АвторТема: Мурка - программа построения кладограмм, (Valery Z. и Ко)  (Прочитано 54716 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1578/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Валер, ты мне говорил, но я подзабыл. Какое критическое количество гаплотипов для построения дерева в Мурке?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Пожалуйста, покажите оба варианта, и если можно, с кратким обоснованием по каким причинам (историческим, ..) Вам кажется более правдоподобным предыдущий вариант. Теоретически возможна ситауция, когда минимальное дерево не является лучшим с биологической точки зрения.
В том-то и дело, что именно последний вариант всё прибил по местам в соответствии с географическим распространением гаплотипов (чего я и добивался). Боюсь, как бы они (мы), соколы не разлетелись.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Пожалуйста, покажите оба варианта, и если можно, с кратким обоснованием по каким причинам (историческим, ..) Вам кажется более правдоподобным предыдущий вариант. Теоретически возможна ситауция, когда минимальное дерево не является лучшим с биологической точки зрения.
В том-то и дело, что именно последний вариант всё прибил по местам в соответствии с географическим распространением гаплотипов (чего я и добивался). Боюсь, как бы они (мы), соколы не разлетелись.


последний это какой? C WPHEUR или без?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Валер, ты мне говорил, но я подзабыл. Какое критическое количество гаплотипов для построения дерева в Мурке?


Саш, это сильно зависит от метода, числа локусов и степени гомоплазии в выборке. Поясни сколько локусов, это микросателлиты или снипы. В принципе, эвристические методы переваривают и огромное количество данных, но качество оставляет желать лучшего.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1578/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Хочу научится строить в мурке. Вадим мне прислал обновленную выборку по кладам I. Выборка 67 маркерная.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Лучше с опцией WPHEUR. Можно попробовать штук 200 и подобрать параметры чтобы работало шустро.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1578/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Хорошо подберу 200 штук и создам тему в разделе I.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
последний это какой? C WPHEUR или без?
C WPHEUR

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Лучше с опцией WPHEUR. Можно попробовать штук 200 и подобрать параметры чтобы работало шустро.
270 гаплотипов-67 полёт нормальный.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
ну что ж, я рад что стало лучше и утверждаю, что хуже уже не будет :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А не подскажите, как управлять предком?
Обзываю гаплотип d@Vanya в ych-файле и Мурка его узнаёт?

Что-то у меня с сегодня-скаченной версией так не получается.
Может быть, ещё где-нибудь что-то надо указать?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Должна узнать! Я не менял ничего такого что бы могло повлиять.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
А в каком-нибудь параметре prepare.bat или bat-файла по работе самой Мурки нельзя случайно создать  препятствия для распознавания предка?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
prepare вообще ничего не знает про @ - для него это часть имени таксона и только. Проверьте что созданный RDF имеет этот префикс - значит prepare правильно обработала имя ничего не испортив.

Мурка же требует для понимания преопределенного корня d@ наличия опции

-j ROOTING

и обязательного отсутствия опций MIDPOINTROOT и OUTGROUPROOT которые заставляют ее ИСКАТЬ корень а не воспользоваться тем что уже передан Вами.

Я правильно понял что она отрабатывает но корень не тот что указан через d@? Тогда ищите и выбрасывайте опцию MIDPOINTROOT, которая скорее всего застряла в параметрах от прошлых запусков. Если и это не поможет - будет искать проблему дальше.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
MIDPOINTROOT как раз и был.
Спасибо.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100