Есть ли популяционный сдвиге в оценке ВБОП по кросс-ASD

[Valery]

Если собрать все имеющиеся в базе данных гаплотипы R1a (раз уж взяли ее для примера) и построить из них дерево при помощи хорошей программы типа Мурки.. нет, даже не так. Если всевышний откроет нам истинный профиль этого дерева,
то где-то внизу будет точка, где все ветви сошлись в ствол (точка коалесценции). Это ближайший общий предок имеющихся в базе гаплотипов. Но не первый R1a.

Нужно сделать эдак штук 600 локусов и прогнать скажем через ТНТ. Аутгруппом выбрать R1b. Даже если сделать всего сотню разных R1a но помногу локусов - предок наверняка выявится точно.

[Clavis]

Поиск времени общего предка R1a и R1b можно сделать хорошим тренировочным полигоном для сравнения разных программ и методик. Например, замечательная поправка VVR  на большой разброс скоростей различных маркеров относительно средней скорости не всем может понравиться только по той причине, что им слабО вывести ее самостоятельно; так тут статистики так много, что можно группировать маркеры по близким скоростям (из таблиц отец-сын) и считать по каждой группе без поправки.   

[Nimissin]

Например, замечательная поправка VVR  на большой разброс скоростей различных маркеров относительно средней скорости не всем может понравиться только по той причине, что им слабО вывести ее самостоятельно; так тут статистики так много, что можно группировать маркеры по близким скоростям (из таблиц отец-сын) и считать по каждой группе без поправки.  

Дело не в том, что кому-то слабО, а кому-то не слабО. Проблема в больших погрешностях скорости мутаций по отдельным маркерам. Усреднение и, если хотите, калибровка скоростей мутаций по панелям не от хорошей жизни, они позволяют хоть как то снизить систематические ошибки. В свое время я отвечал уважаемому VVR, что он продвинулся очень далеко вперед. Мы с одним локусом еще толком не разобрались. VVR не возражал.
Люди хотят палеолит считать! Возведут в квадрат разность аллелей, например 5^2. Вот и получили палеолит!

[Nimissin]

Я и по сей день убеждён в существенном популяционном занижении оценки ТМRCA при внутрикладовом подходе, особенно это касается палеолитических и ранненеолитических кладов, когда их обладатели проживали в тесных популяциях. Причина занижения в том, что многие из современных потомков основателя клада имели, кроме него, попарно, гораздо более близких предков, процент и возраст которых в выборке нам неизвестен априори. Отсюда - ошибка, поправку на которую мы можем сделать лишь зная конкретную демографию клада - его изначальную численность, количество и динамику численности дочерних его популяций и т.д. А это нам в большинстве случаев неведомо.
 

Согласен с Вами, уважаемый Овод.

Этого недостатка лишен интеркладовый метод.

Уже показано, что интеркладовый метод имеет те же ограничения, что и внутрикладовый метод. См. посты уважаемого VVR выше. Мои замечания к Вашим постам в соседней ветке.

P.P.S  Жаль, что ответа, на свой первый вопрос коллегам-математикам об основной идее (в двух словах) их метода, а также о сути их претензий к Кену Нортведту (дай им Бог быть столь же убедительными и доказательно-краткими как он) я так и не услышал

Уважаемый Овод, очень прошу Вас прочитать нашу с Сергеем статью в RJGG, том 2, № 2, 2010. Здесь изложить все наши взгляды затруднительно, а в статье все сказано. Критика кросс-метода уже изложена выше, а также, надеюсь, Сергей опубликует свои более строгие математические выкладки. Я их уже читал. Наша критика не огульная, вполне доброжелательная.

[Каржавин]

Критика кросс-метода уже изложена выше, а также, надеюсь, Сергей опубликует свои более строгие математические выкладки. Я их уже читал. Наша критика не огульная, вполне доброжелательная.

Дмитрий, да эти выкладки по большому счету и не нужны. Согласись, достаточно только указать, какие свойства выборки исследователь собирается учитывать, и из этого просто написать формулу для вычисления дисперсии, и все!
Далее дискуссия будет идти относительно действительно важного момента: насколько адекватно декларируемый перечень свойств выборки соответствует реальности.

[Nimissin]

Сергей, полагаю, что надо будет объяснять доходчиво, наглядно, на пальцах. От терминов "статистический", "стохастический", "корреляционный" развивается идиосинкразия.

[I2a1a]

Сергей, полагаю, что надо будет объяснять доходчиво, наглядно, на пальцах. От терминов "статистический", "стохастический", "корреляционный" развивается идиосинкразия.

Никакой идиосинкарзии нет. Просто нужно пояснить, каким образом Ваша мат.статистическая модель отражает реальный физикохимический процесс мутаций и все.

[Каржавин]

Сергей, полагаю, что надо будет объяснять доходчиво, наглядно, на пальцах. От терминов "статистический", "стохастический", "корреляционный" развивается идиосинкразия.

Дмитрий, не могу согласиться, поскольку в мат. статистике попытки упрощения терминологии часто и приводят к ошибочным результатам. Я ведь специально, как ты знаешь, разделяю более общее понятие "стохастической связи" и специфически определенный в статистике частный случай такой связи - понятие "корреляции" (правда, видов корреляции математиками введено тоже несколько).
Все-таки, у нас здесь специальная веточка Форума для специальных разговоров 

[Каржавин]

Никакой идиосинкарзии нет. Просто нужно пояснить, каким образом Ваша мат.статистическая модель отражает реальный физикохимический процесс мутаций и все.

ОЧЕНЬ ПОДРОБНО в виде постулатов мат. модель изложена в ОПУБЛИКОВАННОЙ в RJGG статье Каржавина, а также в статье Адамова-Каржавина. Да, чуть не забыл, еще в одной моей статье в RJGG.
Именно с описания соответствия реальности и предлагаемой мат. модели все и начато в статьях. 

[Nimissin]

Интересно девки пляшут: Вы ругаете метод Нортведта, а когда я прошу пояснить, хотя бы в общих чертах, где там у него якобы неучтённый "популяционный эффект", Вы предлагаете заняться поиском этой "чёрной кошки" мне. При этом абсолютно голословно намекая что "он кое что очень простое в постановке задачи упустил".
 
Хорошо ли это?
 
Раз уж упущено "что-то очень простое", не проще ли это очень просто сформулировать? А не посылать на поиски оппонента...

Уважаемый Овод, давайте посмотрим на раскладку формулы интеркладового метода:

T(ab) = (1/2)*(D(a) + D(b) + (<m(a)> - <m(b)>)^2).

Здесь D(a) и D(b) есть ASD(a) и ASD(b). Самые кондовые intraclade ASD.
<m(a)> и <m(b)> - средние значения аллелей кладов a и b. С цифрами после запятой.

Прошу ответить на следующие вопросы:
1. Приведенная формула правильная?
2. Может ли быть влияние популяционных эффектов на значения D(a) и D(b)?
3. Что стоит за возведением в квадрат разницы между средними величинами аллелей?

[Nimissin]

Дмитрий, не могу согласиться, поскольку в мат. статистике попытки упрощения терминологии часто и приводят к ошибочным результатам. Я ведь специально, как ты знаешь, разделяю более общее понятие "стохастической связи" и специфически определенный в статистике частный случай такой связи - понятие "корреляции" (правда, видов корреляции математиками введено тоже несколько).
Все-таки, у нас здесь специальная веточка Форума для специальных разговоров 

Сергей, я согласен, что в этой ветке можно "выражаться". Я имел в виду изложение твоей будущей статьи. Но, конечно, не в ущерб истине.

[I2a1a]

Модель мутаций упрощенная выходит

Математическим описанием конкретной мужской особи из любого поколения является целое неотрицательное число, указывающее количество повторов (значение аллеля) в мо-делируемом STR локусе нерекомбинируемой части Y-хромосомы. Значение аллеля отца передается его сыновьям, но с весьма редкой возможностью его случайного изменения на +1 или -1 тандемный повтор, чем имитирует-ся процесс мутаций.

Если я правильно, Вы генерировали генеалогии как совокупность двух параметров - совокупность мужских потомков, а также глубина генеалогического дерева. То есть топологии деревьев Вы не анализировали. Так?

[Nimissin]

Из статьи Адамова-Каржавина: В (12) значение T (r) d определяется не по мутациям STR гаплотипов, а напрямую по ра-зыгранному генеалогическому дереву, для чего в программе розыгрыша предусматривалось сохранение всей информации по всем промежуточным поколениям.

[I2a1a]

Из статьи Адамова-Каржавина: В (12) значение T (r) d определяется не по мутациям STR гаплотипов, а напрямую по ра-зыгранному генеалогическому дереву, для чего в программе розыгрыша предусматривалось сохранение всей информации по всем промежуточным поколениям.

Это имеет какое-то отношение к топологии?

[I2a1a]

Крайне неубедительно выглядит предложенная в статье модель разделения начальной мужской популяции на три группы: доминантов 1 порядка, доминантов 2 порядков и общинников. В том же Batwing есть параметры,  определяющие динамику распадения начальной популяционной группы на страты, но они определяются путем байесовской инференции, то есть апостериорно (хотя есть возможность задавать априорные значения). Но опять-таки, все описывается в терминах вероятностей. У Вас же в модели параметры задаются слишком жестко (например, Pw- "процеживания населения"), хотя Вы и опираетесь на результаты моделирования.