Расчёт возраста предка двух субкладов

[Clavis]

По поводу систематического занижения возраста на больших глубинах (более 10 тыс.лет), которое дают методы STR датирования. Думаю, что причины в бутылочных горлышках, через которые регулярно проходили палеолитические популяции.

Почему-то все,как правило,забывают или неодооценивают элиминацию, т.е. естественное выбывание мужских линий, о котором упоминал ещё Животовский. А она ведь присутствует в каждом поколении даже без явных бутылочных горлышек. А в древние времена, при их то средней продолжительности жизни и прочих факторах,не способствующих росту популяции, была ещё большей.

Позвольте с вами не согласиться, уважаемые коллеги. Когда мы пользуемся интеркладом (вместо внутрикладовых расчетов), то у нас одна прямая линия, соединяющая два гаплотипа. Она совершенно не чувствует ни бутылочных горлышек, ни выбывания мужских линий: сколько мутаций произошло на прямой мужской линии между моим предком N тысяч поколений назад, не может зависеть от того, единственный ли я потомок того предка или нас, потомков, более миллиарда.

[Clavis]

С большим удовольствием проследил за расчетом!

Получилось распределение
"+4" -3чел.
"+3" -133
"+2" -4 081
"+1" -82 421
"0"   -826 724
"-1" -82 421
"-2" -4 081
"-3" -133
"-4" -3

У меня так же - с точностью до человека.

Посчитаем мутации методом Clavisa.Сделать это не сложно. Получается 333 880 221 448. Делим, как положено на 1млн.Х1млн.Х2, т.е. численность первого субклада умноженная на численность второго и на 2.

А вот здесь я не согласен. Каждый гаплотип из одного клада (их миллион) соединен одной в целом неповторимой линией, или цепью (фрагменты линии, конечно, повторяются) отцов-сыновей с миллионом из другого клада. Итого 10 в 12 степени вариантов. На столько и делим, получим 0,3339 мутации на один вариант. Между любыми гаплотипами в нашем примере 200 звеньев отец-сын, столько и получается в нашей общей модели на 201-ом поколении от предка. Мы лишний раз проверили мой тезис, что 100-юродные братья связаны такой же функцией, что и предок с потомком в 200 колене (хотя я это считал аксиомой).

[Clavis]

Мы в этой теме договорились дать волю фантазии. Прошу выслушать мой еретический вариант, он не претендует на научную теорию.
Мы знаем как устроена семья у горилл. Матерый вожак держит в гареме всех самок стада, остальные самцы имеют какой-то шанс только если он слишком крепко заснул.
Теперь представим что подобная семья была в обычае у наших предков 70-20 тыс.лет назад. Единственным мужем всех женщин племени является вождь-вожак. Этот пост он занимает в среднем в 30 лет, поскольку в этом возрасте еще здоров и силен, но уже обогащен жизненым опытом и мудростью. В среднем он царит в своей трибе до возраста 40 лет, когда его свергает новый 30-летний претендент.
Сколько средняя продолжительность звена отец-сын в такой модели? 35 лет. А мы спорим, брать ли 25 или 30 лет, причем вглубь тысячелетий обычно берут 25 лет. А это омолаживает предка (того же хромосомного Адама) в 1,67 раза.

[VVR]

А вот здесь я не согласен. Каждый гаплотип из одного клада (их миллион) соединен одной в целом неповторимой линией, или цепью (фрагменты линии, конечно, повторяются) отцов-сыновей с миллионом из другого клада. Итого 10 в 12 степени вариантов. На столько и делим, получим 0,3339 мутации на один вариант. Между любыми гаплотипами в нашем примере 200 звеньев отец-сын, столько и получается в нашей общей модели на 201-ом поколении от предка. Мы лишний раз проверили мой тезис, что 100-юродные братья связаны такой же функцией, что и предок с потомком в 200 колене (хотя я это считал аксиомой).

Хорошо, давайте разбираться. Связей действительно 10 в 12-й, или 1млнХ1млн=1трлн. Получаем округлённо 0,33388. Делим на скорость 0,002. Получаем 166,94 поколения без поправки на возвратные мутации. Т.е Вы предлагаете вводить поправку до деления на 2. Совершенно не уверен корректно ли это, но попробую.  Введём поправку. Подставляем 0,33388 в формулу для истинных мутаций - округлённо 0,400050. Делим на скорость 0,002. Получаем 200,025 поколений. То же самое я получил дважды взяв поправку на возвратные мутации.

Есть предположение, что в том примере, который я привёл, получаемые Вашим расчётом мутации, находятся в той же зависимости от наблюдаемых мутаций, как наблюдаемые от истинных, т.е. проще говоря надо взять поправку на возвратные мутации дважды( но не один раз удвоенную). Вероятно это случайное совпадение, но даже если не так, для общего случая это не годится.

Т.е. Вы хотите сказать, что моё предположение было верным, только я его не до конца додумал. И всё это годится для общего случая независимо от разницы между предковыми гаплотипами двух ветвей, соотношения расстояний между общим предком, двумя предками субкладов и нашими современниками.
Надо спокойно подумать.

[Clavis]

[Получаем округлённо 0,33388. Делим на скорость 0,002. Получаем 166,94 поколения без поправки на возвратные мутации.

Так делать нельзя, потому что 0,33388 - число наблюдаемых мутаций , а делить на скорость можно только полное число произошедших мутаций (0,4000)

[VVR]

[Получаем округлённо 0,33388. Делим на скорость 0,002. Получаем 166,94 поколения без поправки на возвратные мутации.

Так делать нельзя, потому что 0,33388 - число наблюдаемых мутаций , а делить на скорость можно только полное число произошедших мутаций (0,4000)

Естественно. Это я по ходу рассуждений, писал и одновременно считал.

[VVR]

Т.е. Вы хотите сказать, что моё предположение было верным, только я его не до конца додумал. И всё это годится для общего случая независимо от разницы между предковыми гаплотипами двух ветвей, соотношения расстояний между общим предком, двумя предками субкладов и нашими современниками.
Надо спокойно подумать.

Подумал и пришёл к тем же выводам, что и Вы. Я понял, где заблудился.
Беру свои слова по отношению к Вашему методу обратно. И приношу свои извинения за незаслуженную критику. Надеюсь, что Вы не обиделись, поскольку этот момент у Вас уже давно был продуман и Вы моё заблуждение поняли.

[VVR]

Теперь по поводу применяемой Вами скорости. Надо же разобраться до конца с Вашим методом. Если Вы применяете 0,134 на 67м, при том, что реальная(отец-сын) скорость, на мой взгляд, процентов на 20-25 больше, то получаемый возраст будет правильным при популяционной поправке 20-25%. Да я продолжаю считать, как и Адамов и Каржавин, что Ваш метод не лишён поп.эффекта, как и другие методы.(Можно, как Овод, называть это дефектом выборки, но если поп.эффект приводит к дефекту выборки, то надо его учитывать.) При меньшей поп.поправке оценка возраста будет завышена. При большей - занижена. Хотя большая поп.поправка для тех случаев, в которых Вы применяете свой метод, на мой взгляд, скорее редкость.

[VVR]

Кроме того, Вы применяете рассчитанную мной поправку на возвратные мутации. Я уже говорил, что она приблизительная, прикидочная. Т.е. математически она рассчитана точно, но исходя из принятых мной скоростей мутаций(скорости Чандлера с корректировкой в палиндромных маркераъх). А ни я, ни кто-либо другой истинных скоростей не знает. Это ещё одна погрешность.

[Овод]

Позвольте с вами не согласиться, уважаемые коллеги. Когда мы пользуемся интеркладом (вместо внутрикладовых расчетов), то у нас одна прямая линия, соединяющая два гаплотипа. Она совершенно не чувствует ни бутылочных горлышек, ни выбывания мужских линий: сколько мутаций произошло на прямой мужской линии между моим предком N тысяч поколений назад, не может зависеть от того, единственный ли я потомок того предка или нас, потомков, более миллиарда.

Вы совершенно правы, Клавис. Представлю ещё один аргумент в пользу нашего общего убеждения (мне оно представляется вполне очевидным). Уважаемый Nimissin постоянно твердит о "популяционном" влиянии в интеркладе, в том числе и для двух гаплотипов.
 
Популяционное влияние конечно было когда-то. Но не на гаплотипы сами по себе, поскольку он соединены прямой линией и их маркеры не подвержены влиянию соседей по популяции, в которые они входили, а на сам факт их "выживания" в этой или других популяциях вплоть до современности. Но они выжили, раз уж их потомки живут среди нас. Это - апостериорный факт. Из него и нужно исходить.
 
Так что популяционной влияние могло быть только на потомков этих гаплотипов. Но не на них самих.
 
Другое дело, что статразброс в результате сравнения будет огромен. Но систематического сдвига не будет. Разумеется, если вы бне будете делить эту дисперсию на два. Дело в том что при попарном расчете дисперсии число в знаменателе должно быть N-1, где N - число гаплотипов. То есть - нужно использовать несмещённую оценку дисперсии.

[Каржавин]

Уважаемый Nimissin постоянно твердит о "популяционном" влиянии в интеркладе, в том числе и для двух гаплотипов.

Да он прав абсолютно. Если брать только два гаплотипа и методом МАКСИМУМА ПРАВДОПОДОБИЯ (а не дисперсионными  ), то получим время до общего предка данной пары, но если начнем усреднять по всевозможным парам гаплотипов потомков исследуемой выборки гаплотипов, то получим СРЕДНЕЕ ВРЕМЯ ЖИЗНИ ОБЩЕГО ПРЕДКА НАУГАД ВЗЯТОЙ ПАРЫ ФИНАЛЬНЫХ ПОТОМКОВ (вот такой термин я в свое время придумал, уж не обессудьте), которая может в разы отличаться в сторону омоложения от времени общего предка, и это зависит от "конфигурации" данного конкретного генеалогического древа.

[Овод]

Да он прав абсолютно. Если брать только два гаплотипа и методом МАКСИМУМА ПРАВДОПОДОБИЯ (а не дисперсионными  ), то получим время до общего предка данной пары, но если начнем усреднять по всевозможным парам гаплотипов потомков исследуемой выборки гаплотипов, то получим СРЕДНЕЕ ВРЕМЯ ЖИЗНИ ОБЩЕГО ПРЕДКА НАУГАД ВЗЯТОЙ ПАРЫ ФИНАЛЬНЫХ ПОТОМКОВ (вот такой термин я в свое время придумал, уж не обессудьте), которая может в разы отличаться в сторону омоложения от времени общего предка, и это зависит от "конфигурации" данного конкретного генеалогического древа.

Где Вы здесь видите "всевозможные пары гаплотипов"? И где Вы здесь видите потомков? Речь идёт об одной паре современных (или любых, но реальных) гаплотипов. Их потомки появятся потом. На то они и "потомки".
 
Или Вы считаете, что они каким-то образом смогут повлиять на уже состоявшиеся до их появления гаплотипы? Вот новость  .


Считайте хоть линейным, хоть квадратичным, хоть ММП методом. В каждом конкретном случае можете получить разный, но в генеральной совокупности испытаний - всегда верный результат. Если, конечно, правильно считаете каждым из этих методов.

[Каржавин]

[Где Вы здесь видите "всевозможные пары гаплотипов"? И где Вы здесь видите потомков? Речь идёт об одной паре современных (или любых, но реальных) гаплотипов. Их потомки появятся потом. На то они и "потомки".

Финальные потомки - это и есть те самые сегодняшние гаплотипы. На то они и финальные.

[I2a1a]

[Где Вы здесь видите "всевозможные пары гаплотипов"? И где Вы здесь видите потомков? Речь идёт об одной паре современных (или любых, но реальных) гаплотипов. Их потомки появятся потом. На то они и "потомки".

Финальные потомки - это и есть те самые сегодняшние гаплотипы. На то они и финальные.

Уважаемый Сергей Пантелеймонович,

Прошу не обижаться, но Ваше рассуждение звучит каббалистически

Следующее учение Лурианской Каббалы о душе относится к душе Адама. Для Лурианской каббалы душа Адама не состояла из одного духа, в отличие от христианского или мусульманского Адама. Он был космической фигурой, в нём содержались все души, которые должны были быть рождены в последующем. Как описывал сам Гершом, душа Адама состояла из 613 частей, соответствуя количеству заповедей из Торы. Каждая из этих частей состояла из формированных партзуфов, которые назывались «великим корнем» (шореш гадол). Сами эти «великие корни» состояли из 613, а по некоторым источникам из 600 000 «маленьких корней». Эти «маленькие корни», также называемые «великие души» (нешамах гадолах), состояли из 600 000 индивидуальных душ обычных людей.

[Овод]

[Где Вы здесь видите "всевозможные пары гаплотипов"? И где Вы здесь видите потомков? Речь идёт об одной паре современных (или любых, но реальных) гаплотипов. Их потомки появятся потом. На то они и "потомки".

Финальные потомки - это и есть те самые сегодняшние гаплотипы. На то они и финальные.

Мне тоже это было очень забавно. Выборка состоит из двух современных гаплотипов. Оказывается, однако, что у неё есть потомки, а у этих потомков ещё, очевидно и финальные потомки, которые каким-то образом влияют на эти исходные гаплотипы и, более того - финальные и есть те самые сегодняшние.
 
Крутой вираж.