Соглашусь что первые два вопроса - риторические
Пока.
3. Что такое mpe, насколько нужно, как вставляется в граф?это просто частота линка в построенных MP-деревьях. Аналогично, MPV - частота медианы. Обе величины имеют меньшее значение чем MPPART так как число возможных разбиений набора исходных таксонов на партиции обычно меньше чем потенциальное число возможных медиан и ребер, и частота реконструированного узла может быть еще более случайной.
4. Что такое W, насколько нужно, как вставляется в граф?это длина линка, наверное лучше было писать C (cost), но уж так устоялось.
5. Стоит ли учитывать ветки с mppart<=0.04?ответ на подобный вопрос предполагает наблюдение за поведением построенных деревьев. Если Вадим имеет опыт работы с этой величиной на выборках 67 то он только и сможет ответить. То есть я с самого начала не предполагал никакого порогового значения начиная с которого признавал линк лажей или наоборот, считал его супернадежным. Это должно определяться исключительно практикой. Могу только сказать что влияет на значения mppart:
1) метод построения MJ-сети из которой потом извлекаются MP-деревья. Скажем большой эпсилон (недоступный на практике) и WPHEUR (доступный и рекомендуемый) способствуют появлению бОльшего количества деревьев, поэтому могут менять величину MPPART.
2) Опция MORETREES дает больше деревьев и совсем не нагрузна, если только не лень ждать когда Графвиз их все отрисует. Настоятельно рекомендую. Больше деревьев - меньше случайностей.