Мурка - программа построения кладограмм, (Valery Z. и Ко)

[Аббат Бузони]

Валер, ты мне говорил, но я подзабыл. Какое критическое количество гаплотипов для построения дерева в Мурке?

[mouglley]

Пожалуйста, покажите оба варианта, и если можно, с кратким обоснованием по каким причинам (историческим, ..) Вам кажется более правдоподобным предыдущий вариант. Теоретически возможна ситауция, когда минимальное дерево не является лучшим с биологической точки зрения.

В том-то и дело, что именно последний вариант всё прибил по местам в соответствии с географическим распространением гаплотипов (чего я и добивался). Боюсь, как бы они (мы), соколы не разлетелись.

[Valery]

Пожалуйста, покажите оба варианта, и если можно, с кратким обоснованием по каким причинам (историческим, ..) Вам кажется более правдоподобным предыдущий вариант. Теоретически возможна ситауция, когда минимальное дерево не является лучшим с биологической точки зрения.

В том-то и дело, что именно последний вариант всё прибил по местам в соответствии с географическим распространением гаплотипов (чего я и добивался). Боюсь, как бы они (мы), соколы не разлетелись.

последний это какой? C WPHEUR или без?

[Valery]

Валер, ты мне говорил, но я подзабыл. Какое критическое количество гаплотипов для построения дерева в Мурке?

Саш, это сильно зависит от метода, числа локусов и степени гомоплазии в выборке. Поясни сколько локусов, это микросателлиты или снипы. В принципе, эвристические методы переваривают и огромное количество данных, но качество оставляет желать лучшего.

[Аббат Бузони]

Хочу научится строить в мурке. Вадим мне прислал обновленную выборку по кладам I. Выборка 67 маркерная.

[Valery]

Лучше с опцией WPHEUR. Можно попробовать штук 200 и подобрать параметры чтобы работало шустро.

[Аббат Бузони]

Хорошо подберу 200 штук и создам тему в разделе I.

[mouglley]

последний это какой? C WPHEUR или без?

C WPHEUR

[mouglley]

Лучше с опцией WPHEUR. Можно попробовать штук 200 и подобрать параметры чтобы работало шустро.

270 гаплотипов-67 полёт нормальный.

[Valery]

ну что ж, я рад что стало лучше и утверждаю, что хуже уже не будет

[mouglley]

А не подскажите, как управлять предком?
Обзываю гаплотип d@Vanya в ych-файле и Мурка его узнаёт?

Что-то у меня с сегодня-скаченной версией так не получается.
Может быть, ещё где-нибудь что-то надо указать?

[Valery]

Должна узнать! Я не менял ничего такого что бы могло повлиять.

[mouglley]

А в каком-нибудь параметре prepare.bat или bat-файла по работе самой Мурки нельзя случайно создать  препятствия для распознавания предка?

[Valery]

prepare вообще ничего не знает про @ - для него это часть имени таксона и только. Проверьте что созданный RDF имеет этот префикс - значит prepare правильно обработала имя ничего не испортив.

Мурка же требует для понимания преопределенного корня d@ наличия опции

-j ROOTING

и обязательного отсутствия опций MIDPOINTROOT и OUTGROUPROOT которые заставляют ее ИСКАТЬ корень а не воспользоваться тем что уже передан Вами.

Я правильно понял что она отрабатывает но корень не тот что указан через d@? Тогда ищите и выбрасывайте опцию MIDPOINTROOT, которая скорее всего застряла в параметрах от прошлых запусков. Если и это не поможет - будет искать проблему дальше.

[mouglley]

MIDPOINTROOT как раз и был.
Спасибо.