Статья Ж.Сабитова "Этногенез калмыков с точки зрения популяционной генетики"

[Nimissin]

Уважаемый Ж.Сабитов провел большую, кропотливую работу по анализу данных о гаплотипах Y хромосомы калмыков, содержащихся в двух связанных статьях Nasidze et al. (2005), Roewer et al. (2007). Связанных между собой, но имеющих внутренние несостыковки. Благодаря Ж.Сабитову у нас теперь есть возможность глубже понять структуру 99 опубликованных гаплотипов (Roewer et al., 2007), учесть ошибки (опечатки) авторов. Благодаря накопленным данным из других источников выявлены генетические связи калмыков с другими народами - бурятами, казахами. Введены новые определения Калмыцкого и Ойратского Модальных Гаплотипов (КМГ и ОМГ), оценен их возраст - 343 и 1057 лет соответственно.

 Есть и замечания. Но об этом позже.

[Nimissin]

Кластер гаплотипов С3с с дупликацией в маркере DYS19 в большом количестве присутствует, кроме калмыков, у казахов, монголов и киргизов (Balaresque et al., 2009). Обнаружен также у уйгуров, сибо, таджиков и даже бутанцев. Поэтому именовать кластер Ойратским, наверное, преждевременно. Нужно дальнейшее обоснование.

[Nimissin]

Гаплотипы под номерами 56 и 39 относятся к гаплогруппе N1b. Единственным представителем гаплогруппы N1c, скорее всего, является гаплотип 38, а не 56. Об этом свидетельствуют значения DYS456 = 14 и DYS635 = 20. Соответствующие значения 16 и 24 (гаплотипы 56 и 39) присущи N1b.

[asan-kaygy]

Уважаемый Ж.Сабитов провел большую, кропотливую работу по анализу данных о гаплотипах Y хромосомы калмыков, содержащихся в двух связанных статьях Nasidze et al. (2005), Roewer et al. (2007). Связанных между собой, но имеющих внутренние несостыковки. Благодаря Ж.Сабитову у нас теперь есть возможность глубже понять структуру 99 опубликованных гаплотипов (Roewer et al., 2007), учесть ошибки (опечатки) авторов. Благодаря накопленным данным из других источников выявлены генетические связи калмыков с другими народами - бурятами, казахами. Введены новые определения Калмыцкого и Ойратского Модальных Гаплотипов (КМГ и ОМГ), оценен их возраст - 343 и 1057 лет соответственно.

 Есть и замечания. Но об этом позже.

Я был бы очень благодарен если бы вы выразили сввои замечания в рецензии в РЖГГ, хоть на страницу, но это нужно написать.

[Nimissin]

Я был бы очень благодарен если бы вы выразили сввои замечания в рецензии в РЖГГ, хоть на страницу, но это нужно написать.

Надо еще времени для дальнейшего изучения статьи.

[asan-kaygy]

Ок.

[asan-kaygy]

Дмитрий, очень жду опубликования вашей рецензии в РЖГГ.
Рад, что вы заметили многие мои ошибки.

[Nimissin]

Направил уважаемой Пенелопе обещанную рецензию. Пришлось попотеть, разыскивая в литературе и БД сходные гаплотипы.

[пенелопа]

Получено. Спасибо:)

[asan-kaygy]

Пришлось попотеть, разыскивая в литературе и БД сходные гаплотипы.

Спасибо за вашу работу.

[wertner]

Прочитал рецензию Адамова. Так как, там критиковалось использование предиктора Атея, то решил проверить свой.

Из 15 гаплотипов, ошибочно (по мнению Адамова) определенных предиктором Атея мой предиктор в 13 случаях принял сторону Адамова, в 2 случаях повторил ошибку(?) Атея.

Т.е. если бы автор пользовался не только предиктором Атея, но и моим, то можно было бы как минимум заподозрить неладное в этих гаплотипах

Подробнее по пунктам рецензии:
1. Соглашусь с R2. Мой предиктор показывает именно R2. Еще замечание: L не является парагруппой R2. Она входит в К на равне с P.
6. Гаплотипы 39 и 56 мой предиктор определил как N. Увидеть, что это N1b не смог. Также как и в гаплотипе 38 увидел только N, а не N1c.
7. Гаплотипы 47, 68, 71 мой предиктор определил как O3, гаплотип 66 только как O. Гаплотипы 46, 51, 57 определил как O2. Гаплотип 60 определил все же как L, а не как K* (первое расхождение со мнением Адамова).
8. Гаплотип 73 определил как R1b, а гаплотип 49 даже как R1b1b1. Вот гаплотип 40 мой предиктор отнес к Q, а не N1 (второе расхождение со мнением Адамова).

Кстати, по гаплотипу 40.
Дмитрий, не подскажете на основании каких признаков (или гаплотипов других статей) Вы отнесли его к N1? Я нашел ближайший N только на расстоянии 14 мутаций (с учетом RecLOH, по 16 маркерам), в то время как Q есть и на расстоянии 10 мутаций (по 16 маркерам).

[asan-kaygy]

Прочитал рецензию Адамова. Так как, там критиковалось использование предиктора Атея, то решил проверить свой.

Из 15 гаплотипов, ошибочно (по мнению Адамова) определенных предиктором Атея мой предиктор в 13 случаях принял сторону Адамова, в 2 случаях повторил ошибку(?) Атея.

Т.е. если бы автор пользовался не только предиктором Атея, но и моим, то можно было бы как минимум заподозрить неладное в этих гаплотипах

Подробнее по пунктам рецензии:
1. Соглашусь с R2. Мой предиктор показывает именно R2. Еще замечание: L не является парагруппой R2. Она входит в К на равне с P.
6. Гаплотипы 39 и 56 мой предиктор определил как N. Увидеть, что это N1b не смог. Также как и в гаплотипе 38 увидел только N, а не N1c.
7. Гаплотипы 47, 68, 71 мой предиктор определил как O3, гаплотип 66 только как O. Гаплотипы 46, 51, 57 определил как O2. Гаплотип 60 определил все же как L, а не как K* (первое расхождение со мнением Адамова).
8. Гаплотип 73 определил как R1b, а гаплотип 49 даже как R1b1b1. Вот гаплотип 40 мой предиктор отнес к Q, а не N1 (второе расхождение со мнением Адамова).

Кстати, по гаплотипу 40.
Дмитрий, не подскажете на основании каких признаков (или гаплотипов других статей) Вы отнесли его к N1? Я нашел ближайший N только на расстоянии 14 мутаций (с учетом RecLOH, по 16 маркерам), в то время как Q есть и на расстоянии 10 мутаций (по 16 маркерам).

Спасибо, а ссылочку на ваш предиктор где можно увидеть?

[Nimissin]

Прочитал рецензию Адамова. Так как, там критиковалось использование предиктора Атея, то решил проверить свой.

Из 15 гаплотипов, ошибочно (по мнению Адамова) определенных предиктором Атея мой предиктор в 13 случаях принял сторону Адамова, в 2 случаях повторил ошибку(?) Атея.

Т.е. если бы автор пользовался не только предиктором Атея, но и моим, то можно было бы как минимум заподозрить неладное в этих гаплотипах

Подробнее по пунктам рецензии:
1. Соглашусь с R2. Мой предиктор показывает именно R2. Еще замечание: L не является парагруппой R2. Она входит в К на равне с P.
6. Гаплотипы 39 и 56 мой предиктор определил как N. Увидеть, что это N1b не смог. Также как и в гаплотипе 38 увидел только N, а не N1c.
7. Гаплотипы 47, 68, 71 мой предиктор определил как O3, гаплотип 66 только как O. Гаплотипы 46, 51, 57 определил как O2. Гаплотип 60 определил все же как L, а не как K* (первое расхождение со мнением Адамова).
8. Гаплотип 73 определил как R1b, а гаплотип 49 даже как R1b1b1. Вот гаплотип 40 мой предиктор отнес к Q, а не N1 (второе расхождение со мнением Адамова).

Кстати, по гаплотипу 40.
Дмитрий, не подскажете на основании каких признаков (или гаплотипов других статей) Вы отнесли его к N1? Я нашел ближайший N только на расстоянии 14 мутаций (с учетом RecLOH, по 16 маркерам), в то время как Q есть и на расстоянии 10 мутаций (по 16 маркерам).

1. По классификатору ISOGG 2010 года гаплогруппа P входит в парагруппу L (MNOPS), а L и T, в свою очередь, - в парагруппу К.

2. У гаплотипов 39 и 56 - совпадение с гаплотипом N1b калмыка из работы Derenko et al. (2007).
Гаплотип 38 не совсем обычный для N1c. В статье Nasidze et al. (2005) упоминается единственный гаплотип N1c. Других кандидатур, кроме 38, не оказалось. По совокупности 17 локусов номер 38 - несомненно N1c.

3. Гаплотип 66 (19,389I,389II,390,391,392,393,385a,b,438,439,437,448,456,458,635,GATAH4(-1):
17-13-29-24-10-13-13-14,20-10-11-16-20-15-17-20-10.
Для сравнения гаплотипы корейцев О3-М122 (Kim et al., 2010):
17-13-29-24-10-13-13-15,20-10-13-15-20-15-15-21-10, разница 7 шагов,
17-13-29-24-10-13-13-14,20-10-13-15-20-15-15-21-10, разница 6 шагов,
17-12-30-24-10-13-12-14,20-10-11-15-20-15-16-21-11, разница 8 шагов.

4. Гаплотип 60 - согласен, что он относится к парагруппе L. Как я уже указывал, L включается в парагруппу К.

5. Гаплотип 40:
13-13-28-23-10-16-13-13,18-11-11-14-22-16-16-23-8.
Нашел в YHRD.org 12-маркерный гаплотип сибо (Ляонин, КНР):
13-13-28-23-10-16-13-13,17-11-12-14-Х-Х-Х-Х-Х.
Но у него нет снипа. До статьи на китайском языке добраться не смог. Пришлось просмотреть более куцые гаплотипы сибо (Синьцзян, КНР) из статьи Xue et al. (2006). Нашел один гаплотип:
14-14-30-23-11-16-13-Х,Х-11-11-14-Х-Х-Х-Х-Х.
Отличие на 10 маркерах - 4 шага. Вот этот гаплотип и оказался N1*(xN1a,N1b,N1c).

Ваше мнение, Вадим?

[mouglley]

1. По классификатору ISOGG 2010 года гаплогруппа P входит в парагруппу L (MNOPS), а L и T, в свою очередь, - в парагруппу К.

Насколько я вижу - это отдельные гаплогруппы L и MNOPS.

[Nimissin]

Насколько я вижу - это отдельные гаплогруппы L и MNOPS.

Да, вы правы, уважаемые Wertner и Mouglley! Спасибо за поправку. Гаплогруппа Р входит в парагруппу MNOPS, а не в L.