AncestryGNN - графовые нейросети при поиске генетического родства

[Georg]

Кто разбирается в графовых нейронных сетях при поиске генетического родства - что-то реально полезное, прорывное - https://naked-science.ru/article/column/rodstvo-tochnee-chem-test от математиков ВШЭ

Если это быстрее, дешевле (в процессорных затратах) и эффективнее анализа по ibd, может быть компании внедрят со временем?

[Srkz]

Если это быстрее, дешевле (в процессорных затратах) и эффективнее анализа по ibd, может быть компании внедрят со временем?

Да это и есть IBD, судя по описанию, просто "теперь с нейросетью!!!11"

[Georg]

Если это быстрее, дешевле (в процессорных затратах) и эффективнее анализа по ibd, может быть компании внедрят со временем?

Да это и есть IBD, судя по описанию, просто "теперь с нейросетью!!!11"

Ок, теперь ждем ibd с квантовыми вычислениями

[wave48]

графовых нейросетей не бывает. 

[Srkz]

графовых нейросетей не бывает. 

Видимо, так они назвали нейросеть, обрабатывающую граф связей по IBD.

[wave48]

графовых нейросетей не бывает. 

Видимо, так они назвали нейросеть, обрабатывающую граф связей по IBD.

А зачем его "нейросетью обрабатывать"?  Нейросеть не может определить степень родства. Она может сказать только родной или неродной.  И только если ее обучить на известных данных. С вероятностью. Похоже на освоение грантов, а это очень плохо.

[rozenblatt]

А где можно на результаты работы этой программы посмотреть? По ссылке я не нашёл.

[Georg]

А где можно на результаты работы этой программы посмотреть? По ссылке я не нашёл.

Непонятно. По реквизитам гранта не находится.
Отчета об апробации и результатах эксперимента нет. Исходные данные непонятно какие.
Скорее всего грантоедство бесполезное.

Я написал на кафедру с просьбой покрутить мои данные, еще не ответила менеджер

[kardes]

 Training LYCEUM

LYCEUM: learning to call copy number variants on low-coverage ancient genomes
"Для устранения этих ограничений мы представляем LYCEUM, первый вызыватель CNV на основе машинного обучения для aDNA. Чтобы преодолеть проблемы, связанные с качеством и дефицитом данных, мы используем двухэтапную стратегию обучения. Во-первых, модель предварительно обучается на данных секвенирования всего генома из проекта 1000 геномов, обучая ее возможностям вызова CNV, аналогичным традиционным методам. Затем модель тонко настраивается с использованием высоконадежных вызовов CNV, полученных всего из нескольких существующих образцов aDNA с высокой глубиной прочтения. На этом этапе модель адаптируется для выполнения вызовов CNV на основе сигналов глубины прочтения с пониженной дискретизацией тех же образцов aDNA. LYCEUM достигает точного обнаружения CNV даже в древних геномах с типичной низкой степенью покрытия. Мы также наблюдаем, что сегментарные делеционные вызовы, сделанные LYCEUM, показывают корреляцию с демографической историей образцов и демонстрируют закономерности отрицательного отбора, соответствующие естественному отбору."

[wave48]

У меня слегка шок. Чё делать не знаю. Похоже на шаманскую силу. Внешне.

[Srkz]

Непонятно. По реквизитам гранта не находится.
Отчета об апробации и результатах эксперимента нет. Исходные данные непонятно какие.
Скорее всего грантоедство бесполезное.

Ну оно работать-то вполне может, как IBD-кластеризация. Правда, с учётом "В дальнейшем исследователи планируют научить нейросеть предсказывать процентное соотношение различных популяций в геноме", пока должно выдавать лишь один какой-то кластер, без подробностей. Выделяют ли они разные группы для русских, тоже непонятно. Пишут только, что какие-то близкие народы различили.

PS просто, мне вспоминается, как Генотек ещё несколько лет назад писал примерно "мы научились различать русских, украинцев и белорусов при помощи нейросети". Будет ли тут что-то лучше того, чего добились генотековцы? Причём не скажу, что у Генотека всё плохо (хотя местами бывают глупые косяки), но и не супер-прорыв всё же.

Training LYCEUM

Это, по описанию, попытка импутировать для древних образцов дупликации и делиции участков ДНК. Может, наверное, пригодиться для предсказания у них некоторых генетических болезней или просто особенностей.