разница в таблицах большая уж очень

Это любимая утилита ПШ. Он кажется пользуется "скоростью" от FTDNA для построения дерева R1a1.

[I2a1a]

Есть вопрос - кто-нибудь уже пользовался Java-версией программы SplitTree4

По идее, она поддерживает тот же формат входных данных, что и Мега. Однако полученный Fitch'ем файл в формате tre в этой программе не запускается:

SplitsTree4 is the leading application for computing evolutionary networks from molecular sequence data. Given an alignment of sequences, a distance matrix or a set of trees, the program will compute a phylogenetic tree or network using methods such as split decomposition, neighbor-net, consensus network, super networks methods or methods for computing hybridization or simple recombination networks.

SplitsTree4 is an all-new implementation of the SplitsTree3 software written in Java. Superficially, this new program is similar to previous versions of this software. However, there are substantial differences. The new program has many new features, see the manual for details

[I2a1a]

0.002 или FTDNA

попробуйте оба блюда

Как так, ведь тогда гаплотипы будут скакать с ветки на ветку . Это же не железобетонные, 100-маркерные

[Mich Glitch]

Есть вопрос - кто-нибудь уже пользовался Java-версией программы SplitTree4

По идее, она поддерживает тот же формат входных данных, что и Мега. Однако полученный Fitch'ем файл в формате tre в этой программе не запускается:

Я пользуюсь.
Иногда создаю построение из infile непосредственно в SplitTree.
Мегавские картинки тоже кушаются.
Внизу привел какие-то примеры (проверил прямо сейчас).
Версию использую SplitTree4 версия 4.10 от 2 мая 2008 года.
Одна картинка под Мегой.
Вторая под SplitTree.

[Mich Glitch]

Заглючило только сейчас, поправлять лень. А вообще рисуется всё нормально.

[Mich Glitch]

0.002 или FTDNA

попробуйте оба блюда

Как так, ведь тогда гаплотипы будут скакать с ветки на ветку . Это же не железобетонные, 100-маркерные

Вы еще не заметили, что скорость мутаций на топологию почти не влияет?
И если укоренения несколько раз поменять (то что называют расплывчатым словом причесывание), то родственные ветки всё равно почти всегда с одинаковым результатом можно отделить одну от другой.
А если взять и в паре просчитать на обычном калькуляторе TMRCA, то результат получается такой же (или, если хотите, сопоставимый с результатами от АК - он, кстати всегда использует среднегаплотипную скорость).
Всё это делается малой кровью и без всякой особой зауми. То есть выдерается ветка, а на ней считается калькулятором TMRCA для самой разнесенной пары.
Насколько точны такие выкладки - вопрос особый.
Если у кого-то какие-то сомнения, то могу доказать.
Что до так называемых возвратных мутаций, то на деле это означает переход от "выверенной" АК ранее скорости 0.0022 к не менее "выверенной" скорости 0.0021.
Я просто беру 0.002. К чему мелочиться?

Понимаю что своим желчным сарказмом по поводу науки и академии всех уже достал, но если кто-то обратит внимание на смысл моих речений, а не только на злобные интонации, то без труда убедится в правоте моих слов.

В начале любого познавательного процесса надо всегда что-то принять за акисому и чьё-то мнение считать авторитетным. Но потом неплохо подумать и самому попытаться разобраться что к чему и ху из ху.
 

[mouglley]

Господа, да что вы мучаетесь?

Давно уже есть Мурка.
Лучше и нагляднее пока никто ничего не придумал:
дерево - есть;
по веткам разбивает в лёт;
Даже предка выдаёт близко к нетворку.
Скорость мутаций можно заложить какую угодно, хоть даже популяционную, чтобы получить возраст в сотню тысяч лет (что и получается, если например обработать Муркой все данные с Генофонда. Если по методике АК с учетом возратов получается 55-60 тысяч лет, то по популяционной методике, возраст россиян снанет старше бушмен и пигмеев вместе взятых).