АвторТема: "Метод Животовского"  (Прочитано 28818 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #105 : 14 Июль 2010, 12:26:15 »
Михаил, при всем моем уважение ну не выглядит ваша оценка возраста аж R1 правдоподобной. Какие 8900 лет? ужос
Ну, это не возраст всей R1* а лишь одного из ее представителей; они, полагаю, живут и в наши дни, хотя и крайне редки. А если надо нижнюю границу возраста R1, то ее можно прикинуть, поскольку между R1 и R2... 
В среднем по 22*32=704 парам между гаплотипами R1 и R2 разница в 68,2 мутации (плюс-минус стандартное отклонение 8,0)
Если не нравится скорость мутаций (или продолжительность поколения) от Клесова, предложите любую другую (только не Животовского). Какую скорость предпочитает Нордтведт? Что он предпочитает 30 лет, я знаю.
А вот возраст гаплогрупп, разбросанный по статьям, часто наводит ужас на меня. Метод их получения - или через скорость Животовского, или вообще пальцем в небо.
Если принять как исходное, что R1b1b2 появилась около 15000 лет назад, а R1b1b2a1b4c1 отстоит от неё на 6 мутаций и около 11000 лет, то весьма примерно можно прикинуть, что популяционно значимые снипы отстоят друг после друга на 2000 лет.
Согласитесь, что многие авторы рассуждали точно так же, как уважаемый Фаррух, забывая, что если очень нужны снипы, то они могут появляться хоть каждые 200 лет.
« Последнее редактирование: 14 Июль 2010, 12:47:20 от Clavis »

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #106 : 15 Июль 2010, 09:46:31 »
Мы уже уклонились от темы, вернусь к методу Животовского.
В парах отец-сын число наблюдаемых и число произошедших мутаций, естественно, совпадает. Поэтому самое удобное принять в качестве понятия "скорость мутаций" сумму абсолютных величин всех изменений числа повторов в STR (как делеций, так и инсерций) на конкретный маркер на поколение. Зависимые от этой величины:
- средняя скорость по группе маркеров;
- средняя скорость по цепочке поколений, которая имеет два варианта: по числу наблюдаемых и по числу произошедших мутаций. Чем больше число поколений, тем больше расходятся между собой эти значения.
Дисперсия STR в замкнутой популяции может монотонно возрастать, следуя за числом накопленных мутаций (идеальная ситуация), а может замедляться и даже снижаться (ситуация бутылочного горлышка или множества мелких "горлышек"). То есть дисперсия связана с накоплением мутаций опосредованно, через демографическое поведение популяции. Животовский предложил считать это демографическое поведение некой константой и вывел формальное значение скорости мутаций, позволяющее исключить демографический фактор. Беда в том, что это частное решение задачи было использовано множеством исследователей в случае популяций, где ни степень изоляции, ни демография, ни стартовые условия не отвечали объектам расчетов Льва Анатольевича.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #107 : 20 Июль 2010, 12:07:07 »
Уважаемый Clavis, добавлю, что дисперсия STR аллелей по модели независимых мутаций равна квадрату среднего числа истинных мутаций.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #108 : 20 Июль 2010, 13:15:14 »
Уважаемый Clavis, добавлю, что дисперсия STR аллелей по модели независимых мутаций равна квадрату среднего числа истинных мутаций.
Не совсем так. Вернусь к своему графику, сохраненному 26 декабря 2007 года. Видно, что дисперсия линейно связана с временем, с числом поколенных переходов, соответственно с числом истинных мутаций. А число истинных мутаций практически пропорционально квадрату наблюдаемых мутаций. Стало быть, дисперсия пропорциональна квадрату числа наблюдаемых мутаций.
« Последнее редактирование: 20 Июль 2010, 14:47:00 от Clavis »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #109 : 20 Июль 2010, 14:34:52 »
Уважаемый Clavis, Вы правы: дисперсия равна среднему числу истинных мутаций, а не его квадрату. Что-то меня не туда занесло  ???.

Оффлайн Clavis

  • Семенов Михаил Юрьевич
  • Сообщений: 1497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +110/-0
    • https://m.vk.com/@clavis1953
  • Y-ДНК: G2a2 L1264
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #110 : 20 Июль 2010, 15:00:52 »
И, коль скоро я извлек на свет божий давно забытый график, хочу обратить внимание на синюю прямую: если у популяции два отца- основателя с разной аллелью, то дисперсия меняется хоть и линейно, но со смещением, популяция как бы стала старше на 125 поколений. Линия посередине - предки с разной аллелью в иной пропорции, не один к одному.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2347
  • Рейтинг +724/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: "Метод Животовского"
« Ответ #111 : 25 Апрель 2018, 14:36:52 »
Для тех, кто будет читать эту тему. "Эволюционная" скорость мутаций Л. Животовского 0.00069 на локус на поколение в настоящее время никем не используется. Ученые генетики без особой экспрессии оставили эту скорость за бортом.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.