АвторТема: "Метод Животовского"  (Прочитано 29037 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #30 : 12 Июль 2010, 17:22:46 »
ТО есть как мы с В.Урасиным предполагали интуитивно, конечно, в реальности нужно все умножать на 2.

Примерно так, но для каждой гаплогруппы - по разному. Нужно всегда исходить из истории каждой гаплогруппы и ее структуры, а не тупо высчитывать матрицу дистанций, как это делает АК.
Но встает вопрос как это в расчетах обосновать, почему именно такая поправка и тд. От балды же нельзя делать.

В этом то и весь вопрос.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #31 : 12 Июль 2010, 18:27:04 »
Я читаю всё это и не верю своим глазам. Полнейшее дежавю. Какой год на календаре?
Мы мало разбирали всё это на dnatree?
Мы не обсуждали это на родстве?
Мы не поднимали эту тему в n-ый раз на молгене?
Скажите пожалуйста, между нашим современником и отдаленным предком, будь то хоть Y-хромосомный Адам, лежит цепочка, состоящая из звеньев отец-сын?
Надеюсь, ответ утвердительный.
А сколько новых мутаций сын получит от отца, будет зависеть, имеет место трехкратный запас рождаемости, на который ссылается Животовский, или же в каждой семье, как в современной КНР, приветствуется только один ребенок?
Это количество мутаций будет зависеть от того, идет демографический взрыв, как в североамериканских колониях, или вымирание,как в современной России?
Откуда взяться коэффициенту три, или коэффициенту два?
Вот уж потешается Клесов, если удосужился заглянуть в этот топик. 

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #32 : 12 Июль 2010, 18:50:13 »
Я читаю всё это и не верю своим глазам. Полнейшее дежавю. Какой год на календаре?
Мы мало разбирали всё это на dnatree?
Мы не обсуждали это на родстве?
Мы не поднимали эту тему в n-ый раз на молгене?
Скажите пожалуйста, между нашим современником и отдаленным предком, будь то хоть Y-хромосомный Адам, лежит цепочка, состоящая из звеньев отец-сын?
Надеюсь, ответ утвердительный.
А сколько новых мутаций сын получит от отца, будет зависеть, имеет место трехкратный запас рождаемости, на который ссылается Животовский, или же в каждой семье, как в современной КНР, приветствуется только один ребенок?
Это количество мутаций будет зависеть от того, идет демографический взрыв, как в североамериканских колониях, или вымирание,как в современной России?
Откуда взяться коэффициенту три, или коэффициенту два?

Тем не менее, похоже что Животовский все-таки прав, хотя бы отчасти. Теперь, когда мне посчастливилось поработать с другими генетическим маркерами, в первую очередь с филогенетическим анализом митогенома, сцепленных локусов X хромосомы и аутосомными локусами, а также перелопатить тома научной литературы по этому вопросу - я должен отметить, что модель эффективной популяции (которая, кстати, была впервые описана задолго до расцвета молекулярной генетики, еще в 50-ые и 60-ые годы прошлого века) наиболее точно объясняет всю специфику мутационных процессов как в общем случае (мито, аутосомы, Y, белковые и серологические маркеры), так и в частном случае Y-STR полиморфизмов.
Последние несколько я месяцев я серьезно думал над этим вопросом, тщательно сопоставляя свои наработки по Y-STR датированию  с анализом вышеупомянутых генетических маркеров. Возможно, Вы будете удивленны, но все эти вопросы активно обсуждались в научной полемике еще в 90-ые годы, когда анализ Y-STR только начал зарождаться. На эту тему написаны десятки, если не сотни статей.
Правда, все они в конечном итоге сводятся к наиболее простому из возможных объяснений - теории генетического дрейфа и эффективной популяции.
Должен однако признать, что многие из озвученных в литературе доводов показались мне неубедительными. Поэтому-то особую надежду возлагаю на статью Каржавина-Адамова, где, надеюсь, наконец-то прозвучит четкий ответ на вопрос о достоверности научной модеи эффективной популяции и эффективных скоростей мутации.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1806
  • Рейтинг +144/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #33 : 12 Июль 2010, 18:53:18 »
Я читаю всё это и не верю своим глазам. Полнейшее дежавю. Какой год на календаре?
Мы мало разбирали всё это на dnatree?
Мы не обсуждали это на родстве?
Мы не поднимали эту тему в n-ый раз на молгене?
Дело не в дежавю, а в том, что публикации в RJGG по данной тематике никто не смотрит. Рекомендую ознакомиться с http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/43  , в которой уже есть часть ответов на все эти вопросы. Остальное "до кучи" мы с Адамовым добавим.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1806
  • Рейтинг +144/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #34 : 12 Июль 2010, 18:56:45 »
Поэтому-то особую надежду возлагаю на статью Каржавина-Адамова, где, надеюсь, наконец-то прозвучит четкий ответ на вопрос о достоверности научной модели эффективной популяции и эффективных скоростей мутации.
Знаете, нам с Дмитрием все уже настолько стало ясно, что даже стало немного скучно  ;)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #35 : 12 Июль 2010, 19:00:15 »
Я читаю всё это и не верю своим глазам. Полнейшее дежавю. Какой год на календаре?
Мы мало разбирали всё это на dnatree?
Мы не обсуждали это на родстве?
Мы не поднимали эту тему в n-ый раз на молгене?
Дело не в дежавю, а в том, что публикации в RJGG по данной тематике никто не смотрит. Рекомендую ознакомиться с http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/43  , в которой уже есть часть ответов на все эти вопросы. Остальное "до кучи" мы с Адамовым добавим.
К сожалению рядовому читателю не искушенному математикой и моделированием сложно найти хотя бы один ответ. Нет четких и понятных в популярном смысле выводов. Например при таком то надо вводить такую то поправку. Так то и так то - вот таблица и тд. Увы.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #36 : 12 Июль 2010, 19:01:38 »
Знаете, нам с Дмитрием все уже настолько стало ясно, что даже стало немного скучно  ;)
Можно простым человеческим языком дать объяснение - я уже писал об этом. При каких условиях какие поправки вносить и тд. На примерах реальных желательно. Иначе ваши труды так и не дойдут ни до кого кроме вас, авторов. К сожалению.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #37 : 12 Июль 2010, 19:06:44 »
Цитировать
Откуда взяться коэффициенту три, или коэффициенту два?
Думаю как раз научная общественность потешается над Клесовым и его расчетами для популяций.

Вы же сами видите, что все ваши расчеты не выглядят абсолютно реалистичными. Взять хотя бы то что вы расчитывали для Q-M3, которой достоверно минимум 11 тыс лет.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #38 : 12 Июль 2010, 19:20:06 »
Знаете, нам с Дмитрием все уже настолько стало ясно, что даже стало немного скучно  ;)
Можно простым человеческим языком дать объяснение - я уже писал об этом. При каких условиях какие поправки вносить и тд. На примерах реальных желательно. Иначе ваши труды так и не дойдут ни до кого кроме вас, авторов. К сожалению.

Присоединяюсь к просьбе Романа. Я очень уважаю Вас, как сильного математика, но проблема в том, что статья написана языком, столь сильно перегруженным математическим аппаратом, что шансы на понимание сути этой статьи рядовым гражданином РФ практически равны нулю.
Возьмите ту же русскоязычную статью Животовского о микросателлитной изменчивости. Да, она тоже не рассчитана на обычную аудиторию, т.к адресована генетикам и биологам. Но вместе с тем - мат.аппарата в этой в статье практически нет, и что еще более важно,  расскрывается довольно таки простым языком биологический и генетический смысл используемой математической модели.

Ув. Сергей Пантелеймонович, Вы же отлично понимаете, что одно дело создавать мат.модели вымышленных миров, которые вообще могут не описывать реальных природных или биологических процессов. Гораздо более важно показать, что эту модель можно имплементировать для описания реальных процессов нашего мира. Для этого то и необходимо дать научно-популярное изложение результатов статьи.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #39 : 12 Июль 2010, 19:33:55 »
Кроме того, в Вашей работе интенсивность (скорость?) мутаций была принята за константную величину, в то время как здесь речь идет об объективно выявленной разнице между герминальными и эффективными скоростями.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9348
  • Страна: kz
  • Рейтинг +915/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #40 : 12 Июль 2010, 19:34:37 »
Присоединяюсь к просьбам Романа и Вадима.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1806
  • Рейтинг +144/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #41 : 12 Июль 2010, 20:35:16 »
Присоединяюсь к просьбам Романа и Вадима.
Друзья, я с Вашей критикой абсолютно согласен. Мне всегда трудно даже о простых житейских вещах написать просто и ясно, увы! Для этого особые способности нужны. Но Дмитрий в этом отношении меня воспитывает, и именно благодаря ему наши с ним новые результаты представлены в виде простых и ясных формул, пригодных ВСЕМ для повседневной работы. 

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #42 : 13 Июль 2010, 01:39:37 »
Цитировать
Откуда взяться коэффициенту три, или коэффициенту два?
Думаю как раз научная общественность потешается над Клесовым и его расчетами для популяций.

Вы же сами видите, что все ваши расчеты не выглядят абсолютно реалистичными. Взять хотя бы то что вы расчитывали для Q-M3, которой достоверно минимум 11 тыс лет.
Замечательно, что Вы помните об этом разговоре в конце января. Я брал скорость у Клесова для 67 маркеров, равную 0,0022 за 25 лет, и получил 9120 лет. Позже я исправил эту скорость (пользуясь его же скоростями для 12 и 25 маркеров) с 0,0022 на 0,002 и получил 10075 лет.
А если взять среднюю продолжительность поколения не 25 лет, а 30 лет? Получим 12090 лет. Вашему порогу 11000 лет отвечает продолжительность поколения 27,3 лет.
Мы знаем, что разделение между Q1a3a и Q1b произошло по меньшей мере за несколько сотен лет до жизни Шука Каа, возраст которого очень точно определен (дендрохронология!) как 10300 лет. Согласитесь, что я попал близко. В отличие от несчастных авторов статей, применивших скорость Животовского и получивших абсурдный возраст.

Цитировать
Механизм, который мог бы объяснить 3-4-кратное расхождение герминальных и эффективных скоростей, состоит в том, что большая часть изменений STR, случившихся в рамках гаплогруппы  "эффективно" удаляется за счет генетического дрейфа, обусловленного многократным "бутылочными горлышками" в период случайных флуктуации периода "насыщения" гаплогруппы.
И я множество раз повторил, что в рассмотренных Животовским случаях если популяция зародилась, скажем, 3000 лет назад, то за счет прохождения бутылочных горлышек средний возраст общего предка (и отвечающая ему дисперсия STR) вполне могли быть 1000 лет.  Это уж как ему повезло с примерами. Могло быть и 500, и 2000 лет. Тогда бы он говорил о шестикратном или полуторакратном расхождении. Но при чем тут скорость? Надо честно сказать, что дисперсия не обязана монотонно возрастать с возрастом популяции, а может снижаться (бутылочное горлышко!) а потом расти заново с нового старта.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #43 : 13 Июль 2010, 02:26:12 »
Надо честно сказать, что дисперсия не обязана монотонно возрастать с возрастом популяции, а может снижаться (бутылочное горлышко!) а потом расти заново с нового старта.
Так ведь в приведенной цитате об этом говорится практически прямым текстом. Практически все накопленное "разнообразие" SТR (мерой которого в случае с микросателлитами и является дисперсия) удаляется в  момент популяционного "коллапса", т.е в критический точке популяционой "сингулярности" (во время эффекта пресловутого "бутылочного горлышка"), и посколько "дисперсия" в случае микросателлитов является основой "молекулярных часов", то отсчет времени практически начинается с нуля. Поэтому расчет по герминальным скоростям будет давать не возраст популяции, а возраст TMRCA, где MRCA- т.е возраст последнего общего предка гаплогруппы или субклада, а  не реальный возраст гаплогруппы.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #44 : 13 Июль 2010, 03:12:38 »
И еще нужно сказать, что все-таки Животовский, несмотря на всю логичность своего "метода", слегка намудрил в своей попытки уйти от "генеалогических" скоростей (типа скорости Кейзера), пытаясь вывести свои скорости исходя не из генеалогических данных (пар отец-сын, "глубоких" родословных), выбрав те популяции, где возраст популяции можно экстраполировать из надежных исторических или археологических данных (т.е те популяции, где можно было предположить short-term foundation event). Да и скорость он слишком усреднил.

Тут есть своя интрига  :), о которой мало кто знает, но которую видимо надо рассказать, чтобы была ясна мотивация усилий Животовского по выводу эффективной скорости мутаций. Дело в том, что в 1996 году другой известный попгенетик Андерхилл занимался вычислением ВБОП индейцев Q-M3. Тогда он использовал скорость, близкую к скорости Кейзера (0,0021 -это скорость была взята из исследования Weber-Wong "глубоких родословных", у Кейзера -0,0028) и на одно поколение брал 27 лет.  Тогда у него получилось, что ВБОП имевшейся выборки индейцев  Q-M3 составил у него 2147  лет назад, или 151 г.д.н.э.
Разумеется, что Андерхилл просто не поверил в достоверность своих же оценок. Тогда он обратился к своему коллеге Животовскому, вместе с которым он потратил лет этак пять на выработку нового метода. Они отвергли эмпирические данные Кейзера и Вебера-Вонга, посчитав, что в широкой временной перспективе - из-за генетического дрейфа- мутации просто не могут так быстро накапливается. Тогда то они покудесили с расчетами по выборкам цыган, банту и маори и в качестве объяснения прибегли к догматической в попгенетике модели эффективной популяции Нея. На выходе была получена более приемлимая для Андерхилла скорость мутаций  0.00069. Используя эту скорость и новые выборки индейцев Q-P36 и Q-M3,  группа исследователей во главе с Зегурой дала новую оценку возраста индейцев этих гаплогрупп -она составила что-то около между 10 000 и 17 000 лет до настоящего времени, т.е в 4-8 раз больше, чем в первоначальных рассчетах Андерхилла.

Все были довольны,  ;D  кроме  Пакендорфа, который в своей известной работе о якутах черным по белому написал, что возраст "демографической экспансии" якутов, получаемый по скорости Животовского противоречит лингвистическим данным, по которым якутский язык никак не мог выделится из общего тюркского языка ранее чем 1500 лет до настоящего времени.


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.