Ирландские гаплотипы группы R1b и атлантический модальный гаплотип

[I2a1a]

Валерий, я посмотрю параметры позже и сообщу Вам в личных сообщениях.

[I2a1a]

Коллеги,

В поисках статей о ирландский R1b1b гаплотипах наткнулся на сайте клана Фланнери (Clann Fhlannabhra) на кладезь мудрости. В разделе публикаций есть практически все статьи по генетической генеалогии ирландцев и атлантическому модальному гаплотипу (в том числе и платные статьи издательства Springer Verlag).Остальные известные мне работы  по ирландским гаплотипами - в открытом доступе на JOGG.
Кроме того, есть уже ставшие классическими в генетической генеалогии статьи Чандлера, Сайкса, Хилла, Животовского, Джоблинга, Хельгасона, Кайзера.

[Mich Glitch]

Коллеги,

В поисках статей о ирландский R1b1b гаплотипах наткнулся на сайте клана Фланнери (Clann Fhlannabhra) на кладезь мудрости. В разделе публикаций есть практически все статьи по генетической генеалогии ирландцев и атлантическому модальному гаплотипу (в том числе и платные статьи издательства Springer Verlag).Остальные известные мне работы  по ирландским гаплотипами - в открытом доступе на JOGG.
Кроме того, есть уже ставшие классическими в генетической генеалогии статьи Чандлера, Сайкса, Хилла, Животовского, Джоблинга, Хельгасона, Кайзера.

Очень надеюсь, что и Ваш материал там появится.

[I2a1a]

Начал работу над второй статьей из цикла.

В предыдущей части исследования ирландской системы патрилинейного родства на примере ирландской Y-хромосомы потомков  клана Уи Нейллов – наиболее значительной раннеирландской племенной организации, которая доминировала в северной части острова в самом начале  средневекового периода (600-1000 г.н.э) с помощью методов ДНК-генеалогии было показано, какое существенное влияние оказывает доминирующая генетическая линия на структуру гаплотипного распределения по всему региону. При анализе гаплотипа выборки Уи Нейллов  была выявлена существенная корреляция между  модальным гаплотипим  Уи Нейллов  и так называемым ирландским северо-западным гаплотипом.  Однако, несмотря на значительную степень своего исторического  и политического влияния на протяжении ирландской истории, в генеалогическом плане Уи Нейллы представляли собой одну из множества популяционно-генетических групп-туатов. Как уже упоминалось в первой части исследования, aнализ 17-маркерных гаплотипов по общеирландской выборке  (представленной микросателлитными маркерами DYS19, DYS388, DYS390,DYS391, DYS392, DYS393, DYS434, DYS435,DYS436, DYS437, DYS438, DYS439, DYS389I,DYS389B, DYS462, DYS460, DYS461) позволил выявить в структуре выборки гаплотипов R1b1b2-АМГ наличие суперкластера  из 96 отдельных модальных гаплотипов, вокруг каждого из которых группировался отдельный кластер гаплотипов. Северно-западный ирландский модальный гаплотип  (который одновременно является модальным гаплотипом Уи Нейллов) входит в число упомянутых 96 модальных гаплотипов. При сопоставлении выявленной филогенетической структуры ирландских Rb1b2 гаплотипов с данными о общем числе туатов в раннесредневековой Ирландии, количество которых колебалось от 80 до 100  (ранняя версия средневекового трактата Lebor nа Cert (XI век) упоминает  о 97 туатах),  становится заметной существенная корреляция между числом туатов и модальных гаплотипов. Принимая во внимание высокую долю Y-гаплотипов R1b1 в гаплогруппной структуре ирландского населения 81,5%  (Helgason et al.2000),  причем 95,4% всех R1b1 гаплотипов приходится на долю  R1b1b2-АМ,  можно сформулировать рабочую гипотезу о происхождении ирландских туатов. Она состоит из двух положений: a) родоначальниками 95% ирландских туатов (что составляет примерно 95 туатов) являются  представители Y-гаплогруппов R1b1b2 атлантической группы, и b) популяционный феномен Уи Нейллов является общей чертой
ирландских туатов, которые существовали в течение того же периода, что и Уи Нейллы.
Косвенным подтверждением   является исследование Десмонда (2008), который указывает на присутствие в выборке ирландских гаплотипов R1b1b-АМГ- кроме известного северно-ирландского  гаплотипа Уи Нейллов - еще 4 типичных модальных гаплотипов. К ним относятся южноирландский гаплотип (YSearch XREMB) (Эоганнахта), восточноирландский гаплотип (YSearch BFHRM), югозападный гаплотип мунстерских Дейси  (YSearch JRPZP) и гаплотип Дал Кайси. Первый и последний гаплотипы  будут предметом изучения данной статьи.

[I2a1a]

Есть у меня еще такой сугубо технический вопрос - кто-нибудь из уважаемых коллег пользуется cтатистическими тестами АNOVA и МАNTEL. Задача следущая - выявить отклонения медианных значений гаплотипных локусов, сгруппированных пофамильно  в Эскеле, от аналогичных значений модальных гаплотипов. Результат представить в виде гистограммы, с наложением на кривую нормального распределения.   

[Valery]

Поздравляю с отличной публикацией, ув. Вадим!

[I2a1a]

Упомянутые выше 6 модальных гаплотипов

DYS
19-388-3891-3892-390-391-392-393-434-435-436-437-438-439-460-461-462-385a-385b

Базовый атлантический модальный гаплотип (Modal WAMH R1b R1b1c; Wilson 2000)
14-12-13-16-24-11-13-13-9-11-12-15-12-12-11-12-11-11-14


Гаплотип Уи Нейллов (R1b1b2a1b5* R- M222+) – cеверо-запад ные провинции Ирландии 
14-12-13-16-25-11-14-13-x-x-12-15-12-12-11-12-11-11-13


Гаплотип Дал Кайса (R1b1b2a1b5* R- M222-, Nordvedt 2007) – юго-западная часть провинции Мунстер
14-12-13-16-24-11-13-13-9-11-12-15-12-12-11-12-12-11-14

Южноирландский гаплотип Эоганнахта (R1b1b2*) –южноирландская провинция Мунстер
13-12-13-16-24-10-13-13-x-x-x-15-12-11-x-x-x-11-15

Восточноирландский гаплотип (R1b1b2*)  -восточная провинция Лейнстер
14-12-14-16-24-11-13-13-x-x-12-15-12-12-11-x-x-11-14

Модальный гаплотип мунстерских деси (R1b1b2*)  -юго-восточная часть провинции Мунстер
14-12-14-16-24-10-x-x-x-x-x-x-x-x-x-x-x-x-x

[I2a1a]

Спасибо

Поздравляю с отличной публикацией, ув. Вадим!

[I2a1a]

В результате статистического анализа общей популяционной выборки мунстерских R1b1b1 гаплотипов (McEvoy) наблюдаем ту же картину, что и на севере, кривая мутационных отклонений от атлантического модального гаплотипа не соответствует кривой нормального распределения. Это должно свидетельстовать о наличие в структуре выборки 1-3 больших родственных кластеров, которые искажают в свою пользу общую статистическую картину выборки, которая в силу стохастических процессов, должна подчинятся нормальному распределению.

Первый график - обще ирландская выборка, далее три графика по отклонениям выборки Эоганнахтов

[I2a1a]

На основании расчетов ув.Каржавина сделал три гистограммы: по общей южноирландской выборке, и по двум генеалогическим группам в составе этой выборки

Есть вопрос - что можно узнать о характере выборке по наблюдаемому распределению отклонений гаплотипов от базового модала; наблюдаемое распределение явно отличается от предполагаемого в теории нормального распределения

[I2a1a]

Источник:

http://community.livejournal.com/celtologica/9947.html

Красная Рука О Нейлов O`Neill , которая сейчас ассоциируется с Ольстером в геральдической терминологии имеет название: d dexter hand appaume gules. Ее происхождение восходит к имени сына Болга Bolg- Нуаду Nuadu, имеющему коннотации с солнечным божетсвом кельтов. Этот сын был известен как Labraid L?mhdhearg или Labraid of the Red Hand.

Олень - символ, часто появляющийся на гербах Мунстерских кланов MacCarthy, O`Sallivan, Healy и многих других - очень четко соотносится с которолевским мифом людей ?rainn. Согласно этому мифу законность правящего дома подтверждается, когда на территорию клана во время охоты входил олень. Устраивалась специальная охота на границе кланов, которая указывала чей дом будет правящим, согласно тому куда побежит олень и где и кем он будет убит. Правителем становится тот, кто убъет оленя.

То, что многие семьи используют этот символ говорит о том, что они имеют отношение к племени Eoghanacht, которое доминировало в Мунстере во времена Brian Boru.

В Коннахте ( Connacht ) герб правящего клана O`Conor и других, родственных ему фамилий, таких как Flanagan, O`Beirne и многие другие содержит Символ Дуба, который с древних времен ассоциировался у кельтских племен с королевской властью. Средневековые источники говорят, что правящие семьи Ирландии имели хотя бы одно священное дерево дуба за пределами кругового форта.

[I2a1a]

Результаты теста AMOVA по дифференциации групп Дал Кайш и Эоганнахта

--------------------------
AMOVA design and results :
--------------------------

Reference: Weir, B.S. and Cockerham, C.C. 1984.
           Excoffier, L., Smouse, P., and Quattro, J. 1992.
           Weir, B. S., 1996.
----------------------------------------------------------------------
 Source of                  Sum of      Variance         Percentage
 variation      d.f.        squares     components       of variation
----------------------------------------------------------------------
 Among
 groups           1         17.311        0.26704 Va            12.89

 Among
 populations
 within
 groups          18         53.796        0.29561 Vb            14.27

 Among
 individuals
 within
 populations     33         47.950       -0.05650 Vc            -2.73
 Within
 individuals     53         83.000        1.56604 Vd            75.57
----------------------------------------------------------------------
 Total          105        202.057        2.07219
----------------------------------------------------------------------
 Fixation Indices
      FIS :     -0.03743
      FSC :      0.16376
      FCT :      0.12887
      FIT :      0.24426
----------------------------------------------------------------------

Significance tests (1023 permutations)
------------------

Vd and FIT : P(rand. value < obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000+-0.00000

Vc and FIS : P(rand. value > obs. value)  =  0.70772
             P(rand. value = obs. value)  =  0.04497
                                  P-value =  0.75269+-0.01434

Vb and FSC : P(rand. value > obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000+-0.00000

Va and FCT : P(rand. value > obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000+-0.00000


********************
Locus by locus AMOVA:
********************

Distance method for locus-by-locus analysis: No. of different alleles (FST)

List of loci with only one allele:
----------------------------------

3 17 18
 

----------------------------------------
AMOVA Results for polymorphic loci only:
----------------------------------------

            Among Groups:                                      Among Population:                                    Within Populations:                                    Within Individuals:                                 Fixation indices:
  Locus            SSD   d.f.             Va    % variation            SSD   d.f.             Vb    % variation            SSD   d.f.             Vc    % variation            SSD   d.f.             Vd    % variation       FIS   P-value       FSC   P-value       FCT   P-value       FIT   P-value
      1        0.00034      1       -0.00075       -4.04632        0.62859     18        0.00478       25.80854        0.33333     33       -0.00438      -23.67722        1.00000     53        0.01887      101.91500  -0.30263   1.00000   0.24805   0.10068  -0.04046   0.65200  -0.01915   1.00000
      2        1.01853      1        0.01601        6.63335        3.31307     18       -0.00671       -2.78132        7.22500     33       -0.01317       -5.45619       13.00000     53        0.24528      101.60416  -0.05675   0.78788  -0.02979   0.64027   0.06633   0.01955  -0.01604   0.75855
      4        3.41831      1        0.05462       18.46519        8.79239     18        0.06097       20.61407        5.66667     33       -0.00848       -2.86724       10.00000     53        0.18868       63.78798  -0.04707   0.79081   0.25283   0.00098   0.18465   0.01466   0.36212   0.01564
      5        0.01242      1       -0.00065       -1.77659        0.79828     18        0.00231        6.30894        1.06667     33       -0.00271       -7.37563        2.00000     53        0.03774      102.84328  -0.07726   1.00000   0.06199   0.30792  -0.01777   0.70088  -0.02843   1.00000
      6        2.40559      1        0.03405       11.08475        9.91595     18        0.06643       21.62703        6.79167     33       -0.00087       -0.28310       11.00000     53        0.20755       67.57131  -0.00421   0.57869   0.24323   0.00293   0.11085   0.03519   0.32429   0.00489
      7        0.00034      1       -0.00023       -1.26834        0.25359     18       -0.00142       -7.67051        0.70833     33        0.00130        7.01378        1.00000     53        0.01887      101.92506   0.06438   1.00000  -0.07574   0.73314  -0.01268   0.70381  -0.01925   1.00000
      8        6.90956      1        0.12562       43.39726        5.02471     18        0.03206       11.07457        3.71667     33       -0.01916       -6.61878        8.00000     53        0.15094       52.14695  -0.14538   0.90420   0.19565   0.00684   0.43397   0.00000   0.47853   0.00391
      9        0.29198      1        0.00123        1.08000        3.71997     18        0.02092       18.41869        3.23333     33        0.00654        5.75489        4.50000     53        0.08491       74.74642   0.07149   0.49267   0.18620   0.04985   0.01080   0.28446   0.25254   0.05376
     10        0.03913      1       -0.00063       -0.89503        1.28147     18        0.00121        1.71206        2.14167     33       -0.00529       -7.47045        4.00000     53        0.07547      106.65342  -0.07532   1.00000   0.01697   0.36168  -0.00895   0.50929  -0.06653   1.00000
     11        0.24570      1       -0.00390       -1.68064        7.35445     18        0.04215       18.15634        6.25833     33       -0.00423       -1.82376       10.50000     53        0.19811       85.34806  -0.02184   0.62072   0.17856   0.00880  -0.01681   0.54643   0.14652   0.10850
     12        0.26220      1        0.00224        2.28244        2.52098     18        0.00445        4.53643        3.85833     33        0.02544       25.91425        3.50000     53        0.06604       67.26688   0.27811   0.12121   0.04642   0.43304   0.02282   0.29130   0.32733   0.01173
     13        2.66633      1        0.04157       19.80396        7.53807     18        0.06409       30.53152        2.83333     33       -0.01839       -8.76166        6.50000     53        0.12264       58.42618  -0.17642   1.00000   0.38071   0.00000   0.19804   0.01662   0.41574   0.01369
     14        0.02062      1       -0.00052       -1.14298        0.84353     18        0.00085        1.89312        1.40000     33       -0.00237       -5.25701        2.50000     53        0.04717      104.50687  -0.05297   1.00000   0.01872   0.48583  -0.01143   0.54448  -0.04507   1.00000
     15        0.00847      1       -0.00167       -1.95718        1.66480     18        0.00390        4.56252        2.38333     33       -0.01106      -12.93283        5.00000     53        0.09434      110.32749  -0.13279   1.00000   0.04475   0.26393  -0.01957   0.78983  -0.10327   1.00000
     16        0.01140      1        0.00007        0.74142        0.14583     18       -0.00038       -4.07122        0.33333     33        0.00033        3.52833        0.50000     53        0.00943       99.80146   0.03415   1.00000  -0.04102   0.86217   0.00741   0.17986   0.00199   1.00000

====================================================
Global AMOVA results as a weighted average over loci
====================================================

----------------------------------------------------
AMOVA design and results (average over 15 loci):
----------------------------------------------------

------------------------------------------------------------------------
 Source of               Sum of           Variance            Percentage
 variation               squares          components          variation
------------------------------------------------------------------------
 Among
 groups                   17.311             0.26704            12.88706

 Among
 populations
 within
 groups                   53.796             0.29561            14.26556

 Among
 individuals
 within
 populations              47.950            -0.05650            -2.72677
 Within
 individuals              83.000             1.56604            75.57415
------------------------------------------------------------------------
 Total                   202.057             2.07219
------------------------------------------------------------------------


Average F-Statistics over all loci
 Fixation Indices
      FIS :     -0.03743
      FSC :      0.16376
      FCT :      0.12887
      FIT :      0.24426
 

FCT bootstrap percentile values (over 20000 bootstraps)
-------------------------------------------------------

 0.05 %    : -0.01034
 0.1 %     : -0.00732
 0.25 %    : 0.00075
 0.5 %     : 0.01029
 1 %       : 0.01983
 2.5 %     : 0.03398
 5 %       : 0.04646
 10 %      : 0.06157
 50 %      : 0.12444
 90 %      : 0.19007
 95 %      : 0.20890
 97.5 %    : 0.22477
 99 %      : 0.24501
 99.5 %    : 0.25914
 99.75 %   : 0.27221
 99.9 %    : 0.28798
 99.95 %   : 0.29657



FIT bootstrap percentile values (over 20000 bootstraps)
-------------------------------------------------------

 0.05 %    : -0.00610
 0.1 %     : 0.01629
 0.25 %    : 0.03928
 0.5 %     : 0.06267
 1 %       : 0.08221
 2.5 %     : 0.10991
 5 %       : 0.13499
 10 %      : 0.16128
 50 %      : 0.24341
 90 %      : 0.31087
 95 %      : 0.32810
 97.5 %    : 0.34193
 99 %      : 0.35654
 99.5 %    : 0.36591
 99.75 %   : 0.37335
 99.9 %    : 0.38159
 99.95 %   : 0.38593



FIS bootstrap percentile values (over 20000 bootstraps)
-------------------------------------------------------

 0.05 %    : -0.12542
 0.1 %     : -0.11910
 0.25 %    : -0.10897
 0.5 %     : -0.10225
 1 %       : -0.09593
 2.5 %     : -0.08662
 5 %       : -0.07900
 10 %      : -0.07021
 50 %      : -0.03922
 90 %      : -0.00266
 95 %      : 0.00935
 97.5 %    : 0.02041
 99 %      : 0.03443
 99.5 %    : 0.04457
 99.75 %   : 0.05469
 99.9 %    : 0.07010
 99.95 %   : 0.07706



FSC bootstrap percentile values (over 20000 bootstraps)
-------------------------------------------------------

 0.05 %    : 0.01672
 0.1 %     : 0.02692
 0.25 %    : 0.03961
 0.5 %     : 0.05027
 1 %       : 0.06269
 2.5 %     : 0.07881
 5 %       : 0.09402
 10 %      : 0.11052
 50 %      : 0.16383
 90 %      : 0.20869
 95 %      : 0.22039
 97.5 %    : 0.23042
 99 %      : 0.24213
 99.5 %    : 0.24884
 99.75 %   : 0.25510
 99.9 %    : 0.26415
 99.95 %   : 0.26858



------------------
Significance tests (1023 permutations)
------------------

Vd and FIT : P(rand. value < obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000

Vc and FIS:  P(rand. value > obs. value)  =  0.80059
             P(rand. value = obs. value)  =  0.04301
                                  P-value =  0.84360

Vb and FSC : P(rand. value > obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000

Va and FCT : P(rand. value > obs. value)  =  0.00000
             P(rand. value = obs. value)  =  0.00000
                                  P-value =  0.00000

[Alexander]

Поздравляю с отличной публикацией, ув. Вадим!

Присоединяюсь к поздравлению. Прочитал с интересом, но есть замечания, не столько по сути, сколько по оформлению (прикреплены). Если опоздал, то Бог с ними, но может, помогут для дальнейших публикаций...

[I2a1a]

Спасибо за отзыв,

Может быть его дать отдельным приложением к 3 выпуску RJGG

Замечания
к статье В. Веренича, Н.Чехонадской «К проблеме ирландских гаплотипов…», ч.2

     Безусловно, интересная и полезная статья, описывает хорошо и добротно выполненную работу. Но её оформление оставляет желать лучшего (правда, это с точки зрения недостаточно учёного читателя). Основное моё замечание - трудность выделения из текста собственного вклада авторов из обширного обзора работ, выполненных другими авторами – слабый пиар.
     Кроме того, отмечу следующее.
     Для научных работ установлены каноны, отход от которых затрудняет восприятие. К таким канонам относятся: постановка задачи, а в выводах – указание на то, что поставленная задача решена, такими-то средствами, должно быть особо выделено то новое, что внесли авторы.
     Постановки задачи по тексту не встречается долго, и, по-моему, она чётко так и не сформулирована. В названии, впрочем, задача обозначена: «К проблеме…», однако, в чём проблема этих ирландских гаплотипов, долго не понятно. Где-то в середине текста упомянута такая проблема: «отсутствие расчёта возраста – в работах ирландских учёных». Но вроде бы, её разрешил А. Клёсов. Идёт долгий пересказ его работы (достаточно было бы дать вывод и ссылку). В конце пересказа не совсем понятно, авторы – критикуют работу Клёсова или, наоборот, опираются на её выводы.
     Выводы по работе также – четко не сформулированы. Написано, что результатом является подтверждение двух тезисов из выводов Бирна (витиеватость первого тезиса – литературный шедевр). И авторами выявлено две модели структур родства: модель с доминированием одной линии и модель комбинации множества линий. Это хорошо, но является ли это новым? Хорошо бы это подчеркнуть. Что де раньше модели были совсем не такие…
     В выводах хорошо бы упомянуть о таких новых приёмах авторов, как:
- проведение теста AMOVA после филогенического фильтра, с результатами отличными от ирландских попгенов;
- проработка критерия достоверности с использованием программы «Мурка», о чём вообще можно было бы написать отдельную статью;
- расчёт отдельных матриц дистанций для анализа генетической (?) близости (кстати, не написано, какова же эта близость?)
- привести мысль авторов о том, что филогеническая реконструкция сетей даёт самую ценную информацию для подтверждения…
- хорошо написано о том, что проведён расчёт возраста, но какой же получен возраст?

Мелкие придирки.
     Много ошибок типа несогласованных с родами окончаний прилагательных и местоимений (мой твоя не понимай). Впечатление такое, что текст написан иностранцем, не очень хорошо владеющим русским языком. На Интернет-форумах искажения иногда даже приветствуются (превед медвед), но для научной статьи это не есть хорошо. По идее корректор должен был бы пройтись по всему тексту, а то несолидно. Начинается с «Абстракта» (по-видимому, имелась в виду «Аннотация»): «…который образуют отдельный субклад…», далее – везде.
     Описание работ обычно даётся глаголами в прошедшем времени совершенного вида: «было сделано, рассмотрено, и.т.д.». В статье – настоящее время почти всюду: «Во второй части рассматривается…».
     Иностранные термины обычно или даются вместе с переводом, или просто в переводе: «none paternal event» - адюльтер?
     Частый термин – генетические исследования Y-хромосомных гаплотипов. Тут я не шибко разбираюсь, но в Y-хромосоме, генов, по-моему – раз, два и обчёлся (доли процента, в основном, один ген – пола). Мне кажется, что лучше бы звучало «генеалогические исследования»?

     В месте описания нулевой гипотезы говорится о том, что «в результате анализа можно получить исторически значимую информацию, которую трудно получить с помощью неполного исторического знания». По-моему, анализ, скорее «подтверждает» историческое знание или «опровергает» его. Если нет никаких исторических сведений, то анализ вряд ли их родит самостоятельно.
     Сюда же: есть места, где написано, что историческое знание подтверждает правильность филогении (или что-то в этом роде). Нужно наоборот – филогения подтверждает или опровергает или исторические документы, или легенды, или гипотезы.

Картинки слабо пояснены. Например, табл.5 (тест Mantel) должна бы подтвердить корреляцию. Но над рисунком нужно долго ломать голову, чтобы понять что там, к чему.

     Об ассиметричности структуры туатов. Написано, что «генетическое (?) разнообразие поднимает вопрос, насколько ассиметрична структура». Ответа так и не нашёл. Дана табл.7 с результатами подсчёта вариаций, но насколько же структура ассиметрична?

     Приведение статьи в удобную для прочтения и понимания форму сделало бы из неё генеалогический шедевр, авторам принесло бы более широкое признание, но главное – позволило бы более эффективно донести до читателя новое знание.

[I2a1a]

Насчет русского языка - это,безусловно, моя слабость. Я не проживаю в РФ, и поэтому 90% времени приходится общаться на английском и еще одном иностранном языке.