АвторТема: "Метод Животовского"  (Прочитано 29066 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #60 : 13 Июль 2010, 08:01:13 »
Тогда Ваши расчеты отличаются от расчетов Нордведта.

На Вашем же примере с вычислением межкладового возраста Q1a1 и Q1b

Берем попарно гаплотипы Q1a3a и Q1b

Q1a3a
BRRRK
R5VTP

Q1b
FB88E
9A6GF

При вычислении по формуле Нордтведта межкладовый "возраст" Q1a3a и Q1b равен
(при 1 поколении равном 25 годам) 16893 +-3975 лет. Это отличается от предложенных Вами 9120 лет.
У меня с Нордтведтом общий подход, это не значит что алгоритм идентичен. Я считаю так.
В среднем один гаплотип Q1a3a и один гаплотип Q1b разделяют 0,92 мутации на маркер. Это наблюдаемое число шагов; ему соответствует истинное (реально сделанное) число шагов 1,612 на маркер. За поколение делается 0,002 шагов, значит, число поколений 1,612/0,002=806.
Число лет между гаплотипами: 806*25=20150. Это расстояние по маршруту "современный Q1a3a - предок на развилке - современный Q1b". От современного гаплотипа до развилки - половина этого расстояния: 20150/2=10075 лет. Если примем не 25 лет на поколение, получим другую цифру

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #61 : 13 Июль 2010, 08:12:57 »
Цитировать
Число лет между гаплотипами: 806*25=20150. Это расстояние по маршруту "современный Q1a3a - предок на развилке - современный Q1b". От современного гаплотипа до развилки - половина этого расстояния: 20150/2=10075 лет. Если примем не 25 лет на поколение, получим другую цифру

В этом отличие  Вашего метода от метода КН. Он не делит на два. Поэтому и возраст у Вас примерно в 2 раза меньше. Почему вы делите на два, и почему Вы взяли, что расстояние двух субкладов от общего предка симметричное - "половина этого расстояния"? А если оно ассиметричное? Я не понял - Вы вычисляете ВБОП или все таки интеркладовый возраст или, если хотите возраст точки коалисценции двух субкладов?
 Если считать по методу КН, то  оценивается возраст последнего общего предок двух субкладов (в данном случае это Q1), а не возраст точки ответвления отдельного субклада Q1a3a от общего предка двух субкладов (Q1). Эта точка может быть в любом месте маршрута от точки схождения двух субкладов.
 
« Последнее редактирование: 13 Июль 2010, 08:21:55 от Vadim Verenich »

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #62 : 13 Июль 2010, 08:39:35 »
Если мы не делим на два, то получаем полное расстояние по маршруту между двумя современными гаплотипами. Это не возраст, поскольку мы учли сразу мутации, накопленные гаплотипом одного клада от развилки, и мутации, накопленные гаплотипом другого клада. Это расстояние в годах или поколениях дважды проходит между нашими днями и развилкой субладов - сначала туда, потом обратно. Если же мы хотим знать, сколько лет прошло со времени образования развилки, мы обязаны поделить расстояние пополам. Почему пополам - потому что от любого современного гаплотипа до развилки одинаковое число лет. С точностью до поколения, разумеется.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7124
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #63 : 13 Июль 2010, 08:53:56 »
Бригитта Пакендорф - не совсем "он".

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #64 : 13 Июль 2010, 08:55:17 »
Почему пополам - потому что от любого современного гаплотипа до развилки одинаковое число лет. С точностью до поколения, разумеется.

Почему Вы решили, что одинаковое число поколений? Чисто практическое наблюдение. Любой практикующий генеалог знает, что даже через жалкие 10-15 поколений с момента жизни патриарха,  разница (в поколениях) между сверстниками-погодками (потомками патриарха) может уже достигать 2-3 поколения. А что будет через 200,  не говоря о 600-800 поколений?

Сравните свою формулу с формулой Нордтведта



Цитировать
When we sample two alleles from a population, we generally don't know when their common ancestor lived. The common ancestor of alleles a and b may have lived 100 generations ago, and the common ancestor of alleles a and c may have lived 200 generations ago.

The Interclade method circumvents this problem by cleverly exploiting the Y-chromosome phylogeny: alleles found in two different haplogroups (neither of which is a subgroup of the other) coalesce to precisely one man, the common ancestor of these two haplogroups



Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #65 : 13 Июль 2010, 08:58:07 »
Бригитта Пакендорф - не совсем "он".

Ну Вам ли не знать, что в финнском и эстонском языках нет грамматической категории рода.  ;D Шучу.

Просто очепяткался спросонья.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #66 : 13 Июль 2010, 09:18:32 »
Насколько я с моим незнанием английского понял Нордтведта, он говорит именно о полном расстоянии между двумя гаплотипами. Допустим, я сравниваю свой гаплотип и Ваш: "так, как будто бы Вы были моим предком или же моим потомком".
Теперь о разном числе поколений. Допустим, мы померяли шагами коридор с юга на север, а потом с севера на юг. По логике, расстояние одно и то же, но число шагов получится немного разным. Но мы хотим перевести расстояние в метры, поэтому число шагов умножаем на идеализированную длину шага, а число шагов лучше всего усреднить. Так и с поколениями: там где исключена всякая документальная проверка, мы пользуемся идеализированным числом лет в поколении, и в том, что на маршруте, заведомо постоянном в годах, обнаруживаем разное число мутаций, виновато (кроме случайного характера мутаций) в какой-то мере непостоянство поколения: в одном роду была традиция ранних браков (для мужчин), в другом - поздних. Приходится относиться к этому как к белому шуму.
А уж если мы хотим знать, сколько лет назад жил наш с Вами общий предок, придется делить дистанцию пополам: Нордтведт за нас этого сделать не захотел. Не надо ему это.
« Последнее редактирование: 13 Июль 2010, 09:25:15 от Clavis »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #67 : 13 Июль 2010, 09:55:11 »
Вы можете представить свой алгоритм расчетов в виде математической формулы?

Тогда будет легче сравнивать.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #68 : 13 Июль 2010, 10:28:08 »
А вот, нашел в чем причина не состыковки. Овод уже раскритиковал Вас.

Цитировать
Конечно, будет занижен поскольку считалась, очевидно, абсолютная разница в значениях аллелей, а не её квадрат. Непонятно также делалась ли поправка на возратные мутации. Во всяком случае, упоминания об этом в описанном Клависом методе нет.
 
Или Вы всё же возводили разность в квадрат, Клавис?

Как видите, в формуле КН  (см. выше), как и сказал Овод, нет абсолютных разниц в значениях аллелей между двумя гаплотипами, а используется возведение этих разниц (x-y) в квадрат. Складываются именно квадраты, а не абсолютная разница значений. Далее Вы пишите, что делите на число маркеров (я так понимаю, что здесь имеется в виду K*N*M, где M-размерность маркеров, К-число гаплотипов одного субклада, N-число гаплотипов другого субклада).
Далее, я еще раз проконсультировался с Нордтведтом, по вопросу о том, что представляет собой получаемая на выходе величина G. Вот ответ

Цитировать
the interclade node age which is common ancestor to both clades.


То есть это число поколений до общего предка двух субкладов, а не маршрут между мной и, допустим, Вами, проходящий через общего предка. :)

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #69 : 13 Июль 2010, 11:27:53 »
А вот, нашел в чем причина не состыковки. Овод уже раскритиковал Вас.

Цитировать
Конечно, будет занижен поскольку считалась, очевидно, абсолютная разница в значениях аллелей, а не её квадрат. Непонятно также делалась ли поправка на возратные мутации. Во всяком случае, упоминания об этом в описанном Клависом методе нет.
 
Или Вы всё же возводили разность в квадрат, Клавис?

Как видите, в формуле КН  (см. выше), как и сказал Овод, нет абсолютных разниц в значениях аллелей между двумя гаплотипами, а используется возведение этих разниц (x-y) в квадрат. Складываются именно квадраты, а не абсолютная разница значений. Далее Вы пишите, что делите на число маркеров (я так понимаю, что здесь имеется в виду K*N*M, где M-размерность маркеров, К-число гаплотипов одного субклада, N-число гаплотипов другого субклада).
Я уже ответил на этот вопрос: когда Нордтведт переходит от (х-y) к квадрату той же величины, он переходит от наблюдаемого количества мутаций в STR к истинному количеству мутаций, которое уже пропорционально фактору времени (или числа поколений, кому как угодно). На самом деле при этом должен еще учитываться поправочный коэффициент, потому что 1 наблюдаемая мутация соответствует 1,85 произошедшей мутации (за счет возвратных). Правда, Нордтведт должен был, вынеся за скобки, упрятать эту 1,85 в константу скорости мутаций. Считая по Нордтведту, вы учли, что либо число мутаций надо увеличить в 1,85, либо скорость уменьшить во столько же раз?

Далее, я еще раз проконсультировался с Нордтведтом, по вопросу о том, что представляет собой получаемая на выходе величина G. Вот ответ

Цитировать
the interclade node age which is common ancestor to both clades.


То есть это число поколений до общего предка двух субкладов, а не маршрут между мной и, допустим, Вами, проходящий через общего предка. :)
Так Вы после деления на скорость "мю"  находили 2g или g ? В первом случае это расстояние между двумя гаплотипами, во втором - расстояние между гаплотипом и предком-развилкой.
В противном случае остается предположить, что 2 - это округленное 1,85, но тогда эта двойка не на месте - ей место не в числителе, а в знаменателе.
Или же двойка компенсирует двойное суммирование - от A к В и от В к А?
Что касается меня, то я вообще не пишу формулу - я пользуюсь моделью в таблице EXEL, которую легко построить за 15 минут, но формулой не отразить. Квадратичная зависимость у Нордтведта - это все-таки первое приближение. Было бы совсем просто, если бы в случае двух наблюдаемых мутаций реальное число мутаций было 1,85*4=7,4. На самом деле это 1,633*4.
« Последнее редактирование: 13 Июль 2010, 12:46:31 от Clavis »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #70 : 13 Июль 2010, 12:54:44 »
Цитировать
Мы знаем, что разделение между Q1a3a и Q1b произошло по меньшей мере за несколько сотен лет до жизни Шука Ка
Как раз мы этого не знаем. За несколько сотен это смело. Вероятнее всего еще до ПЛМ.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #71 : 13 Июль 2010, 12:58:09 »
Поэтому расчет по герминальным скоростям будет давать не возраст популяции, а возраст TMRCA, где MRCA- т.е возраст последнего общего предка гаплогруппы или субклада, а  не реальный возраст гаплогруппы.
Правильно, Клавис посчитал время последнего бут. горлышка для Q-M3, но это нельзя назвать возрастом ГГ.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #72 : 13 Июль 2010, 13:04:04 »
Цитировать
если ни  IJ*, ни I*, ни J*
НЕ могу утверждать, J* кажется видел.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +111/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #73 : 13 Июль 2010, 13:37:41 »
Поэтому расчет по герминальным скоростям будет давать не возраст популяции, а возраст TMRCA, где MRCA- т.е возраст последнего общего предка гаплогруппы или субклада, а  не реальный возраст гаплогруппы.
Правильно, Клавис посчитал время последнего бут. горлышка для Q-M3, но это нельзя назвать возрастом ГГ.
Нет, не так. Поскольку я считал методом, аналогичным Interclade, я не мог ощутить никаких бутылочных горлышек - я определил время от современности до межкладовой точки, или развилки между будущими Q1a и Q1b. Если не нравится возраст, то виноват не метод, а две константы, которые я использовал - скорость мутаций от Клесова, исправленная по его же данным, и 25-летняя продолжительность поколения. Других причин нет.
Я сказал, что пользуюсь не расчетной формулой, а моделью, впрочем, для ограниченного диапазона времени (скажем, общий предок не старше 8000 лет) можно использовать одну из эмпирических формул, например:
T = 114x2 + 2893x3 + 2444x2 + 6336x
где T - ВБОП в годах, а x - среднее число мутаций на маркер между гаплотипами (абсолютная величина разности, но не квадрат разности!)
« Последнее редактирование: 13 Июль 2010, 16:32:40 от Clavis »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #74 : 13 Июль 2010, 18:58:57 »
Ув. Clavis,

Теперь понятно.Вы хотите непременно считать "по Клёсову", заменяя возведение разности в квадрат её абсолютным значением, при этом результат домножается на поправочный коэффициент из его таблицы для учёта возвратных мутаций.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.