Расчёт возраста предка двух субкладов

[df27]

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17
 
http://yfull.com/tree/R-Y17993/

[FELIX]

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17
 
http://yfull.com/tree/R-Y17993/

Почему Вы так решили?

[df27]

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17
 
http://yfull.com/tree/R-Y17993/

Почему Вы так решили?

ну нажмите на инфо и сами увидите

[df27]

я ничего не решал я смотрю на данные http://yfull.com/tree/R-Y17993/ нажми на info в сылке

[ankr21]

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17
 
http://yfull.com/tree/R-Y17993/

Ну если я правильно понимаю, веткообразующих снипов у каждого по 22. 1 и 17 имеются ввиду приватные Best qual  SNPs. Один кит помоложе, другой старенький. Может у старенького кита в Best qual попало много мусорных снипов. Но это только мои предположения. Пусть спецы прокомментируют.

[Шад]

Хороший вопрос.
Теория постулирует, что количество снипов в параллельных ветвях должно быть равным. Или, точнее, примерно равным с учетом того, что это вероятностный процесс. Поэтому отсутствие мутации за "отведенный" на нее срок тоже возможно, но менее вероятно.
Хотя объяснение типа "и так одиннадцать раз" выглядит неубедительным.
Скорее причина в том, что мутации происходили, но в других позициях, которые либо не были охвачены секвенированием, либо не были прочитаны и поэтому не попали в статистику. Именно на это объяснение, КМК, приходится основная доля подобных расхождений.

[df27]

Хороший вопрос.
Теория постулирует, что количество снипов в параллельных ветвях должно быть равным. Или, точнее, примерно равным с учетом того, что это вероятностный процесс. Поэтому отсутствие мутации за "отведенный" на нее срок тоже возможно, но менее вероятно.
Хотя объяснение типа "и так одиннадцать раз" выглядит неубедительным.
Скорее причина в том, что мутации происходили, но в других позициях, которые либо не были охвачены секвенированием, либо не были прочитаны и поэтому не попали в статистику. Именно на это объяснение, КМК, приходится основная доля подобных расхождений.

да ваша точка зрения имеет право на жизнь,но есть одно но -дело в том , что все киты с R-Y3267 у кого есть биг тест имеют от 20 до 29 новых снп после разделения от R-Y3267 и только у одного -id:YF01512DEU http://yfull.com/tree/R-Y17993/ их 36 и вот этот казус о которым я говорил вчера имеет место быть именно с ним , это у него 17 новел снп, а у его ,так сказать, друга всего 1 снп.Кстати у них на 67 маркерах gd=12

[Centurion]

этот казус расследуется, но пока не нашли фактических причин

[wertner]

Перепроверил. Технических ошибок нет. Видимо, действительно такой разброс в случившихся мутациях.

[df27]

Перепроверил. Технических ошибок нет. Видимо, действительно такой разброс в случившихся мутациях.

да уж  вот так тоже бывает 

[Nimissin]

дело в том , что все киты с R-Y3267 у кого есть биг тест имеют от 20 до 29 новых снп после разделения от R-Y3267 и только у одного -id:YF01512DEU http://yfull.com/tree/R-Y17993/ их 36 и вот этот казус о которым я говорил вчера имеет место быть именно с ним , это у него 17 новел снп, а у его ,так сказать, друга всего 1 снп.Кстати у них на 67 маркерах gd=12

По 36 снипам проблем нет. Одна сигма - квадратный корень из 36, - равна 6. 95 % доверительный интервал - это две сигмы, то есть 12. Тогда 36-12 = 24. Нижняя граница попадает в интервал 20-29.
Перейдем к новелям. На 67 маркерах генетическая дистанция 12. Временной интервал между образцами можно оценить следующим образом. Число наблюдаемых мутаций на 1 локус: 12/67 = 0.179. С учетом возвратных мутаций истинное число мутаций на один маркер оцениваем по формуле Адамова-Клесова: 0.179 х (1 + exp(0.179)) /2 = 0.197. Берем константу скорости мутаций по Хейниле: 0.00258 на маркер на поколение 31.5 лет. Интервал времени с момента разделения генеалогий: (0.197 /0.00258) х 31.5 = 2400 лет.
Теперь оценим число SNP мутаций: за 2400 лет в области игрек-хромосомы длиной 8 млн. пар нуклеотидных оснований при средней скорости мутаций 0.82 в год на 1 млрд. пар оснований произойдет 2400 х 8 х 0.82 /1000 = 16 мутаций. В среднем по 8 мутаций на брата.
Две сигмы оцениваем как 2 умножить на корень из 8-ми, получаем 5.7. Отсюда видим, что одна наблюдаемая мутация не противоречит полученной оценке времени расхождения линий. Думаю, что в три сигма точно попадает. А вот с 17 мутаций проблема есть. 8 мутаций (среднее) плюс 5.7 равно 13.7. И три сигмы не дотягивают до 17-ти. Можно предложить два объяснения: 1) часть снипов - FP (false positive); 2) теория нейтральности Кимуры не работает в данном случае (мутации не являются случайными и независимыми).
Как-то так.

[df27]

ощущение что после разделения у одной линии мутации в несколько раз ускорились, а у другого наоборот- в несколько раз замедлились.Интересно какая причина у этого явления?

[smal]

Мы наблюдаем зарождение "бутылочного горлышка". Через 1000 лет будут гадать о катастрофе в конце 20 века.

Думаю оба объяснения могут оказаться верны.
Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/
Два образца в ветке - это один человек, сделавший анализ в двух фирмах. Кстати, все его приватные снипы с 2 ридами из BigY не подтверждаются в FG. Та же ситуация и в обратном направлении.
Однако, не думаю, что ошибками получится объяснить разную длину ветвей во всех случаях. Когда будет больше молодых фамильных ветвей, тогда и проверим.

[df27]

Мы наблюдаем зарождение "бутылочного горлышка". Через 1000 лет будут гадать о катастрофе в конце 20 века.

Думаю оба объяснения могут оказаться верны.
Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/
Два образца в ветке - это один человек, сделавший анализ в двух фирмах. Кстати, все его приватные снипы с 2 ридами из BigY не подтверждаются в FG. Та же ситуация и в обратном направлении.
Однако, не думаю, что ошибками получится объяснить разную длину ветвей во всех случаях. Когда будет больше молодых фамильных ветвей, тогда и проверим.

BigY пасует перед  FG 

[Centurion]

Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/

по идеи такого общего субклада быть не должно у двух образцов одной персоны
в след версиях дерева такие случаи будут просканированы и отредактированы