Хороший вопрос.
Теория постулирует, что количество снипов в параллельных ветвях должно быть равным. Или, точнее, примерно равным с учетом того, что это вероятностный процесс. Поэтому отсутствие мутации за "отведенный" на нее срок тоже возможно, но менее вероятно.
Хотя объяснение типа "и так одиннадцать раз" выглядит неубедительным.
Скорее причина в том, что мутации происходили, но в других позициях, которые либо не были охвачены секвенированием, либо не были прочитаны и поэтому не попали в статистику. Именно на это объяснение, КМК, приходится основная доля подобных расхождений.