Утилита для определения своей Mt гаплогруппы

[NathanS]

Используйте YSEQ mt Clade Finder, принцип тот же

К сожалению, там принимается только FASTA-файл.
Попытка загрузить аутосомные данные ведет к ошибке:

Upload to mt Clade Finder has been limited to 20kb.
The FASTA format files that mt Clade Finder analyzes are not larger than this.
Autosomal test results in other than FASTA format from Ancestry and 23andMe are not supported.

[Древ]

NathanS
А конвертировать в FASTA-файл их как-то можно?

[Val_Metov]

Где-то тут были инструменты по теме мито
https://isogg.org/wiki/MtDNA_tools

[Древ]

Где-то тут были инструменты по теме мито
https://isogg.org/wiki/MtDNA_tools

Всё попробовал. Искомого не нашёл.

[NathanS]

NathanS
А конвертировать в FASTA-файл их как-то можно?

Нет.

Где-то тут были инструменты по теме мито
https://isogg.org/wiki/MtDNA_tools

Всё попробовал. Искомого не нашёл.

https://dna.jameslick.com/mthap/
В формате 23andme можно проанализировать аутосомный тест.

[Древ]

https://dna.jameslick.com/mthap/
В формате 23andme можно проанализировать аутосомный тест.

CSV можно конвертировать в 23andMe?

[Theom]

https://dna.jameslick.com/mthap/
В формате 23andme можно проанализировать аутосомный тест.

Я загрузил тест от Генотека в формате 23andme у меня выдаёт H2a2a, в то время как Генотек утверждает, что у меня T2b

[Theom]

CSV можно конвертировать в 23andMe?

Попробуйте этот инструмент, файл я получил и dna.jameslick.com/mthap/ его даже принял, но не выдал результаты, может вам повезет

[Древ]

Попробуйте этот инструмент, файл я получил и dna.jameslick.com/mthap/ его даже принял, но не выдал результаты, может вам повезет

Объясните, пожалуйста, для чайников, как пользоваться этим скриптом. Что именно с ним сделать?
Скачал я эти файлы на комп, распаковал. В папку добавил нужный файл CSV. Что делать дальше?

[Theom]

Попробуйте этот инструмент, файл я получил и dna.jameslick.com/mthap/ его даже принял, но не выдал результаты, может вам повезет

Объясните, пожалуйста, для чайников, как пользоваться этим скриптом. Что именно с ним сделать?
Скачал я эти файлы на комп, распаковал. В папку добавил нужный файл CSV. Что делать дальше?

Я думаю будет проще если вы мне файл скинете, а я вам его txt версию. Напишите в ЛС, я скину почту.

Если же хотите сами, то:
1) скачивайте Node.js
2) открываете консоль и пишите npm install csv-parser
3) скачивайте zip файл со скриптом и распаковываете  в удобное место
4) заходите в консоль пишите "cd X", где X - путь к распакованной папке
5) скидываете в распакованную папку со скриптом свой csv файл
6) возвращаетесь в консоль и пишите npm run convert
7) отвечаете на два вопроса программы по названию файла
8 ) получаете файл в формате txt, НО не факт что dna.jameslick.com/mthap/ даст вам результаты по нему, как я сказал, он у меня принял, но результаты не выдал

[Древ]

Попробуйте этот инструмент, файл я получил и dna.jameslick.com/mthap/ его даже принял, но не выдал результаты, может вам повезет

Объясните, пожалуйста, для чайников, как пользоваться этим скриптом. Что именно с ним сделать?
Скачал я эти файлы на комп, распаковал. В папку добавил нужный файл CSV. Что делать дальше?

Я думаю будет проще если вы мне файл скинете, а я вам его txt версию. Напишите в ЛС, я скину почту.

Если же хотите сами, то:
1) скачивайте Node.js
2) открываете консоль и пишите npm install csv-parser
3) скачивайте zip файл со скриптом и распаковываете  в удобное место
4) заходите в консоль пишите "cd X", где X - путь к распакованной папке
5) скидываете в распакованную папку со скриптом свой csv файл
6) возвращаетесь в консоль и пишите npm run convert
7) отвечаете на два вопроса программы по названию файла
8 ) получаете файл в формате txt, НО не факт что dna.jameslick.com/mthap/ даст вам результаты по нему, как я сказал, он у меня принял, но результаты не выдал

Я завис на пункте 4. Синтаксиса я незнаю. Я сдаюсь. Пишу вам в ЛС.

[Val_Metov]

Csv это не формат файла. 23adnme может быть и csv и txt. VCF другое дело. dna kit studio можно попробовать.

[Semargl]

Возможно все связанно с используемым референсом? Какой референс используют в Генотек для мито? rCRS, RSRS или Йорубу?
Если инструмент определения гаплогруппы заточен под один референс, а вы скормите ему значения в другом, то понятно ничего хорошего не выйдет. Есть формулы конвертации между референсами мито. Тут только Валера что-то может подсказать.

[Древ]

dna kit studio можно попробовать.

Эта программа создала мне текстовый файл (видимо, это и есть 23andme-формат), который система приняла, но выдала ошибку:
ERROR: Unable to read any markers from the uploaded file. Please make sure you are uploading the correct file and try again.
Думаю, это тупик. Значит нет там мито. Хотя это странно, ведь Y-то есть.

[Theom]

Возможно все связанно с используемым референсом? Какой референс используют в Генотек для мито? rCRS, RSRS или Йорубу?
Если инструмент определения гаплогруппы заточен под один референс, а вы скормите ему значения в другом, то понятно ничего хорошего не выйдет. Есть формулы конвертации между референсами мито. Тут только Валера что-то может подсказать.

Об этом я как-то даже не подумал, спасибо