Есть ли популяционный сдвиге в оценке ВБОП по кросс-ASD

[Nimissin]

Cергей Пантилеймонович, Вы опять вводите форум в заблуждение.   

Ваше высказывание, уважаемый Овод, со стороны понимается следующим образом: "Каржавин на самом деле все понимает, он на моей стороне, но в силу каких-то корыстных целей намеренно говорит противоположное". Хочу засвидетельствовать как его соавтор и единомышленник, что он говорит совершенно искренне, без задних мыслей. Может быть он сам заблуждается (как и я), но не вводит форум в заблуждение. Давайте будем высказываться более корректно, без намеков на личности.

[Овод]

Ваше высказывание, уважаемый Овод, со стороны понимается следующим образом: "Каржавин на самом деле все понимает, он на моей стороне, но в силу каких-то корыстных целей намеренно говорит противоположное".

Уверяю Вас, Димитрий, что я так же уверен в искренности Каржавина, как и Вы, но считаю некоторые его высказывания в корне неверными. И именно потому, что мнение Сергея на форуме является достаточно весомым, то - вводящими в заблуждение менее знакомых с мат.статистикой форумчан. Например, это:

При наличии двух пиков в распределении матожидание может быть где угодно.

Заметьте, речь шла о конкретном распределения с двумя пиками по Р=0.5. Позвольте задать "школьный" вопрос ( о котором Каржавин меня так просил) - Где все же будет матожидание у этого распределения: строго посередине между пиками, или "где угодно"?
 
Далее:

 

Даже по этой очевидной причине ASD метод хуже, и только в определенных (редких) случаях его качество может быть сопоставимо с МП методом, например, в случае равенства скоростей мутаций между собой.

То есть из текста очевидно - в случае равенства скоростей мутаций ASD может быть сопоставлен с ММП.
 
А в остальных случаях (при неравенстве), что, нет? Но ASD не требует равенства скоростей мутаций. И будет точно так же работать по скорости, средней по гаплотипу, с той же близостью к МПП, что и при равных скоростях маркеров. Что и было уже мною показано со ссылкой на доказательство.
 
Нет бы Сергею привести аргументы "против". Вместо этого - упрёки в непонимании. А что тут непонятного?
 
Впрочем соглашусь, что диалог с уважаемым Каржавиным у нас не складывается. Я пытаюсь убедить его (и Вас, кстати) в ряде принципиально важных вещей. И если Вы хоть как то реагируете на доказательства, выставляя контраргументы (хотя на последний не ответили до конца), то Сергей уклоняется от диалога по сути, либо уводя разговор в сторону, либо ограничиваясь общими фразами, либо, как сейчас - заявив о том, что тема ему неинтересна.
 
А не он ли начал её громогласным заявлением о бомбе, которую он вскоре намерен взорвать в RJGG: о присутствии популяционной поправки в интеркладовом методе Нортведта и вообще о том, что  метод  Кена "ни хрена не даёт".
 
Но если в Вашей статье будет столь же мало аргументов, как в ответах Каржавина мне - то как бы эта "бомба" не повредила самому RJGG. Вот этого я опасаюсь, поэтому и продолжаю дискуссию и настаиваю на аргументации оппонентов.
 
И "ничего личного".

[Каржавин]

Но если в Вашей статье будет столь же мало аргументов, как в ответах Каржавина мне - то как бы эта "бомба" не повредила самому RJGG. Вот этого я опасаюсь, поэтому и продолжаю дискуссию и настаиваю на аргументации оппонентов.
 
И "ничего личного".

Оба-на! Вот в чем дело то! Оказывается, с моей стороны грядет опасность подорвать RJGG! Не волнуйтесь за судьбу журнала, я, пожалуй, более многих очень заинтересован в его благополучном плавании, так что постараюсь со своей стороны приложить все усилия, чтобы формулы были правильными, моделирование - кооректным, выводы аргументированы.
В общем, это серьезная причина, чтобы СЫРЫЕ материалы исследований не выкладывать и не обсуждать. Будет все моделирование проведено, написан и продуман текст, тогда и милости просим, смотрите.

[Nimissin]

Очередной виток обсуждения вопросов TMRCA начался 21 ноября, завершился 3 декабря. Извержение вулкана было бурным: написано 10 страниц постов только в этой теме. Хотел бы сказать спасибо всем участникам. Почерпнул много нового для себя. Часть своих взглядов, может быть, пересмотрю. А пока присоединился к Сергею Каржавину по дальнейшему исследованию темы возраста. До новых встреч.

[Nimissin]

Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Reply #154 : 29 Ноября 2010, 15:37:25 » Цитата: Nimissin от 29 Ноября 2010, 14:22:48Цитата: Овод от 29 Ноября 2010, 12:45:20Не заставляйте меня снова прибегать к моделированию, чтобы показать вам уже логически доказанную свою правоту.

Вот этого я и хотел бы.

А жаль. Дело в том, что проверять метод моделированием - это всё равно, что проверять формулу, подставляя в неё численные значения. То есть, опровергнуть идею можно, а доказать строго и полностью - нельзя. Ну да ладно, займёмся моделированием, как в прошлый раз....
 

Цитата: Nimissin от 29 Ноября 2010, 14:22:48Цитата: Овод от 29 Ноября 2010, 12:45:20Так что не упорствуйте.
Соглашайтесь, чтобы не превращать эту комедию в фарс.

В этой комедии один актер или два?  
То есть хотелось бы уточнить: Вы участвуете?  

Что же, придётся, раз не верите логике. Промоделируем, не впервой. Только продумаю схему модели, чтобы было одновременно демонстративно и доказательно. И занимательно, по возможности. Постараюсь на этой недельке, как только выдастся время. Так что - до скорого...

Уважаемый Овод, есть ли прогресс в Вашем моделировании?

[Clavis]

Вернувшись к началу нашего "осеннего обострения" дискурсий в этой теме, я обратил внимание на выделенную жирным шрифтом фразу:

Очень интересно будет почитать мнение Адамова и Каржавина.
Я вот сейчас пытаюсь оценить возраст "венедской" ветви и входящих подветвей разными методами - квадратичным дисперсионным, линейным, ро-статистикой по своему дереву, с разбиением на ветви и без. В том числе считал и интеркладовым(кросс-дисперсионным) методом Нодтведа. Казалось бы, чего проще - введи данные в таблицу Нордтведа и получи результат. Но поскольку я человек в возрасте, со старым мышлением, не привыкший дверять непонятным мне программам, то считал почти вручную, рассматривая этот и другие методы с разных сторон. И нашёл способ расчёта методом Нордтведа, отличный от суммирования квадратов разностей значений гаплотипов одной ветви и значений другой ветви. Этот способ наглядно показывает математическую(и генеалогическую) сущность интеркладового метода.

Как видно из последующего описания, этот алгоритм в точности совпадает с применяемым АК. Интересно, где Нордтведт изложил этот метод?

[VVR]

АК считает аналогичным алгоритмом, только линейным способом. На обоснование интеркладового метода Нордтведом где-то на форуме Овод давал мне ссылку. Сейчас не помню.

[I2a1a]

АК считает аналогичным алгоритмом, только линейным способом. На обоснование интеркладового метода Нордтведом где-то на форуме Овод давал мне ссылку. Сейчас не помню.

Доказательство формулы на одной странице
http://knordtvedt.home.bresnan.net/Interclade%20MRCA.ppt

[I2a1a]

Именно это я и имел ввиду.

[Овод]

Уважаемый Овод, есть ли прогресс в Вашем моделировании?

Вот только сегодня выбрал время и написал модель. Решил "убить двух зайцев" - проверить не только оценку несмещённости кросс-метода, но и правильность определения сдвига во внутрикладовых методах по своей формуле.
 
Итак, для начала дерево, на рёбра которого по Пуассону накладывались мутации:
 

[Овод]

Теперь, результаты расчётов (100 прогонов восьми 100-маркерных гаплотипов) на 100 поколенях от предка со скоростью мутации m=0.002:
 
                     Задано     Получено         Поп. сдвиг           Ошибка   
 
T_A                     80               60.17              20.00                19.83
T_B                       60              49.76               10.00                10.24
T _A+B                100              80.08               19.29               19.92
Интерклад      100              99.91                  0                    0.09
(А-В)²/m                            117.39       

Как видно, все три внутрикладовые BБОП дают предсказанное "популяционное" смещение с точностью до третьего  знака. Разницу вполне можно отнести за счёт стат.колебаний. Интерклад ошибки практически не даёт.
 
Теперь ещё раз пересчитаем кросс-оценку уже по формуле её "раскладки". При этом следует учесть, что я считал внутрикладовые  ВБОП по несмещённой формуле, а в "раскладке" - смещённая. Поэтому мои внутрикладовые величины нужно умножить на 0.75 (у нас 4 персоны в каждом кладе). Получаем:
 
Интеркладовый ВБОП = 0.5*(0.75*(60.17+49.76)  +  117.39) =  99.91
 
то есть то же, что и при "пермутационном" исчислении интерклада в таблице. Что в лоб, что по лбу...Итак выводы:
 
1. Внутрикладовый метод расчётов для "незвёздных" кластеров даёт популяционный сдвиг.
 
2. Этот сдвиг можно правильно предсказать, зная топологию дерева, по формуле SUM_I(L_IK_I(K_I-1))/(N(N-1)).
 
3. Кросс-дисперсия популяционного сдвига не даёт. Имеется лишь стат.разброс вокруг истинного значения.
 
4. Расчёт кросс-дисперсии классическим "пермутационным" методом (в лоб) или по её раскладке на компоненты (по лбу) даёт один и тот же результат.

[I2a1a]

Супер.

[Clavis]

Ну вот и  ладушки. Раньше я об этом говорил, объясняя на пальцах, а тут разбор на  хорошем правдоподобном деревце.

[VVR]

дерево, на рёбра которого по Пуассону накладывались мутации:

Непонятно, откуда возьмётся популяционный эффект, если каждое ребро соответствует по количеству мутаций Пуассону? Предположительно есть топологический сдвиг, как недостаток метода внутрикладовой ASD.
Думаю, что если Вы посчитаете всё дерево линейным методом с поправкой на возвратные мутации получите ровно 100 поколений +- стат.погрешность.

[Овод]

Непонятно, откуда возьмётся популяционный эффект, если каждое ребро соответствует по количеству мутаций Пуассону?

Они и в жизни ложатся "по Пуассону". Как видите, и популяционный эффект "откуда-то взялся". Причём в строгом соответствии с предсказанием. Но вот только - при внутрикладовой ASD.
 
А вот в кросс-ASD его не оказалось. Что, собственно, и требовалось показать.