Есть ли популяционный сдвиге в оценке ВБОП по кросс-ASD

[Овод]

Сергей, давай мириться. Не будем, так сказать, уподобляться и выяснять "кто первый начал". Я умерю свою невольную (но природную) язвительность при попытках призвать Вас к конструктивному диалогу. А Вы в свою очередь, не будете столь обидчиво на неё реагировать, буде она ещё раз невзначай прорвётся.
 
Всё же я много старше Вас и хотя бы поэтому достоин этой небольшой привилегии. Хотя всеми силами буду стараться быть с Вами впредь более деликатным и доброжелательным.

[Овод]

Не заставляйте меня снова прибегать к моделированию, чтобы показать вам уже логически доказанную свою правоту.

Вот этого я и хотел бы.

А жаль. Дело в том, что проверять метод моделированием - это всё равно, что проверять формулу, подставляя в неё численные значения. То есть, опровергнуть идею можно, а доказать строго и полностью - нельзя. Ну да ладно, займёмся моделированием, как в прошлый раз....
 

Так что не упорствуйте.
Соглашайтесь, чтобы не превращать эту комедию в фарс.

В этой комедии один актер или два? 
То есть хотелось бы уточнить: Вы участвуете? 

Что же, придётся, раз не верите логике. Промоделируем, не впервой. Только продумаю схему модели, чтобы было одновременно демонстративно и доказательно. И занимательно, по возможности. Постараюсь на этой недельке, как только выдастся время. Так что - до скорого...

[VVR]

Кстати, на rootsveb с нашей статьей кое-кто явно ознакомился, правда, назвали нас вот как: "эти русские". Очевидно, что и А.Клесов ознакомился с нашей статьей, но получается, что он ПОЛНОСТЬЮ ПРОИГНОРИРОВАЛ наши абсолютно неубиенные результаты по точностями и прочим вопросам. А зря, поскольку ему теперь невозможно будет отстоять свою позицию. Почему сразу же не использовать наши результаты? Все мы пользуемся достижениями товарищей, и делаем так, чтобы и наши результаты были для кого-то собственной отправной точкой. Так и движется наука.

М-да-а-а.... Грустное впечатление у меня складывается от позиции Анатолия Алексеевича.

М-да-а-а.... Грустное впечатление у меня складывается от позиции Анатолия Алексеевича.

Сергей, мне тоже досадно от того, что один из пионеров нашей темы проигнорировал Ваш с Дмитрием труд. Либо не смог его понять (осилить), либо из вредности наверное...

Вашу шутку я понял.
Конечно, Клесов все прекрасно и очень быстро осилил все наши публикации,

Безусловно, он прочитал работу Адамова и Каржавина.
Ещё до того, как меня полностью забанили на родстве, я ему неоднократно талдычил о работе Дмитрия и Сергея, о том что расчёт поправки на возвратные мутации по среднему количеству мутаций на маркер ведёт к занижению возраста, о том что скорости мутаций откалиброваны неточно.
Последнее время эти вопросы стал подымать на родстве Ostan. До этого время от времени у вполне лояльных генеральной линии участников форума возникал вопрос, почему при расчёте возраста по 12,25,37 и 67м у разных выборок возраст по одному набору маркеров всегда получается больше чем по другому.
Естественно. АК применял скорости
12 -0,022
25 -0,046
37 -0,090
67 -0,145
Т.е скорость 4-й панели 0,145-0,090=0,055
больше чем скорость певых двух 0,046,хотя в реальных выборках, субкладах,ветвях мутаций на первых двух панелях практически всегда больше, чем на 4-й.
Но похоже "клиент созрел".
В последних сообщениях на родстве А.Клёсов употоребляет новую скорость для 67-м гаплотипа 0,120, что составляет 0,00179 на маркер.
Кстати, он давно уже для 67м применяет не им же "калиброванную" 0,145, а 0,002 на маркер, т.е. 0,134.
Т.е. движение в сторону популяционной скорости Животовского 0,00069 на маркер присутствует.
Кроме того,ещё до этого он в беседе с Останом  говорил, что возможно скорость для 67м придётся "подкрутить". В другом сообщении намекал, что в новом Вестнике будет опубликована новая таблица скоростей мутаций по различным наборам маркеров.
Т.е. принято такое парадоксальное решение - вместо увеличения заниженной скорости(которая благодаря занижению, частично компенсировала неточность расчёта поправок на возвратные мутации и неучёт популяционной поправки) и введения нормальных поправок, скорость ещё уменьшается в надежде, что теперь она полностью компенсирует неучёт этих поправок.

[VVR]

Немножко попрогнозирую(погадаю).
Что следует ожидать?
В ближайшее время публикации в Вестнике с новыми скоростями. Интересно, как они будут обоснованы. Ведь до этого он неоднократно писал, что его калибровка самая точная в мире.
Что этим достигается?
Если сделать корректировку скоростей по уму, на что я надеюсь, но в чём сильно сомневаюсь, то этим убивается сразу несколько зайцев.
В определённых интервалах, например при небольшой поп.поправке (около 10%) в интервале от 2,5 до 5,5тыс.лет(по моим прикидкам) будет получаться вполне адекватная оценка TMRCA. Если поп.поправка будет больше, адекватный интервал не сужаясь будет смещаться в меньшую сторону. А ведь это наиболее "ходовой" интервал для расчётов Клёсова, применямых в его исторических реконструкциях.
На меньших возрастах оценка TMRCA будет завышаться, но там и чаще обсчитываются небольшие популяции с соответственно большей поп.поправкой. Кроме того, там завышение будучи большим в процентном отношении, не будет очень большим в абсолютном выражении. Например, вместо 600 лет при поп.поправке 10% даст 800 лет.
На возрастах более 6 тыс. оценка, как и ранее будет занижена. Чем больше возраст и больше поп. поправка, тем занижение больше. Но там АК чаще считает на маломаркерных выборках, где нет быстрых маркеров, что уменьшает влияние неточного расчёта поправок на возвратные мутации. Кроме того там по-любому большие погрешности и неточности оценки TMRCA можно списать на то. что они "в рамках погрешности". Да и опровергнуть такие расчёты, как и доказать их правильность, достаточно сложно.
Кроме того,возможно, будут совпадать расчёты по разному количеству маркеров
Что следует ожидать после публикации?
Самопиар на всех форумах, в первую очередь на родстве, о новом прорыве А.Клёсова в деле оценки TMRCA. Он правда чаще употребляет термин расчёт возраста. Очень сомневаюсь, что работа Адамова,Каржавина будет упомянута. Любит АК приписывать все заслуги себе. Обязательно скажет, что он опережает в этом вопросе остальных и вообще "впереди планеты всей".
Что радует?
Оценки TMRCA на родстве станут более адекватными(не всегда, но надеюсь в большинстве случаев).
Моя работа в этом направлении не пропала даром и оказала некоторое влияние.
Что не радует?
Проблемы оценки TMRCA остались.
Несмотря на более адекватные оценки возраста, будут продолжаться не вполне адекватные "исторические реконструкции" на их основе.

[Каржавин]

Сергей, давай мириться. Не будем, так сказать, уподобляться и выяснять "кто первый начал". Я умерю свою невольную (но природную) язвительность при попытках призвать Вас к конструктивному диалогу. А Вы в свою очередь, не будете столь обидчиво на неё реагировать, буде она ещё раз невзначай прорвётся.
 
Всё же я много старше Вас и хотя бы поэтому достоин этой небольшой привилегии. Хотя всеми силами буду стараться быть с Вами впредь более деликатным и доброжелательным.

Да мы и не ссорились, между прочим
И не надо ничего моделировать. МНЕ ЛИЧНО абсолютно ВСЕ ясно по поводу всех этих интеркладовых, кросс-дисперсионных и прочих методов. НЕТ НИКАКИХ НЕЯСНОСТЕЙ.
Подавляющее большинство участников нашего Форума, и rootsweb и прочих весьма представительных дискуссионных площадок с Вами АБСОЛЮТНО СОГЛАСНЫ. Чего же боле?

[VVR]

Здесь я вёл речь об уточнёнии поправки на возвратные мутации в линейных методах.

мои расчёты скорее прикидочные. Я их проводил в первую очередь для того, чтобы самому себе прояснить ситуацию. Во вторую, чтобы обратить внимание сообщества на неточности расчётов, ведущие к занижению возраста. И в третью, надеялся, что более опытные товарищи предложат  более эффективное решение проблемы.

Первые две цели в основном достигнуты.
Теперь третья.
Не знаю, насколько эффективное, но некоторое решение в ближайшее время, судя по некоторым намёкам, будет предложено.Речь об АК.

Безусловно, он прочитал работу Адамова и Каржавина.
Ещё до того, как меня полностью забанили на родстве, я ему неоднократно талдычил о работе Дмитрия и Сергея, о том что расчёт поправки на возвратные мутации по среднему количеству мутаций на маркер ведёт к занижению возраста, о том что скорости мутаций откалиброваны неточно.
Последнее время эти вопросы стал подымать на родстве Ostan. До этого время от времени у вполне лояльных генеральной линии участников форума возникал вопрос, почему при расчёте возраста по 12,25,37 и 67м у разных выборок возраст по одному набору маркеров всегда получается больше чем по другому.
Естественно. АК применял скорости
12 -0,022
25 -0,046
37 -0,090
67 -0,145
Т.е скорость 4-й панели 0,145-0,090=0,055
больше чем скорость певых двух 0,046,хотя в реальных выборках, субкладах,ветвях мутаций на первых двух панелях практически всегда больше, чем на 4-й.
Но похоже "клиент созрел".
В последних сообщениях на родстве А.Клёсов употоребляет новую скорость для 67-м гаплотипа 0,120, что составляет 0,00179 на маркер.
Кстати, он давно уже для 67м применяет не им же "калиброванную" 0,145, а 0,002 на маркер, т.е. 0,134.
Т.е. движение в сторону популяционной скорости Животовского 0,00069 на маркер присутствует.
Кроме того,ещё до этого он в беседе с Останом  говорил, что возможно скорость для 67м придётся "подкрутить". В другом сообщении намекал, что в новом Вестнике будет опубликована новая таблица скоростей мутаций по различным наборам маркеров.
Т.е. принято такое парадоксальное решение - вместо увеличения заниженной скорости(которая благодаря занижению, частично компенсировала неточность расчёта поправок на возвратные мутации и неучёт популяционной поправки) и введения нормальных поправок, скорость ещё уменьшается в надежде, что теперь она полностью компенсирует неучёт этих поправок.
В определённых интервалах, например при небольшой поп.поправке (около 10%) в интервале от 2,5 до 5,5тыс.лет(по моим прикидкам) будет получаться вполне адекватная оценка TMRCA. Если поп.поправка будет больше, адекватный интервал не сужаясь будет смещаться в меньшую сторону. А ведь это наиболее "ходовой" интервал для расчётов Клёсова, применямых в его исторических реконструкциях.
На меньших возрастах оценка TMRCA будет завышаться, но там и чаще обсчитываются небольшие популяции с соответственно большей поп.поправкой. Кроме того, там завышение будучи большим в процентном отношении, не будет очень большим в абсолютном выражении. Например, вместо 600 лет при поп.поправке 10% даст 800 лет.
На возрастах более 6 тыс. оценка, как и ранее будет занижена. Чем больше возраст и больше поп. поправка, тем занижение больше. Но там АК чаще считает на маломаркерных выборках, где нет быстрых маркеров, что уменьшает влияние неточного расчёта поправок на возвратные мутации. Кроме того там по-любому большие погрешности и неточности оценки TMRCA можно списать на то. что они "в рамках погрешности". Да и опровергнуть такие расчёты, как и доказать их правильность, достаточно сложно.
Кроме того,возможно, будут совпадать расчёты по разному количеству маркеров

[Каржавин]

По поводу методики калибровки скоростей мутаций, применяемых уважаемым Анатолием Алексеевичем, могу сказать следующее.
Несколько лет назад не было вообще никаких более-менее приемлемых оценок скоростей мутаций из-за малости статистики и прочего. Поэтому оценка скоростей по генеалогическому дереву Мак Дональдов с хорошо известной хронологией, несомненно, является шагом вперед, позволившим инициировать генеалогическо-исторические исследования, наработать ряд интересных гипотез и пр. Но в чем здесь проблема?
Представим себе, что жил-да-был Лорд Полуостровов и было у него два сына по имени Смел и Трус, и породили они кланы Мак Смелов и Мак Трусов. Мак Смелы вечно куда-то ходили завоевывать, погибали в морских пучинах, ссорились с соседями и между собой. Мак Трусы тихонько сидели, прибирали к рукам бесхозные земли, богатели, плодились. В результате сегодня клан Мак Смелов насчитывает не более 100 человек, а клан Мак Трусов - более миллиона.
Если мы оценим скорости мутаций по Мак Смелам и по Мак Трусам, то получим СУГУБО различный результат (в разы)! Доказательство оного см. в нашей с Адамовым статье. Вот если бы было множество генеалогий с единым возрастом и разной исторической судьбой, то, усредняя скорости мутаций, полученные по каждой из этих генеалогий,можно было бы получить хоть какую-то приемлемую оценку.
Использовать в качестве калибровочного материала некую уникальную генеалогию сейчас уже не стоит, получаются большие ошибки, которые сегодня уже не могут удовлетворить. Конечно, Мак Дональды - клан удачливый и быстро рос, следовательно, популяционная поправка для него не очень большая, и поэтому СЛУЧАЙНО получилось, что оценки скоростей по нему не должны очень сильно отличаться от истинных значений, а вот насколько, сейчас уже можно оценить, по крайней мере, по десяти локусам, для которых хорошо известны данные по парам "отец-сын". Правда, лично я не сверял, вполне возможно, что совпадение там действительно отличное.

[Овод]

Да мы и не ссорились, между прочим
И не надо ничего моделировать. МНЕ ЛИЧНО абсолютно ВСЕ ясно по поводу всех этих интеркладовых, кросс-дисперсионных и прочих методов. НЕТ НИКАКИХ НЕЯСНОСТЕЙ.
Подавляющее большинство участников нашего Форума, и rootsweb и прочих весьма представительных дискуссионных площадок с Вами АБСОЛЮТНО СОГЛАСНЫ. Чего же боле?

Мне тоже кажется, что ничего недостойного в нашем диалоге не было. Вполне себе позволительные даже в академической среде колкости, не более. С моей стороны - следствие дурной наследственности прапрадеда по материнской линии - довольно желчного и заносчивого поляка. Всю жизнь борюсь с этим, но, очевидно, так и помру - язвой.    

 P.S Но я так и не понял - ЧТО именно Вам ВСЁ ЯСНО? Что я прав или нет? Димитрий вроде считает, что - нет. И хочет, чтобы я представил модель. А Вы?
 
Мне чрезвычайно важны оба ваших мнения. Несмотря на то, что я имею твёрдое своё. Но могу его изменить, если будут представлены веские доказательства его неправоты.

[Valery]

Если мы оценим скорости мутаций по Мак Смелам и по Мак Трусам, то получим СУГУБО различный результат (в разы)!

Оставить трусы - смелов нафиг! Чем звезднЕе генеалогия тем точнее результат!

[Каржавин]

Оставить трусы - смелов нафиг! Чем звезднЕе генеалогия тем точнее результат!

Сказано: плодитесь и размножайтесь!

[Clavis]

...АК применял скорости
12 -0,022
25 -0,046
37 -0,090
67 -0,145
Т.е скорость 4-й панели 0,145-0,090=0,055
больше чем скорость певых двух 0,046,хотя в реальных выборках, субкладах,ветвях мутаций на первых двух панелях практически всегда больше, чем на 4-й.
Но похоже "клиент созрел".
В последних сообщениях на родстве А.Клёсов употоребляет новую скорость для 67-м гаплотипа 0,120, что составляет 0,00179 на маркер.
Кстати, он давно уже для 67м применяет не им же "калиброванную" 0,145, а 0,002 на маркер, т.е. 0,134.

Полгода назад я на Родстве показал на примере двух огромных интеркладовых выборок, что если принять за истину
12 -0,022
25 -0,046
(а эти панели отрабатывалось на практических задачах на порядок чаще, чем 67 маркеров), то для 67 надо принять 0,134. АК сказал, что изменение скорости на 8% - это в пределах погрешности, но, видимо, принял к сведению.

[Clavis]

Нет никаких взаимных компенсаций мутаций. На большом количестве гаплотипов мутации "вверх" и "вниз" просто создают соответствующие "хвосты" распределения (гистограмма аллелей расползается) и второй момент распределения растет. От понятия "наблюдаемое число мутаций" имеет смысл отказаться как можно скорее, оно только запутывает проблему и соответствующие методы расчета.

Мне кажется, мы с Вами имеем в виду две разные (взаимно обратные) задачи.
Ваша задача. Исходные данные: задано определенное число звеньев отец-сын и гаплотип на одном конце цепочки. Вопрос: что имеем на другом конце. Ответ: для каждого локуса/маркера имеем гистограмму распределения типа гауссовой, только дисперсную (учитываются целочисленные мутации), или как Вы выразились, "хвосты" распределения.
Моя задача. Исходные данные: есть два известных гаплотипа, между ними неизвестное число звеньев отец-сын. Вопрос: сколько звеньев между гаплотипами? Ответ: имеем гистограмму распределения типа гауссовой, только дисперсную (число звеньев отец-сын не может быть дробным).
так вот, для решения этой задачи мы попарно сравниваем два гаплотипа в каждом маркере(локусе),  и полученную разницу не вправе считать числом мутаций: если между ними есть как инсерции так и делиции, то истинное число мутаций больше, чем то, которое мы получили простым вычитанием. Чтобы не путать обе величины, простую разницу двух гаплотипов я обозначаю "наблюдаемое число мутаций". Если Вам термин не нравится, предложите другой, но нельзя же его просто отбросить?

[Каржавин]

Ваша задача. Исходные данные: задано определенное число звеньев отец-сын и гаплотип на одном конце цепочки. Вопрос: что имеем на другом конце. Ответ: для каждого локуса/маркера имеем гистограмму распределения типа гауссовой, только дисперсную (учитываются целочисленные мутации), или как Вы выразились, "хвосты" распределения.
Моя задача. Исходные данные: есть два известных гаплотипа, между ними неизвестное число звеньев отец-сын. Вопрос: сколько звеньев между гаплотипами? Ответ: имеем гистограмму распределения типа гауссовой, только дисперсную (число звеньев отец-сын не может быть дробным).
так вот, для решения этой задачи мы попарно сравниваем два гаплотипа в каждом маркере(локусе),  и полученную разницу не вправе считать числом мутаций: если между ними есть как инсерции так и делиции, то истинное число мутаций больше, чем то, которое мы получили простым вычитанием. Чтобы не путать обе величины, простую разницу двух гаплотипов я обозначаю "наблюдаемое число мутаций". Если Вам термин не нравится, предложите другой, но нельзя же его просто отбросить?

Уважаемый Clavis, Вы не совсем верно интерпретировали то, что я делал. Точно также, как и все, я брал совокупность гаплотипов финальных потомков и по ним пытался определить TMRCA начального предка и его гаплотип. Разница только в том, что гаплотипы эти смоделированы, и мне точно известна вся предыстория развития генеалогических деревьев. Именно это и позволяет оценить, насколько правильно вычислены TMRCA и предковый гаплотип. В качестве инструмента оценки использовались как "стандартный" ASD метод, так и метод максимального правдоподобия (который, по-моему, вообще никто и читать не стал, а зря, особенно его версию для оценки времени между двумя гаплотипами).
Утверждаю, что даже для "стандартного" ASD метода понятие наблюдаемых и возвратных мутаций совершенно лишнее. Есть естественный параметр - истинная интенсивность (скорость) мутаций, которая вычисляема непосредственно через совокупность пар "отец-сын". А наблюдаемые мутации, возвратные мутации - это результат специфического рассмотрения совокупности аллелей финальных потомков.

[Clavis]

Сергей Пантилимонович, Вы еще одну характерную черту назвали: Вы занимаетесь разветвленными связями (у предка не один потомок, а некое множество), я давно уже - исключительно неразветвленными (в расчете времени участвуют два гаплотипа, третьему места нет). Понятие "возвратная" мутация я тоже не приветствую, потому что оно субъективно, зависит от точки зрения. Но если у Вас в неком маркере 7 тандемных повторов, а у меня - 9, то что такое разность 9-7=2? Число мутаций на маршруте от Вас до меня или обратно? не совсем так.
Тут я и употребляю "наблюдаемое число мутаций"

[Каржавин]

Мне тоже кажется, что ничего недостойного в нашем диалоге не было. Вполне себе позволительные даже в академической среде колкости, не более. С моей стороны - следствие дурной наследственности прапрадеда по материнской линии - довольно желчного и заносчивого поляка. Всю жизнь борюсь с этим, но, очевидно, так и помру - язвой.     

Я тоже считаю, что диалог у нас очень даже нормальный. Если формулировки жесткие по сути, так они и должны быть как можно более четкими без растекания мысли.
Ну так и я - не самый приятный собеседник, к сожалению. Тоже борюсь с собой и окружающие меня терпеливо учат (иногда довольно крепко) 

Но я так и не понял - ЧТО именно Вам ВСЁ ЯСНО? Что я прав или нет? Димитрий вроде считает, что - нет. И хочет, чтобы я представил модель. А Вы?

Нет, моделировать дополнительно ничего не надо, особенно если оно направлено на изменение мнения двух трех человек. Это непозволительная роскошь.
Мне все, в общем, ясно с интеркладовыми и прочими дисперсионными методами, а не с тем, кто прав, а кто неправ. С людскими мнениями разобраться намного сложнее, чем с формальными матем. процедурами, здесь сильно думать и разбираться надо 
 

Мне чрезвычайно важны оба ваших мнения. Несмотря на то, что я имею твёрдое своё. Но могу его изменить, если будут представлены веские доказательства его неправоты.

В общем то, мы с Дмитрием часть своих взглядов изложили уже в письменной форме в статье. Добавим кое-что по нашему мнению важное в следующей публикации.
Я бы вообще данную дискуссию приостановил до выхода наших дополнительных результатов. Все-таки, хоть как-то продуманный текст, рисунки всякие и цифирь как-то надежнее будут выглядеть в роли аргументов, чем чисто словесные объяснения.
Жаль, что сообществом не осмыслено то, что мы уже представили на суд в виде статьи.