АвторТема: Мурка - программа построения кладограмм, (Valery Z. и Ко)  (Прочитано 54715 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Valery, по-моему, у Мурки нет никаких выходных форматов деревьев, кроме .out, графики и псевдографики?
Просто я хочу попробовать загрузить полученные деревья к себе автоматом, а для этого не хватает знания корня.
Раньше я загружал с ручным вмешательством: в графике смотрел, что является корнем, а потом его указывал при загрузке .out.
Можно ли как-то в .out пометить корень дерева? Например, последним в списке mv (или линков) или первым.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Valery, по-моему, у Мурки нет никаких выходных форматов деревьев, кроме .out, графики и псевдографики?
Просто я хочу попробовать загрузить полученные деревья к себе автоматом, а для этого не хватает знания корня.
Раньше я загружал с ручным вмешательством: в графике смотрел, что является корнем, а потом его указывал при загрузке .out.
Можно ли как-то в .out пометить корень дерева? Например, последним в списке mv (или линков) или первым.

А чем плох файл с именем переданным в -u "<имя таблицы линков>#" ? Он выгружается если указано -o NW.

Графика - это ВСПОМОГАТЕЛЬНЫЙ формат в Мурке. 100% информации выгружается в тексте и где-то 15-20 в графике. Что касается out то вроже как у них нету специального способа указания корня или в новой версии появилось?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Что касается out то вроже как у них нету специального способа указания корня или в новой версии появилось?
Нет, но можно было бы воспользоваться тем, что порядок линков там не имеет значения.
А чем плох файл с именем переданным в -u "<имя таблицы линков>#" ? Он выгружается если указано -o NW.
Попробую.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
MIDPOINTROOT как раз и был.
Спасибо.
Корень появился.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Уважаемые пользователи! Выяснилось, что в версия 1.1.12 для Windows 32 bit ошибочно использует слишком большую константу шкалирования вещественной матрицы линейной программы подходящую только для 64-битных систем что может вызвать переполнение при использовании Штейнеровской редукции CUTRDA. При появлении ошибки Internal limit reached просьба выбросить опцию CUTRDA и перезапустить. Завтра ошибка будет исправлена. Собсно, она уже исправлена, но требуется перекомпилировать код под Виндоуз чего я сделать не могу ввиду отсутствия у меня дома этой системы.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Исправлено

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Valery, тут у соседей от одного из, вполне даже, замечательных представителей арийского братства прозвучала следующая фраза:
Цитировать
Но у меня - Макинтош, а на него Мурка не ставится. Единственное, что могу - гонять по YUtility. Уходит уйма времени, а результаты, особенно для размытых ветвей, наподобие желтых и голубых фишек, очень неоднозначные.
Неужели Мурка не может работать на Apple?
Это может оказаться не совсем правильным: уж очень у многих юсовцев Маки вместо компьютеров стоят.
« Последнее редактирование: 21 Июнь 2009, 19:32:27 от mouglley »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Можно попробовать установить линуксовую версию. Почему бы ей не собраться, ведь МакосХ - тоже позикс-система.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Вчера мне удалось одержать еще одну победу над Мегой на наборе из 343 Y гаплотипов: 546 Мурка WPHEUR vs 553 Мега NNI-2 :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемый Vadim Verenich!
Я посмотрел тут Ваши замечательные деревья и у меня зародились несколько вопросов:
1. Тени в записях - это обработка в графическом редакторе или параметры Мурки?
2. Даты в узлах н.э. - это обработка в графическом редакторе или параметры Мурки?
Это были риторические вопросы, но, а вдруг нет.
3. Что такое mpe, насколько нужно, как вставляется в граф?
4. Что такое W, насколько нужно, как вставляется в граф?
5. Стоит ли учитывать ветки с mppart<=0.04?


Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Соглашусь что первые два вопроса - риторические :) Пока.

3. Что такое mpe, насколько нужно, как вставляется в граф?

это просто частота линка в построенных MP-деревьях. Аналогично, MPV - частота медианы. Обе величины имеют меньшее значение чем MPPART так как число возможных разбиений набора исходных таксонов на партиции обычно меньше чем потенциальное число возможных медиан и ребер, и частота реконструированного узла может быть еще более случайной.

4. Что такое W, насколько нужно, как вставляется в граф?

это длина линка, наверное лучше было писать C (cost), но уж так устоялось.


5. Стоит ли учитывать ветки с mppart<=0.04?

ответ на подобный вопрос предполагает наблюдение за поведением построенных деревьев. Если Вадим имеет опыт работы с этой величиной на выборках 67 то он только и сможет ответить. То есть я с самого начала не предполагал никакого порогового значения начиная с которого признавал линк лажей или наоборот, считал его супернадежным. Это должно определяться исключительно практикой. Могу только сказать что влияет на значения mppart:

1) метод построения MJ-сети из которой потом извлекаются MP-деревья. Скажем большой эпсилон (недоступный на практике) и WPHEUR (доступный и рекомендуемый) способствуют появлению бОльшего количества деревьев, поэтому могут менять величину MPPART.

2) Опция MORETREES дает больше деревьев и совсем не нагрузна, если только не лень ждать когда Графвиз их все отрисует. Настоятельно рекомендую. Больше деревьев - меньше случайностей.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Уважаемые Валерий и Вадим не подскажите:

Мурка рассчитывает некоторое значение Ро.
Его расчёт происходит по всем мутациям, включая обратные?

Это я к тому, что, если при расчёте Ро учтены возвратные мутации, то для хорошо структурированного дерева, как, к примеру, по N1 (323 гаплотипа-67), на графе мы должны получить уже возраст с учётом возвратных мутаций (то, что имеется в работах Клёсова и Адамова).

Или я где-то ошибаюсь?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Ув. mouglley, Мурка учитывает те обратные мутации которые она нашла для построения минимального дерева. В действительности их могло быть больше, бывают  обратные мутации которые не реконструируются филогенетически. Можно сравнить среднее число обратных на каждой ветви с расчетным количеством (полученным как-то иначе) и делать поправку возраста исходя из разницы.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Выслушав положительные оценки интерфейса моей программы решил на ее основе сделать графический интерфейс к Мурке.
Предполагается это даст Мурке такие дополнительные возможности:
1. Задание параметров через меню, а не в текстовом файле как сейчас (текстовый режим также будет сохранен). Меню будет английское или русское на выбор.
2. Навигация по версиям дерева (сохранение версий, ведение списка версий, загрузка версии).
3. Отображение дерева в интерактивном режиме: возможность подвигать гаплотипы (как в Fluxus Network), переместить гаплотипы с ветви на ветвь, или целиком переместить ветви.
4. Поиск внутри дерева.
5. Подсветка одинаковых мутаций. Отображение мутаций только конкретного маркера.
6. Просмотр гаплотипов промежуточных предков.
7. Ручное выделение отдельных ветвей для визуального анализа. Это также позволит выгружать одно дерево в несколько картинок Графивза.
8. Обсуждается загрузка гаплотипов с ydna.ru (загрузки из YSearch и FTDNA не будет).

Это будет только интерфейс. Никаких расчетов не предполагается, в том числе, и моим методом.
Сделаю я этот интерфейс вряд ли раньше, чем в следующем году. Только для Windows.

P.S. Валерий разрешение вроде как дал.
« Последнее редактирование: 22 Август 2009, 01:04:30 от wertner »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
P.S. Валерий разрешение вроде как дал.


и очень доволен :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100