Утилита для определения своей Mt гаплогруппы

[NathanS]

Господа, помогите, пожалуйста, понять результаты cladefinder.
Брал тест МХ.

Разархивируйте файл с исходными данными и откройте его.
Я в своих старых результатах, 2017 г, из MH не вижу данных по митоДНК.

[Theom]

Я завис на пункте 4. Синтаксиса я незнаю. Я сдаюсь. Пишу вам в ЛС.

Отправил файл, но как я понимаю у MyHeritage до сих пор просто нет данных о мито, так как ту же операцию я провел с файлом невесты от MH и ноль результата от сайта dna.jameslick.com/mthap/

[Древ]

Всё, вопрос можно закрывать!
И dna kit studio и скрипт - не помогли. Можно теперь уверенно сказать, что в аутосомном тесте МХ мито НЕТ. Y-есть, а мито нет.
Благодарю всех участников дискуссии!

[Valery]

Не, ничего не подскажу. У меня есть утилита, которая конвертит из csv телефонные номера вроде 1111A-15222G... в VCF по любому выбранному референсу в фасте. Она также создает BED валидных областей. Но куда вы потом денете это хозяйство? предикторы не едят информацию такого вида. Есть предикция по полному сиквенсу либо ГВС. В теории может быть предикция и по любому набору участков, хоть по сотне снипов. Но я не видел готового подобного софта.

[Valery]

Можно попробовать нафигачить vcf известных позиций и потом дополнить N в неизвестных (подавляющее большинство). Выгрузить эту хрень в фасту. Мой софт это разумеется умеет. И чо дальше? Попробуйте скормить такую фасту предиктору хотя бы по ГВС. Наверняка выплюнет.

[AleksG]

Да можно просто вгрузить в генотек, увидит - значит увидит, нет так нет. 51 рубль цена вопроса.

[otis93]

Подскажите, пожалуйста, чему следует доверять больше - https://dna.jameslick.com/mthap/mthap.cgi или Генотек. Генотек показывает, что у меня H7a1a, dna.jameslick - H2a2a...

[Valery]

Подскажите, пожалуйста, чему следует доверять больше - https://dna.jameslick.com/mthap/mthap.cgi или Генотек. Генотек показывает, что у меня H7a1a, dna.jameslick - H2a2a...

диагноз H2a2a закономерный и указывает на то, что утилита ожидала файл с полной молекулой, а получила частичную

любой почти пустой набор отличий от референса всегда есть H2a2a

[Valery]

Если Генотек рапортовал H7a1a, значит оно так и есть

[Valery]

любой почти пустой набор отличий от референса всегда есть H2a2a

референса rCRS, который H2a2a
для йорубного это будет L3 чего-то там
будь RSRS, то вообще без гг (это древняя тетечка)

[otis93]

Если Генотек рапортовал H7a1a, значит оно так и есть

Благодарю!

[Древ]

Да можно просто вгрузить в генотек, увидит - значит увидит, нет так нет. 51 рубль цена вопроса.

Y генотек увидел, а мито - нет.