Будет лучше, если я еще немного помучаю Вас примерами, теперь уже на несколько дальнем уровне родства, где будет виден очевидный контраст. Итак, семитские и кушитские. Обе эти семьи обладают внешне непохожими глагольными словоформами, так что если бы не материальное сходство аффиксов, позволившее свести обе к общему знаменателю, едва ли можно было подумать, что между ними есть хоть что-то общее:
семитский глагол: m+(M)+R+(m)+(F)
кушитский глагол: R+(M)+m+(F)
Немного поясню, что значат все эти обозначения: R - основа, m, M - морфемы, F - флексия. Скобки указывают на то, что элемент может встречаться в словоформе более одного раза, либо не встречаться вовсе. Морфема, не заключенная в скобки в обеих моделях, это личный показатель, который является неотъемлемой частью спрягаемой формы глагола, но в семитских он префиксальный, в кушитских - суффиксальный. Как так вышло? Ответ лежит в инновационном синтаксисе пракушитского (SOV) и его тенденции к аналитизму, т.е. употреблению составных глаголов, состоящих из именной значимой части и спрягаемого вспомогательного глагола (то, почему подобные конструкции стали довлеть, составляет предмет фразеологии). Протокушитский составной глагол можно представить в виде следующей модели:
R m+(M)+Raux+(m)
В этом предложении независимая именная основа, предшествующая глаголу, играет роль прямого дополнения в полном соответствии с порядком SOV. Как Вы видите, структура вспомогательного глагола практически полностью идентична семитской. Затем, путем склеивания и выпадения окончательно ненужной вспомогательной глагольной основы, потерявшей свое лексическое значение, образовалась современная словоформа с метатезой показателей 1-й и 2-й префиксальных позиций и сращением 1-ой и 3-ей. Флексия на конце семитских и кушитских глаголов - позднего, именного происхождения, и является способом номинализации личной формы глагола в придаточных предложениях. На этом небольшом примере можно видеть, как сразу несколько факторов привели к полному видоизменению модели, но весь процесс довольно легко реконструируется, несмотря на то, что эти языки разделяют тысячелетия. В случае с указанными Вами языками процедура будет проходить схожим образом, только нужно помнить, что чем меньше у нас элементов, тем сложнее между ними прослеживается система, так что по двум-трем далеко разошедшимся языкам, чья история неясна, невозможно внятно реконструировать их язык-предок. Однако, если современные отдельно взятые и.-е. языки в меньшей степени демонстрируют между собой родство, это не повод для оптимизма в отношении всех хоть сколько-нибудь похожих языков.