Значит, все эти "несловянскости" во внешности часто являются наследием ещё с неолитических времен, а не цыганских, татарских, еврейских и т.п. примесей, как считает "народная антропология" (по подобию "народной этимологии"). Т.е., ещё одно доказательство, что образ "настоящих славян", светловолосых и голубоглазых - всего лишь распространённый штамп.
"несловянскости" могут быть следствием индивидуальной изменчивости: признаки наследуются в абсолютно произвольных сочетаниях, так, например, возможно, что человек, имеющий, на несколько поколений вглубь, предков с Русского Севера, будет обладать чертами, характерными для более южных областей - признаки, присутствующие у местных, но не являющиеся преобладающими в группе (т.е. они встречаются, но не так часто, например, темные глаза и волосы, несколько более профилированное лицо и т.д.), путем случайного сочетания выстроятся в некий комплекс, дающий иллюзию более южного происхождения, хотя, повторюсь, все эти признаки будут "местными". Именно поэтому исследуются не отдельные индивиды, но популяции, где для больших групп людей определяются пределы изменчивости фенотипических признаков и их характерные сочетания ( = комплексы). Исходя из такого подхода, получившего название "популяционного" (в отличии от, как считается, устаравшего, по крайней мере, частично, типологического), для восточных славян и поляков действительноо характерна более светлая пигментация. Конкретно о русских:
По этим признакам, а также по длине тела суммарный русский тип занимает среднее положение между крайними вариантами, установленными в Западной Европе, и не может быть объединен ни с одним из них.
По окраске волос и радужины, как и по другим балловым признакам, суммарный русский тип существенно отклоняется от центрального западноевропейского варианта. В русских группах доля светлых и особенно средних оттенков заметно повышена, доля темных резко снижена […] По соотношению настоящих темных и темно-русых волос в русских группах явно преобладает второй вариант. Имеются указания на широкое распространение этого типа во многих районах Центральной Европы.
"Происхождение и этническая история русского народа по антропологическим данным", В.В. Бунак, 1965
Что касается связи между фенотипом и генотипом то она, разумеется, прямая (с некоторыми оговорками, иногда довольно существенными, связанными со влиянием среды), но нужно помнить, что та же пигментация "кодируется" всего лишь несколькими генами, т.е. не отражает общей структуры генома, но в глаза бросается