АвторТема: "Метод Животовского"  (Прочитано 29225 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #75 : 13 Июль 2010, 19:15:28 »
Только остаются два пункта с которыми я не согласен. Первое -это то, что interclade age равен 2 TMRCA.
Похоже, что это Ваша собственная идея, так как я нигде при описании аналогичных методов не нашел, что interclade age неприменно равен 2TMRCA.
Второе -эта Ваше идея о маршрутизации расстояния между двумя разными гаплотипами двух разных субкладов. Что оно дает нам в плане генеалогии? Ничего

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #76 : 13 Июль 2010, 22:10:40 »
Ув. Clavis,

Теперь понятно.Вы хотите непременно считать "по Клёсову", заменяя возведение разности в квадрат её абсолютным значением, при этом результат домножается на поправочный коэффициент из его таблицы для учёта возвратных мутаций.
В очередной раз отвечаю, почти слово в слово повторяю то что писал полгода назад.
 Таблицу поправочных коэффициентов на dnatree выложил не Клесов, а я, через некоторое время Адамов опубликовал такую же таблицу в Вестнике, только более подробную, на несколько страниц. Естественно, все значения у нас с Адамовым в этой таблице получились одинаковые, с точностью до четырех знаков кажется, потому что если Вы создадите собственную таблицу умножения или натуральных логарифмов, она не будет отличаться от других подобных таблиц.
Суть ее в том, что наблюдаемое число мутаций в STR между предком и потомком (или между двумя любыми гаплотипами, поскольку они всегда родственны) связано с истинным числом мутаций функцией, близкой к квадратичной (что позволило Нордтведту, пожертвовав точностью ради простоты, просто заменить ее квадратичной - потому он и возводит число мутаций в квадрат). В свою очередь истинное число мутаций линейно связано со временем, а коэффициент (y=kx) этой зависимости и есть та скорость мутаций, которой Клесов занимается не первый год.
Сам я в поправочной таблице не нуждаюсь, поскольку зависимость наблюдаемого числа мутаций от времени получаю непосредственно из модели (смотрите параболу, связанную с Клёсовым, на графике, который я поместил в данном топике. )
« Последнее редактирование: 13 Июль 2010, 22:48:19 от Clavis »

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #77 : 13 Июль 2010, 22:25:48 »
Только остаются два пункта с которыми я не согласен. Первое -это то, что interclade age равен 2 TMRCA.
Похоже, что это Ваша собственная идея, так как я нигде при описании аналогичных методов не нашел, что interclade age неприменно равен 2TMRCA.
Чтобы понять, чему равен  interclade age (одному, двум или 1,85 TMRCA), надо знать, чему равна "мю", то есть скорость мутаций, которую Нордтведт подставляет в эту формулу. Что подставляет Клесов, я знаю, потому и пользуюсь его значениями - других-то нет.
Вот почему Нордтведт не пользуется двумя временными координатами сразу (interclade age  и TMRCA), я, кажется, понимаю. Вам не навязла в зубах наша двойная система временных координат: "от наших дней" и "от рождества Христова" ?

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #78 : 13 Июль 2010, 22:46:15 »
Второе -эта Ваше идея о маршрутизации расстояния между двумя разными гаплотипами двух разных субкладов. Что оно дает нам в плане генеалогии? Ничего
Кажется, всем нравится древо гаплогруппы I, построенное Нордтведтом, поскольку каждое разветвление на нем привязано к шкале времени (к которой из двух шкал и с какой погрешностью привязано, пока не обсуждаю).
Но достоверно посчитать время разветвления между двумя субкладами можно только используя гаплотипы этих двух субкладов. Только в этом случае мы ищем объективно существующую истину, потому что последний общий предок двух субкладов - это реально существовавший человек, с реальной датой рождения, зачатия сыновей (не менее двух) и смерти. А вот когда ищут возраст субклада по его гаплотипам - это поиск фантома, потому что результат всегда зависит от выборки, и сколько авторов, столько выборок. Три примера, которые привел Животовский, настолько хорошо совпадают между собой (это когда в среднем по трем случаям он расчитал 0,00069), что заставляют подозревать, что газончик данных в лучших традициях советской науки был аккуратно подстрижен - чтоб прилично выглядело.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #79 : 13 Июль 2010, 22:49:20 »
Только остаются два пункта с которыми я не согласен. Первое -это то, что interclade age равен 2 TMRCA.
Похоже, что это Ваша собственная идея, так как я нигде при описании аналогичных методов не нашел, что interclade age неприменно равен 2TMRCA.
Чтобы понять, чему равен  interclade age (одному, двум или 1,85 TMRCA), надо знать, чему равна "мю", то есть скорость мутаций, которую Нордтведт подставляет в эту формулу. Что подставляет Клесов, я знаю, потому и пользуюсь его значениями - других-то нет.
Вот почему Нордтведт не пользуется двумя временными координатами сразу (interclade age  и TMRCA), я, кажется, понимаю. Вам не навязла в зубах наша двойная система временных координат: "от наших дней" и "от рождества Христова" ?

Почему не пользуется? Еще как пользуется! Более того, в отличие от многих,  он весьма четко разделяет 3 используемые им же понятия - понятия 1) точки коалесценции, 2) TMRCA и 3)interclade age. Большинство просто не понимают разницу между этими понятиями.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #80 : 13 Июль 2010, 22:56:12 »
Четыре модели Нордведта - MRCA, Interclade age, Coalescence age, statistical confidence.

Цитировать
A. If you can accurately guess the MRCA's founding haplotype of a clade, it turns out that the expected value for the average variance of the N final haplotypes from the founding haplotype of the clade tree is INDEPENDENT of the tree structure other than its TMRCA; and <TMRCA> = Sum of STR Variances / Sum of STR mutation rates.

B. If you have sample populations of haplotypes from two clades with  interclade MRCA earlier than MRCAs of both individual clades, then the expected value of the variances between any and all pairs of haplotypes,  one taken from one clade and the other taken from the other clade, is INDEPENDENT of  the tree structure other than the TMRCA of the interclade node ancestral to both clades, and that interclade <TMRCA> = Sum of interclade STR Variances / 2 Sum of STR mutation rates. No founding haplotype need be guessed in this parameter estimation: all variances are between present day pairs of haplotypes which we see.

C. If you evaluate the average sum of STR variances between the N(N-1)/2  pairs of your N sample haplotypes of a single clade, and divide by sum of STR mutation rates, you get a Coalescence age (also called Expansion age) whose meaning is DEPENDENT on the tree structure details; this age estimate is of something necessarily younger than the clade's MRCA age.

D. All statistical confidence intervals for the above estimates are  DEPENDENT on the
tree structure details which we don't know. However, the statistical confidence interval for B
above can rather simply have a conservative upper limit determined in terms of the tree depth.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #81 : 13 Июль 2010, 22:57:47 »


Хорошо, под схемой одна временная шкала (в поколениях = 30 годам и в годах). А если перевести в две другие, что получим?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #82 : 13 Июль 2010, 22:58:43 »
Я не понял. О чем Вы?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #83 : 13 Июль 2010, 23:03:20 »
В очередной раз отвечаю, почти слово в слово повторяю то что писал полгода назад.
 Таблицу поправочных коэффициентов на dnatree выложил не Клесов, а я, через некоторое время Адамов опубликовал такую же таблицу в Вестнике, только более подробную, на несколько страниц.

Да я в курсе, что Ваша модель и модель Клесова-Адамова подвязаны на  понятие возвратных мутаций. У Вас они получаются из модели, у Адамов - путем калибровки с помощью возвратных мутаций. Тем не менее, модель Нордведта - лично для меня -более убедительна и элегантна в сравнении с вышеуказанными моделями.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #84 : 13 Июль 2010, 23:14:10 »
..Второе -эта Ваше идея о маршрутизации расстояния между двумя разными гаплотипами двух разных субкладов. Что оно дает нам в плане генеалогии? Ничего
Приведу пример. Когда Клёсов определил в Югославии и Албании самый высокий возраст R1a1, до 12 тысяч лет, с ним спорили о достоверности или недостоверности использованных гаплотипов, но никому не пришло в голову посчитать, когда же разделились R1a1 и R1b1 (Interclade age)? Что если они разделились 8000 лет назад, то общий предок группы гаплотипов R1a1  никак не может жить ни 10, ни 12 тысяч лет назад? При этом я считал  Interclade age используя скорость от Клесова, а не какую-либо другую!

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #85 : 13 Июль 2010, 23:27:12 »
Я не понял. О чем Вы?
Вот почему Нордтведт не пользуется двумя временными координатами сразу (interclade age  и TMRCA), я, кажется, понимаю. Вам не навязла в зубах наша двойная система временных координат: "от наших дней" и "от рождества Христова" ?
Почему не пользуется? Еще как пользуется! Более того, в отличие от многих,  он весьма четко разделяет 3 используемые им же понятия - понятия 1) точки коалесценции, 2) TMRCA и 3)interclade age. Большинство просто не понимают разницу между этими понятиями.
Вот я и предложил: если под графиком шкала  одной временной координаты, то как будет выглядеть шкала второй? А если нет второй, значит, шкала одна?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #86 : 13 Июль 2010, 23:36:39 »
Я не понял. О чем Вы?
Вот почему Нордтведт не пользуется двумя временными координатами сразу (interclade age  и TMRCA), я, кажется, понимаю. Вам не навязла в зубах наша двойная система временных координат: "от наших дней" и "от рождества Христова" ?
Почему не пользуется? Еще как пользуется! Более того, в отличие от многих,  он весьма четко разделяет 3 используемые им же понятия - понятия 1) точки коалесценции, 2) TMRCA и 3)interclade age. Большинство просто не понимают разницу между этими понятиями.
Вот я и предложил: если под графиком шкала  одной временной координаты, то как будет выглядеть шкала второй? А если нет второй, значит, шкала одна?

Опять спрошу - это Вы о чем? Нордтведт вообще предпочитает считать в поколениях, временная школа BP (до настоящего времени, так же как при C3-анализе) вообще включена только для удобства.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #87 : 13 Июль 2010, 23:38:21 »
..Второе -эта Ваше идея о маршрутизации расстояния между двумя разными гаплотипами двух разных субкладов. Что оно дает нам в плане генеалогии? Ничего
Приведу пример. Когда Клёсов определил в Югославии и Албании самый высокий возраст R1a1, до 12 тысяч лет, с ним спорили о достоверности или недостоверности использованных гаплотипов, но никому не пришло в голову посчитать, когда же разделились R1a1 и R1b1 (Interclade age)? Что если они разделились 8000 лет назад, то общий предок группы гаплотипов R1a1  никак не может жить ни 10, ни 12 тысяч лет назад? При этом я считал  Interclade age используя скорость от Клесова, а не какую-либо другую!

Но причем здесь маршрут, происходящий от современного гаплотипа A через общего предка B к современному гаплотипу C?

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #88 : 13 Июль 2010, 23:44:39 »
Да я в курсе, что Ваша модель и модель Клесова-Адамова подвязаны на  понятие возвратных мутаций. У Вас они получаются из модели, у Адамов - путем калибровки с помощью возвратных мутаций. Тем не менее, модель Нордведта - лично для меня -более убедительна и элегантна в сравнении с вышеуказанными моделями.
Модель Нордтведта, как я уже сказал, элегантна за счет того, что он пренебрег точностью ради лаконичности.
Когда на вступительном экзамене по физике мне предложили написать формулу работы по перемещению электрического заряда относительно другого заряда от расстояния R1 до расстояния R2 то я не знал формулу, но объяснил, как это посчитать приближенно, и мой способ был элегантнее, чем в учебнике. Это спасло меня от двойки, но не спасло от тройки, и я не прошел по конкурсу.
Если мне предложат посчитать объем конуса по такой-то формуле, я сначала выведу формулу объема конуса сам, и если мне дали неверную формулу, это застрахует меня от ошибки.
Вас не интересовало, почему в фомуле Нордтведта стоит степень 2, а не 1,9 и не 2,1? Какой за этой степенью "физический смысл" ?

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #89 : 13 Июль 2010, 23:54:35 »
Но причем здесь маршрут, происходящий от современного гаплотипа A через общего предка B к современному гаплотипу C?
А как Вы определите, сколько лет назад жил последний общий предок всех ныне живущих R1a1 и R1b1 (к примеру)?
Посчитаете мутации в SNP? но даже если они у Вас посчитаны, где взять калибровку по снипам ?  Если Татьяна Карафе приняла за аксиому, что история евразийских снипов началась 70 тысяч лет назад, то это очень шаткая аксиома.
А по STR не хотите посчитать? Объем информации на много порядков больше. Два субклада в сумме занимают кажется 75% ysearch.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.