АвторТема: "Метод Животовского"  (Прочитано 29224 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #90 : 13 Июль 2010, 23:58:20 »
Но причем здесь маршрут, происходящий от современного гаплотипа A через общего предка B к современному гаплотипу C?
А как Вы определите, сколько лет назад жил последний общий предок всех ныне живущих R1a1 и R1b1 (к примеру)?
Посчитаете мутации в SNP? но даже если они у Вас посчитаны, где взять калибровку по снипам ?  Если Татьяна Карафе приняла за аксиому, что история евразийских снипов началась 70 тысяч лет назад, то это очень шаткая аксиома.
А по STR не хотите посчитать? Объем информации на много порядков больше. Два субклада в сумме занимают кажется 75% ysearch.

Нет. Я предпочитаю филогенетические методы, хотя ро-статистика и зависит от топологии полученного дерева (в отличии от interclade gae). Но именно она позволяет задействовать на 90% информацию, заложенную в гаплотипах.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #91 : 14 Июль 2010, 00:05:22 »
Если последний общий  предок R1a1 и R1b1 (я уже говорил, что это не фантом, а реальный человек) жил N лет назад, то между любым гаплотипом R1a1 и любым гаплотипом R1b1 расстояние в 2N лет. На этом расстоянии будет разное число поколений, а если одинаковое - всё равно разное число мутаций в STR, а если одинаковое число происшедших мутаций, то разное число наблюдаемых мутаций. Но все эти величины дают нормальное распределение вокруг математического ожидания, и ничего не мешает их посчитать.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #92 : 14 Июль 2010, 00:13:18 »
теперь о моей модели, которой не хватает элегантности. Я тоже обкорнал ее ради лаконичности, и она заключается в следующем:
В цепочке отцов-сыновей на каждые 25 лет  на один усредненый (из 67) маркер приходится:
99,8% вероятности, что останется прежним,
0,1% вероятности, что сократится на единицу,
0,1% вероятности, что увеличится на единицу.
И это всё. Больше никаких постулатов. Следствие здесь:

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #93 : 14 Июль 2010, 00:13:31 »
Клавис, так вы подсчитали этот возраст R1a1 и R1b1? Хотя я не уверен совсем, что кол-во символов в обозначение ГГ говорит об одинаковом возрасте возникновения.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #94 : 14 Июль 2010, 00:17:42 »
Если последний общий  предок R1a1 и R1b1 (я уже говорил, что это не фантом, а реальный человек) жил N лет назад, то между любым гаплотипом R1a1 и любым гаплотипом R1b1 расстояние в 2N лет. На этом расстоянии будет разное число поколений, а если одинаковое - всё равно разное число мутаций в STR, а если одинаковое число происшедших мутаций, то разное число наблюдаемых мутаций. Но все эти величины дают нормальное распределение вокруг математического ожидания, и ничего не мешает их посчитать.

Это все неправильно. Ответ на этот вопрос может дать только филогенетический анализ.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #95 : 14 Июль 2010, 00:28:10 »
Клавис, так вы подсчитали этот возраст R1a1 и R1b1? Хотя я не уверен совсем, что кол-во символов в обозначение ГГ говорит об одинаковом возрасте возникновения.
А они не обязаны иметь одинаковый возраст. Общий предок двух субкладов принадлежал к R1. У одного из его сыновей отдаленный потомок стал R1a. Еще через сколько-то поколений родился первый R1a1.
У другого сына через сколько-то поколений, независимо от первого пути, родился первый R1b, а в его роду - первый R1b1.
Имея такой объем информации, мы можем определить возраст этого общего предка не просто в разы, а на порядки точнее, чем возраст какого-либо разветвления на филогенетическом древе R1b1 (или R1a). Только похоже, что кроме меня это никому не нужно. Извините, иду спать. Три с половиной часа ото сна я уже оторвал.
Собственно, этим методом можно просчитать все interclade age на древе гаплогрупп начиная от Адама. Но опять же, все что я посчитаю, Вы сочтете ошибкой, а сами считать не станете. Мы прошли очередной круг и вернулись туда, откуда ушли.
« Последнее редактирование: 14 Июль 2010, 00:45:37 от Clavis »

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #96 : 14 Июль 2010, 00:35:25 »
Если последний общий  предок R1a1 и R1b1 (я уже говорил, что это не фантом, а реальный человек) жил N лет назад, то между любым гаплотипом R1a1 и любым гаплотипом R1b1 расстояние в 2N лет. На этом расстоянии будет разное число поколений, а если одинаковое - всё равно разное число мутаций в STR, а если одинаковое число происшедших мутаций, то разное число наблюдаемых мутаций. Но все эти величины дают нормальное распределение вокруг математического ожидания, и ничего не мешает их посчитать.

Это все неправильно. Ответ на этот вопрос может дать только филогенетический анализ.
Я уже говорил Фарруху, в чем засада филогенетического анализа. При одном и том же расстоянии во времени мы имеем совершенно законный статистический разброс по количеству мутаций, и ветка, самая богатая мутациями, будет казаться ответвившейся раньше, чем на самом деле. Обычно пара -другая таких веток радикально удревняет древо всего субклада (гаплогруппы). Этому возрасту начинают верить больше, чем  возрасту разделения субкладов и ... смотрите выше историю с балканскими гаплотипами. Всего доброго.
« Последнее редактирование: 14 Июль 2010, 00:47:13 от Clavis »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #97 : 14 Июль 2010, 00:39:24 »
Я уже говорил Фарруху, в чем засада филогенетического анализа. При одном и том же расстоянии во времени мы имеем совершенно законный статистический разброс по количеству мутаций, и ветка, самая богатая мутациями, будет казаться ответвившейся раньше, чем на самом деле. Обычно пара -другая таких веток радикально удревняет древо всего субклада (гаплогруппы). В этот возраст начинают верить больше, чем в возраст разделения субклада и ... смотрите выше историю с балканскими гаплотипами. Всего доброго.

К сожалению, должен константировать, что Вы не понимаете принципов построения филогенетических деревьев. Наверное, для этого надо самому попробывать построить хотя бы одного дерева, или хотя бы филогенетическую сеть. Все не так просто, как Вам кажется.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #98 : 14 Июль 2010, 00:54:16 »
Цитировать
Еще через сколько-то поколений родился первый R1a1.
У другого сына через сколько-то поколений, независимо от первого пути, родился первый R1b, а в его роду - первый R1b1.
Про то кто у кого родился я понял. Но я спрашивал о возрасте... вы подсчитали?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #99 : 14 Июль 2010, 01:03:31 »
Кстати, по поводу расчётов возраста. Это не совсем точный термин, лучше говорить оценка возраста.
Большинство грамотных попгенетиков, сколько я видел работ, используют именно термин "оценка" (estimation) вместо "расчёт" (cаlculation). Я и сам до недавнего времени грешил смешением этих понятий, пока Vincent Vizzachero не поставил меня на место метким и остроумным замечанием в стиле Шерлока Холмса. Он сказал примерно следущее: когда мы видим неизвестного человека, идущего по улице, то мы не можем произвести расчёт его возраста. Мы можем только, исходя из своего жизненного опыта, произвести оценку его возраста - "этому человеку примерно 35, 50, 100 лет". Подсчитать или рассчитать возраст (по крайней мере, de jure) человека мы можем только тогда, когда у нас на руках будет метрика его рождения. ;D

Эта аналогия применима и к  т.н."расчётам" возраста ВБОП.
« Последнее редактирование: 14 Июль 2010, 01:18:37 от Vadim Verenich »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2462
  • Страна: ua
  • Рейтинг +616/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #100 : 14 Июль 2010, 01:14:05 »
Кстати, по поводу рассчетов вохраста. Это не совсем точный термин, лучше говорить оценка возраста.
Большинство грамотных попгенетиков, сколько я видел работ, используют именно термин "оценка" (estimation) вместо "рассчет" (cаlculation).
Логично, особенно учитывая, что ни одного точного способа расчёта нет.
А можно применять выражение "оценочный расчёт"? :)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2375
  • Рейтинг +750/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #101 : 14 Июль 2010, 04:56:29 »
Кстати, по поводу расчётов возраста. Это не совсем точный термин, лучше говорить оценка возраста.


Верно.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #102 : 14 Июль 2010, 05:43:09 »
Цитировать
Еще через сколько-то поколений родился первый R1a1.
У другого сына через сколько-то поколений, независимо от первого пути, родился первый R1b, а в его роду - первый R1b1.
Про то кто у кого родился я понял. Но я спрашивал о возрасте... вы подсчитали?
Итак, оценка возраста общего предка. К сожалению, под рукой 18 гаплотипов одного субклада и 14 - другого. 252 сочетания. У кого большие выборки по 67-маркерным, прошу поделиться.
Между двумя разнородными гаплотипами в среднем 57 (если точно, то 56,9) мутаций, или 57/67=0,85 мутаций/маркер.
При скорости 0,002 и 25 лет на поколение между гаплотипами 17750 лет, возраст предка 8875 лет.
При скорости 0,002 и 30 лет на поколение между гаплотипами 21300 лет, возраст предка 10650 лет.
С одной стороны, Клесов говорил, что его скорости применимы только к 25-летнему поколению. С другой стороны, проверка на Шука Каа показала, что 27 лет как минимум, а 30 лет еще надёжнее.
Для сравнения посчитал: между гаплотипами G2a1 и G2a3 в среднем 42,8 мутации.
Какой из этого вывод? Если мы пользуемся скоростью мутаций от Клесова, а не (к примеру) от Животовского, то не можем говорить о возрасте R1a или R1b старше, чем 8875 лет. Эти субклады заведомо моложе. Насколько моложе - метод ответа дать не может, тут уж надо заходить изнутри субклада и заниматься его филогенией.
Добавлю, что я использовал выборки хоть и маленькие, но хорошо очищенные от близкородственных гаплотипов: минимальное расстояние внутри субклада 10 мутаций на 67 маркеров.
Только написал, захожу в соседний топик и читаю:
Метод interclade age ответ на этот вопрос не даст. Оценку вероятности, какая ветвь ответвилась раньше способен дать только филогенетический анализ, у которого, как известно есть свои недостатки.
Вот такое единодушие.
« Последнее редактирование: 14 Июль 2010, 12:02:33 от Clavis »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #103 : 14 Июль 2010, 11:21:19 »
Михаил, при всем моем уважение ну не выглядит ваша оценка возраста аж R1 правдоподобной. Какие 8900 лет? ужос

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #104 : 14 Июль 2010, 11:57:21 »
Впрочем, в рамках метода можно найти новые контрольные точки.
Сейчас доложу.
Я взял гаплотипы двух представителей R1b1b1 Казахстана:
NGTKT   Sultanov
69K6P   Mansur
и сравнил с десятью гаплотипами представителей R1b1b1 Зап.европы и США:
3Y4M2   Horn   Unknown
68QJU   Stevens   England
7marf   Mainenti   Santa Croce Camerina, Sicily, Italy
9X7MX   McRae   Scotland
CP6YK   lucas   pardies (Bearn), France
DR59X   Cole   Maryland, USA
JKXFM   Devriese   Ruiselede, Belgium
K49PW   Vance   Unknown
QCZS5   Deagan   King's County (County Offaly), Ireland
YJDJS   Johnston   North Carolina, USA
Средняя дистанция между ними оказалась 56,2 мутаций на 67 маркеров!
Понятно, что обе величины (56,9 и 56,2) скорее всего сблизились за счет погрешности. Но всё равно это говорит о том, что эти события (ВБОП общего предка R1a и R1b; рождение первого R1b; R1b1; R1b1b; R1b1b1 - следовали друг за другом с небольшим интервалом. Собственно, чего ожидать - для того чтобы поделить гаплогруппу на клады, ищут снипы, возникшие как можно ближе к ее рождению.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.