Реликтовые ветви R1a*, R1a1*, R1a1а*

[Lesla]

Тут Lawrence Mayka написал - http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2010-06/1276981529
У Adam Volk из Германии "Ysearch 56EXD of Germany (FTDNA kit 120406)" - редкий DYS392=13 и у него есть снипы М198 и М17 и нет M417

[VVR]

Нашёл ветвь "DYS392=13" на дереве R1a1, построенном mougley. Попробуем разобраться.
Для начала, как найти ветвь на дереве? От левого края дерева отступить примерно четверть изображения и найти гаплотип N4203 из Македонии. Это гт македонца Михайлова, обозначенный серо-голубым цветом. Слева от него сдвоенный гаплотип англичан Роджерсов. И левее ещё 2 гаплотипа - Sharpe(Шотландия) и Sohl(Sole)-предки из Германии. Ветвь небольшая всего 5 гаплотипов 67м.
Характерные значения маркеров - DYS392=13, DYS385=13,14, DYS460=10,DYS389-1=14. Таким образом ветвь неплохо определяется даже на 12 маркерах.

[VVR]

Смотрим на карте И.Рожанского http://maps.google.com/maps/ms?hl=en&ptab=2&ie=UTF8&oe=UTF8&msa=0&msid=114781513110833464918.00047171538f9084dc044
Там ветвь обозначена фиолетовыми фишками. 67м гт только три(первые в списке). Близкородственных Rogers нет. Я нашёл ещё 2 гт 67м, которые без сомнений принадлежат к ветви - Wooldridge(F4KM2) и Williams(ASYBR). Они не попали ни на дерево, ни на карту.
Есть эта ветвь и у Гвоздя в польском проекте - кластер С, 2 гт - всё тот же Михайлов и 37м Фольк(Volk) из Германии.

[VVR]

АК и ИР в своей статье причислили к старым европейским ветвям эту ветвь и субклады R1a1a,R1a1b,R1a1c (по новой номенклатуре ISOGG - R1a1a1a,R1a1a1b,R1a1a1c). На карте обозначены зелёным цветом с точкой. Эти гт взяты из Ysearch. Мы уже обсуждали этот вопрос. Туда владельцы гт вносят субклады с ошибкой. В проектах ФТДНА гт этих субкладов я не встречал. ИР несколько ошибочных гт с карты убрал, но я бы и остальным зелёным фишкам не доверял.
Теперь по возрасту ветви. АК и ИР определили возраст ветви 2150±450. А время её отделения от остальных R1a1 -более чем 7000 лет. На основании этого ветвь и назвали "старой европейской".
У mougley по ро-статистике получилось 2902 года и отделение 4577 лет.
Тут возникает вопрос. Если ветвь действительно древняя, то можно предположить, что значение DYS392=13 предковое для всех R1 и соответственно для R1a1.У R1b это значение сохранилось. У R1a1 значение сохранилось у этой ветви, наиболее рано отделившейся. У предка остальных R1a1 прошла мутация 13>11.
Второй вариант дала Мурка. Предковый 11, а в этой ветви прошли две мутации или одна 2-шаговая 11>13. В подтверждение этого можно вспомнить, что у R2 значение этого маркера 10 или 11. Тогда можно предположить, что предковый R - 11. У R2 и R1a1 он сохранился, а R1b и эта ветвь мутировали в 13.
Какой вариант правильный, не знаю.
Ещё надо не забывать, что есть гт R1a1, у которых DYS392=13, но они к этой ветви не относятся. Просто индивидуальная мутация.

[mouglley]

Там ветвь обозначена фиолетовыми фишками. 67м гт только три(первые в списке). Близкородственных Rogers нет. Я нашёл ещё 2 гт 67м, которые без сомнений принадлежат к ветви - Wooldridge(F4KM2) и Williams(ASYBR). Они не попали ни на дерево, ни на карту.
Есть эта ветвь и у Гвоздя в польском проекте - кластер С, 2 гт - всё тот же Михайлов и 37м Фольк(Volk) из Германии.

На момент построения дерева эти два гаплотипа были ещё неизвестны.
Обозначить их "Кластер C"?

[VVR]

Обозначить их "Кластер C"?

Не уверен, что стоит переходить на классификацию Гвоздя.

[mouglley]

Тогда будем брать отсюда.

[VVR]

Прдолжаем разбираться.
Если посмотреть на сообщение Лоуренса Майки(админ польского проекта): http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2010-06/1276981529 и на новую классификацию ISOGG: http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html  становится понятно, что новые изменения пошли после тестирования упоминавшегося мною немца  Adam Volk по 23andMe. У него есть М17 и М198, но нет  M417 и Page07. Таким образом, можно предположить, что Volk и вся эта ветвь по новой классификации являются R1a1a*, в отличие от остальных, которые R1a1a1.
Если это предположение является верным, то ветвь, которую мы обсуждаем действительно является древней и должна быть в основании дерева R1a1.
Кто-нибудь может по базе 23andMe проверить информацию. Я в этом не разбираюсь. Или связаться с Майкой и уточнить.

[Аббат Бузони]

rs2020857 (M198) 23ия вроде не определяет, как я погляжу.

Хоть он по умолчанию и изображен:

R1a1a* defining mutations
N/A          
 
R1a1a defining mutations
rs2020857 (M198)    C ->    T
rs3908 (M17)    I -> D
 
R1a1 defining mutations
rs2534636 (SRY10831.2)    C -> T
 
R1a defining mutations
rs17222573 (L62)    A ->   G
rs17307677 (L63)    T ->   C

[Lesla]

...У него есть М17 и М198, но нет  M417 и Page07. Таким образом, можно предположить, что Volk и вся эта ветвь по новой классификации являются R1a1a*, в отличие от остальных, которые R1a1a1.
...

Понятненько. Продолжают искать (кроме М458) архиредкие ветки.

[Аббат Бузони]

А что за мутации такие M417 и Page07?

[I2a1a]

Прдолжаем разбираться.
Если посмотреть на сообщение Лоуренса Майки(админ польского проекта): http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2010-06/1276981529 и на новую классификацию ISOGG: http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html  становится понятно, что новые изменения пошли после тестирования упоминавшегося мною немца  Adam Volk по 23andMe. У него есть М17 и М198, но нет  M417 и Page07. Таким образом, можно предположить, что Volk и вся эта ветвь по новой классификации являются R1a1a*, в отличие от остальных, которые R1a1a1.
Если это предположение является верным, то ветвь, которую мы обсуждаем действительно является древней и должна быть в основании дерева R1a1.
Кто-нибудь может по базе 23andMe проверить информацию. Я в этом не разбираюсь. Или связаться с Майкой и уточнить.

Странно, не может быть чтобы из-за одного человека поменяли номенклатуру R1a1a* и R1a1a1. Это ведь может быть и приватной мутациейю. Значит, нашли не только у Волка?

[I2a1a]

Насчет Page07 -это полиморфизм из работы Repping et al.2006
http://www.draganprimorac.com/wp-content/uploads/2010/05/Primorac-European-Journal-of-Human-Genetics-2009.pdf

http://steverozen.net/papers/repping-et-al-2006-high-y-mut-rates.pdf

[I2a1a]

Вот роспись Page07. Page -название полиморфизмов по имени ученного D.Page, открывшего их.
Это SNP в экзоне  Y-хромосомного гена ARSDY+1089 (позиции BV678986|809979). У R и выше по "дереву" предковое значение C, у R1a в снипе прозошла субституция С на T

R1US9Y3636TCGGCAGTACCCAAGCCACCGCGTGCATCTCGGCCGGTTCATAATCGCAGAGCCGAGACGGACCGCGTCTACGGATCGCTCGAATCCGCACTCC
R1a       TCGGCAGTACTCAAGCCACCGCGTGCATCTCGGCCGGTTCATAATCGCAGAACTGAGACGGACCGCGTCTACGGGTCGCTCGAATCCGCACTCC
R1b3f     TCGGCAGTACCCAAGCCACCGCGTGCATCTCGGCCGGTTCATAATCGCAGAGCCGAGACGGACCGCGTCTACGGGTCGCTCGAATCCGCACTCC
R2        CCGGCAGTACCCAAGACACCGCGTGCATCTCGGCCGGTTCATAATCGCAGAGCCGAGACGGACCGCGTCTACGGGTCGCTCGAATCCGCACTCC
 

SNP: PAGE|S00007
STS: BV678986
LENGTH: 702
OBSERVED: C/T
5'_FLANK: CCGCCCTCCTTTTCATTGAACAGGGAGGTTCATGCTGATTTCACAGTGCTGACATCTGCATCCTGTGTTCACACCTGCATGGATTTCTGCCACCCTGACTCCCTTCTTGTCTGCAGCCAGGTGGAAGCATCTGGAAGGTTCATTACGTGATCCCACAGTTCCACCCCATGGGAGCAGGGGCCTGCTACAGCTGAGGCATCTGCCCATGCTCCAGGGAGGGCATGACCCATCACAGACCCCCTTTGCTCTTTGACCTCTCCACGGACCACTCTGAGGCACAGCCCCTGACCCCTGACTCCAAGCACCTGTACCACGCCATGATAGCAAGGGTAGGTGCCGCAGTGT
3'_FLANK: GAAGCATTGGCAGACCCTGAGTCCTGTGCCCCAGCAGTTTTCCACAAGCAACATCTTGTGGAAGCTGTGGCTGCAGCCGTGCTGCAGACATTTCCCGTTCTGCTCATGCCCAAGGATGGGGATGGCACCCCGAATGCCAAGACTGTGAGAGAGGATCCAGGAGAGCCTGACTGCGTTGCAAACAAAATTCTCCAAGCTTGGTTCTATCTTCAGCTTCCCTTTTTGCAAGGAACATGCCCTGGACTGACAGTGAGTCCCCATTTTCTTTTTTTTTGAGACAGAGTGTCACTCTGTCCCCCAGGCTGGAATGCAATGGTGCAATCTCTGCTCACTGCAATCTCTGCCAACCAAGTTCA

[Аббат Бузони]

А есть у них обозначение "rs..."?