АвторТема: Расчёт возраста предка двух субкладов  (Прочитано 37785 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #180 : 08 Ноябрь 2015, 23:17:28 »

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17 :-\ :-X
 ;D ;D ;D ;D ;D ??? ??? ??? ??? ??? ??? ???
http://yfull.com/tree/R-Y17993/

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 3855
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1361/-6
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #181 : 08 Ноябрь 2015, 23:27:03 »

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17 :-\ :-X
 ;D ;D ;D ;D ;D ??? ??? ??? ??? ??? ??? ???
http://yfull.com/tree/R-Y17993/
Почему Вы так решили?

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #182 : 08 Ноябрь 2015, 23:30:03 »

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17 :-\ :-X
 ;D ;D ;D ;D ;D ??? ??? ??? ??? ??? ??? ???
http://yfull.com/tree/R-Y17993/
Почему Вы так решили?
ну нажмите на инфо и сами увидите

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #183 : 08 Ноябрь 2015, 23:33:14 »
я ничего не решал я смотрю на данные http://yfull.com/tree/R-Y17993/ нажми на info в сылке

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2286
  • Страна: ru
  • Рейтинг +550/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #184 : 09 Ноябрь 2015, 09:21:27 »

после разделения веток у этих двух персон - у одного 1 снп у другого 17 :-\ :-X
 ;D ;D ;D ;D ;D ??? ??? ??? ??? ??? ??? ???
http://yfull.com/tree/R-Y17993/
Ну если я правильно понимаю, веткообразующих снипов у каждого по 22. 1 и 17 имеются ввиду приватные Best qual  SNPs. Один кит помоложе, другой старенький. Может у старенького кита в Best qual попало много мусорных снипов. Но это только мои предположения. Пусть спецы прокомментируют.
« Последнее редактирование: 09 Ноябрь 2015, 09:33:26 от ankr21 »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #185 : 09 Ноябрь 2015, 10:42:28 »

Хороший вопрос.
Теория постулирует, что количество снипов в параллельных ветвях должно быть равным. Или, точнее, примерно равным с учетом того, что это вероятностный процесс. Поэтому отсутствие мутации за "отведенный" на нее срок тоже возможно, но менее вероятно.
Хотя объяснение типа "и так одиннадцать раз" выглядит неубедительным.
Скорее причина в том, что мутации происходили, но в других позициях, которые либо не были охвачены секвенированием, либо не были прочитаны и поэтому не попали в статистику. Именно на это объяснение, КМК, приходится основная доля подобных расхождений.

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #186 : 09 Ноябрь 2015, 17:15:40 »

Хороший вопрос.
Теория постулирует, что количество снипов в параллельных ветвях должно быть равным. Или, точнее, примерно равным с учетом того, что это вероятностный процесс. Поэтому отсутствие мутации за "отведенный" на нее срок тоже возможно, но менее вероятно.
Хотя объяснение типа "и так одиннадцать раз" выглядит неубедительным.
Скорее причина в том, что мутации происходили, но в других позициях, которые либо не были охвачены секвенированием, либо не были прочитаны и поэтому не попали в статистику. Именно на это объяснение, КМК, приходится основная доля подобных расхождений.
да ваша точка зрения имеет право на жизнь,но есть одно но -дело в том , что все киты с R-Y3267 у кого есть биг тест имеют от 20 до 29 новых снп после разделения от R-Y3267 и только у одного -id:YF01512DEU http://yfull.com/tree/R-Y17993/ их 36 и вот этот казус о которым я говорил вчера имеет место быть именно с ним , это у него 17 новел снп, а у его ,так сказать, друга всего 1 снп.Кстати у них на 67 маркерах gd=12

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #187 : 09 Ноябрь 2015, 17:31:56 »
этот казус расследуется, но пока не нашли фактических причин

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1338
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #188 : 09 Ноябрь 2015, 19:18:15 »
Перепроверил. Технических ошибок нет. Видимо, действительно такой разброс в случившихся мутациях.

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #189 : 09 Ноябрь 2015, 19:36:15 »
Перепроверил. Технических ошибок нет. Видимо, действительно такой разброс в случившихся мутациях.
да уж  :o вот так тоже бывает  :D ;)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #190 : 10 Ноябрь 2015, 16:06:36 »
дело в том , что все киты с R-Y3267 у кого есть биг тест имеют от 20 до 29 новых снп после разделения от R-Y3267 и только у одного -id:YF01512DEU http://yfull.com/tree/R-Y17993/ их 36 и вот этот казус о которым я говорил вчера имеет место быть именно с ним , это у него 17 новел снп, а у его ,так сказать, друга всего 1 снп.Кстати у них на 67 маркерах gd=12
По 36 снипам проблем нет. Одна сигма - квадратный корень из 36, - равна 6. 95 % доверительный интервал - это две сигмы, то есть 12. Тогда 36-12 = 24. Нижняя граница попадает в интервал 20-29.
Перейдем к новелям. На 67 маркерах генетическая дистанция 12. Временной интервал между образцами можно оценить следующим образом. Число наблюдаемых мутаций на 1 локус: 12/67 = 0.179. С учетом возвратных мутаций истинное число мутаций на один маркер оцениваем по формуле Адамова-Клесова: 0.179 х (1 + exp(0.179)) /2 = 0.197. Берем константу скорости мутаций по Хейниле: 0.00258 на маркер на поколение 31.5 лет. Интервал времени с момента разделения генеалогий: (0.197 /0.00258) х 31.5 = 2400 лет.
Теперь оценим число SNP мутаций: за 2400 лет в области игрек-хромосомы длиной 8 млн. пар нуклеотидных оснований при средней скорости мутаций 0.82 в год на 1 млрд. пар оснований произойдет 2400 х 8 х 0.82 /1000 = 16 мутаций. В среднем по 8 мутаций на брата.
Две сигмы оцениваем как 2 умножить на корень из 8-ми, получаем 5.7. Отсюда видим, что одна наблюдаемая мутация не противоречит полученной оценке времени расхождения линий. Думаю, что в три сигма точно попадает. А вот с 17 мутаций проблема есть. 8 мутаций (среднее) плюс 5.7 равно 13.7. И три сигмы не дотягивают до 17-ти. Можно предложить два объяснения: 1) часть снипов - FP (false positive); 2) теория нейтральности Кимуры не работает в данном случае (мутации не являются случайными и независимыми).
Как-то так.

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #191 : 10 Ноябрь 2015, 16:43:16 »
ощущение что после разделения у одной линии мутации в несколько раз ускорились, а у другого наоборот- в несколько раз замедлились.Интересно какая причина у этого явления? ::)

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1044
  • Страна: by
  • Рейтинг +409/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #192 : 10 Ноябрь 2015, 17:05:31 »
Мы наблюдаем зарождение "бутылочного горлышка". Через 1000 лет будут гадать о катастрофе в конце 20 века. :D

Думаю оба объяснения могут оказаться верны.
Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/
Два образца в ветке - это один человек, сделавший анализ в двух фирмах. Кстати, все его приватные снипы с 2 ридами из BigY не подтверждаются в FG. Та же ситуация и в обратном направлении.
Однако, не думаю, что ошибками получится объяснить разную длину ветвей во всех случаях. Когда будет больше молодых фамильных ветвей, тогда и проверим.

Оффлайн df27

  • Сообщений: 480
  • Страна: am
  • Рейтинг +35/-5
  • Y-ДНК: R1b>P312>df27>A431>Y7363
  • мтДНК: X1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #193 : 10 Ноябрь 2015, 17:32:38 »
Мы наблюдаем зарождение "бутылочного горлышка". Через 1000 лет будут гадать о катастрофе в конце 20 века. :D

Думаю оба объяснения могут оказаться верны.
Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/
Два образца в ветке - это один человек, сделавший анализ в двух фирмах. Кстати, все его приватные снипы с 2 ридами из BigY не подтверждаются в FG. Та же ситуация и в обратном направлении.
Однако, не думаю, что ошибками получится объяснить разную длину ветвей во всех случаях. Когда будет больше молодых фамильных ветвей, тогда и проверим.
BigY пасует перед  FG  :P

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #194 : 10 Ноябрь 2015, 18:18:53 »
Пример с ошибками секвенирования или картирования можно наблюдать здесь http://www.yfull.com/tree/R-L943/
по идеи такого общего субклада быть не должно у двух образцов одной персоны
в след версиях дерева такие случаи будут просканированы и отредактированы

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.