АвторТема: Есть ли популяционный сдвиге в оценке ВБОП по кросс-ASD  (Прочитано 41092 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #15 : 16 Июль 2010, 07:34:14 »
При всём разнообразии методов расчета (их число может расти неограниченно), я вижу только два  объекта расчета.
Первый объект - разветвленные (древовидные) цепи поколенных переходов. Имеем для расчета гипотетический гаплотип предка и несколько реальных гаплотипов его потомков.
Второй объект - неразветвленные цепи  поколенных переходов. Имеем для расчета пару реальных гаплотипов. Можно рассматривать одновременно несколько пар, если последний общий предок каждой пары - один и тот же человек. Гипотетический гаплотип этого предка в расчете не участвует.
Может быть кто-то знает третий объект расчета?
PS. а что это за время на часах форума? « Reply #23 : Сегодня в 06:34:14 » Какой часовой пояс?
« Последнее редактирование: 16 Июль 2010, 11:49:45 от Clavis »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #16 : 16 Июль 2010, 12:59:30 »
При всём разнообразии методов расчета (их число может расти неограниченно), я вижу только два  объекта расчета.
Первый объект - разветвленные (древовидные) цепи поколенных переходов. Имеем для расчета гипотетический гаплотип предка и несколько реальных гаплотипов его потомков.
Второй объект - неразветвленные цепи  поколенных переходов. Имеем для расчета пару реальных гаплотипов. Можно рассматривать одновременно несколько пар, если последний общий предок каждой пары - один и тот же человек. Гипотетический гаплотип этого предка в расчете не участвует.
Может быть кто-то знает третий объект расчета?
PS. а что это за время на часах форума? « Reply #23 : Сегодня в 06:34:14 » Какой часовой пояс?

Первый подход - intraclade;
второй подход - interclade.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #17 : 16 Июль 2010, 22:52:05 »
Господа авторы, какой способ вы бы рекомендовали для оценки ВБОП гаплогруппы R1a1a7? Насколько ВБОПУ, подсчитанному по Адамову/Клёсову на 50 67-маркёрных гаплотипах можно верить?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #18 : 16 Июль 2010, 23:03:33 »
А сравнивали с возрастами, указанными на моем деревце.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #19 : 16 Июль 2010, 23:12:54 »
Там очень много тяжёлой информации. Хотелось бы услышать рекомендацию от самих авторов. Как я понял, линейные методы расчёта (Адамов, Клёсов) возраста популяций некорректны, т. к. их результат в значительной степени зависит от объёма выборки и, вероятно, будет заниженным, особенно для малочисленных и при этом древних субкладов.

Допустим, у меня есть некая выборка относительно глубокого субклада, например R1a1a7. Как лучше посчитать возраст субклада (не ВБОП конкретной выборки гаплотипов, а возраст субклада)?

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #20 : 17 Июль 2010, 01:19:05 »
R1a1a7 состоит из двух (можно выделить и больше), хорошо отличающихся  фиогенетически, ветвей- R1a1a7* и R1a1a7b. Поэтому без разделения на ветви нельзя считать ни линейным, ни ASD- методом.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #21 : 17 Июль 2010, 01:38:47 »
VVR, а где гарантия, что R1a1a7b не включает в себя еще дцать ветвей, которые еще не выявлены SNP?  :)

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #22 : 17 Июль 2010, 02:52:04 »
Безусловно включает, и может не 20, а 30 подветвей, но если они образовались в результате мутаций близких к нормальному распределению, то допущение, что R1a1a7b - одна ветвь, пригодная для оценки возраста, будет вполне корректным. Для R1a1a7*("восточно-антская") и R1a1a7b("западно-антская") такого сказать нельзя. Слишком они различаются. В этом принципиальная разница.На мой взгляд, конечно.
Кстати, это и ответ на вопросы Farroukhа, о том можно ли считать возраст, смешивая субклады. Зависит от топологии субкладов, но как правило, либо нельзя, либо нежелательно.
« Последнее редактирование: 17 Июль 2010, 02:58:41 от VVR »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #23 : 17 Июль 2010, 04:03:53 »
Господа авторы, какой способ вы бы рекомендовали для оценки ВБОП гаплогруппы R1a1a7? Насколько ВБОПУ, подсчитанному по Адамову/Клёсову на 50 67-маркёрных гаплотипах можно верить?
Уважаемый Farroukh, порекомендовал бы считать сразу тремя методами - логарифмическим, линейным и ASD. Если результаты будут совпадать с точностью лучше 15-20 %, то продолжить расчет путем внесения поправки на современную численность популяции. Для R1a1a7 поправка, скорее всего, будет маленькая.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #24 : 17 Июль 2010, 12:03:49 »
Цитировать
то продолжить расчет путем внесения поправки на современную численность популяции.
Можете показать на примере для чайников весь процесс, и поправку на численность?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #25 : 17 Июль 2010, 12:14:31 »
Надо бы, но морально еще не готов. Не все осмыслил.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #26 : 17 Июль 2010, 12:42:36 »
Цитировать
показать на примере для чайников весь процесс, и поправку на численность?
Это было бы просто замечательно. В итоге можно было бы написать макрос для экселя, который использовал бы все три метода и выдавал бы конечный ответ. Чтобы не рыться в таблицах с поправками и пр.

Конечного ответа не существует, Фаррух.
Тупо считать конечно можно, но я скорее соглашусь с Животовским и ув. Адамовым, что каждый конкретный случай и каждая конкретная гаплогруппа требует индивидуального подхода, с учетом своей демографической истории.
« Последнее редактирование: 17 Июль 2010, 14:18:58 от Vadim Verenich »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #27 : 17 Июль 2010, 12:58:54 »
Цитировать
Конечного ответа не существует
Вадим, но это автоматически делает бессмысленным само существование ДНК-генеалогии. Если любой получаемый результат оценки возраста является малонадёжным, то все попытки увязывать гаплогруппы с этногенезом являются спекуляциями.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #28 : 17 Июль 2010, 13:47:03 »
Цитировать
Конечного ответа не существует
Вадим, но это автоматически делает бессмысленным само существование ДНК-генеалогии. Если любой получаемый результат оценки возраста является малонадёжным, то все попытки увязывать гаплогруппы с этногенезом являются спекуляциями.

Нет, это не делает бессмысленным существование ДНК-генеалогии (ну, только если в понимании клесовской ДНК-генеалогии). Наоборот, именно учет демографических факторов и индивидуального подхода к каждой гаплогруппе делает ДНК-генеалогию осмысленной. Непонимание границ метода приводит к немотивированным датировкам, и как результат - полученные датровки очень плохо поддаются аппроксимациии с привлечением интердисциплинарных данных истории, лингвистики, археологии и лингвистики.

Правда и то, что этот подход требует гораздо больших инвестиций мозгов и времени, чем простые расчеты АК и компании.

Оффлайн CenturionАвтор темы

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: О популяционном сдвиге в оценке кросс-ASD
« Ответ #29 : 17 Июль 2010, 14:07:25 »
Фарух, идет нормальная эволюция понимания и калибровок оценки возрастов, но точности до года никто никогда не даст. Утрировать, что все спекуляция тоже не надо... все в закономерном процессе развития.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.