АвторТема: Расчёт возраста предка двух субкладов  (Прочитано 37465 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Уважаемые умные господа!

Начитавшись всякаго про интеркладные возраста, Кена Нордведта, многаформул и многабукаф решил свести вместе все поциентские вопросы.

Основная цель: освоить методику расчёта возраст общего предка для двух и более субкладов.

Теперь начинаются диалоги. Короче. Я хочу рассчитать возраст гаплогруппы E1b1b1a. У этой гаплогруппы есть 5 нисходящих линий - E1b1b1a1...E1b1b1a5. Каждая из этих линий есть в базах данных, но у каждой разное число гаплотипов.

Несколько клинических утверждений
1) Для расчёта возраста E1b1b1a надо взять 5 произвольных гаплотипов - по одному из каждого субклада и посчитать ВБОП. Это и будет возраст E1b1b1a.
2) Для расчёта возраста E1b1b1a надо взять 5 модальных гаплотипов - по одному из каждого субклада и посчитать ВБОП. Это и будет возраст E1b1b1a.
3) Для расчёта возраста E1b1b1a надо взять равные выборки гаплотипов - по одной из каждого субклада и посчитать ВБОП. Это и будет возраст E1b1b1a.

Наверняка я где-то ошибаюсь. Просьба разъяснить всё по-простому

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #1 : 13 Июль 2010, 18:53:50 »
Ведь Овод уже объяснял Вам, как считать по данному методу

Это метод кросс-дисперсии


Так я уже его достаточно подробно описал выше. Неужели Вам, выпускнику и аспиранту Бауманки нужно разжевывать, как вычисляется кросс-дисперсия?
 
Ну что же - на примере двух кластеров, один из которых состоит из К гаплотипов из M маркеров, другой - из N гаплотипов той же размерности. У Вас К*N  пар для сравнения по M маркерам - вычисляете помаркерно все разности аллелелей, возводя их в квадрат и суммируете. Сумму делите на К*N*M - это и будет оценка кросс-дисперсии.
 
Затем ещё делите на 2*V, где V - средняя скорость мутации на маркер на поколение (обычно 0.0022 для 67-маркерных гаплотипов). Результат можете домножить на 25, чтобы получить возраст не в поколениях, а в годах. Всё.
 
Если хотите непременно считать "по Клёсову", замените возведение разности в квадрат её абсолютным значением. Но при этом результат нужно домножить на поправочный коэф. из его таблицы для учёта возвратных мутаций.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #2 : 13 Июль 2010, 19:38:28 »
Вадим, я помню ту беседу с Оводом - я сам делал то же самое, просто поленился выкатывать возникшие вопросы, ибо результаты были у ж слишком разные. Похоже, этот метод годится лишь к тем гаплогруппам, у которых есть всего два субклада. Если нисходящих субкладов больше,то начинается петрушка.

Разъясню. Как я вижу, проблема в том, что чем больше у гаплогруппы нисходящих субкладов, тем более разные будут результаты. Чтобы кросс-дисперсионно вычислить возраст E1b1b1a я взял два гаплотипа - один E1b1b1a1, второй - E1b1b1a2. Получил какое-то число, которое вроде как является возрастом E1b1b1a. Но если рассчитать всё то же самое на  двух других субкладах - к примеру, E1b1b1a3 и E1b1b1a5, то результаты будут уже другие. А если ещё побаловаться вариациями субкладов от E1b1b1a1 до E1b1b1a5, то получаемые возраста будут иметь отличия в разы (от 5 до 20 тыс. лет).

Где здесь искомый возраст? Посередине или максимальный из них? если побаловаться просто смешением модальных гаплотипов разных субкладов или смешением равноценных по объёму выборок - результаты будут скакать точно также.

Каков выход?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #3 : 13 Июль 2010, 19:59:08 »
Разъясню. Как я вижу, проблема в том, что чем больше у гаплогруппы нисходящих субкладов, тем более разные будут результаты. Чтобы кросс-дисперсионно вычислить возраст E1b1b1a я взял два гаплотипа - один E1b1b1a1, второй - E1b1b1a2. Получил какое-то число, которое вроде как является возрастом E1b1b1a. Но если рассчитать всё то же самое на  двух других субкладах - к примеру, E1b1b1a3 и E1b1b1a5, то результаты будут уже другие.

Этого не может быть, возраст при вычислении кросс-дисперсии между гаплотипами параллельных субкладов не может так скакать (в 4-5 раз). Да, возраст может измениться, но не в разы. Либо эти гаплотипы не из параллельных субкладов с общим предковым субкладам, либо Вы просто не правильно считаете.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #4 : 13 Июль 2010, 20:01:19 »
Попробуйте посчитать в Экселовском макросе Нордтведта

http://knordtvedt.home.bresnan.net/Generations5.xls

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #5 : 13 Июль 2010, 20:04:50 »
Понял, воспользуюсь макросом. Благодарствую.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #6 : 13 Июль 2010, 20:08:21 »
Понял, воспользуюсь макросом. Благодарствую.

И сообщите результаты. В принципе, никто еще не жаловался на неточность результатов по кросс-дисперсии.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #7 : 13 Июль 2010, 21:16:34 »
Вообще фиг разберешься в этом xls

какие то пропуски в маркерах, инструкция понятна только самому автору  :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #8 : 13 Июль 2010, 21:22:12 »
Вообще фиг разберешься в этом xls

какие то пропуски в маркерах, инструкция понятна только самому автору  :)

Мне все понятно.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #9 : 13 Июль 2010, 21:24:44 »
Ладно,

Кидайте сюда пары честно проснипованных 67-маркерныъ гаплотипов параллельных субкладов в формате Excel (в порядке записи FTDNA), я посчитаю Вам межсубкладовый возраст.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #10 : 13 Июль 2010, 21:26:00 »
Цитировать
какие то пропуски в маркерах, инструкция понятна только самому автору  :)
Со слов Вадима:
1) Вставляем гаплотип субклада А в соответствующие колонки, начиная со строки 15 по строку 315 (т. е. всего можно ввести 300 гаплотипов).
2) Вставляем гаплотип субклада Б в соответствующие колонки, начиная со строки 321 по строку 520 (т. е. всего можно ввести 200 гаплотипов).

Результат вычисления межсубкладного возраста будет в ячейке BV529

)Ушёл щитать(

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #11 : 13 Июль 2010, 21:29:10 »
Вообще фиг разберешься в этом xls

какие то пропуски в маркерах, инструкция понятна только самому автору  :)

Нордведт убрал те маркеры, которые будут существенно искажать рассчеты в нелучшую сторону (в первую очередь это палиндромные DYS).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #12 : 13 Июль 2010, 21:29:36 »
Я думаю, что рассчитать возраст в этом экселе может только представитель I, ибо из всех известных деятелей, кроме Нордтведта (I1), им активно ползуется только Лоуренс Майка (I2a2).  :)

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 14923
  • Страна: az
  • Рейтинг +4359/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #13 : 13 Июль 2010, 21:35:00 »
Не пашет ни рожна. Или я туплю.

Вадим, возьмите отсюда гаплотипы любых субкладов, например E1b1b1a2 и E1b1b1a3. Посмотрим, что получится.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Расчёт возраста предка двух субкладов
« Ответ #14 : 13 Июль 2010, 21:46:07 »
В чем результат расчета? в попугаях? или в поколениях?

upd мне любопытно столько выделенных бордером ячеек это имеет какой-то смысл? они как-то сумбурно выделены

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.