Для начала, убедитесь, что папка WGSExtract-Beta_latest_installer лежит в корне диска, т.е. путь до установочного файла должен выглядеть так:
C:\WGSExtract-Beta_latest_installer\WGSExtractv4\Install_windows.bat
Если и так не работает, то надо запустить BAT'ник от имени администратора.
Совершенно не обязателен корень
У меня устанавливается в почти любой директории
В доках прямо про это пишут
Download the Installer (a .zip compressed archive); double / right click to uncompress
(extract all) if not done automatically during download
2. Move (cut and paste) the extracted WGSExtractv4/ folder to your favorite place for
applications (/Applications folder on MacOS, C:\Program Files\ for Windows, or
simply your home directory – not Documents/ or Downloads/ though.)
А вот под 3 буквами на Германию, у меня не скачались библиотеки питона, вырубил, все прошло