Есть ли популяционный сдвиге в оценке ВБОП по кросс-ASD

[Nimissin]

Уже накоплен огромный массив данных по STR гаплотипам (со снипами и без). А прочитать не можем. Пока только учимся. Правда, с разных сторон доносится - Прочитал!!!

[Farroukh]

Мужики, я, разумеется, не имею в виду, что надо плюнуть на ДНК-генеалогию. Но в вопросах, скажем этногенеза (а именно им и посвящена большая часть всего материала) датировка возрастов имеет принципиальное значение. Плюс-минус тысяча лет - и уже вся теория идёт в тар-тарары. Плюс-минус субклад - результат аналогичный.

Сами видите, метод расчёта, равно как и глубина тестирования в данном контексте становятся архиважными. Сниповать, конечно, можно вплоть до последнего поциента, но смысл есть только в том случае, если мы можем точно датировать возраст снипа на основании соответствующих гаплотипов. А пока это сделать можно только математическими методами.

(Подозреваю, что в будущем благодаря ДНК, как по годовым кольцам можно будет выяснять и возраста снипов, но пока это всего лишь моё частное мнение).

Стало быть, нам следует определить критерии применимости того или иного математического метода расчёта возраста популяции, что вроде как и сделано в статье. Только текст слишком трудный, я лично так и не ---.

[Clavis]

что сказать, дорогой? я совершенно пессимистически гляжу на разветвленные (древовидные) цепи, где как рыбы в воде чувствуют себя Клёсов и Нимиссин.
Что касается меня и  Нордтведта, то я не гарантирую точность своего метода (усреднение есть усреднение), но против 40% надбавки возраста, которое дает Нордтведт, я готов грызть гранит науки до победного конца. Немножко позже распишу.
В общем, для неразветвленных цепей (interclade) мой прогноз: через некоторое время мы будем вести споры в пределах погрешности 10%. Точнее не получится.

[Grigoriev]

The effect of population size on the accuracy of the estimate TMRCA, obtained by standard methods of population allele STR locus
Adamov, Karzhavin
The Russian Journal of Genetic Genealogy

Abstract

Model calculations the influence of characteristics of population development from a common ancestor through the male line to the final (current) population to the estimated TMRCA linear and quadratic methods for the STR locus Y-chromosome. Modeling was carried out using computer simulation develop-ment tribal population within a given number of generations. We obtain universal approximation, allowing to estimate the average adjustment for population-effects depending on the volume of the final population. Do the calculations estimate the age spread of the initial ancestor ancestral population, which arises from the different kinds of population effects. Studied the accuracy of the ancestral allele of the investigated STR loci from a sample of haplotypes from the final population. The algorithm to calculate the TMRCA male (tribal) population in view of its full strength.

Abstract  Full text (pdf)

P.S. To read use google.translate.com, translate.ru etc.
------------------------------------------------------------------

http://dna-forums.com/index.php?/topic/12516-the-effect-of-population-size-on-the-accuracy-of-the-estimate-tmrca/

http://dna-forums.com/index.php?/topic/7590-russian-journal-of-genetic-genealogy-%d1%80%d1%83%d1%81%d1%81%d0%ba%d0%b0%d1%8f-%d0%b2%d0%b5%d1%80%d1%81%d0%b8%d1%8f/page__view__findpost__p__203479

http://forums.familytreedna.com/showthread.php?p=236783#post236783

[I2a1a]

Статью все-таки не мешало значительно подрихтовать. А то многие места выглядят для нативных спикеров англицкого как моя твоя не понимать.

[Grigoriev]

Согласен с тобой, Вадим. Ты про мой перевод анонса? Можешь подредактировать? Помоги, пожалуйста. И еще. Акпер начал делать перевод, но нам нужен более грамотный человек. Как ты, мог бы помочь?

Очень важно, чтобы на западе узнали о проделанной работе как можно скорее. Поэтому я и разместил "свой" анонс. Если кому-то она будет очень интересно, то уверен найдут способ с он-лайн переводчиками прочесть.

[Grigoriev]

К авторам:
В поисках решения по переводу статьи на английский язык... можно ли говорить, что автор перевода будет указан в статье?
Я о том, что помимо авторов статьи, в самой статье указать, что "Переведено ХХХ". Я планирую поискать счастья с англоязычными людьми, понимающих русский язык. Или авторство перевода указывать нельзя?

[Farroukh]

многие места выглядят для нативных спикеров англицкого как моя твоя не понимать.

О чём я и говорю. Берём текст, кидаем его в гугл, потом причёсываем гугло-перевод. После этого кидаем текст нативному спикеру для окончательной шлифовки. (Поэтому больше 5 страниц лучше не писать - самим же тяжко будет с английской версией).

Когда делался перевод статьи про I1, то текст после меня Аббат высылал какому-то нативному спикеру I. Вадим, его можно подключить (с учётом, что объём здоровый)?

[Каржавин]

К авторам:
В поисках решения по переводу статьи на английский язык... можно ли говорить, что автор перевода будет указан в статье?
Я о том, что помимо авторов статьи, в самой статье указать, что "Переведено ХХХ". Я планирую поискать счастья с англоязычными людьми, понимающих русский язык. Или авторство перевода указывать нельзя?

Конечно, автор перевода и технический редактор, и литературный редактор (особенно для научно-популярных статей) должны быть указаны, хотя в некоторых журналах постатейно это не делают, а сразу для всего номера. Но в данном случае конкретно для этой статьи - было бы справедливо.

[Grigoriev]

Я поместил ссылку на статью (пока на русскую ссылаемся) еще на нескольких иностранных стайтах, в т.ч. в groups.yahoo.com

[Grigoriev]

Из соседней ветки:

АК

Другая ошибка у Чандлера, которая к моему изумлению не вызывает тревоги у людей, которые применяют его цифры (хотя я не уверен, что кто-либо вообще применяет, во всяком случае не академическая наука), это то, что он искусственно уравнивает скорости мутаций в маркерах 385a=385b (0.00226 для обоих)), 459a=459b (0.00132 для обоих), 464a=464b=464c=464d (0.00566 для каждой из четырех), YCAIIa=YCAIIb (0.00123 для обоих), СDAa=CDAb (0.03531 для каждой), 395s1 (маркеры 40 и 41, 0.00031 для каждой). Если для последней это неважно, эти два маркера очень медленны, то для CDA - это катастрофа для расчетов, поскольку по Чандлеру только на эти два маркера приходится 0.071 мутаций на поколение - сравните с 0.022 для первых 12 маркеров, и 0.046 (по Чандлеру - 0.069) на первые 25 маркеров. То есть по Чандлеру эти два маркера забивают полностью две первые панели (0.071 против 0.069 по самому же Чандлеру), а значит, сводят весь счет к бессмыслице. Получается, что мутации в первых 25 маркерах можно просто не учитывать, и всего два маркера дают основной вклад в мутации. Любой, кто считал, знает, что это не так.

АК совершенно не понимает, что поп. генетики  не рассматривают палиндромные маркеры, как 2 или 4(DYS464) маркера. Для них 385a и 385b - это один маркер DYS385. Соответственно, Чандлер даёт скорость всего маркера. 0,00566- это скорость 464-го маркера, а не каждой из его аллелей.
Отсюда и некорректное сравнение скоростей панелей. АК считает, что скорость 25 маркеров у Чандлера 0,069. На самом деле  0,049 против 0,046 у АК. 37м- 0,125 против 0,090 у АК, и 67м 0,165 против 0,145 у АК. Я не считаю скорости Чандлера идеальными, но они явно ближе к реальным. Заниженные скорости Клёсова частично компенсируют занижение оценки TMRCA в результате популяционного эффекта, о котором написано в статье Адамова и Каржавина, а также занижение в результате ошибочного расчёта поправок на возвратные мутации, о чём писал я: http://forum.molgen.org/index.php/topic,15.msg51130.html#msg51130 Там занижение больше именно на 37м и 67м.

Предыдущий пост это как раз то, что по моему мнению оправдывает существование этой темы.
После всех "теплых слов" ув.VVR вряд ли вступит в прямую дискуссию с АК, да и смысл ему что-то говорить на той площадке, если  посты моментально затираются?
А возражать нужно, хотя бы потому что задавший вопрос на том форуме зарегистрирован и здесь, при желании сможет увидеть и альтернативную точку зрения. Да и вообще нужна пусть и заочная, но полемика с АК - нельзя отдавать ему монополию на популяризаторство, а то он со своими русами из Костенок основательно подмочит репутацию всему направлению

[Valikhan]

Согласен с тобой, Вадим. Ты про мой перевод анонса? Можешь подредактировать? Помоги, пожалуйста. И еще. Акпер начал делать перевод, но нам нужен более грамотный человек. Как ты, мог бы помочь?

Очень важно, чтобы на западе узнали о проделанной работе как можно скорее. Поэтому я и разместил "свой" анонс. Если кому-то она будет очень интересно, то уверен найдут способ с он-лайн переводчиками прочесть.

При других обстоятельствах я с удовольствием подключился бы к переводу. К сожалению, висят два перевода отчётов с английского на русский и подготовка к тендерам выжала меня досуха. И отпуск на носу, уже в субботу ! Хоть на две недели от интернета отключиться

[Anode]

The effect of population size on the accuracy of the estimate TMRCA, obtained by standard methods of population allele STR locus
Adamov, Karzhavin
The Russian Journal of Genetic Genealogy

Abstract

Model calculations the influence of characteristics of population development from a common ancestor through the male line to the final (current) population to the estimated TMRCA linear and quadratic methods for the STR locus Y-chromosome. Modeling was carried out using computer simulation develop-ment tribal population within a given number of generations. We obtain universal approximation, allowing to estimate the average adjustment for population-effects depending on the volume of the final population. Do the calculations estimate the age spread of the initial ancestor ancestral population, which arises from the different kinds of population effects. Studied the accuracy of the ancestral allele of the investigated STR loci from a sample of haplotypes from the final population. The algorithm to calculate the TMRCA male (tribal) population in view of its full strength.

а я бы абстракт перевёл так (навскидку):

About the population size influence on the accuracy of TMRCA estimation, done by standard methods using STR locus complex.

Dmitriy Adamov, Sergey Karzhavin

Abstract
~~~~~~~~
Model calculations of infulence of a population grouth from the common male ancestor towards the final (present-day) population
on the TMRCA estimation by linear and quadratic methods using STR locus of Y-chromosome have been done.
The modelling was done using computer simulation of a tribal population during preset number of generations. Universal approximations, allowing to estimate the average correction for population effects as a function of the final population volume, have been obtained.
Authors calculated the dispersion for the age estimations of the tribal population's initial ancestor, which appears due to different types of population effects. Precision of determining of the ancestral allele in a STR from a final population haplotypes set have been stidied. An algorithm for TMRCA calculation for a paternal (tribal) population, taking into account it's total ppulation size, have been proposed.

[Nimissin]

Мне кажется, что это очень хороший перевод. Уважаемый Anode, не поможете нам с переводом всей статьи? Могу выслать текст (файл .doc).

[Anode]

Мне кажется, что это очень хороший перевод. Уважаемый Anode, не поможете нам с переводом всей статьи? Могу выслать текст (файл .doc).

да нет, уважаемый Nimissin, там ещё можно править (я ж не нативный спикер: думаю на русском).

а это не то? (не обещаю, но попробовать можно)